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原创 RNA-seq:KEGG富集分析
首先差异分析得到的数据框DEG没有ensembl id这一列,需要先用bitr函数把基因符号转换为ensembl id;转换完之后得到一个带有基因符号和ensembl id的数据框,此时需要单独将ensembl id这一列提取出来作为一个向量,添加到DEG数据框中,用于下一步的富集分析,由于不是所有的基因符号都能成功转换,所以在向DEG数据框添加ensembl id这一列的时候还需要额外填充NA值;输入数据为差异分析后得到的Rdata,我使用的是三大R包差异分析,随机选取了一个R包的分析结果作为输入数据。
2024-07-22 19:16:34
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原创 R语言报错:无法安装BSgenome包
因此安装Rtools(我使用的是官网安装,安装完成后记得把Rtools目录下的bin文件夹手动添加到环境变量中),同时更新了一下R的版本(注意更新之后记得把旧版本的文件夹删了),且Rtools和R的版本必须是相同匹配的。更新R版本,安装Rtools,使用本地安装的方法才成功安装该R包。使用如下该代码安装BSgenome等R包,一直安装失败。更新后重新运行,使用本地安装的方法,最后成功安装。
2024-07-15 18:59:14
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原创 R语言报错:在加载Rdata文件中产生“R session aborted”的报错
原因:由于生成Rdata文件时的R版本与当前的版本不同,其格式不再与当前R环境兼容,导致加载失败并中止R会话。解决方案:使用当前R版本重新生成Rdata文件即可解决。
2024-07-15 14:33:02
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空空如也
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