基于CAT的VBM和SBM计算学习笔记（二）感兴趣区（ROI）&全脑体积（TIV）

前言

  回顾一下上文：之前学习了用CAT计算VBM灰质体积的预处理过程，主要分为三步：

1. Preprocessing:从使用DPABI生成T1图像再校准T1原点。
2. Segement:CAT软件自带的自动化分割。
3. Smooth:最后用Spm进行平滑操作。

基于CAT的VBM和SBM计算学习笔记（一）VBMhttps://mp.csdn.net/mp_blog/creation/editor/140665644

  经过了上述步骤，我们已经得到了第四步配准调制平滑后的灰质图像，本文将继续介绍如何提取感兴趣区（ROI），如何提取全脑体积（TIV），为接下来统计的分析做好准备。

图1 提取灰质体素体积全过程

一、提取感兴趣区（Region Of Interest,ROI）

1.准备脑图谱。

  ROI图谱相当于是通过label(标签)的方式，对每个体素属于的脑区域进行预定义。

  Cat支持使用自带的脑图谱（brain maps）和自己定义的脑图谱。

• 如果使用默认脑图谱：建议选中"cat12_"开头的文件，而不是spm自带的模版，会有更好的分割效果。 也可以使用"cat_install_atlases"函数完成自动化复制脑图谱操作。
• 如果使用自定义脑图谱：需注意和分割的voxel size一致，一般为1.5mm，如未一致可使用spm的重采样功能，预先准备好一致的脑图谱。（ps:本文附带了一个1.5mm的脑图谱供使用。）

2.进行运算。

  在own atlas maps里添加自己的脑图谱，或勾选默认脑图谱。

图2 自定义脑图谱

3.输出结果。

  在output文件夹里label会有两种类型的文件。分别为.mat与.XML格式，可直接用于spm设计的ROI分析。但如果想要导出可读的数据在excel、spss等软件分析，需要再进行一步转换。

  将每个ROI的平均体素体积从.XML文件转化为.csv文件的方法如具体下图所示：用cat12-Preprocessing-ROI Tools-Estimate Mean Values inside ROI for external analysis功能实现。

  cat12输出文件里ROI开头的是体素体积信息（VBM），ROIS开头的则为皮层厚度信息（SBM）。这一步我们关注的是VBM，所以仅仅选择ROI开头的XML文件。

图3 转化ROI文件

  之后我们就会在工作路径下得到输出的.csv文件，可以一键导入外部软件进行统计分析。

图4 ROI文件输出结果

二、提取全脑体积（Total Intracranial Volume, TIV）

在fMRI研究中提取TIV主要是为了控制个体间脑部大小的差异。人与人之间的脑部大小存在自然变异（年龄、性别、受教育水平...）这种变异可能会影响我们对脑区体积或激活程度的测量。通过控制TIV，我们可以更准确地比较差异。

在cat12segment处理完后，会自动输出全脑指标的report,如下图所示，只需要在cat12-Statistical Analysis-Get TIV里处理，运算完成后会输出一个.txt文件，其每一行分别为：TIV、GM、WM、csf。

图5 提取全脑体素体积步骤

总结：

本文介绍了用cat12运算VBM前，如何抓取ROI信息；运算VBM后，如何转化ROI文件和提取全脑体积，为之后的统计分析做好准备。