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RSS订阅原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（8）.高级功能：细胞动力学与多尺度建模
打开CellBlender界面。在Molecule Types面板中，添加新的分子类型。为分子类型设置扩散系数。# 定义分子类型及其扩散系数diffusion_coefficient = 10.0 # 单位: um^2/s# 在CellBlender中设置分子类型单分子反应是指一个分子在特定条件下转化为另一个分子。例如，分子A可以在细胞内自发转化为分子B。# 定义单分子反应reaction_rate = 0.01 # 单位: s^-1# 在CellBlender中设置单分子反应))
2026-02-06 22:42:18
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（7）.分析与可视化模拟结果
在使用CellBlender进行细胞多尺度仿真后，分析和可视化模拟结果是至关重要的步骤。通过这些步骤，可以验证模型的准确性，理解仿真过程中细胞内分子的动态行为，并为进一步的实验设计提供依据。本节将详细介绍如何在CellBlender中进行结果分析和可视化，包括数据导出、后处理工具的使用、以及如何利用外部软件进行高级分析。
2026-02-06 22:41:46
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（6）.模拟细胞内化学反应
在CellBlender中，定义化学反应是通过MCell反应系统实现的。MCell是一个详细的反应动力学模拟器，用于描述细胞内的化学反应。打开CellBlender启动Blender并加载您的细胞模型。进入MCell面板在Blender的右侧属性面板中找到MCell选项卡，点击进入MCell面板。定义反应物和产物在MCell面板中，选择“Molecules”选项卡。在这里，您可以定义细胞内的分子类型，包括反应物和产物。
2026-02-06 22:41:13
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（5）.设置反应动力学参数
通过动态调整动力学参数，我们可以更真实地模拟细胞内的复杂反应过程。这不仅有助于提高模型的准确性，还可以更好地理解生物系统在不同条件下的行为。在实际应用中，可以根据具体的生物学问题和实验数据，灵活地调整参数设置，以获得更可靠的仿真结果。设置反应动力学参数是细胞多尺度仿真中非常重要的一步。通过仔细设定和调整参数，我们可以确保模型的准确性和可靠性。此外，动态调整参数和可视化结果可以帮助我们更好地理解生物系统的复杂行为。
2026-02-06 22:40:31
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（4）.创建细胞模型：几何与分子定义
在定义几何结构之后，接下来需要定义细胞内的分子及其行为。CellBlender提供了多种方法来定义分子，包括手动添加、批量导入和分子动力学模拟。定义分子反应是细胞多尺度仿真中的一个关键环节。以下是一个定义分子反应的示例：创建反应。指定反应的分子和反应速率。# Python脚本示例：定义分子反应import bpy# 获取CellBlender的反应系统# 添加反应reaction.forward_rate = 1e-6 # 设置反应速率在实际应用中，几何结构和分子定义通常是结合在一起的。
2026-02-06 22:39:57
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（3）.CellBlender用户界面与基本操作
在CellBlender中，分子和反应的定义是仿真的基础。创建分子类型在属性编辑器中，选择->。点击按钮，添加一个新的分子类型。在Name字段中输入分子的名称，如Glucose。在字段中输入分子的扩散常数，如100。放置分子在属性编辑器中，选择->。点击按钮，添加一个新的分子放置。在字段中选择您定义的分子类型。在字段中输入分子的初始数量，如1000。在Location字段中输入分子的初始位置，如(0, 0, 0)。创建反应类型在属性编辑器中，选择->。点击按钮，添加一个新的反应。在。
2026-02-06 22:39:25
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（2）.CellBlender软件安装与配置
打开 Blender，新建一个场景。使用 Blender 的建模工具创建一个自定义的细胞环境，例如一个复杂的细胞膜结构。在仿真时间：200 秒时间步长：0.05 秒输出格式：HDF5分子名称：A初始数量：50扩散系数：1.0e-6释放位置：(0, 0, 0)释放数量：50释放时间：0 秒约束位置：细胞膜表面约束范围：细胞膜内部约束力：0.01观测位置：细胞膜表面观测频率：100 步点击“开始仿真”按钮，等待仿真完成。仿真完成后，转到“输出设置”部分，点击“查看结果”
2026-02-06 22:38:53
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原创 细胞多尺度仿真软件：CellBlender_（1）.细胞多尺度仿真的基础概念
