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原创 宏基因组流程-质控(Trimmomatic)
这一期的内容比较多,涉及了实操和原理部分。部分只是想使用软件的同行来说,可以只看实际操作的代码部分。最后再推销一下我们的公众号,大家动动小手,点击下方关注我们,您的关注是我们最大的更新动力。这一期的内容比较多,涉及了实操和原理部分。部分只是想使用软件的同行来说,可以只看实际操作的代码部分。最后再推销一下我们的公众号,大家动动小手,点击下方关注我们,您的关注是我们最大的更新动力。
2024-03-14 12:02:35 1616
原创 宏基因组流程-质控(Fastp)
这一期的内容其实早就想好了怎么写,奈何太忙了没什么时间来写,所以拖更了很久,给大家道个歉,接下来我尽量为大家提供更高质量的文章最后还是希望大家关注一下我们,同时可以的话也可以推荐给你身边的朋友。
2024-03-14 11:58:59 1686 1
原创 宏基因组TPM定量
在RNA-Seq分析中,为了获取基因表达量差异,于是产生了RPKM、FPKM、TPM定量方法,去除测序深度和基因长度的影响。RPKM用于单端测序;FPKM用于双端测序。而TPM计算方法类似于RPKM,但更具有优势,是目前使用的较多的定量方法。详细的解释及计算公式:https://www.jianshu.com/p/1940c5954c81(建议学习一下,至少了解清楚TPM计算过程,否则得到比对结果后自己不知道怎么算TPM)简单来说,TPM定量分为三步:1. 基因长度标准化。测...
2022-03-14 12:14:02 8187 14
原创 Taxontk 和csvtk创建NR数据库标准层级注释中报错:[ERRO] record on line 1583: wrong number of fields
Taxontk 和csvtk创建NR数据库标准层级注释
2021-11-25 22:11:03 1106
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