HaoranWu_ZJU-CSDN博客

原创常微分方程建模R包ecode（三）——探寻平衡点

在建立常微分方程后，我们常常会问的一个问题是：本节将展示如何通过ecode包来回答这个问题。我们首先利用ecode包建立一个Lotka–Volterra竞争模型（详见），dtdxr1−a11x−a12yx1dtdyr2−a21x−a22yy2其中，x代表物种1的种群个体数，x代表物种2的种群个体数，r1r2为种群增长率，a11a12a21a22。

2023-08-06 16:20:52 1087

原创常微分方程建模R包ecode（二）——绘制相速矢量场

如果不希望以XA500YA500XA500YA500为限制条件，则可以在plot函数中添加set_covar参数，此时，plot函数给出的是XA10YA20XA10YA20株时，以XCYCX_C,Y_CXCYC为坐标轴作出的相速矢量场。如果想要固定XCYCX_C, Y_CXCYC，以XAYAX_A, Y_AXAYA为坐标轴作相速矢量场，则此为XC10YC20。

2023-07-31 16:15:58 909

原创常微分方程建模R包ecode（一）——构建常微分方程系统

本系列博文介绍一个新的R包ecode，该包采用简洁易懂的语法在R环境中构建常微分方程，并便利地调用R图形接口，研究常微分方程系统的相速矢量场、平衡点、稳定点等解析性质，或进行数值模拟，进行敏感性分析等。

2023-07-22 15:27:24 633

原创 GEE and Vegetation Ecology (III) – Managing Errors

Haoran WuIn the last episode I touched upon the usage of function in GEE. Now we can easily perform any mathematical operations on objects of or classes. For advanced analyses, we can also simply google it can get codes from different sources. The final

2022-12-25 05:24:20 974 1

原创 GEE and Vegetation Ecology (II) – The `.map` Function

【代码】GEE and Vegetation Ecology (II) – The `.map` Function。

2022-12-25 05:17:55 952

原创 GEE and Vegetation Ecology (I) – Essential Functions of JavaScript Cheat Sheet

【代码】GEE and Vegetation Ecology (I) – Essential Functions of JavaScript Cheat Sheet。

2022-12-25 05:13:51 823

原创「杂谈」如何写好R语言apply家族函数

R语言中apply家族函数的使用心得

2022-03-28 11:47:50 643

原创 QGIS打印布局cheatsheet

画一张类似于这样的图（不考虑地图的具体内容），你想知道：如何添加经纬度？如何将多个不同的地图放在一起？如何创建线段、方框等构建？这是本篇po文要解决的问题。图1 样例。图源Lin et al, 2022, Journal of Ecology二、操作打开QGIS的“打印布局(Print Layout)”：Project > New Print Layout…（或Ctrl+P）。在打印

2022-03-24 10:46:01 6007

原创 NetLogo入门（二）——模型基本语法

上一节已向读者展示如何下载NetLogo、熟悉NetLogo用户界面，以及如何创建一个自定义模型，即100个“箭头”在一个世界中不断向前移动。但现实中的模型远比它要复杂，因而也要求我们更深入地了解NetLogo建模的语法。一、最简单的模型如上一节所述，即使是最简单的模型，也含有两个过程（procedure）——setup和go（当然，setup命名成别的名称也可以，但一般不这么做，因为不习惯）to setup clear-all create-turtles 100 [ setxy rando

2022-03-12 16:09:24 7462 3

原创 NetLogo入门（一）——熟悉操作界面

在线资源最全的资源显然是官网的教程。若想变成NetLogo专家，任何“二手货”都不如官网原教程。“二手货”只是为了总结、提炼最常用的NetLogo命令，以及方便入门和复用。下载NetLogo：https://ccl.northwestern.edu/netlogo/download.shtml。注意选用NetLogo 6.2.1版本，因为6.2.2版本可能会出现模型库无法加载的问题。入门教程：https://ccl.northwestern.edu/netlogo/docs/。看完Tutorial

2022-03-12 13:33:22 9865 2

原创 Shiny平台构建与R包开发（七）——Shiny APP部署

本节展示了如何分享和部署Shiny APP。您可以将开发好的Shiny APP部署在自己的服务器上，或是将其部署在公共的平台（即shinyapps.io）上。这里仅分享后者。对于如何将Shiny APP部署到自己的服务器中，将在未来进行补充。部署至shinyapps.io平台操作步骤Step1: 在shinyapps.io官网上注册账号。您会被要求填写用户名。Step2: 重新打开shinyapps.io官网，单击右上角Dashboard按钮（图1）。进入Dashboard界面（图2）后，单击左侧