细胞几何结构的定义可以使用几何建模工具，如Blender。在CellBlender中，可以通过Blender界面来定义细胞的三维结构。代码示例# 导入Blender和CellBlender库import bpy# 创建细胞几何结构# 定义细胞内部结构# 将细胞和细胞核添加到CellBlender场景中。
2026-02-06 22:38:18
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（10）.案例研究与实践应用
首先，我们需要定义遗传算法的相关参数和函数。# 定义优化问题# 初始化工具箱# 定义评估函数# 运行仿真# 获取记录数据# 计算均方误差# 注册遗传算法操作通过本节的学习，我们了解了如何在PyNN中构建和优化复杂的神经网络模型。单个神经元模型的仿真：从简单的单个神经元模型开始，逐步扩展到复杂的神经网络模型，并展示了如何优化和验证这些模型。复杂神经网络模型的仿真：通过创建多个神经元群体并连接它们，构建了一个简单的神经网络模型，并使用记录器记录和分析网络活动。高级应用。
2026-02-06 22:37:37
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（9）.PyNN与其他仿真工具的接口
PyNN是一款强大的高级抽象层软件，用于细胞电生理仿真。它支持多种仿真工具，如NEST、NEURON和BRIAN，可以方便地在这些工具之间切换和进行仿真。此外，PyNN还提供了丰富的数据处理和可视化功能，支持多线程和分布式计算，以及与外部硬件和数据分析工具的接口。这些特性使得PyNN成为神经科学研究和开发的首选工具之一。通过本节的介绍，希望读者能够更好地理解PyNN的功能和使用方法，并能够在实际研究中充分利用其优势。
2026-02-06 22:37:03
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（8）.并行计算与大规模网络仿真
并行计算是现代科学计算的重要组成部分，特别是在大规模网络仿真的场景中。细胞电生理仿真软件如PyNN可以通过并行计算显著提高仿真速度和效率，从而能够处理更大规模的神经网络模型。本节将详细介绍如何在PyNN中实现并行计算，包括多核并行、分布式并行以及GPU加速等技术。
2026-02-06 22:36:29
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（7）.PyNN中的高级功能
PyNN允许您通过继承类来创建自定义的神经元模型。这使得您可以更灵活地模拟复杂的细胞行为。"""自定义的IF模型"""'cm': 1.0,'custom_param': 0.5, # 自定义参数"""将自定义参数翻译为模拟器特定的参数"""创建自定义神经元模型后，您可以在Population# 使用自定义神经元模型创建群体'cm': 1.0,# 初始化神经元状态PyNN还支持自定义突触类型，这可以通过继承类来实现。自定义突触类型可以模拟更复杂的突触动态。"""自定义的突触类型。
2026-02-06 22:35:52
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（6）.输出结果分析与可视化
通过上述步骤，我们可以有效地对PyNN仿真的结果进行分析和可视化。这些技术不仅帮助我们更好地理解模型的性能和神经元的电生理特性，还可以通过多种方式将结果展示和分享给其他研究者。未来的工作可以进一步探索更复杂的网络动态行为和高级分析方法，如深度学习和机器学习技术在神经元网络中的应用。同时，可以考虑将这些分析和可视化工具集成到更高级的软件平台中，以提高研究的效率和可重复性。
2026-02-06 22:35:22
44
原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（5）.刺激模式与输入信号
刺激模式与输入信号的设计在细胞电生理仿真中起着至关重要的作用。通过不同的刺激模式，可以研究细胞在各种条件下的电生理响应，从而更深入地理解细胞的生理机制和疾病过程。本文介绍了常见的刺激模式，包括恒定电流刺激、脉冲电流刺激、周期性电流刺激、随机电流刺激、非线性电流刺激和复合电流刺激，并提供了相应的代码示例。此外，还讨论了高级刺激模式如时变刺激和空间分布的刺激，以及如何进行优化和调整。希望这些内容能够帮助读者更好地进行电生理仿真研究。
2026-02-06 22:34:48
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（4）.仿真环境设置
在开始使用PyNN进行细胞电生理仿真之前，首先需要设置仿真环境。本节将详细介绍如何安装和配置PyNN仿真软件，以及如何选择和配置不同的神经仿真后端。通过本节的学习，您将能够顺利地在自己的计算机上搭建起一个功能完备的PyNN仿真环境。
2026-02-06 22:34:17
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（3）.网络模型的构建与仿真
通过上述示例，我们详细介绍了如何使用PyNN构建和仿真神经网络模型。从网络拓扑结构的定义到连接模式的选择，再到刺激输入的设置和仿真结果的分析，PyNN提供了一个完整的工作流程。通过这些工具，研究者可以探索神经网络的复杂行为，为理解大脑功能提供有力的支持。
