conda install pydca 过程中出现的问题

最新推荐文章于 2024-08-30 09:10:48 发布

Joke-er

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分类专栏：生物信息文章标签： ubuntu linux transformer

本文链接：https://blog.csdn.net/Zhao_knight/article/details/123834704

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1.安装pydca需要哪些依赖需要满足?

这是github 上pydca给出的依赖
github link

scipy==1.3.1
biopython==1.74
numpy>=1.13.3, <=1.15.4
llvmlite==0.30.0
numba==0.46.0
matplotlib==3.0.0
requests>=2.22.0

问题1.

如果仅仅是一些简单的包也就好说了，直接使用pypi网站给出的安装教程就行了
但是llvmlite这个包会出现大问题,问题如下。

(pydca) jianquanzhao@jianquanzhao:~$ pip install pydca
...
  ERROR: Command errored out with exit status 1:
...
  FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'llvm-config'
 ...
  RuntimeError: llvm-config failed executing, please point LLVM_CONFIG to the path for llvm-config

解决1.

那就按照说明进行指定

(pydca) usrname@hostname:~$ LLVM_CONFIG=/bin/llvm-config-8 pip install pydca

ok, it work

Successfully installed biopython-1.74 charset-normalizer-2.0.12 cycler-0.11.0 idna-3.3 kiwisolver-1.4.2 llvmlite-0.30.0 matplotlib-3.0.0 numba-0.46.0 numpy-1.15.4 pydca-1.23 pyparsing-3.0.7 python-dateutil-2.8.2 requests-2.27.1 scipy-1.3.1 six-1.16.0 urllib3-1.26.9
(pydca) username@hostname:~$ python 
Python 3.8.13 (default, Mar 28 2022, 11:38:47) 
[GCC 7.5.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pydca