HOOMD Blue 文档笔记

最新推荐文章于 2024-09-07 10:10:38 发布

abacn

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分类专栏： Linux 文章标签：分子模拟 GPU计算 HOOMD-Blue

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本文档笔记介绍了HOOMD Blue分子模拟软件的快速开始，包括创建系统、设置力场、积分器、运行模拟以及命令行参数。HOOMD Blue支持GPU计算，并提供了多种模拟选项，如Lennard-Jones力、不同积分模式和空间分解。通过MPI进行多GPU/CPU计算，还探讨了自动优化和脚本命令索引。

摘要由CSDN通过智能技术生成

HOOMD Blue文档笔记

基于hoomd 1.0.2 userdoc

http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue/doc/index.html

3. 快速开始

例程：

from hoomd_script import *
# create 100 random particles of name A
init.create_random(N=100, phi_p=0.01, name=’A’)
# specify Lennard-Jones interactions between particle pairs
lj = pair.lj(r_cut=3.0)
lj.pair_coeff.set(’A’, ’A’, epsilon=1.0, sigma=1.0)
# integrate at constant temperature
all = group.all();
integrate.mode_standard(dt=0.005)
integrate.nvt(group=all, T=1.2, tau=0.5)
# run 10,000 time steps
run(10e3)

输出：

(版权信息)

-----

(运行到的每一行代码)

starting run **

Time 00:00:00 | Step 10000 / 10000 | TPS 35417.9 | ETA 00:00:00 --每过10秒时间统计。已运行时间（时:分:秒），运行步长，平均每秒多少步，预计剩余时间。

Average TPS: 35405

---------

-- Neighborlist stats: --统计信息，此处只有neighbor list输出统计信息。不同脚本输出的统计信息不同。

370 normal updates / 100 forced updates / 0 dangerous updates

n_neigh_min: 0 / n_neigh_max: 10 / n_neigh_avg: 2.41

bins_min: 0 / bins_max: 6 / bins_avg: 1.5625

run complete **

每行代码的分析：

1．每个hoomd脚本的第一行都需以

from hoomd_script import *

开头，导入hoomd库。例如init.creat_random()这样的过程都是在此库中定义的。

2. hoomd_script导入后，系统必须先初始化，此处为

init.create_random(N=100, phi_p=0.01, name=’A’)

表示创建了一个系统，包含100个名为’A’的粒子。phi_p表示填充率（Packing fraction）。

3. lj = pair.lj(r_cut=3.0) 表示创建一个截断半径为3.0的LJ力，变量lj为pair.lj的实例。

4. lj.pair_coeff.set(’A’, ’A’, epsilon=1.0, sigma=1.0)添加LJ力的参数：A与A之间有ε=1.0，σ=3.0的LJ力。

5. all = group.all();

integrate.mode_standard(dt=0.005)

integrate.nvt(group=all, T=1.2, tau=0.5)

选择对力积分的模式，在一个步长下只能有一种积分模式。此处选择标准模式，步长设为0.005；为分组all指定使用恒温条件下的动力学方法(Nosé-Hoover thermostat)，对所有粒子使用。温度T设为1.2，τ参数（Nosé-Hoover thermostat中的耦合常数）设为0.5。

6. run(10e3) 用run命令启动模拟。在此示例中仅跑10000步，实际研究中的计算通常需消耗数天。一个脚本中不限制使用数个run命令，可在一个run完成后修改参数运行下一个run。

Python中函数变量的传递通过键值对指定：name=value，实参的顺序是任意的。例如，源码中的表示：

init.create_random

( N,

phi_p,

name = "A",

min_dist = 1.0

)

N：创建的粒子数

phi_p：填充率（Packing fraction）

name：为粒子类型指定名称

min_dist：初始化排布的粒子间最小距离

文档中国有=号的说明此参数有默认值，使用时可以省略；没有默认值的则不能省略。

4. 命令行参数

Ø 没有参数的情况下自动检测速度最快的GPU，没有GPU则以CPU运行。

Ø -h , --help

显示所有命令行选项的帮助信息

Ø -mode={gpu|cpu}以GPU或GPU模式运行。PS：注意，命令行参数可能需要加两个横线，比如以CPU运行test.hoomd的命令为 hoomd test.hoomd –mode=cpu