2022-01-02 12:01:48 4718 3

原创 Shiny平台构建与R包开发（六）——R包开发与发布

作为Shiny平台构建与R包开发教程的最后一个小节，本节将向读者展示如何将自己撰写的R函数集打包，并部署到CRAN或Github上。R包的开发和部署是让人心烦的事，因为您会遇到种种意想不到的问题，可能还会与CRAN官方来回周旋。本节不仅介绍R包开发和部署的流程，还向读者展示R包开发和部署的过程中尽量需要规避的一些坑，希望读者由此能加快R包开发和部署的效率。主要流程您已经撰写完了大量函数，现在您需要为它们编写帮助文档，并打成R包。详细教程事实上在R in Action（《R语言实战》）第2版第21章中已有

2021-09-05 17:14:37 1644

原创 Shiny平台构建与R包开发（五）——ui美化

本节简单地向读者介绍Shiny APP中ui的美化方法。shinythemes利用shinythemes包，您可以选择不同的bootstrap风格，并将其应用到Shiny APP中。安装完shinythemes包后，运行?shinythemes查看帮助界面。其中"Details"一栏列出了不同的bootstrap风格链接。点击链接后进入bootswatch网站，并在网站中切换与浏览不同风格的bootstrap。以"flatly"风格为例，只需要在fluidPage或navbarPage中加入them

2021-09-05 11:50:10 1892

原创 Shiny平台构建与R包开发（四）——按钮与响应事件

作为Shiny平台构建与R包开发教程的第四小节，本节向读者进一步强调Shiny server的工作机理，并由此设计按钮点击事件。Shiny server工作机理与问题前面的几个小节已经向读者初步解释了Shiny server的工作机理，其核心是"reactive表达式"。它有两种定义方法：#1 Reactive expression definited separatelyexp1 <- reactive({ #A reactive expression})#2 Reactive exp

2021-09-05 09:41:55 2858

原创 Shiny平台构建与R包开发（三）——数据输出

作为Shiny平台构建与R包开发教程的第三小节，本节向读者展示如何利用Shiny server输出自己想要的数据，包括Rplot、Table、Text等信息。数据输出机制仍以上一节的案例为基础：library(data.table)ui.data <- fluidPage( fileInput("data_input1", "Experiment:", accept = ".csv"), tableOutput('data_tbout1'))server <- funct

2021-09-05 09:09:15 1841

原创 Shiny平台构建与R包开发（二）——数据输入

作为Shiny平台构建与R包开发教程的第二小节，本节向读者介绍如何利用Shiny server处理用户输入的各种信息。这些信息既包括用户向Shiny上传的数据集，也包括用户对Shiny页面的各种控件（Widget）发出的行为信号（e.g. 用户选中下拉列表框中的一个值，该值传送到server中进行后续数据处理）。本节涉及的两个内容为数据文件上传和Shiny Widget设计。数据上传我们希望设计一个控件，单击“Browser…”按钮，弹出选择文件对话框，让用户选择需要上传的数据文件，上传的数据用于后续分

2021-09-04 22:24:36 2113

原创 Shiny平台构建与R包开发（一）——ui布局

本节为Shiny平台构建与R包开发教程的第一小节。Getting Started初识Shiny时，了解其工作机理非常重要。下面的案例展示了一个最简单的Shiny APP的工作机理：#DO NOT include any non-English characters in Shiny scriptlibrary(shiny)ui <- fluidPage("Hello World!")server <- function(input, output){}shinyApp(ui, se

2021-09-04 21:12:19 2554 1

原创 Shiny平台构建与R包开发

Introduction在数据库网页搭建教程中已经提到，数据分析决策平台的搭建十分重要。数据库网页是数据分析决策平台的重要表现形式之一，能够很好地将大量数据或其分析结果公开展示，并能提供数据下载、统计分析以及可视化等服务，目前已在多个领域中得到广泛应用。然而，基于MySQL+PHP及w3c开发的数据库网页难以承载较大的运算量，也难以解决代码编写复杂的问题。RShiny提供了了一种不同的数据分析决策模式。基于RShiny框架，用户可以在R/RStudio环境中调用RShiny，利用Shiny生成的图形用

