DTI预处理及确定性纤维束追踪

最新推荐文章于 2024-07-15 17:32:42 发布
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分类专栏： DTI 文章标签： 经验分享
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本文链接：https://blog.csdn.net/Yuan_Rhea/article/details/122251680
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本文详细介绍了弥散张量成像（DTI）的基本概念及其在脑白质研究中的应用，讨论了DTI预处理步骤，包括涡流矫正、脑组织提取和弥散张量的局部拟合，生成相关参数如FA、MD等。接着阐述了确定性追踪（FACT）方法，依赖于FA和弥散强度进行纤维追踪，并提出了追踪的两个关键条件。最后提到了通过TrackVis检查追踪效果并调整参数。
摘要由CSDN通过智能技术生成

一、什么是DTI?

        弥散张量成像(DTI)是在弥散加权成像(DWI)基础上发展而来的一种新的磁共振成像技术，它主要利用大脑中水分子弥散信息来成像。弥散张量成像(DTI)是在弥散加权成像基础上发展而来的一种新的磁共振成像技术，可以定量的评价脑白质的各向异性。在此成像过程中，不只用单一或三个梯度方向脉冲，而至少需要施加6个非共线方向弥散敏感梯度。

        基于弥散张量成像的脑白质神经纤维追踪技术是目前可在活体无创地重建纤维的位移方法。准确、快捷的重建人类脑白质内的神经纤维，可以更好的了解一些临床疾病的机制，为脑部手术方案的选择、手术导航等针对性的治疗提供可靠的数据；也为人类认识功能、分析脑认知功能、揭示脑神经的传导机制提供可行的方法。

        弥散张量成像是指水分子弥散的各向异性、不均匀组织弥散特征。DWI只有ADC一个标量来描述弥散，只代表弥散梯度磁场施加方向上水分子的弥散特点，而不能完全，正确地评价不同组织各向异性的特点。

