SimpleITK读取并显示单张dcm文件

最新推荐文章于 2024-01-17 15:18:52 发布
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import SimpleITK as sitk
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
image = sitk.ReadImage(r"D:\Data\LIDC-IDRI\DOI\LIDC-IDRI-0162\1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.100063870746088919758706456900\1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.837810280808122125183730411210\000128.dcm")
image_array = np.squeeze(sitk.GetArrayFromImage(image)) 
plt.imshow(image_array)
plt.show()

 

PKnotnull
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python .dcm文件读取，并转化为.jpg格式
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目录前言nii格式读取nii成numpy格式将numpy格式保存成nii什么是origin、Direction、Spacing，以及如何设置它们示例重采样 前言 nii.gz格式是保存医学图像非常重要一种格式，下面来介绍一下如何使用SimpleITK这个包来处理nii文件。我们首先会介绍最简单的读取、保存、以及如何转为numpy数组；然后再来介绍一些高级操作，什么是Direction、Origin、Spacing、重采样。 nii格式 首先nii格式就是后缀名为.nii或.nii.gz的文件，该格式又叫NI
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2. **使用dicom库读取单张DICOM图像并显示** dicom库是Python中处理DICOM文件的另一选择，可以用来读取单个DICOM文件并显示图像。下面是如何读取和显示图像的代码： ```python import dicom import pylab # ...
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提供几种用python方法读取Dicom文件
批量dicom格式转nii（dcm2nii），目前网上最全总结与最强转换方法！！
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SimpleITK使用——6. DICOM-RT格式转换为nii.gz格式
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其实Github上有很多这样的库和脚本，但是都大同小异，掌握关键那部分代码就可以。 要明确一点，SimpleITK不支持对DICOM-RT struct格式 大部分脚本都是用pydicom读取，然后再用numpy等进行切片等操作。 1. 使用MIScnn库来完成转换 安装 sudo pip install miscnn # linux pip install miscnn --user # Windows 使用 from miscnn.data_loading.interfaces.dicom_io
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weixin_40051325的博客
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注： 代码主要根据 dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。 进行函数整合，感谢原作者！ #coding=utf-8 import SimpleITK as sitk def dcm2nii(dcms_path, nii_path): # 构建dicom序列文件阅读器，并执行（即将dicom序列文件“打包整合”） reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileName
【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列
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医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。 下面的教程展示，如何读取一个包含多张切片的dicom序列，并将其转换为单个3D的dcm文件 import SimpleITK as sitk # Dicom序列所在文件夹路径（在我们的实验中，该文件夹下有多个dcm序列，混合在一起） file_path = "/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219...
simpleitk nii转dcm文件输出
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SimpleITK是一个用于医学图像处理的开源框架，它提供了多种编程语言的接口，包括Python和C++等。NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）文件格式常用于存储脑成像数据，而DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）是医学影像领域中使用最广泛的标准格式。 要使用SimpleITK将NIfTI格式的文件转换为DICOM格式，首先需要安装SimpleITK库，然后使用它的相关功能读取NIfTI文件，接着将读取的数据转换为DICOM格式并写入文件。以下是一个使用Python进行转换的简单示例： ```python import SimpleITK as sitk # 读取NIfTI文件 nii_image = sitk.ReadImage('example.nii') # 将NIfTI转换为DICOM # 这里需要提供转换后的DICOM存储路径 # 以及必要的DICOM信息，例如患者ID、研究描述等 # 假设有一个函数write_to_dcm，它会根据提供的参数将NIfTI图像转换为DICOM def write_to_dcm(nii_image, output_directory, patient_id, study_description): # 这里应该包含将NIfTI转换为DICOM的逻辑 # SimpleITK本身不直接支持转换为DICOM格式， # 因此你可能需要结合第三方工具如dcm2niix等来辅助完成转换 # 调用第三方工具转换命令 # 例如使用subprocess模块运行dcm2niix命令 # import subprocess # subprocess.run(['dcm2niix', '-f', study_description, '-o', output_directory, '-i', patient_id, 'example.nii']) # 假设已经获取了必要的DICOM信息 dicom_info = { 'output_directory': '/path/to/output/directory', 'patient_id': '123456', 'study_description': 'Brain MRI' } # 调用函数进行转换 write_to_dcm(nii_image, **dicom_info) ``` 在上述代码中，我们假设存在一个`write_to_dcm`函数，该函数能够处理NIfTI到DICOM的转换。由于SimpleITK不直接提供NIfTI到DICOM的转换功能，你可能需要使用第三方工具如dcm2niix来进行转换。
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