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#下载拟南芥基因组信息#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/cds/Arabidopsis_thaliana.
2021-06-17 20:41:48
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原创 Best Linear Unbiased Prediction of Maize Single-Cross Performance
文章目录数据分析数据分析对每个杂种优势模式分别进行数据分析，以便很好地确定估计遗传方差和确定杂种之间协方差所必需的概念基础群体(Stuber和Cockerham，1966)。假设单交由1组的1个自交系和2组的2个自交系组成。在不同的产量试验中，对单交种和nc检验杂种进行了评价，得出p个总数据点。在单交叉预测的混合模型方程中，假设可忽略上位性的线性模型是：y=Xβ+Z0c+Z1g1+Z2g2+Zd+ey=X\beta+Z_0c+Z_1g_1+Z_2g_2+Zd+ey=Xβ+Z0c+Z1g1+Z2
2021-05-11 19:16:02
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原创 表型数据的统计分析
Training population对于训练群体，分别分析了DP1和DP2数据集，并跨数据集和环境进行了合并。对于每个数据集，分别在每个环境(位点-年份)中进行分析，并在所有环境中组合进行分析。分别用于单个环境和组合环境的方差分析的线性混合模型的形式如下：yijk=μ+Gi+Rj+Bjk+ϵijk(1) y_{ijk}=\mu+G_i+R_j+B_{jk}+\epsilon_{ijk}\qquad(1)yijk=μ+Gi+Rj+Bjk+ϵijk(1)yijkl=μ+Gi+Rjl+Bjkl+
2021-04-19 09:58:10
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原创 常见生信文件格式
常见生信文件格式.map文件Example.map文件map格式的文件，主要是图谱文件信息，主要包括染色体名称，所在的染色体和所在染色体的坐标染色体编号（1-22，未知为0）SNP名字（字符或数字），如果不重要也可以自己重新编号，但要和bed文件SNP列一一对应染色体的摩尔位置（可以为0）SNP的物理坐标Example```bashmkdirmkdir...
2021-03-30 19:52:29
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原创 下载GSA文件
下载GSA文件获取GSA项目号获取CRA号下载数据获取GSA项目号因为想要复现一篇GWAS的文章，但是其数据上传到了GSA数据框。于是我就去查了一下GSA数据库的相关知识。GSA (Genome Sequence Archive)是2015年底，中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库。数据模型和数据格式遵照INSDC标准，在功能上等同于NCBI的SRA，EBI的ENA和DDBJ的DRA。想要下载GSA上的数据，首先要先去论文中找到数据的项目号（CRA000167）获取C
2021-03-30 17:37:05
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翻译 GAPIT输入文件
GAPIT输入文件1、输入文件1.1 总览1.2 表型数据1.3 基因型数据1.3.1 Hapmap格式1.3.2 数字格式1.4 kinship1.5 协变量1.6 按文件名导入基因型1、输入文件1.1 总览ParameterDefaultoptionsDescriptionYNULL（空值）User表型KINULL（空值）User亲缘关系矩阵CVNULL（空值）User协变量GNULL（空值）User基因型数据（Hapmap格式）
2021-03-30 09:56:23
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空空如也
空空如也
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