2026-02-06 22:33:46
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原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（2）.神经元模型的构建
PyNN 允许用户构建自定义的神经元模型，以满足特定的研究需求。自定义模型可以通过定义一个新的CellType类来实现。假设我们需要构建一个包含额外离子通道的自定义模型。我们可以通过继承来定义新的模型类。'tau_m': 20.0, # 膜时间常数'cm': 1.0, # 膜电容'v_rest': -65.0, # 静息膜电位'v_reset': -65.0, # 复位电位'v_thresh': -50.0, # 发放阈值'tau_syn_E': 5.0, # 兴奋性突触的时间常数。
2026-02-06 22:33:12
45
原创 细胞电生理仿真软件：PyNN_（1）.PyNN基础与安装
在PyNN中，模型定义是通过创建神经元和突触类型来实现的。神经元类型定义了神经元的动态特性，例如膜电位的变化和放电行为。突触类型定义了神经元之间的连接方式和突触传递的机制。这些模型可以通过PyNN的内置函数或自定义参数来创建。# 创建两个神经元群体# 定义突触连接，使用AllToAllConnector连接所有前群体神经元到后群体神经元# 打印连接信息PyNN允许用户自定义神经元类型，以便更灵活地模拟特定的神经元行为。# 定义自定义神经元类型。
2026-02-06 22:32:40
130
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（21）.未来发展方向与新技术
随着生物医学和计算科学的不断发展，细胞电生理仿真软件领域的未来发展方向和技术创新也日益受到关注。本节将探讨一些最新的技术趋势和未来可能的发展方向，以及如何在现有的仿真软件基础上进行二次开发，以适应这些新的需求和技术进步。
2026-02-06 22:32:05
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原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（20）.NEURON的应用领域与研究案例
在细胞电生理仿真软件领域，NEURON是一个强大的工具，广泛应用于神经科学和生物物理学的研究中。本节将详细介绍NEURON在不同应用领域的具体研究案例，包括但不限于神经元建模、突触传递、神经网络仿真等方面。通过这些案例，读者可以更好地理解NEURON的强大功能和灵活性，并学习如何在实际研究中应用这些功能。
2026-02-06 22:31:00
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原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（19）.NEURON与其他生物模拟软件的互操作性
为了充分利用这些工具的优势，实现更复杂和综合的仿真模型，NEURON 提供了与其他软件的互操作性功能。这个例子中，我们创建了一个 MOOSE 模型，读取了 NEURON 生成的电压数据，并根据电压数据动态调整酶的催化常数。这个例子中，我们从 NEUROML 文件中读取了一个简单的神经元模型，并将其转换为 NEURON 模型。然后，我们插入了相应的通道并运行仿真。假设我们需要在 NEURON 中创建一个神经元模型，并在 MOOSE 中创建一个代谢模型，然后联合运行这两个模型以研究神经元活动对代谢的影响。
2026-02-05 08:20:21
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1
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（18）.Python与NEURON的集成使用
通过将Python与NEURON集成，我们可以实现更复杂和高级的神经元仿真功能。Python的强大库和工具使得模型的构建、参数优化、参数扫描、高级可视化和高级控制变得简单而高效。希望本节的内容能够帮助你更好地利用Python和NEURON进行神经科学的研究和探索。
2026-02-05 08:19:51
221
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（17）.NEURON图形界面操作
NEURON 的图形界面提供了丰富的工具和直观的操作方式，使您能够轻松地构建、调整和分析神经元模型。通过上述步骤，您可以快速上手并进行高效的仿真工作。希望这些内容对您有所帮助，祝您在神经元建模和仿真中取得成功！
2026-02-05 08:19:21
267
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（16）.并行计算与大规模网络仿真
在细胞电生理仿真领域，特别是在使用NEURON进行大规模网络仿真时，传统的单线程计算方法往往无法满足复杂网络模型的计算需求。主进程（rank 0）负责协调所有进程的仿真任务，并收集最终的仿真结果。NEURON支持MPI，可以通过MPI将计算任务分配到多个计算节点上，实现大规模神经网络模型的并行仿真。通过MPI，主进程负责协调所有进程的仿真任务，并收集最终的仿真结果。通过MPI，主进程负责协调所有进程的仿真任务，并收集最终的仿真结果。通过MPI，主进程负责协调所有进程的仿真任务，并收集最终的仿真结果。
