Note: Linux安装CUDA Toolkit & HOOMD BLUE

本文记录了在Linux(Cent OS 6.5)上安装GPU计算工具CUDA Toolkit和HOOMD BLUE的过程。首先,通过yum安装HOOMD BLUE时遇到MPI库缺失的问题,通过配置环境变量解决。接着,安装NVIDIA驱动和CUDA Toolkit时,遇到了依赖问题、驱动冲突和显卡不可见等问题,通过更新设备信息、添加EPEL源、修改yum配置、重装驱动等步骤逐一解决。最终成功运行CUDA示例并显示设备信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成

实验室去年就上了块nVIDIA K20,荒废了一年都没人用。今年寒假又进了块GTX 980,老板让把hoomd blue配置好,做GPU计算。

HOOMD BLUE是一个通用的分子模拟程序包,使用python格式的脚本,支持并行计算和GPU计算配置过程走了太多弯路,于是笔记如下。

以装K20的那台服务器(Linux发行版Cent OS 6.5)为例,下载HOOMD BLUE的包:官网上下载hoomd-1.0.1-0.x86_64.rpm,使用

yum localinstall hoomd-1.0.1-0.x86_64.rpm

安装,自动解决依赖问题。运行python,输入“import hoomd”,报错“ImportError: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory”找不到MPI库,需要配置环境变量:

find /usr -name libmpi_cxx.so.1

找到库的路径,添加到环境变量 $LD_LIBRARY_PATH 中。为了方便暴力在/etc/profile中加入一句:

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/compat-openmpi/lib
现在运行官网给的示例脚本,hoomd test.hoomd,部分输出截取如下:Shell运行source /etc/profile使立即生效。

*Warning*: NVIDIA driver not installed or is too old, ignorin

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