三、jena解析关于基因的go.owl文件(读取信息)

1.读取源文件

<owl:Class rdf:about="http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0045019">
        <rdfs:label rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">negative regulation of nitric oxide biosynthetic process</rdfs:label>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0031327"/>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0045428"/>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://purl.obolibrary.org/obo/GO_1903427"/>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://purl.obolibrary.org/obo/GO_1904406"/>
        <obo:IAO_0000115 rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">Any process that stops, prevents, or reduces the frequency, rate or extent of the chemical reactions and pathways resulting in the formation of nitric oxide.</obo:IAO_0000115>
        <oboInOwl:id rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">GO:0045019</oboInOwl:id>
        <oboInOwl:hasOBONamespace rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">biological_process</oboInOwl:hasOBONamespace>
        <oboInOwl:hasExactSynonym rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">down regulation of nitric oxide biosynthetic process</oboInOwl:hasExactSynonym>
        <oboInOwl:hasExactSynonym rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">down-regulation of nitric oxide biosynthetic process</oboInOwl:hasExactSynonym>
        
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Java Jena是一个用于处理语义网数据的Java框架,它支持RDF,OWL和SPARQL等语义网技术。下面是一个简单的Java Jena OWL例子: 1. 首先,需要在pom.xml文件中添加以下依赖项: ```xml <dependency> <groupId>org.apache.jena</groupId> <artifactId>apache-jena-libs</artifactId> <version>3.5.0</version> </dependency> ``` 2. 然后,可以使用以下代码加载本地OWL文件并查询: ```java import org.apache.jena.ontology.OntModel; import org.apache.jena.rdf.model.ModelFactory; import org.apache.jena.util.FileManager; public class JenaOWLExample { public static void main(String[] args) { // 加载本地OWL文件 String inputFileName = "example.owl"; OntModel model = ModelFactory.createOntologyModel(); InputStream in = FileManager.get().open(inputFileName); if (in == null) { throw new IllegalArgumentException("File: " + inputFileName + " not found"); } model.read(in, null); // 查询OWL模型 String queryString = "PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n" + "PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>\n" + "PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n" + "SELECT ?subject ?predicate ?object\n" + "WHERE { ?subject ?predicate ?object }"; Query query = QueryFactory.create(queryString); QueryExecution qe = QueryExecutionFactory.create(query, model); ResultSet results = qe.execSelect(); ResultSetFormatter.out(System.out, results, query); // 释放资源 qe.close(); } } ``` 上述代码将加载名为“example.owl”的本地OWL文件,并查询所有元组。可以根据需要修改查询字符串以获取所需的结果。

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