2026-02-05 08:18:34
124
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（15）.NEURON中常用的数据分析方法
在使用NEURON进行细胞电生理仿真时，数据分析是至关重要的一环。通过本文介绍的读取和处理仿真数据、基本统计分析方法、数据可视化、高级数据分析方法、数据拟合和模型验证，以及自动化和批量处理技术，我们可以更高效地提取和理解仿真结果中的生物学信息。遵循最佳实践，如数据预处理和管理，可以进一步提高数据分析的准确性和可靠性。希望这些方法和技巧能够帮助你在电生理仿真中取得更好的成果。
2026-02-05 08:17:58
113
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（14）.实验数据的拟合与验证
在细胞电生理仿真软件中，实验数据的拟合与验证是确保模型准确性和可靠性的关键步骤。通过拟合实验数据，我们可以调整模型参数，使其更好地反映实际生物系统的电生理特性。验证则是在拟合之后，通过其他实验数据或已知的生理学规律来测试模型的预测能力。本节将详细介绍如何使用NEURON进行实验数据的拟合与验证，包括数据导入、参数调整、模型验证等具体步骤。
2026-02-05 08:17:28
114
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（13）.模型优化与参数调整
参数调整是细胞电生理仿真中非常重要的一步，它直接影响到模型的仿真效果和可靠性。通过手动调整、敏感性分析和优化算法，我们可以逐步提高模型的性能。手动调整适用于参数数量较少且模型结构简单的场合，敏感性分析可以帮助我们确定哪些参数对模型输出最为敏感，而优化算法则可以通过自动化的方式找到最佳参数值，提高参数调整的效率和准确性。在实际应用中，根据模型的复杂度和需求选择合适的参数调整方法是非常关键的。
2026-02-05 08:16:57
125
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（12）.高级建模技巧
在NEURON中，您可以使用MOD文件来定义自定义通道。MOD文件是用NMODL语言编写的，用于描述通道的动力学和电流。除了自定义通道，NEURON还支持自定义离子。自定义离子的定义方式与自定义通道类似，但需要额外指定离子的浓度和电导。在NEURON中，您可以使用Python脚本定义复杂的网络结构。网络结构通常包括多个神经元节段及其连接方式。# 创建神经元节段# 创建多个神经元# 连接神经元# 运行仿真h.run()通过上述章节的介绍，我们已经探讨了NEURON中的一些高级建模技巧。
2026-02-05 08:16:22
130
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（11）.神经网络仿真的案例分析
通过上述几个案例，我们展示了如何在NEURON中构建和仿真不同类型的神经网络模型。从简单的前馈神经网络到复杂的多层神经网络，每种模型都有其特定的用途和特点。这些案例不仅帮助我们理解神经元之间的基本信号传递机制，还展示了如何利用NEURON进行更复杂的神经网络仿真，为研究大脑功能和神经科学提供了强大的工具。
2026-02-05 08:15:44
90
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（10）.单个神经元的仿真案例分析
首先，我们需要定义神经元的几何结构。# 导入NEURON模块 from neuron import h # 创建一个神经元隔室 soma = h . Section(name = 'soma') # 设置隔室的长度和直径 soma . L = 20 # 长度为20微米 soma . diam = 20 # 直径为20微米假设我们要构建一个包含胞体和树突的多隔室神经元模型。# 创建胞体隔室# 创建树突隔室# 连接胞体和树突NEURON允许用户自定义离子通道，以模拟特定的电生理特性。
2026-02-05 08:15:13
94
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（9）.神经网络模型的构建
定义神经元是构建神经网络模型的第一步。NEURON允许用户通过多种方式定义神经元，包括使用内置的神经元类型和自定义神经元类型。以下是一个简单的例子，展示如何定义一个自定义的神经元模型。# 导入NEURON模块# 定义一个神经元段# 创建一个段# 设置段的生物物理属性self.soma.L = 100 # 长度为100微米self.soma.diam = 50 # 直径为50微米self.soma.nseg = 1 # 将段分成1个部分。
2026-02-05 08:14:42
225
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（8）.突触传导机制的模拟
在细胞电生理仿真软件中，模拟突触传导机制是理解神经网络功能和行为的关键步骤之一。突触是神经元之间传递信息的主要结构，通过突触传导机制的模拟，我们可以研究不同类型的突触在神经网络中的作用，以及它们如何影响神经元的活动模式。
