BODIPY 530/550 染料是明亮的橙色荧光染料。它具有高消光系数和荧光量子产率，对溶剂极性和 pH 值变化相对不敏感。与高水溶性荧光基团 Alexa Fluor 488 染料和荧光素 (FITC) 不同，BODIPY 染料具有独特的疏水性，适用于染色脂质、膜和其他亲脂性化合物。BODIPY 530/550 染料具有相对较长的激发状态寿命（通常为 5 纳秒或更长），可用于基于荧光偏振的测定以及多光子激发的大型双光子截面。除反应性染料配方外，BODIPY 530/550 染料还可与多种抗体、肽、蛋白、示踪剂和扩增底物偶联并且针对细胞标记和检测进行优化。
BODIPY 530/550 的 NHS 酯（或琥珀酰亚胺酯）是将该染料与蛋白或抗体偶联的最常用工具。NHS 酯可用于标记蛋白的伯胺 (R-NH2)、胺修饰的寡核苷酸和其他含胺分子。由此产生的 BODIPY 530/550 偶联物表现出明亮荧光、窄发射带宽和相对较长的激发状态寿命，可用于荧光偏振测定和双光子激发 (TPE) 显微镜检查。
该反应性染料在荧光基团与 NHS 酯基团之间存在一个 C3 烷基间隔。该间隔有助于将荧光基团与连接点分离，可能减少荧光基团和其偶联的生物分子的相互作用。
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