lietobrain's blog

rlang是一个开源的包，可以在github上找得到最新的包，之前使用都没没有0.4.6版本，但是github上却有最新包。最新版本正经官网在此：rlang通常的方法下载rlanginstall.packagesinstall.packages("rlang")BiocManager::installBiocManager::install("rlang")当然github有时候会对一些人来说慢一些，但是直接下载rlang是最容易的一种方式。这里介绍一些对小白来说比较通用的方法下载r

通过R命令查找R路径.libPaths()通过R命令查找R已安装的包、版本、路径installed.packages()[,c('Package','Version','LibPath')]查看已经加载的包(.packages())使用R studio的配置查看R包路径有时候忘了命令怎么写，不知道library的路径在哪里，可以看RStudio的Tools-Global Option-General- R version，举例如下...

错误场景在下载某些包 的时候，遇到了Permission denied的问题错误如下：In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :problem copying D:\Programme\R\R-3.6.1\R-3.6.1\library\00LOCK\rlang\libs\x64\rlang.dll to D:\Programme\R\R-3.6.1\R-3.6.1\library\rlang\libs\x64\rlang.dll: Permis

错误场景在进行TCGA-GBM数据下载时候，发生了锁竞争？错误如下：Error in unpackPkgZip(foundpkgs[okp, 2L], foundpkgs[okp, 1L], lib, libs_only, :ERROR: failed to lock directory ‘D:\Programme\R\R-3.6.1\library’ for modifyingTry removing ‘D:\Programme\R\R-3.6.1\library/00LOCK’unlink

读取数据操作路径setwd('path') # 设置当前路径getwd() # 查看当前目录# 举例：# macsetwd('/Users/Tom/R')# windowssetwd('C:/Users/Tom/Destop/R')加载与操作工具包library(survival) # 加载survival工具包biocLite('pa...

title: R语言的基础学习date: 2018-11-22 22:45:19tags:- R语言又来翻之前的笔记啦，这里是一些R语言的基础知识，将会分为几篇，接下来再慢慢更新吧发现之前的笔记还是简单了一些，这里也做了一些补充~ 通俗易懂，赶紧学起来吧~如果感觉对你有帮助，可以关注：专栏-生物信息学-小白成长记R语言学习系列R语言-0基础学习1-数据结构R语言-0基础学习2...

title: R语言的基础学习date: 2018-11-22 22:45:19tags:- R语言又来翻之前的笔记啦，这里是一些R语言的基础知识，将会分为几篇，接下来再慢慢更新吧发现之前的笔记还是简单了一些，这里也做了一些补充~ 通俗易懂，赶紧学起来吧~如果感觉对你有帮助，可以关注：专栏-生物信息学-小白成长记R语言学习系列R语言-0基础学习1-数据结构构建子集获取预处理...

title: R语言的基础学习date: 2018-11-22 22:45:19tags:- R语言又来翻之前的笔记啦，这里是一些R语言的基础知识，将会分为几篇，接下来再慢慢更新吧发现之前的笔记还是简单了一些，这里也做了一些补充~ 通俗易懂，赶紧学起来吧~R语言数据结构1. 五种基本类型字符x <- "233"数值x <- 3.14x <- 1整...

关键词：基因芯片、R、筛选、预处理、差异分析NCBI-淋巴癌突变与未突变基因的差异分析PS：好久没分享生信了，这是一年前做的一次生信task（准确来说是2018年11月了），这里分享一下给大家，有助于一些小伙伴们想通过常规的，使用NCBI科研数据库+R编程语言方式，进行对某种癌的差异分析。最近用心做了一些更棒的生信task，相信不久会分享出来~PS2：如果这篇笔记有什么不足，或者疑惑不解的...

从gdc-client下载数据后，接下来，我们可以尝试把gdc数据转化为基因表达矩阵，这里需要对原始数据文件进行加工处理1.准备工作创建一个工作目录，将样本文件夹放在all文件夹下在本地选择一个文件夹：f:/gdc/，打开R-Studio# 设置目录setwd("f:/gdc/")# 获取当前目录getwd()# 新建文件夹all，zip，unzip，# 想要的效果：all放...

正八经的官网： https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool注：windows、redhat、ubuntu、mac的都可以下载使用windows用安装使用windows用户，下载的是一个gdc-client.exe文件1.存放exe与txt例如，我随便找一个文件夹，文件夹地址是：E:\workspace\gdc，我把...

使用NCBI进行目的基因的引物设计全文概述利用生信工具进行目的基因的引物设计，使用了NCBI进行筛选与设计引物，使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查。本文分享了如何筛选出高质量的基因引物，帮助想通过生信进行引物设计的学生、从业者找出合适的基因，毕竟购买引物也比较烧钱，避免设计出的基因质量偏低。NCBI查找基因1.查询目的基因：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/...