python 计算流形上两点之间的测地距离

在分析数据时，有时要计算流形上两点之间的测地距离。本着有现成轮子绝对不自己写的观点，发现可以通过以下方式计算流形上任意两点之间的测地距离。

ISOMAP是一种保持测地距离不变的高维空间中低维流形的降维方法。在sklearn包中实现了其功能，并用dist_matrix_属性返回训练数据两两之间的测地距离。

所以可以利用Isomap函数来计算任意两点之间的测地距离。具体示例如下：

import numpy as np
from sklearn.manifold import Isomap

data = np.load("samples_data.npy")
isomap = Isomap(n_components=2,n_neighbors=5,path_method="auto")
data_2d = isomap.fit_transform(X=data)
geo_distance_metrix = isomap.dist_matrix_ # 测地距离矩阵，shape=[n_sample,n_sample]

sklearn.manifold.Isomap的介绍见：https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.manifold.Isomap.html