Grep 总有你不知道的

grep

grep ”
grep “”
grep -v ”
-i 忽略大小写
-w 匹配单词
-G 普通正则
-f obtain PATTERN from FILE

output 输出选项：

-n print line number with output lines
-H print file name with output lines 一般会输出名字
-h 不输出文件名前缀
-o show only the part of a line matching PATTERN
-B 打印文本及前面几行 # backgroud
-A 打印文本及后面几行 #ahead
-m 输出匹配的前多少行 =grep chr file|head -n int

‘egrep’即‘grep -E’

egrep ‘chr{2,}’ file 或egrep ‘chr{2,4}’ file #{min,max} 大于等于min小于等于max。详情请参考下面截图示例。

grep -e ” -e ” # either or both match output [grep的或选项]

grep ” |grep ” [grep 的和选项]

本人常用：

-A // grep chr -A1 ref.fa

-B //

-h //

-w //grep -w “chr1” ref.fa

-v 去除match

-n 输出match的行数

grep –color //我一般会把它键入环境变量 .bashrc [alias grep = ‘grep –color=auto’]

-E

-c 计算match 数 不含-A/-B行数。相当于grep chr file|wc -l

-l grep的内容列出文件名，有点像win系统的查找内容显示文件名 //-L反向功能

-o 只输出匹配上的字符

grep -E “[1-9]+” == egrep “[1-9]+” || echo this is a test line. | grep -o -E “[a-z]+.”

切记grep ‘>’file一定要加‘’，否则清空文件，因为我总用grep > file 这么清空文件！！哈哈

多匹配请使用双引号

echo gun is not unix | grep -b -o “not”
7:not

一行中字符串的字符便宜是从该行的第一个字符开始计算，起始值为0。选项 -b -o 一般总是配合使用。

grep “text” . -r -n

.表示当前目录。

cat patfile
aaa
bbb
echo aaa bbb ccc ddd eee | grep -f patfile -o

grep “main()” . -r –include *.{php,html}
grep “main()” . -r –exclude “README”
grep “main()” . -r –exclude-from filelist

只在目录中所有的.php和.html文件中递归搜索字符”main()”
在搜索结果中排除所有README文件
在搜索结果中排除filelist文件列表里的文件
：参看参数 -R –include=FILE_PATTERN等。

grep -w ‘[vV]ivek[0-9]’
grep ‘^\s[a-z]*’ ref.changelog.2
schr012 chr012 ^\s以空格开头
$ grep ‘\< chr.1\ >’ ref.changelog.2
schr11 chr11

\< 匹配单词前面的空字符串
\ > 匹配单词后面的空字符串 #之间没有空格

grep ‘^..$’ 文件名

打印出只有两个字符的所有行:

egrep ‘[[:digit:]]{1,3}.’ file # eg168.

egrep ‘co{1,2}l’ file
输出co和l中有一个或者2个字符的行

//以下内容单纯粘贴，

正则表达式限定符

限定符

描述

. 匹配任意的一个字符。
? 匹配前面的子表达式，最多一次。
* 匹配前面的子表达式零次或多次。
+ 匹配前面的子表达式一次或多次。
{N} 匹配前面的子表达式 N 次。
{N,} 匹配前面的子表达式 N 次到多次。
{N,M} 匹配前面的子表达式 N 到 M 次，至少 N 次至多 M 次。
- 只要不是在序列开始、结尾或者序列的结束点上，表示序列范围。
^ 匹配一行开始的空字符串；也表示字符不在要匹配的列表中。
$ 匹配一行末尾的空字符串。
\b 匹配一个单词前后的空字符串。
\B 匹配一个单词中间的空字符串。
\< 匹配单词前面的空字符串。
> 匹配单词后面的空字符串。

grep 和 egrep

egrep 等同于 grep -E 。它会以扩展的正则表达式的模式来解释模式。下面来自 grep 的帮助页：

基本的正则表达式元字符 ?、+、 {、 |、 ( 和 ) 已经失去了它们原来的意义，要使用的话用反斜线的版本 \?、+、{、|、( 和 ) 来代替。 传统的 egrep 并不支持 { 元字符，一些 egrep 的实现是以 { 替代的，所以一个可移植的脚本应该避免在 grep -E 使用 { 符号，要匹配字面的 { 应该使用 [}]。

GNU grep -E 试图支持传统的用法，如果 { 出在在无效的间隔规范字符串这前，它就会假定 { 不是特殊字符。

例如，grep -E ‘{1’ 命令搜索包含 {1 两个字符的串，而不会报出正则表达式语法错误。

POSIX.2 标准允许这种操作的扩展，但在可移植脚本文件里应该避免这样使用。

参考:
•grep 和 regex 帮助手册页(7)
•grep 的 info 页

参考：http://man.linuxde.net/grep
https://linux.cn/article-6941-1.html

那么问题来了：
用linux命令查看一个字符串在文件里出现的次数，并只输出match的字符？？