Ø -gpu=# 指定以哪块GPU运行，此参数的存在意味着以GPU运行。

Ø -ignore-display-gpu 不适用为屏幕显示工作的GPU做计算

Ø -minimize-cpu-usage 在GPU上运行时减小CPU的占用率—默认情况下CPU会占100%使用率，用此选项CPU占用率可显著减小至10%，但将有10%的效率下降。

Ø -gpu_error_checking 打开每次调用GPU核的错误开关

Ø -notice-level=# 指定通知等级

Ø -msg-file=filename 将通知信息覆写至指定文件

Ø -user 用户选项，在脚本中可通过option.get_user()获取用户选项。

Ø MPI专用选项

-nx –ny –nz x,y,z方向上的分块

-linear 强制进行沿z方向的板坯（1D）分解

-nrank每个分块的行列数

-shared-msg-file=prefix 指定各部分输出消息的文件名的前缀

使用MPI选项运行程序，例如

mpirun -n 8 hoomd script.py # 2x2x2 domain

分解为2x2x2的小块

mpirun -n 4 hoomd script.py --linear# 1x1x4 domain

--linear选项作一维空间分解，在单个节点上运行时效率比三维空间分解高。

mpirun -n 12 hoomd script.py --nrank=3 #将体系分解为12块，在3个GPU上运行

6 基本概念(Concepts)

6.1 单位量-units. 三个基本单位量：距离、能量、质量，其它物理量皆从此三个量导出。

“温度”T=k_BT(实际)，玻尔兹曼常数k_B的具体数值取决于长度、能量与质量单位的量值。

6.2 周期性边界条件(Periodic boundary conditions) HOOMD模拟都在具周期性边界条件的三维盒子中进行。三斜的盒子有一些形状参数Lx,Ly,Lz,xy,yz,xz，参数可在xml文件中指定。也可以在脚本中指定，例如：

init.create_random_polymers(box=data.boxdim(L=18, xy=0.1, xz=0.2, yz=0.3),

polymeres=[polymer2],

separation=dict(A=0.35, B=0.35));

当然也可以使用二维盒子：

init.create_random(N=1000, box=data.boxdim(xy=1.0, volume=2000, dimensions=2), min_dist=1.0)

盒子大小在运行过程中也可以逐渐改变，使用update.box_resize方法。

integrate.npt与integrate.nph分别表示恒粒子数恒压恒温，及？

6.3 XML文件格式

体系的搭建通过xml文件指定。主要是 init.read_xml(初始化的输入文件) 与 dump.xml(输出结果的文件) 。基本格式：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<hoomd_xml version="1.5">
<!-- this is a comment, you can put as many of these in the file
wherever you wish to. -->
<configuration time_step="0" dimensions="3" vizsigma="1.5">
<!-- data nodes go here -->
</configuration>
</hoomd_xml>

诸如 time_step="0" 为configuration标记的一个属性。

time_step : 初始时的步长记数？

dimension : 指定维度，但并不会改变任何东西，例如速度和位置的信息仍然有三个元素。

vizsigma : 与VMD相关的一个参数。在init_read.xml中此项会被忽略。配置标记可包含如下属性，指定这些属性的顺序是任意的。

• box (盒子的形状参数)

dump.xml写此信息；init_read.xml需要有此信息。

Ex：<box lx="5.1" ly="9.6" lz="15.8" xy="1" yz="0" lz="0">

• position (粒子的位置)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml需要有此信息。

Ex：指定每个粒子的xyz坐标。粒子的坐标必须在盒子之内。

       <position>
       -1.45 2.21 1.56
       8.76 1.02 5.60
       5.67 8.30 4.67
       </position>

属性：（可选）num – 粒子的个数。

• image (Particle images)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须。

周期性边界条件下的粒子坐标校正矢量。与position结合，格式与position相同。若有image属性，则粒子实际坐标按此换算：

x0 = x + ix * Lx + xy * iy * Ly + xz * iz * Lz

y0 = x + iy * Ly + yz * iz * Lz

z0 = z + iz * Lz

x,y,z为position属性，ix,iy,iz为image属性。

• velocity (Particle velocities)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须。

