WinCE7的文件系统配置主要在[HKEY_LOCAL_MACHINESYSTEMStorageManager]子键下，包括针对所有FAT文件系统的一般设置和特定设备如MSFlash的详细设置。一般设置如"CacheDll"、"CacheSize"等，特定设备设置如"CheckForFormat"、"EnableWriteBack"。例如，common.reg文件中展示了FATFS的默认设置，包括禁用自动格式化和扫描，启用分页和缓存。
在WinCE7中有关文件系统的注册表设置在[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\StorageManager]子键下。StorageManager下的注册表子键包含很多内容。
关于文件系统的注册表设置主要体现为两个层次：
第一个层次是位于[HKEY_LOCAL_MACHINE\System\StorageManager\<FileSystemName>]的注册表子键，这个层次上的设置是对于指定类型的文件系统有效的。如：[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\StorageManager\FATFS]
"CacheDll"="diskcache.dll"
"CacheSize"=dword:0
… …
这个注册表设置是针对FAT文件系统的，也就是只要设备中挂载了FAT文件系统实例，那么它就遵守这些设置。
第二个层次是位于[HKEY_LOCAL_MACHINE\System\StorageManager\Profiles\<MyProfileName>\<FileSystemName>]的注册表子键，这个层次上的设置是针对指定类型设备的指定类型文件系统有效。如：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\StorageManager\Profiles\MSFlash\FATFS]
"CheckForFormat"=dword:1
"EnableWriteBack"=dword:1
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