生物信息_spark_bigstack_htcondor_高性能运算

基因组分析工具包：Apache Spark

https://cloud.tencent.com/developer/article/1133943

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Spark 技术在基因序列分析中的应用

https://www.ibm.com/developerworks/cn/analytics/library/ba-cn-spark-genesequencing-application/index.html

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https://www.codetd.com/article/1009815

GATK+Spark+CDH使用札记

基于之前GATK单机运行的使用经历，现在对GATK的使用方式有了一点点灵活性，不再那么僵硬了感觉，当然，这只是昨天的感受，今天的感受就是，更僵硬了。

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http://wap.sciencenet.cn/blog-3372875-1111026.html?mobile=1

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作者：小丫  来源： 嘉因

我是临床医生，经常遇到一些很有特点的患者，就想采点血、取点组织测个序。测完序怎么分析？这才是问题的关键。主任说：咱们买个服务器吧，再招个会做分析的人。我们主任靠谱，赞！！！可是，这几天的GATK培训，颠覆了我对这个问题的认知。

 

我是生信背景的医科大学老师，经常遇到临床医生来找我们谈合作，他们手里有很多肿瘤组织，就想砸几万几十万测个序，觉得交给我稍一分析，文章就出来了。有的甚至已经测了几十例患者才找我们，没有分组的设计，没有正常对照。问题是你想讲什么故事？想清楚才好设计分组和对照，然后才是收集样本啊！经过几天的GATK培训，让我重新思考了自己的职业发展。

到底是什么样的培训有这么神奇的力量呢？，回复“GATK”获得培训ppt和练习文档（worksheets），过后Broad会放出培训视频，期待。

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