FVCOM工具

最新推荐文章于 2024-06-21 14:26:34 发布

CHEN_BR

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分类专栏： FVCOM

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工具类

VisIt-一个免费的交互式并行可视化和图形分析工具，用于在Unix和PC平台上查看科学数据
fvcom- toolbox-用于生成FVCOM输入文件和处理输出文件的MATLAB工具箱
SMS-专有的Windows软件，可生成用于FVCOM的非结构化网格
PyFVCOM -Python中不断增长的工具箱，用于读取FVCOM模型输出并执行FVCOM后处理
PySeidon-一个Python后处理库，它执行FVCOM输出的许多分析（例如谐波分析）。
MATLAB -密谋FVCOM输出的例子MATLAB脚本

1. 原始的fvcom工具箱

https://github.com/GeoffCowles/fvcom-toolbox

包含用于为FVCOM 3.1.0版和更高版本生成输入文件的工具。以前的版本（例如2.7.x）仅使用ASCII输入文件，而版本3.1.0和更高版本则移至NetCDF以获取某些（通常是较大的）输入。

修改（并积极开发）的fvcom-toolbox

https://gitlab.ecosystem-modelling.pml.ac.uk/fvcom/fvcom-toolbox.git

上述工具箱的分叉版本，用于添加新工具并改进现有工具。增加了对从多种来源生成强制文件的支持，并修复了输入文件格式中的许多错误。

2. SMS

http://www.aquaveo.com/sms

可用于生成在FVCOM中使用的高质量非结构化网格的工具。SMS输出必须进行后处理以符合FVCOM所需的输入格式，尽管由于SMS和FVCOM都将非结构化的网格数据存储在ASCII文件中，所以转换非常简单。

SMS还可以用于将散射数据（具有不同的优先级）内插到非结构化网格上，以在每个网格节点上生成所需的深度值。

3. PyFVCOM

各种工具的集合，可用于从FVCOM提取，分析和绘制输入和输出文件。

从哪里获得

PyFVCOM最容易通过pip安装：

pip install PyFVCOM

另外，您可以从PML或GitHub下载并手动安装。

它能做什么

该存储库包含Jupyter（iPython）笔记本，其中显示了如何读取FVCOM数据和处理输出。

笔记本中显示了读取和绘制数据的图示

下面的示例图显示了来自FVCOM的潮汐椭圆与来自POLPRED的潮汐椭圆相比。

4. PySeidon

PySeidon可从GitHub获得：https : //github.com/GrumpyNounours/PySeidon

项目介绍

该项目旨在通过设置专用服务器和开发基于Python的软件包来满足EcoEII联盟的多个目标。这个项目可以看作是两个折叠的。一方面，它旨在通过简单的客户端协议为EcoEII联盟的所有合作伙伴增强数据可访问性。另一方面，它旨在开发标准化的数字工具箱，向EcoEII合作伙伴收集针对测量和模拟数据（FVCOM模型）的特定分析功能。
此外，该项目是将多年来积累的各种脚本和程序包传输到Python中的理想机会。这些脚本和程序包已被潮汐能社区广泛使用了十多年。本文档的“贡献者”部分仅是为了承认那些或多或少间接参与了此工具箱开发工作的人们的工作。我们有意识地站在众多巨人的肩膀上……因此，如果我们忘记其中一个，请原谅我们。
当前的程序包仍在开发中，因此反馈越多越好。

安装

水动力模型：

该软件包主要是为后处理FVCOM输出而开发和设计的。可以从这里下载FVCOM 。

要求和安装指南：

按照说明在计算机上使用IOOS通道设置Anaconda 。
从Anaconda命令提示符键入conda install pyseidon。
……你们都准备好了。

依存关系：

尽管它们应该在安装过程中自动解决，但是此软件包依赖于以下依赖关系：

手动安装：

如果您需要手动安装软件包，请使用以下步骤：

步骤1a：下载PySeidon软件包，将其保存在计算机上并解压缩
步骤1b：或克隆存储库
步骤2：从外壳程序，更改目录到PySeidon-master文件夹
第3步：从外壳程序中，以超级用户/管理员的身份键入python setup.py install或python setup.py install --user
最后，为了测试安装，请输入from pyseidon import *iPython shell。

正在更新：

该代码将随着时间的推移而发展和改进。要更新，只需再次执行安装过程即可。

建议：

这些教程和程序包功能已设计为可在IPython shell中使用：可以从此处下载IPython。

文献资料

包的文档可以在这里找到

讲解

联络人

项目负责人：Richard Karsten
仓库管理员和软件开发经理：Thomas Roc
主要开发商：Thomas Roc，Jonathan Smith，Wesley Bowman，Kody Crowell

贡献者

理查德·卡斯滕博士
艾丹·巴拉斯
米切尔·奥弗莱厄蒂·斯普劳尔
罗比·亨尼加（Robie Hennigar）
乔尔·库利纳博士
贾斯汀·麦克米兰
Brian Polagye博士
Kristen Thyng博士
该IOOS组 ...

5. Karen Amoudry's Matlab plotting script

如何在Matlab中绘制非结构化数据的问题已经提出了好几次。下面的脚本是我绘制FVCOM输出，在节点和元素上定义的变量的解决方案。

 % Basic recipe for plotting FVCOM output
    %
    % Karen Amoudry, NOC Liverpool
 
    % Where is the NetCDF file located?
    fname = 'FVCOM_OUTPUT.nc';     % YOUR FILE NAME HERE
 
    floc = '/FVCOM/output/location/';   % YOUR FILE LOCATION HERE
 
    %% Read in the NetCDF data
    lon=ncread([floc,fname],'x');   % longitude
    lat=ncread([floc,fname],'y');   % latitude
    zeta=ncread([floc,fname],'zeta'); % zeta
    tri=ncread([floc,fname],'nv');    % element-node index
 
    %% Plotting data defined at the nodes
    % Use trisurf if variable is defined at the nodes
    figure;trisurf(tri,lon,lat,zeta(:,end),'EdgeColor','none') % plot the trisurf
    % Options:  'FaceColor','flat' gives a blocky plot, one colour per triangle
    %           'FaceColor','interp' gives a smoother, interpolated plot
 
    %% Plotting data defined at the elements
    % Use patch if variable is defined at the element centre
    figure;patch('Faces',tri,'Vertices',[lon lat],'FaceColor','flat',...
         'FaceVertexCData',u(:,1,end),'CDataMapping','scaled','EdgeColor','none') % plot the patch
 
    %% Make the plot look nicer for easy viewing
    xlimits=get(gca,'XLim');    % get the x/y/z limits to move the camera
    ylimits=get(gca,'yLim');
    zlimits=get(gca,'zLim');
    xcam=((xlimits(2)-xlimits(1))./2)+xlimits(1);   % find the centre coords for the camera
    ycam=((ylimits(2)-ylimits(1))./2)+ylimits(1);
    zcam=((zlimits(2)-zlimits(1))./2)+zlimits(1);
    set(gca,'CameraPosition',[xcam,ycam,zlimits(2)],'CameraTarget',[xcam,ycam,zcam])
        % move the camera to the centre of the plot (effectively makes plot 2D)
 
    axis equal  % fix the axes
    xlim(xlimits)
    ylim(ylimits)
    zlim(zlimits)
 
    colorbar

CHEN_BR

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