Note: Linux安装CUDA Toolkit & HOOMD BLUE

实验室去年就上了块nVIDIA K20，荒废了一年都没人用。今年寒假又进了块GTX 980，老板让把hoomd blue配置好，做GPU计算。

HOOMD BLUE是一个通用的分子模拟程序包，使用python格式的脚本，支持并行计算和GPU计算配置过程走了太多弯路，于是笔记如下。

以装K20的那台服务器（Linux发行版Cent OS 6.5）为例，下载HOOMD BLUE的包：官网上下载hoomd-1.0.1-0.x86_64.rpm，使用

yum localinstall hoomd-1.0.1-0.x86_64.rpm

安装，自动解决依赖问题。运行python，输入“import hoomd”,报错“ImportError: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory”找不到MPI库，需要配置环境变量：

find /usr -name libmpi_cxx.so.1

找到库的路径，添加到环境变量 $LD_LIBRARY_PATH 中。为了方便暴力在/etc/profile中加入一句：

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/compat-openmpi/lib
现在运行官网给的示例脚本，hoomd test.hoomd，部分输出截取如下：Shell运行source /etc/profile使立即生效。

*Warning*: NVIDIA driver not installed or is too old, ignorin