2026-02-05 08:14:10
334
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（7）.离子浓度动态变化的模拟
在NEURON中，用户可以通过自定义离子浓度动态变化方程来实现更复杂的仿真。例如，自定义一个钙离子的动态变化方程，考虑钙离子的流入、流出和扩散。以下是一个示例，展示了如何在 soma 段和 dend 段中自定义钙离子的动态变化方程。# 创建一个 soma 段# 创建一个 dend 段# 连接 soma 和 dend# 自定义一个钙离子动态变化机制# 钙离子的流入和流出# 钙离子的扩散if i > 0:# 创建自定义机制实例# 设置初始离子浓度。
2026-02-05 08:13:32
287
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（6）.电压门控与配体门控通道模拟
门控变量通常表示为mmm和hhh，分别代表激活和失活。dmdtαm1−m−βmmdtdmαm1−m−βmmdhdtαh1−h−βhhdtdhαh1−h−βhh其中，α\alphaα和β\betaβ是电压依赖的速率常数。在NEURON中，通道动力学通常通过NMODL（NEURON Modeling Language）文件来定义。
2026-02-05 08:12:49
315
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（5）.神经元形态结构的创建
创建区后，可以定义区的各种属性，如长度、直径和电阻等。这些属性对于模拟神经元的电生理特性至关重要。# 定义区的属性soma.L = 20 # 长度（微米）soma.diam = 20 # 直径（微米）soma.Ra = 120 # 轴向电阻（欧姆·厘米）soma.cm = 1 # 膜电容（微法/平方厘米）在神经元的仿真中，膜通道和离子电流是关键的组成部分。NEURON提供了多种膜通道和离子电流的机制，用户可以通过插入这些机制来定义区的电生理特性。
2026-02-05 08:12:17
415
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（4）.细胞膜与通道模型的构建
在NEURON中，细胞膜是通过定义段（segments）来实现的。每个段代表细胞膜的一部分，可以包含多个离子通道和其他膜特性。首先，需要创建一个细胞模型，并定义其段。除了内置的离子通道模型，NEURON还允许用户自定义离子通道模型。这通常通过编写NMODL（NEURON MODL）文件来实现。编译完成后，可以在NEURON中插入并使用自定义的钙通道。# 插入自定义的钙通道soma.gbar_ca = 0.003 # 钙通道的最大电导（西门子/平方厘米）
2026-02-05 08:11:12
400
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（3）.基础语法与编程环境
通过本章的学习，您应该已经掌握了 NEURON 的基本安装和配置方法，了解了 Hoc 和 Python 语言在 NEURON 中的基本语法，熟悉了 NEURON 的编程环境和仿真控制，掌握了输入输出操作，以及初步了解了调试和错误处理的方法。这些基础知识将为后续的高级仿真和模型构建打下坚实的基础。
2026-02-05 08:10:09
467
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（2）.安装与配置NEURON
在开始安装和配置NEURON之前，需要确保您的计算机系统满足基本的硬件和软件要求。NEURON是一款强大的细胞电生理仿真软件，适用于多种操作系统，包括Windows、MacOS和Linux。
2026-02-05 08:09:39
518
原创 细胞电生理仿真软件：NEURON_（1）.NEURON软件概述
导入 NEURON 模块# 创建一个神经元隔室（Section）# 定义隔室的生物物理属性soma.L = 20 # 长度，单位：微米soma.diam = 20 # 直径，单位：微米soma.nseg = 1 # 分段数soma.insert('hh') # 插入 Hodgkin-Huxley 模型# 设置初始条件h.v_init = -65 # 静息电位，单位：毫伏# 创建电压记录器# 创建时间记录器# 设置仿真参数h.tstop = 200 # 仿真时间，单位：毫秒。
2026-02-05 08:09:08
526
原创 细胞电生理仿真软件：MOOSEall
MOOSE（Multiscale Object-Oriented Simulation Environment）是一种强大的细胞电生理仿真软件，旨在为研究人员提供一个高效、灵活的平台，用于模拟和分析细胞内的电生理过程。MOOSE支持多种生物模型，包括离子通道、代谢网络、信号传导路径等。它采用了模块化的设计思想，使得用户可以根据需要自定义和扩展模型。MOOSE还提供了丰富的可视化工具和数据分析功能，帮助用户更好地理解和展示仿真结果。MOOSE允许用户创建自定义的离子通道模型。
2026-02-05 08:07:44
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