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原创 RNA-seq：KEGG富集分析

首先差异分析得到的数据框DEG没有ensembl id这一列，需要先用bitr函数把基因符号转换为ensembl id；转换完之后得到一个带有基因符号和ensembl id的数据框，此时需要单独将ensembl id这一列提取出来作为一个向量，添加到DEG数据框中，用于下一步的富集分析，由于不是所有的基因符号都能成功转换，所以在向DEG数据框添加ensembl id这一列的时候还需要额外填充NA值；输入数据为差异分析后得到的Rdata，我使用的是三大R包差异分析，随机选取了一个R包的分析结果作为输入数据。

2024-07-22 19:16:34 1162 1

原创 R语言报错：无法安装BSgenome包

因此安装Rtools（我使用的是官网安装，安装完成后记得把Rtools目录下的bin文件夹手动添加到环境变量中），同时更新了一下R的版本（注意更新之后记得把旧版本的文件夹删了），且Rtools和R的版本必须是相同匹配的。更新R版本，安装Rtools，使用本地安装的方法才成功安装该R包。使用如下该代码安装BSgenome等R包，一直安装失败。更新后重新运行，使用本地安装的方法，最后成功安装。

2024-07-15 18:59:14 1946

原创 R语言报错：在加载Rdata文件中产生“R session aborted”的报错

原因：由于生成Rdata文件时的R版本与当前的版本不同，其格式不再与当前R环境兼容，导致加载失败并中止R会话。解决方案：使用当前R版本重新生成Rdata文件即可解决。

2024-07-15 14:33:02 1554 1

空空如也

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