2021-09-04 20:31:19 1220

原创 Case study：在数据库网页中设计数据排序工具

一、目的该笔记的目的是引导读者在已搭建的数据库网页的基础上，利用JS设计数据排序工具。其效果如图1所示。“Order by”下拉列表框由一系列字段组成，如“Location”“Longitude”“Latitude”“User”“Time”五个字段。点击“Latitude”，JS就会自动按“Latitude”字段从小到大（升序）将待输出的数据进行排序；再次点击“Latitude”字段，JS会自动按“Latitude”字段从大到小（降序）将待输出的数据进行排序。该笔记假定读者已阅读过案例“Case Stu

2021-05-07 13:43:31 491

原创 Case Study: 利用PHP获取关系型数据库中多张数据表的数据

一、目标该笔记的目的是引导读者借助WampServer平台和MySQL数据库，利用HTML/CSS/JS/PHP设计一个多数据表关联的网页。在上一个案例（Case Study: 利用JS实现数据库网页的数据分页、数据选择、数据详细信息查看功能）中，我们已经实现了数据表的分页显示，并在网页中呈现的数据表中设计了“Info”按钮。点击“Info”按钮，就能查看一条数据的详细信息。本案例就希望实现这一功能。具体而言，现在MySQL数据库中有basinfo、camera、vegetation和resolutio

2021-05-06 13:31:55 592

原创 Case Study: 利用JS实现数据库网页的数据分页、数据选择、数据详细信息查看功能

一、目标该笔记的目的是引导读者借助WampServer平台和MySQL数据库，利用HTML/CSS/JS/PHP设计一个能够进行实现数据分页显示、数据选择、数据详细信息查看功能的数据库网页。该数据库网页的效果如图1所示。区域1实现数据分页功能，区域2能够实现用户自主选择数据，区域5实现数据详细信息的查看，区域6为一个按钮（链接）。点击区域6按钮时，能跳转到另一页面，对用户所选择的数据进行进一步分析与可视化。图1 分页数据库网页效果该笔记假定读者已经能自己动手利用WampServer搭建出数据库网页

2021-05-04 23:13:15 1271

原创 Case Study: 利用JS设计高级检索功能通过PHP获取MySQL数据

一、目标该笔记的目的是引导读者借助WampServer平台和MySQL数据库，利用HTML/CSS/JS/PHP设计一个含有高级检索功能的数据库网页。该功能效果如图1所示。用户在文本框中输入相应内容，可实现对某一特定数据字段的检索；点击“ADD”按钮，能够添加检索条件，并通过逻辑运算下拉列表框指定“AND”“OR”或“NOT”逻辑运算关系，使PHP自动构建出复杂的数据检索式，从服务器的MySQL数据库中查找满足用户需求的数据。图1 数据库网页中的高级检索功能。类似的案例如知网(CNKI)、Web o

2021-05-04 15:41:56 1439

原创数据库网页搭建教程

Introduction目前，数据分析及可视化已成为十分普遍的技能，越来越多的人能够熟练运用Python、R等数据分析语言进行数据挖掘，分析隐藏在数据背后的科学知识；利用MATLAB等工具进行数学建模，对自然和社会现象背后规律进行深入的探讨；利用图像处理、人工智能等当下热门的算法在日益复杂的数据中挖掘信息。然而，数据分析的根本目的既不是展现数据本身的魅力，也不是为了证明数据分析师的才华或能力。数据分析的最终目的在发现问题和解决问题过程中为人提供辅助决策服务。因此，如何搭建通俗易懂、功能强健的数据决策平台是

2021-05-02 19:10:02 10049

原创数据库网页搭建教程（二）——数据库网页设计

数据库网页搭建往往由以下步骤构成：一、数据收集；二、数据库结构设计及优化；三、数据库操作SQL；四、数据库网页设计；五、数据可视化；六、网页安全性；七、数据库网页API设计。本节主要以WampServer为例，讲述如何使用PHP将MySQL数据库挂载到网页中。首先，搭建Apache + MySQL + php环境。在官网上下载并安装WampServer，并利用该软件将MySQL本地数据库挂载到网页中，详细流程参见笔记：https://blog.csdn.net/Robby_Wu/article/deta

2021-05-02 19:02:00 17398 2

原创 Case study：数据库网页构建原理和实践

该笔记的目的是引导读者借助WampServer平台，并利用HTML/CSS/JS/PHP将MySQL数据库挂载到网页中。同时，该笔记通过一个具体的案例，向读者分析数据库网页架构中五个部分协同工作的机理，使读者能自己运用HTML/CSS/JS/PHP在网页中呈现本地的MySQL数据库。该笔记假定读者已对MySQL和WampServer有了基本的了解。如对MySQL尚不熟悉，请参考数据库网页搭建教程（一）——数据准备。如对WampServer基本操作尚不熟悉，请参考WampServer挂载MySQL数据库。如

