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RNA-SEQ
AdaWong_Corner
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StringTie
StringTie参考链接:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input参数简介翻译 2017-12-04 15:38:46 · 4905 阅读 · 2 评论 -
Per tile sequence quality
Per tile sequence quality —Position specific failures of flowcells介绍当Per tile sequence quality显示fail或者warning,表明测序的lane或某个run中出现出现了部分故障,从而影响一些特定的区域和循环,进而使测序数据的质量下降。另外,如果read的3’端的质量是好的,就意味着存在瞬时质量损失(Tran翻译 2017-12-15 13:17:33 · 4817 阅读 · 2 评论 -
Salmon---a tool for wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
Salmon 概述该软件采用新的双阶段(dual-phase)统计推断程序,以及针对每个样本存在sequence-specific, fragment GC-content, 和 positional biases而应用的sample-specific bias models。该软件由三个部分组成: 一个轻量级的 mapping model, 一个估计初始表达水平的在线阶段( an on...翻译 2018-01-25 22:00:37 · 4817 阅读 · 0 评论