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Yuan_Rhea
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Mrtrix3---FACT--确定性纤维束追踪
xxx
09-23 645
【代码】Mrtrix3---FACT--确定性纤维束追踪。
使用FSL对DTI数据进行预处理
weixin_52073820的博客
05-28 3189
在fsl官网我们可以看到是同时使用了AP和PA图像处理，采用的是最小二乘法将2个图像合并为1个图像。–inindex此处需要处理的是PA图像，在acq_param.txt中我们是把这个放在第一行的，此处为1，如果处理的是AP图像，则此处为2。为了校正磁场引起的畸变，对DTI的B0像分别采集了A>P和P>A的反向编码的两种B0像。即如果AP和PA只有1个B0像时，那么这里就是两行，如果各有3个B0像则这里应该是6行。假设转换后的图像为sub01_AP.nii.gz和sub01_PA.nii.gz。
脑纤维束可视化软件教程-TrackVis
最新发布
Ricoxx的博客
07-15 575
TrackVis是一款多平台DTI数据处理软件，可以在Windows系统或Linux系统下使用，可用于计算计算纤维束走形和显示非常方便的软件。该软件由两个工具箱构成，Diffusion Toolkit用于计算DTI或HARDI数据以及常用的各参数，如ADC、FA、本征值等。TrackVis用于对计算出的神经纤维束显示和分析，可以手工画ROI或VOI也可以通过导入ROI或VOI进行纤维束追踪，并可分析通过ROI的纤维束数目及长度等信息。是目前比较好用的一款DTI数据处理软件，上手比较容易。
DTI及MRI数据预处理
qq_29477893的博客
11-09 3664
一 处理步骤 因为我多了一个去除小脑的步骤所以，首先有两个模板文件： 标准化空间模板是FSL自带的，在其安装路径中 标准小脑mask模板是需要软件wfu pickaltas,里面可以找到各种脑影像模板 ref="/home/wangcong/software/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz" # 标准化空间模板 mask_ref="/home/wangcong/ADNI_data/model/cerebellar_mask.nii" #标准小脑mas
DTI预处理和脑网络构建
dqy0123的博客
12-09 8492
DTI处理流程 DTI介绍 弥散张量成像(DTI)，是一种描述大脑结构的新方法，是核磁共振成像(MRI)的特殊形式。举例来说，如果说核磁共振成像是追踪水分子中的氢原子，那么弥散张量成像便是依据水分子移动方向制图。弥散张量成像图（呈现方式与以前的图像不同）可以揭示脑瘤如何影响神经细胞连接，引导医疗人员进行大脑手术。 弥散（diffusion）是指分子的随机不规则运动，是人体重要的生理活动，是体内...
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DTI预处理及概率性纤维束追踪
Yuan_Rhea的博客
01-04 4606
基于弥散张量成像的脑白质神经纤维追踪技术是目前可在活体无创地重建纤维的位移方法。准确、快捷的重建人类脑白质内的神经纤维，可以更好的了解一些临床疾病的机制，为脑部手术方案的选择、手术导航等针对性的治疗提供可靠的数据；也为人类认识功能、分析脑认知功能、揭示脑神经的传导机制提供可行的方法。 弥散张量成像是指水分子弥散的各向异性、不均匀组织弥散特征。DWI只有ADC一个标量来描述弥散，只代表弥散梯度磁场施加方向上水分子的弥散特点，而不能完全，正确地评价不同组织各向异性的特点。
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2. **跟踪纤维束**：AFQ支持各种追踪算法，如跟踪到阈值（tractography to threshold, TTT）、确定性追踪（deterministic tractography）和概率追踪（probabilistic tractography），如FACT、GREIT、ProbTrackX等，...
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在张量模型的基础上，使用跟踪算法（如确定性追踪），可以追踪出穿过白质区域的纤维路径。 ### 重要步骤的详细解释 1. **涡流和头动校正**：使用FSL中的Eddy工具进行涡流和头动校正，校正后的图像将用于后续的张量...
dtistudio神经纤维跟踪
11-01
神经纤维跟踪用于核磁共振影像的数据处理，弥散张量求纤维方向
核磁数据的DTI预处理步骤
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本资源为核磁数据分析，对核磁数据的DTI预处理，简单明了
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03-26
DTI数据预处理详细流程分步整理.pdf
DTI数据处理详细步骤TBSS
08-05
Detailed Steps for DTI Data Processing，FSL中DTI数据处理详细步骤TBSS
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m0_51644024的博客
03-19 4213
练习记录用FSL工具对DTI数据进行FDT预处理 本文是CSDN博主「txapples」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，原文链接：https://blog.csdn.net/txapples/article/details/108507685 本文只是作为个人学习笔记，增加了过程图 1.实验/编程目的： 使用FSL工具对DTI数据进行预处理，提取FA、MD等图像 2.训练/测试数据： 一个DTI图像数据 3.核心算法： 4.实现步骤/流程图： 1）压缩数据：首先可以用MRIcrom中的dc
DTI数据预处理及tbss的批处理代码
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05-31 1592
批处理代码 数据存放：DTI/sub01下存放sub01.nii.gz，sub01.bvec ，sub01.bval 脚本存放：FSL文件夹下如下代码 #!/bin/bash input='/Users/xiaoyanjia/Desktop/working/study/test_data/FSL/DTI' for i in `ls ${input}` do echo ${i} fslroi ${input}/${i}/${i}.nii ${input}/${i}/${i}_b0 0 -1 0 -1 0..
基于FSL的DTI数据预处理流程
zaza_zaza的博客
06-11 2万+
最近在学习处理DTI数据，总结了一份应用FSL做DTI数据预处理的流程与大家交流交流。如果有错误的地方欢迎大家指正！        我用的数据是Philips的数据，如果是GE或者西门子的数据可能会有所不同。   原始数据：包括3DT1数据和高分辨率DTI数据，均是dicom格式。 工具：MRICRON和FSL，所有的命令均在Linux的终端中运行。   1.格式转换：将后缀名为dcm
【图像分割】基于matlab扩散张量成像（DTI）脑白质纤维束成像【含Matlab源码 2174期】
订阅付费专栏（初级版），可赠送该付费专栏任意代码1份；
10-19 1066
扩散张量成像（DTI）脑白质纤维束成像 完整代码，直接运行，适合小白！可提供运行操作视频！
dti纤维束追踪可以测量adc和fa值吗
06-25
### 回答1： DTI纤维束追踪是一种通过扫描技术对人体或动物体内的神经纤维进行定位和测量的方法。ADC（Apparent Diffusion Coefficient，视扩散系数）和FA（Fractional Anisotropy，各向异性系数）是DTI扫描中常用的两个参数，可以反映不同病变条件下神经纤维的扩散状态和方向性。 因此，DTI纤维束追踪可以同时测量ADC和FA值。通过对ADC和FA值的计算和分析，可以对病变组织和正常组织的差异进行定量比较，从而判断病变范围、严重程度和预后情况。在临床诊断和治疗中，ADC和FA值的测量可以为医生提供更多有价值的信息，帮助他们制定更有效的治疗方案。因此，DTI纤维束追踪是一项非常重要的医学技术，对神经系统疾病的诊断和治疗有着非常重要的作用。 ### 回答2： DTI纤维束追踪是一种基于弥散张量成像（DTI）的成像技术，可以用于对脑内白质纤维束进行三维可视化和分析。DTI测定出的三个主轴（λ1，λ2和λ3）用于计算各向异性（FA）和弥散各向同性（ADC）。 DTI纤维束追踪的主要目的是确定白质纤维束的完整性和方向，但是它也提供了FA和ADC值。在DTI纤维束追踪过程中，我们需要指定种子区域并追踪出纤维束的路径。在追踪过程中，我们可以获得ADC和FA值的信息，这些信息可以用于进一步分析和比较。 因此，DTI纤维束追踪可以测量ADC和FA值。但需要注意的是，ADC和FA值的计算是与纤维束追踪有直接关系的，这意味着结果的准确性取决于追踪过程中对参数的选择。例如，选择不同的种子区域或参数值可能会导致ADC和FA值的不同结果。因此，DTI纤维束追踪需要谨慎选择参数并进行仔细校验，以确保结果的准确性。 ### 回答3： DTI纤维束追踪是一种通过测量磁共振成像图像中的水分子运动方向和量来确定神经纤维束连接情况的成像技术。DTI成像技术能够获得水分子的弥散加权成像（DWI），从而比常规MRI技术更好地显示微观结构上的纤维束。因此，DTI 纤维束追踪可以测量adc和fa值。 ADC (Apparent Diffusion Coefficient) 看来是扩散量度。扩散张量成像提供了三个方向的ADC值，可以通过DTI成像技术进行测量以进行临床分析和疾病诊断。FA (Fractional Anisotropy) 意味着线性各向异性的分数，是一项最广泛使用的DTI参数。FA值测量比较直接，指出了在一定的位置和方向上，水分子的弥散方向如何偏好，并且程度有多大。 在临床实践中，ADC和FA值通常作为评估脑部正常和异常结构的工具。例如，一些疾病可以通过FA值的降低来检测，例如多发性硬化症，帕金森病和阿尔茨海默症等。因此，DTI纤维束追踪是一种非常有用的神经组织成像技术，可以用于评估神经系统的正常和异常结构。
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