分子动力学模拟

研究背景

BPQDs解离α-syn原纤维在有无PBS缓冲溶液的作用机制区别的模拟

方案设计

模拟采用Gromacs 2018.4程序[1]，在恒温恒压以及周期性边界条件下进行。应用CHARMM36全原子力场，TIP3P水模型[2]。在MD模拟过程中，所有涉及氢原子的键采用LINCS算法[3]进行约束，积分步长为2 fs。静电相互作用采用（Particle-mesh Ewald）PME方法[4]计算。非键相互作用截断值设为10 Å，每10步更新一次。采用V-rescale [5]温度耦合方法控制模拟温度为298.15 K，采用Parrinello-Rahman方法[6]控制压力为1 bar。

具体的实验步骤如下，首先，我们先使用最陡下降法对体系在真空环境下优化2500步，再用共轭梯度法优化2500步，每一步的截断值都设置为10 Å，以消除原子间过近的接触，能量最小化的收敛值为100 kJ·mol-1·nm-1。整个体系完成能量优化后，设置位置限制性动力学模拟，这一步主要是限制大分子中的原子位置，允许溶剂分子运动。一般水分子的驰豫时间为10 ps，因此本研究设置的平衡时间是1000 ps。在整个过程中，需要对体系进行一个NVT和NPT平衡。先设置模拟温度条件，将体系温度从0 K上升到298.15 K，然后再恒温恒容的条件下，给体系增加1000 kJ的限制力，用于平衡溶剂分子。最后在体系的压力和温度上升到101.325 kPa和298.15 K的恒温恒压条件下平衡体系。所有的前期工作完成后；最后，对体系进行50 ns的MD模拟，每10 ps保存一次构象，模拟结果可视化采用Gromacs内嵌程序和VMD完成。

主要结果