Ubuntu系统搭建SU2计算环境

前不久由于教研室科研项目需要接触了SU2这个软件，在教研室服务器上配置环境也是踩了不少的坑，现在把配置SU2环境的过程记录一下，避免以后踩坑的同时也算作一个分享吧。

首先要说明，SU2计算环境分为单核和多核并行两种（SU2官网称为Simple Build和Parallel Build）。对于Simple Build，仅需要安装SU2即可；如果想要加快计算速度，就需要用到Parallel Build，此时就需要额外安装一个支持并行计算的工具，MPI。但MPI并不是特定的一个软件，而是一套标准，它有多个实现的版本，就像Linux有Ubuntu，CentOS等等版本一样。

值得注意的一点，Parallel Build并不是在Simple Build基础上增加并行计算功能，所以，若系统中已有使用Simple Build安装的SU2，当后续需要并行计算功能时，应先将Simple Build安装的SU2删除，再进行Parallel Build安装，否则将出现虽然成功安装并行计算环境，并行也能运行，但并行计算比串行还慢的情况。

准备工作一：下载SU2和MPI的源码

由于我的研究项目要用到并行计算的功能，所以还需要下载安装MPI，读者可以根据自己的需要选择是否安装MPI。

下载SU2

在SU2的官网下载SU2的最新版源码：
SU2官网首页
SU2下载页
下载页截图如下

下拉可以看到官网提供了支持多种系统的多种格式SU2下载

这里选择下载源码编译安装，由于使用的是Ubuntu Linux系统，所以选择 .tar.gz 格式下载。

下载OpenMPI

前面提到过MPI有多个版本的实现，这里我选择的是OpenMPI
OpenMPI下载页

选择最新的4.0.2版本 .tar.gz 格式下载
下载好的两个文件如下

准备工作二：安装系统依赖环境

在SU2和MPI源码的编译过程需要用到一些依赖工具，如m4，automake，autoconf等，所以要先对这些包进行安装

sudo apt install m4
sudo apt install automake
sudo apt install autoconf

以上依赖包安装完成后即可正式开始安装SU2

安装SU2之一：Simple Build

再次强调，Simple Build仅适用于安装单核计算环境，如果需要多核并行计算，参看后面的Parallel Build安装。

一定不要在安装好了Simple Build之后直接进行Parallel Build，否则将会出现如前所述的多核慢于单核的情况。

好了，来看如何进行SU2的安装
首先将下载的SU2源码放在一个你喜欢的路径下，我的就直接放在用户主目录的 Downloads 下面了

解压SU2源码，并进入解压后的目录

tar -zxvf SU2-6.2.0.tar.gz
cd SU2-6.2.0/

SU2源码目录结构如下：

依次执行

./bootstrap
./configure --prefix=/usr/local/SU2-6.2.0-install

第二条命令中的 --prefix 参数是我指定的SU2的安装目录，你也可以将其改为你自己希望将SU2安装到的目录，或者直接将 --prefix 省略。但是强烈建议加上此参数指定一个专门的安装路径，因为省略 --prefix 后系统会默认将其安装到 /usr/local/bin 路径下，当安装的软件多了之后这个目录会相当的混乱。

我在执行第二条 ./configure 命令的时候遇到如下的一个错误

谷歌前人经验，解决方法如下

pip install python-config    //如果没有安装pip那么要先 sudo apt install python-pip

解决后继续执行

./configure --prefix=/usr/local/SU2-6.2.0-install

命令执行完成后会在terminal中输出这样一段关于添加环境变量的信息

按照它的提示在 .bashrc 文件中添加上以上几行信息，注意将路径换成你自己的安装路径

vim ~/.bashrc
source ~/.bashrc    //使刚刚添加的环境变量生效

接下来执行

sudo make
sudo make install

如果你的CPU是多核的，那么你可以用下面这条命令替代以上两条，以加快编译速度

sudo make -j 4 install  //我的cpu是4核所以指定4，这里可以将4改为你的cpu核数

不清楚CPU是不是多核的可以这样查看系统CPU个数和每个CPU的核数：

cat /proc/cpuinfo |grep "physical id"|sort |uniq|wc -l    //查看物理CPU个数
cat /proc/cpuinfo |grep "cores"|uniq    //查看每个CPU的物理核数

到此Simple Build完成

安装SU2之二：Parallel Build

Parallel Build：安装OpenMPI

由于在Parallel安装SU2的时候需要在命令中指定openMPI的安装路径，所以需要先安装openMPI再安装SU2

第一步，还是解压源码并进入源码目录

tar -zxvf openmpi-4.0.2.tar.gz
cd openmpi-4.0.2/

openMPI源码目录结构：

执行

./configure --prefix=/usr/local/openmpi-4.0.2-install
sudo make
sudo make install    //make和make install两条仍然可以用sudo make -j 4 install替代

在 .bashrc 文件中添加环境变量，注意将路径替换为你自己的安装路径

export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi-4.0.2-install/bin
exprot LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi-4.0.2-install/lib

保存 .bashrc 文件后执行 source ~/.bashrc 使环境变量生效
测试openMPI是否安装成功：

如上图，有正常的输出未报错即为安装成功。

Parallel Build：安装SU2

解压SU2源码，进入源码目录

tar -zxvf SU2-6.2.0.tar.gz
cd SU2-6.2.0/

执行

./bootstrap

下一步执行

./configure --prefix=/usr/local/SU2-6.2.0-install CXXFLAGS="-O3" --enable-mpi --with-cc=/usr/local/openmpi-4.0.2-install/bin/mpicc --with-cxx=/usr/local/openmpi-4.0.2-install/bin/mpicxx

这条命令非常长，建议复制到文本编辑器中，把路径改成你自己的路径，确认无误后再复制到terminal中执行，否则很容易因为敲错命令导致执行出错
接下来

sudo make
sudo make install    //make和make install两条仍然可以用sudo make -j 4 install替代

等待命令执行完毕，Parallel Build完成