BioConductor 结决 没有"DESeqDataSetFromMatrix"这个函数

bioconductor 的安装与使用

R Version 3.6
https://bioconductor.org/install/

if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(‘soft package’)

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData, colData, design= ~ condition)
Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData, colData, design = ~condition) :
没有"DESeqDataSetFromMatrix"这个函数

出现上述错误后,直接安装bioconductor,通过Bio Manger::install(‘DESeq2’)
如果继续提示还有未安装上的包,继续使用这个安装包的命令安装相应的包。

library (‘DESeq2’)

显示成功后,我们继续进项dds 这个操作就可可以了

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Bioconductor的安装方式在R-3.5(Bioconductor-3.8)之后发生了变化。现在可以通过在CRAN上发布的BiocManager包来安装和管理Bioconductor的包。首先需要安装BiocManager包,可以使用以下命令:\[1\] ```R install.packages("BiocManager") ``` 然后可以使用BiocManager包来安装Bioconductor的包,例如: ```R BiocManager::install(c("GenomicRanges", "Organism.dplyr")) ``` 如果需要安装特定版本的BiocManager,可以使用以下命令:\[2\] ```R devtools::install_version(package='BiocManager', version='1.30.4') ``` 需要注意的是,Bioconductor和R是具有版本对应关系的,所以在安装之前需要确保所安装的Bioconductor版本与R版本匹配。可以在Bioconductor主页上查看与所使用的R版本匹配的Bioconductor版本。如果使用的是最新版R,则按照页面说明进行安装即可。\[3\] 总结起来,安装Bioconductor可以通过以下步骤进行: 1. 安装BiocManager包:`install.packages("BiocManager")` 2. 使用BiocManager包安装Bioconductor的包:`BiocManager::install(c("GenomicRanges", "Organism.dplyr"))` 3. 如果需要安装特定版本的BiocManager,可以使用devtools包:`devtools::install_version(package='BiocManager', version='1.30.4')` 希望对你有帮助! #### 引用[.reference_title] - *1* [Bioconductor 中的 R 包安装教程](https://blog.csdn.net/bioitee/article/details/120797945)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [R语言Bioconductor安装全流程](https://blog.csdn.net/TianzhouFeng/article/details/113488282)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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