实验室去年就上了块nVIDIA K20,荒废了一年都没人用。今年寒假又进了块GTX 980,老板让把hoomd blue配置好,做GPU计算。
HOOMD BLUE是一个通用的分子模拟程序包,使用python格式的脚本,支持并行计算和GPU计算配置过程走了太多弯路,于是笔记如下。
以装K20的那台服务器(Linux发行版Cent OS 6.5)为例,下载HOOMD BLUE的包:官网上下载hoomd-1.0.1-0.x86_64.rpm,使用
yum localinstall hoomd-1.0.1-0.x86_64.rpm
安装,自动解决依赖问题。运行python,输入“import hoomd”,报错“ImportError: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory”找不到MPI库,需要配置环境变量:
find
/usr
-name libmpi_cxx.so.1
找到库的路径,添加到环境变量 $LD_LIBRARY_PATH 中。为了方便暴力在/etc/profile中加入一句:
export
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:
/usr/lib64/compat-openmpi/lib
现在运行官网给的示例脚本,hoomd test.hoomd,部分输出截取如下:Shell运行source /etc/profile使立即生效。
*Warning*: NVIDIA driver not installed or is too old, ignorin