h5py学习

h5py学习

一、基础知识

（一）安装

• 【Anaconda3安装】

conda install h5py

• 【Miniconda安装】

enpkg h5py

• 【pip安装】

pip install h5py

• 【MacOS】：使用brew 安装
• 【源码安装】

1. 安装组件：python的发行版
2. 安装组件：HDF5 版本1.8.4+
3. 安装组件：C编译器
4. 通过命令安装

# 方法一
python insatll --no-binary=h5py h5py
# 方法二
python insatll -v
# 方法三
python setup.py install

（二）核心概念

【hdf】

• HDF5是两种对象的容器：dataset、group
• 以字典的概念理解group
• 以numpy数组的概念理解dataset

【h5py】

• 操作过程

1. 读取文件
2. 通过类似字典的形式查看文件的keys
3. 通过keys访问文件的dataset
4. 支持通过对数组样式进行切片处理

二、学习内容

（一）安装

（二）文件对象

• 文件对象是对hdf5文件操作的基本对象，其使用方式与python的文件方式类似

import h5py
# 创建文件对象
# 不同的mode,其对文件的操作也不同
f = h5py.File('file_name','mode')
# 'r'模式，只读文件，要求文件必须存在
f = h5py.File('file_name','r')
# 'r+'模式，读写文件，要求文件必须存在
f = h5py.File('file_name','r+')
# 'w'模式，创建文件，若文件存在则截断
f = h5py.File('file_name','w')
# 'w-/x'模式，创建文件，若文件存在则失败
f = h5py.File('file_name','w-')
# 'a'模式，读写，若文件存在则读写，若文件不存在则创建
f = h5py.File('file_name','-')

• f.close()：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.flush()：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.id：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.filename：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.mode：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.driver：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.libver：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效
• f.userblock_size：关闭文件，所有文件打开的对象都将无效

（三）group

• 若文件’file.hdf5’已存在，可以创建f下的group
• 可以将f视为最大的group,目录结构为/
• 使用create_group()添加子group
• 使用del g['name']通过name删除子group

import h5py
f = h5py.File('name.hdf5','a')
# 创建单层group
g_1 = f.create_group('g1')
# 创建多层group
g_2 = f.create_group('g1/g2/g3')
# 删除单层group
del f['g_1']
# 删除多层group
del f['g_1/g_2/g_3']

• 使用dict接口访问

import h5py
f = h5py.File('name.hdf5','a')
# 创建单层group
g_1 = f.create_group('grooup_name')
# 创建多层group
g_2 = f.create_group('grooup_name/1_name')

【属性】

• attrs
• id
• ref
• regionref
• name
• file
• parent
  【方法】
• g.keys()
• g.values()
• 硬链接
• 软链接
• 外部链接

（四）dataset

• 若group已存在，可以创建group下的dataset
• group使用create_dataset()创建dataset

import h5py
f = h5py.File('name.hdf5','a')
g = f.create_group('grooup_name')
# 添加直接dataset
dataset_1 = g.create_dataset('dataset_name')
# 指定完整路径添加group
dataset_2 = g.create_dataset('dataset_name/1_name')

（五）属性

• 若dataset已存在，可以设置/创建dataset的属性
• dataset使用.attrs['属性名']设置/访问自身属性
• 对属性的访问均建立在d.attrs上

import h5py
f = h5py.File('name.hdf5','a')
g = f.create_group('grooup_name')
d = g.create_dataset('dataset_name')
# 添加属性
d.attrs['1'] = 1
d.attrs['2'] = 5
d.attrs['3'] = 6
d.attrs['4'] = 7
# 验证属性
for i in range(5):
	print(str(i) in d.attrs)
# 其他操作
# 详见操作手册

（六）创建/查看/设置h5py文件实例