粒子速度属性。格式与position同。

• acceleration (粒子加速度)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml忽略此信息——因加速度是定量计算出来的。

表示粒子的瞬时加速度。

• mass (粒子质量)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须（默认为1.0）。

Ex：

       <mass>
       1.0
       2.0
       1.0
       </mass>

• diameter ( 粒子直径 )

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须（默认为1.0）

格式同masses

• charge (粒子电荷)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须（默认为0.0）

格式同masses

• type (粒子类型)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml需要有此信息

指定每个粒子的类型，格式同masses，Ex：

       <type>
       A
       long_type_name
       A
       </type>

• body (刚体)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

指定每个粒子所属的刚体（如果存在），格式同masses，Ex：

<body>

-1

</body>

-1表示粒子不属于任何刚体。刚体编号从0到刚体数目减一。

• orientation (粒子方向)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

用四元数指定粒子的方向。Ex：

1 0 0 0

0.0333 -0.0667 0.1000 0.1333

</orientation>

• moment_inertia (粒子的转动惯量)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

指定粒子的转动惯量，格式与position类似，对每个粒子由6个标量依次表示I_xx I_xy I_xz I_yy I_yz I_zz. Ex：

<moment_inertia>

1 0 0 2 0 3

1 2 3 4 5 6

</moment_inertia>

• bond (粒子间的键)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

Ex：以下标记表示在粒子0和1间连接类型为“polymer”的键；在1和2间连接类型为“backbone”的键。键的类型是任意非空字符串。

<bond>

polymer 0 1

backbone 1 2

</bond>

单纯地指定键不会导致任何变化，需要在脚本中使用bond模块为各种类型的键指定键张力完成键的构建。

• angle (粒子间键角)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

Ex：以下标记表示在粒子0,1,2间添加类型为“A-B-A”的键角，在1,2,3间添加类型为B-A-A的键角。

<angle>

A-B-A 0 1 2

B-A-A 1 2 3

</angle>

与bond一样，单纯添加键角不会引入角张力，需要在脚本中使用angle模块为各种类型的键角指定角张力。

• dihedral (四个粒子之间的二面角)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

与angle类似，需要另外使用dihedral模块添加扭转张力。Ex：

A-B-A-A 0 1 2 3

B-A-A-C 1 2 3 4

</dihedral>

• improper (Improper Dihedral Angles between four particles)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

与dihedral类似，需要另外使用improper模块添加improper二面角张力。Ex：

A-B-A-A 0 1 2 3

B-A-A-C 1 2 3 4

</improper>

• wall (在盒子中添加壁板)

dump.xml可选地写此信息；init_read.xml非必须

同样地，在未使用wall.lj指定壁板的行为前，添加的wall不起任何作用。

格式Ex：

<wall>

</wall>

ox,oy,oz为平面上的一点的坐标；nx,ny,nz为平面的法向量。

6.4 基于MPI的空间分解

HOOMD-BLUE支持多GPU/CPU计算，使用MPI实现。

此章节有使用MPI时常见问题的解答。

6.5 Auto-runner

HOOMD在运行时自动进行优化，前若干步明显慢于后续步长的原因在此。

autorunner的可选参数：

period：重新调整优化策略的周期。默认为100,000

enabled：是否采用autorunner。如果在自适应阶段后关闭此开关，将不再重新调整优化策略，但此前的策略继续采用。默认为True。

7 脚本命令索引

• Run

• Option

• Initialize

• Integrate

• Update

• Compute

• Analyze

• Dump

• Potentials

– Pair potentials

– Many-body potentials

– Bond potentials

– Angle potentials

– Dihedral potentials

– Improper potentials

– Electrostatic potentials

– Wall potentials

– Constraint forces

– External forces

– Other forces

• Helpers

– Group

– Variants

• Miscellaneous

– Tune

– Benchmark

– Communication helpers

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