python爬取MalaCards目录url

Python爬取MalaCards目录url

        每天进步一点点~这段时间瞄上了genecards网站，还得就它的数据库鏖战几天。而要获得它的基因信息，第一步，就是获得它所有数据的url，那就得先获得它的目录了。接下来，我们进入它的网页中看一看步骤。

#!/usr/bin/env python
# -*- coding:utf-8 -*-
# _author_='snowymilk8@gmail.com'
# To capture for MalaCards Database.
from bs4 import BeautifulSoup
import requests  # help: https://blog.csdn.net/jojoy_tester/article/details/70545589
import csv
import re

首先是引入需要的包。bs4用于解析，由于网页解析容错率的考虑，还得安装xlml包。requests用于连接，获取网页文本。csv用于存储，re作为正则用来辅助解析。

def check_link(url):
    try:
        header = {'user-agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:61.0) Gecko/20100101 Firefox/61.0'}
        r = requests.get(url, headers=header)
        r.raise_for_status()  
        r.encoding = r.apparent_encoding
        return r.text
    except:
        print('无法连接服务器')

连接网页是重点，因此一般都会检查看是否成功。试过直接请求都失败了，就加上了headers模拟浏览器进行请求。

def get_contents(ulist, rurl):
    soup = BeautifulSoup(rurl, 'lxml')  # help: https://cuiqingcai.com/1319.html
    trs = soup.find_all('tr')
    for tr in trs:
        ui = []
        for td in tr:
            if 'href' in str(td):
                pattern = re.compile('/categories/\w+')
                p=pattern.search(str(td))
                pu='http://www.malacards.org'+p.group(0)
                ui.append(pu)
            else:
                ui.append('\n')
            ui.append(td.string)
        ulist.append(ui)

用bs4找到tr中的td。语法的参考博文都在注释中。不过笔者尝试了好久，作为tag的td一直没有可用属性，于是又引入了正则，把它的url提了出来。

def save_contents(urlist):
    with open("E:/script/categories_of_malacards.csv", 'w', newline='') as f:
        writer = csv.writer(f)
        writer.writerow(['disease lists'])
        for i in range(len(urlist)):
            writer.writerow([urlist[i][3], urlist[i][7], urlist[i][2]])


def main():
    urli = []
    url = "http://www.malacards.org/categories"
    rs = check_link(url)
    get_contents(urli, rs)
    save_contents(urli)
main()

最后，调用csv保存，目录就完完整整地扣下来啦！