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RSS订阅原创 HMMER使用
对hmm文件建库hmmpress [options] hmmfilehmmscan [options] hmmdb seqfile
2019-11-02 13:38:30
3359
原创 使用python 对网页上的数据进行爬取
f=open('wangye0.txt','r',encoding='utf-8')k=open('seq0.txt','w')seq_list=[]for line in f: if '<TD vAlign=center align=left width="55%" bgcolor="#FFFFFF"> <a name="target_seque...
2019-10-23 20:20:28
537
原创 biosequence analysis using profile hidden Markov models（使用隐马尔可夫模型分析序列）
官方网址下载工具后，按照网站上提供的文件来安装HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidde...
2019-10-23 18:04:39
555
原创 clustalo（Ω）Linux的安装及最简单使用命令
sudo apt-get install clustalo#测试使用 which clustalo 得到反馈为相应路径即代表安装成功#下面是运行代码 通过 clustalo -h 查看帮助文档得出clustalo -i 多序列比对文件 -o 比对完文件的文件名 --outfmt=st #（这是一种格式 还有别的比对文件格式可以查看clustal的官方网站 ）这样就不会有4M大小和400...
2019-10-21 20:49:20
3488
原创 python玫瑰图
import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport stringimport mathx1=[np.pi*i/10 for i in range(1,21)]#这里要计算好角度问题，360°等于2pi，分成20份那就除以20.x2=np.pi*1/30#x2=[np.pi/15+np.pi*i/30 for i in ran...
2019-10-10 23:01:55
2563
原创 BioConductor 结决 没有"DESeqDataSetFromMatrix"这个函数
bioconductor 的安装与使用R Version 3.6https://bioconductor.org/install/if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(‘soft package’)dds &l...
2019-09-29 14:50:07
10018
原创 安装DESeq 艰辛~
##前提：系统：ubuntu 18.04 安装的R是3.4.4 版本 多次尝试安装DESeq 无果试过：install.packages(‘DESeq’)source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)biocLite(“DESeq”)以上两个方法都不行后来又尝试卸载 R 3.4.4 安装最新的3.6版本，进入官网找到清华的R 3.6 的...
2019-09-28 22:21:06
4720
空空如也
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