Dissecting repulsion linkage in the dwarfing gene Dw3 region for sorghum plant height provides

Dissecting repulsion linkage in the dwarfing gene Dw3 region for sorghum plant height provides insights into heterosis

significance

  杂种优势，杂种优于父母的表现，具有重大的经济和生物学意义。 已经提出了不同的理论，但具有详细解剖的具体例子是有限的。 如果紧密连锁的等位基因存在相反的效应，则可以观察到杂交种优于自交系的优势，并且可能在单一基因座上表现为超显性。

摘要

• 群体：重组自交系群体（RIL）;不能称之为近交。
• 有用的分子标记实际上有限
• 含有已知生长素转运蛋白Dw3基因的基因组区域附近鉴定了用于一个分离的数量性状基因座（QTL）（qHT7.1）。
• 超显性。。但伪超显性，相比导致植株矮的等位基因，等位基因赋予植株高表现完全的株高优势，杂合体中的杂种优势可表现为具有超显性遗传模式的单一基因座。
• 不同高度的详细分析表明，qHT7.1同时影响植物的上部和下部，而Dw3只影响旗叶下方的部分。
• 计算机模拟表明排斥连锁可能影响QTL检测和分离群体效应的估计。在连锁作图的研究结果的指导下，利用高粱多样性进行植株高度的GWAS全基因组关联研究，确定了性状变异的基因组区域，包括Dw1，Dw2，Dw3，Dw4和qHT7.1。
• 鉴定杂种优势的一个具体遗传例子外，我们的研究表明，不同种群类型综合分子复杂性状的分子检测可以使植物育种者对作物生产的育种过程进行微调。

名词解释

  LOD:以确定两个基因座或是按一定的重组率而相互连锁的可能性或是互不连锁的可能性；这两种可能性之比，是基因座实际上为连锁的可能性；这个比率的10作底的对数就是对数优势比。为了确定两对基因之间是否存在连锁，一般要求或然比大于1000：1，即Lod>3；而要否定连锁存在，则要求或然小于1:100，即Lod<-2。
  通常判定连锁关系是以Lod值大小为依据。Lod值为0，意味着连锁假设与不连锁假设的可能性相等；Lod值为正值，有利于连锁；Lod值为负值，表示有一定重组率的连锁。显著的域值是+3和－2。Lod=+3时，连锁的概率为95%。
  杂种优势：杂种优势，比亲本双方都更好的表型。 来源于不同自交系的杂种一般表现出较高的生长速率和产量以及对生物和非生物胁迫的较好抗性。 从20世纪30年代初开始，大约15％的玉米产量增加来自杂交玉米。 杂交水稻比自交系品种具有20-30％的产量优势，并对粮食安全有重要贡献。
  近交抑制，后代在相关个体之间杂交的适应性降低，主要是通过暴露有害的隐性等位基因引起的。
  超显性假说认为杂合子基因型比两个纯合子基因型父母中的任何一个都好。

它假定许多因素控制着一种特定的性状，并且一个人不可能在其基因组中拥有所有有利的等位基因。如果在多个基因座中具有相反作用的等位基因在两个亲本自交系的排斥阶段中连锁，则除非在子代中进行详细解剖，否则超显性可能被误认为单个基因座。

  上位性假说指出杂种优势是由不同基因座之间的从头相互作用引起的。

背景

在高粱中，以前的研究已经确定了控制株高Dw1-Dw4的四个主要位点，且unlinked。只有Dw3被分子鉴定（Sb07g023730），编码一种P-糖蛋白生长素转运蛋白（35）。 Dw1在〜57 Mb处映射到染色体9（36），而Dw2在〜42 Mb处映射到染色体6（37,38）。

分析方法

1. GBS测序：genotyping-by-sequencing (GBS)产生8,960 SNP标记，选择1756个来构建遗传图谱。
2. 整个图谱长1,916 cM，跨越1452独特的bins， a mean marker bin密度是1.3cM。
3. 
   

结果

株高的连锁图谱

  Tx430 X P898012得到RIL群体；P898012比Tx430高25cm；RIL群体株高范围是74-236cm；
  1756个SNP检测到三个QTL ，位于chr7和chr9 ；chr7上QTL相距29cM，或3Mb，且具有相反功能，分别位于chr7 ~91cM （第一个）~120cM ,分别检测到了qHT7.1，Dw3 gene；chr9 于Dw3 gene；然后接下来证明chr7上第二个QTL是Dw3，一个p-glycoprotein allele for polar transport of auxin in the stalk.TX430等位基因还有882bp插入在第五外显子。导致非功能蛋白。

株高成分的图谱