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R语言
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Nicky Cat
混迹在程序员中的普通医学生
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在R语言中操作PostgreSQL
我习惯用R语言分析数据、作图,用postgreSQL管理数据,提取数据库。R语言可以直接调用postgreSQL整理好的数据,速度也很快,操作很方便。这一篇记录一些常用操作。系统和软件:WIN 11PostgreSQL 13 + PgAdminR 4.1.3 + Rstudio1. 安装包与读取数据这里用到的包是RPostgreSQL,需要预先安装一下。#加载包library(RPostgreSQL)#建立连接con <- dbConnect(RPostgres::Postgr原创 2022-05-27 15:22:25 · 1512 阅读 · 1 评论 -
用R语言画ROC曲线及精确召回曲线(Precision-Recall Curve)
R语言绘制ROC曲线和PR曲线原创 2022-05-24 21:25:02 · 5176 阅读 · 9 评论 -
R使用XGBoost并配置GPU 附:LightGBM
在R中使用XGBoost时如何进行GPU加速?Xgboost下载安装及GPU配置记录原创 2022-04-29 14:57:21 · 2675 阅读 · 0 评论 -
R:读取大的TXT文件
在做生信的时候经常要读取很大的基因表达矩阵,通常下载的时候是txt文件,文件巨大,读取就很慢。下面比较三种方法的读取速度:read.tables <- Sys.time()temp <- read.table(file = 'D:/symbol.txt', sep = '\t', header <- T, check.names = F)e <- Sys.time()print(e - s)#Time difference of 2.053548 minsD原创 2021-09-11 20:23:41 · 5929 阅读 · 0 评论 -
整理论文基线数据的function
在做临床论文,整理基线数据的时候,遇到很多分类变量,比如说性别,种族,合并症,用药等等,一个一个整理比较麻烦,就写了一个function,可以比较方便地整理数据。原始数据的样式:这个function设置了3个参数:需要整理的表格名,要整理的列,作为分类依据的变量baselinetable <- function(table_name, cols, index){ table_name <- as.data.frame(table_name) temp_table <- da原创 2021-05-05 14:21:17 · 1229 阅读 · 2 评论 -
常见的犯傻出BUG记录
突然想起自己开始用R语言的时候,经常会遇到一些问题,百思不得其解,最后突然发现是个很愚蠢的问题。那就把它们记下来吧,以后给师弟师妹们看。这一篇不定期更新1. 导出文件时提示无法打开当时我在做的是把ggplot做的图导出成PDF:ggsave(p_death, file = 'I:/p1.pdf', width = 6.4, height = 4)报错是这样的:Error in grDevices::pdf(file = filename, …, version = version) :无法原创 2021-04-17 23:53:45 · 1274 阅读 · 0 评论 -
GSEA下载的.gmt文件批量处理
从GSEA下载了84个gmt文件,打算把里面的基因名整理出来。0. 先观察一下格式记事本打开几个个文件看了一眼,基本上都是以基因描述+基因名称展现的,中间用制表符隔开。1. 数据读取这里涉及到两个问题:首先是.gmt文件的读取:我用了GSA包的GSA.read.gmt();其次是批量读取的实现:我用了lapply()函数install.packages('GSA')library(GSA)path <- 'D:/immune' #文件的路径fileNames <- dir原创 2021-04-15 12:32:32 · 3114 阅读 · 0 评论 -
R语言绘制陕西省地图并标出几家医院的位置
最近师姐问,能不能把几家医院的位置在陕西省地图上标注出来。今天查了一下资料,整合几位大佬的代码,整理出了用R语言绘制陕西省地图,并标注医院的方法。话不多说,上干活。第一步,调用地图:我调用了百度地图。install.packages("devtools")library(devtools)install_github('lchiffon/REmap') #从百度地图调用地图资料library(REmap)这第一步有一些坑,安装过程不是特别顺利,但是按照它的提示,我试了几次,最终还是成功了。原创 2020-12-13 13:50:47 · 2829 阅读 · 30 评论