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原创 统计学习笔记 生物基因组学应用(二)
这篇文章给了一个实际的例子,用神经网络预测一段序列当中的motif, 分割成2000小段序列,每段50bp,实验已知每段是否包含motif 比如增强子,标记为0、1,分成训练集和预测集进行验证,最后解释,实际真实的序列是(CGACCGAACTCC。先对数据编码,一般对四种碱基编码为:A [1,0,0,0],T [0,0,1,0],C [0,1,0,0] ,G [0,0,0,1]#arrays[0], arrays[1], arrays[2]进行堆叠,所以结果与原始数组一样。
2024-06-08 22:43:56 663
原创 数据拟合平滑样条问题
R里面有平滑样条函数,一条命令就好了smooth.spline()比如我们做基因组测序数据时需要将dosage对GC进行校正,那么在R中做GC校正就相当简单:d <- read.table(flex, colClasses = c("numeric", rep("NULL",4), "numeric", "numeric"))#其中设定为numeric的三列为纯数字染色体号、覆盖...
2019-10-30 00:07:01 1641
原创 恢复正在运行的脚本到文件
当你的脚本已经提交后台运行, 而你却误删了该脚本,不要惊慌,只要他还在运行就能恢复出来。很简单首先ps aux|grep jiaoben.shbioinfo 1636 0.0 0.0 6380 692 pts/1 S+ 16:38 0:00 grep jiaoben.shbioinfo 80790 0.0 0.0 9236 1224 p
2013-06-25 16:46:55 689 1
原创 win7下安装linux双系统故障排除
原先是win7的系统,准备做成win7 linux双系统,于是随便在网上找了个教程开始安装http://www.linuxidc.com/Linux/2012-11/73500p2.htm下载easybcd2.2 ubuntu12.10 iso镜像文件。刻录了ubuntu(似乎无法从iso硬盘镜像安装)安装完ubuntu,安装过程没问题,重启准备看看双系统,重启之后发现引导界面变成了g
2013-05-16 21:21:52 1112
StartIsBackPlus_setup.exe
2019-10-30
chip_design.py
2019-10-30
基因组二代测序数据GC校正diamagnetic.rar
2019-10-30
空空如也
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