2021-05-02 16:23:46 1520

原创数据库网页搭建教程（一）——数据准备

数据库网页搭建往往由以下步骤构成：一、数据收集；二、数据库结构设计及优化；三、数据库操作SQL；四、数据库网页设计；五、数据可视化；六、网页安全性；七、数据库网页API设计。本节主要以MySQL为例，讲述数据库结构设计和数据库基本操作。在官网上下载MySQL Server (https://dev.mysql.com/downloads/mysql/)。安装MySQL：https://blog.csdn.net/bobo553443/article/details/81383194。打开“MySQL

2021-05-02 15:25:53 12733 1

原创利用WampServer挂载MySQL数据库

该笔记的目的是引导读者利用WampServer将MySQL中搭建的本地数据库显示到网页中。不同于其他教程，该笔记假定读者事先下载并安装了MySQL Server，并借此熟悉了MySQL基本语法，并建立了MySQL本地数据库。如读者希望利用WampServer自带的MySQL环境搭建网页数据库，请参阅其他教程。如读者尚不熟悉MySQL数据库搭建的基本操作，请参阅以下笔记：MySQL Workbench 8.0 CE数据库管理基本操作WampServer: Apache + MySQL + php环境搭

2021-05-02 09:29:44 5140

原创 MySQL Workbench 8.0 CE数据库管理基本操作

MySQL Workbench 8.0 CE数据库管理基本操作该笔记的目的是带领已经了解过MySQL命令行语法的读者初次接触MySQL Workbench 8.0 CE，并用图形界面简化数据库创建、数据表创建、插入数据等操作。操作流程打开“MySQL Workbench”软件。单击MySQL Connections下的矩形按钮（图1）。图1 MySQL Workbench 8.0 CE主页进入Local instance后，在出现的界面中单击Schema选项卡（图2）。左侧区域1展示

2021-05-01 21:36:29 7749

原创 Excel VBA林木冠幅、分枝胸径字符串的拆解

一、功能diacrown_dia(Rng, front=True)函数：将记录林木冠幅的字符串Rng（如“5×7”或“5*7”）拆解为东西冠幅（如5）和南北冠幅（如7）。front参数为真时，获取字符串的前半部分（5），否则获取后半部分（7）。DBH_dia(Rng, main=True)函数：将记录林木胸径的字符串Rng（如“5+5+5+5”或“5*4”，代表有4个分枝，其中第一个是主枝，其他为分枝）拆解为主枝胸径（如5）和分枝胸径（如“5+5+5”）。main参数为真时，获取主枝胸径，否则获取分枝

2020-11-21 09:09:34 271

原创 R语言PDF词频统计函数

一、Introduction有关R语言对PDF词频统计的博客已很多，但有以下问题未解决：对英文进行词频统计时，“a” “an” "it"等词汇无实际意义，数字的出现也会干扰词频统计。未把相关代码整合成自定义函数，导致使用不方便。二、代码hasdigit <- function(str){ if(!is.character(str)){ stop("'str' should be character.") } n <- nchar(str) for(i in

2020-10-22 16:44:23 1337

原创 Excel VBA两两个体距离矩阵转化为数据库格式

一、功能输入Excel数据样例：第一行、第一列分别代表研究个体，表格主体是距离矩阵，如下列数据中第二行、第三列表示ind1与ind2的距离。使用该VBA代码时需选中这一数据区域，然后再运行代码。ind1ind2ind3ind1NA23ind22NA5ind335NA输出数据格式：程序会自动新建一个“Trans_result”工作表，其中数据格式如下：ind1ind2Distanceind1ind22in

2020-10-03 20:46:02 399

原创 Excel VBA参考文献中人名与年份格式转换

一、用途将Excel中含有人名与年份的字符串转换为指定格式。要求输入格式中作者的姓必须大于1个字符，名必须为1个字符。【案例】某不规则的参考文献字符串Wang, H X, Ng, T B, 2000. Ginkbilobin, a novel antifungal protein from Ginkgo biloba seeds with sequence similarity to embryo-abundant protein. Biochem Bioph Res Co 279(2):407-41

2020-09-29 18:16:21 687

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