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RSS订阅原创 Anaconda安装及使用
1.下载wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh2.安装bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh3.接下来会出现一些让你进行操作的问题（阅读协议书），直接按enter即可。这个是会问你是否...
2020-04-29 15:37:08
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原创 api-ms-win-crt-runtimel1-1-0.dll缺失的解决方案
放假在家将自己的小破电脑恢复了出厂设置，装完python后发现出现了如下报错：api-ms-win-crt-runtimel1-1-0.dll缺失解决方案如下：（1）删除原先的api-ms-win-crt-runtimel1-1-0.dll文件，位于C:\Windows\SysWOW64里（2）去微软官网https://www.microsoft.com/zh-cn/downlo...
2020-02-06 18:34:47
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原创 call peak的另一个软件-----SICER
说到ChIP-Seq数据的call peak，第一个想到的软件肯定是大名鼎鼎的MACS2。MACS2比较适合call narrow peak，当然broad peak也是可以的。但是我课题的数据却不适用于这个软件，无奈之下我又尝试了另一个软件SICER。SICER适用于找出那些diffuse/broad peak，通过识别空间信号簇来寻找ChIP-enriched信号。（下面是原理，其实一知半...
2019-05-18 16:55:06
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转载 “Super-enhancer神器“ROSE安装及教程
好像又好久好久没更新了。这周师兄给我的任务就是找super enhancer。那最出名的工具就是Richard A.Young实验室开发的ROSE：RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS了。我花了2天不到的时间大概摸清了这个工具如何使用。鉴于当时google的资料太少，所以决定结合大神的资料自己也写一下。一、安装ROSE依赖软件有：Python 2.7.3, ...
2019-05-10 16:35:50
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原创 linux命令提示符显示当前完整路径
刚进实验室就开始做课题和上课，想起来已经好几个月没有更新了博客了。最近学了很多东西，但是来不及一一更新。实验室的新服务器来了，然后我登陆后发现命令行显示路径仅最后一个文件名，非常不方便，想显示完整路径。就是这样，可是我想要这样的：就是在你的环境变量里添加一句命令：export PS1='[\u@\h `pwd`]$ '\u 当前用户名 \h 当前主机名...
2018-11-20 11:09:09
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原创 用R包TCGA-Assembler下载TCGA数据
今天师兄发给我一个TCGA网址，让我想办法把胰腺癌的所有RNA-Seq数据下载下来，可是界面是这样的：这么多样本有各自的测序数据，甲基化数据，突变数据和临床数据等，不可能一个个去点开下载，那么批量下载就可以借助R的一个包TCGA-Assembler。电脑是win10系统，所以以下教程是基于windows系统的。安装教程：1.建立新文件夹，例如：E:\TCGA_assemble;然后...
2018-07-18 19:20:50
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原创 PubMed插件神器之PubMedy和Scholarscope（末尾附赠Google截屏神器）
生信读研第一件事绝对是读大量文献，那么如何在PubMed大量的文献中筛选出自己想要并且高质量的呢？当然第一反应肯定是检索式，但这得自己清楚的知道课题的关键词才能准确筛选。 刚进实验室，大师兄就扔给我两篇文献让我去了解。但是!我几乎未接触过这个领域，那么多文献怎么看得过来呢？于是想起了二师兄做的presentation，他按照时间将他研究领域的文献找出来进行了梳理，有了大概的了解后一切就...
2018-07-17 20:02:30
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空空如也
空空如也
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