悟道西方

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现安排《高级转录组分析和R数据可视化》于2022年10月21-23 线上/线下课程 (线上课是通过腾讯会议实时直播线下课，实时互动，并录制有视频回放，无限期观看)。报名参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课程的一次线下课。期待和大家的线上线下相识。易生信培训改为长周期模式（具体戳链接了解）易生信培...

中国科学院深圳先进技术研究院合成所赵国屏研究员课题组2022年招聘启事课题组PI简介：赵国屏，博士，研究员。中国科学院院士，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学首席科学家，复旦大学生命科学学院微生物学和微生物工程系主任。中国科学院微生物组研究计划的学术带头人和微生物组大数据平台建设的积极推动者，致力于微生物组研究的技术标准化和组学大数据资源的挖掘和平台化。课题组的主要研...

不过是大梦一场空1引言翻出之前的一篇推文 跟着 Microbiome 学画图：堆积柱形图的多层注释。如果大家看过的话,可以发现我们需要经过一些复杂的坐标计算才能一层层添加注释。这次我们拿 jjAnno 来实战一下。原文图:2构建数据library(jjAnno)library(reshape2)library(ggplot2)library(RColorBrewer...

8月 6 日大会报告大会报告时间报告人单位 报告题目9:30-10:10黄璐琦中国中医科学院分子生药学研究进展10:10-10:50姚春广西中医药大学“桂十味”道地药材资源状况及产业发展策略10:50-11:30郭惠珊中国科学院微生物所植物-真菌跨界RNAi和抗病种质创新 休会13:00-13:40苟小平兰州大学拟南芥干细胞稳态维持的分子机制...

免疫疗法通过激活人体的免疫系统来对抗癌细胞，主要包括免疫检查点抑制剂（ICI）、过继性细胞转移疗法（ACT）、肿瘤特异性疫苗等。与传统抗癌药物相比，其副作用较小。此外，免疫疗法还可以利用免疫系统的记忆和适应性，使受益于该疗法的患者能够获得持续的抗癌效果。近年来，ICI极大地改善了癌症患者的临床治疗、提高了患者的生存率。但目前只有少数患者（约占30%实体肿瘤患者）可以从中受...

ADING编辑推荐20世纪末，我国生物信息学处于起步阶段、学习资料很少，浙江大学樊龙江教授整理了“生物信息学”课程的备课笔记，取名《生物信息学札记》放在实验室主页上供读者参考，并逐渐成为许多生物信息学初学者的必读材料。《生物信息学（第二版）》樊龙江 主编书号：9787030681010《生物信息学（第二版）》（2021年5月于科学出版社出版）正是在该札记的框架基础上，结合...

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。期待和大家的线上线下会晤。目前可以通报的信息：临床基因组学线上/线下开课时间：2022/...

课题组简介：西北工业大学叶发育生态课题组主要从事叶形态建成发育，叶适应环境生态研究。团队借助西北工业大学交叉学科优势，运用遗传发育、组学、高分辨率成像和力学等手段解析植物叶形态发生和建成，通过在多物种中对叶形态建成进行研究，解释不同物种、环境中植物叶的生态环境适应性。未来希望能够对叶片的三维形态起源进化加以解释，为仿生应用、人工改造高效光合作物提供理论支撑。课题组长齐继艳...

点击蓝字 关注我们复杂热图可视化https://doi.org/10.1002/imt2.43PROTOCOL●2022年8月，德国癌症研究中心顾祖光在iMeta在线发表了题为“Complex heatmap visualization”的方法类文章。●该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap R包在复杂热图可视化方面的特性和功能。● 第一/通讯作者：顾祖光...

2022年7月26日，浙江大学基础医学院/浙江省良渚实验室郭国骥团队在Nature Communications上发表了文章“Cell landscape of larval and adult Xenopus laevis at single-cellresolution”，利用自主研发的Microwell-seq高通量单细胞测序平台绘制两栖动物非洲爪蟾的单细胞图谱。...

近日，中山大学生科院骆观正课题组、梁普平课题组，芝加哥大学何川课题组合作，在Protein & Cell杂志发表了题为“Systematic identification of CRISPR off-target effects by CROss-seq”的研究论文。该论文提出一种通用、高效、可扩展的脱靶检测方法，可以系统地评估快速增长的CRISPR DNA编辑器...

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中国共产党的优秀党员，第五、六、七、八届全国人大代表，首届国医大师，中国中医研究院原副院长，中国中医科学院名誉院长，中国中医科学院眼科医院名誉院长，研究员，主任医师唐由之同志，因病医治无效，不幸于2022年7月28日3时22分在北京逝世，享年97岁。小编特意为大家带来《唐由之：中医光明使者》一文，让我们重温此文，缅怀大师。唐由之：中医光明使者樊岚岚◆ 他凭借娴熟的金针拨...

大家好，推荐一篇发表在Nature Chemical Biology上的文章，题目是“Functional metagenomic screening identifies an unexpected β-glucuronidase”。通讯作者是剑桥大学的Florian Hollfelder教授。该课题组的研究方向是探究分子识别过程中的化学和生物学。酶是高效、可持续的生物...

7.1 limma用于转录组reads-count数据差异基因分析做转录组差异分析，我们通常是基于reads-count数据，这个数据可以来源于Salmon的结果、STAR的结果或从网上下载的数据。这个数据怎么获取，具体见下方的教程。基于Salmon的转录组批量定量流程和差异分析STAR直接就可以输出readsCount，为什么还需要featurecounts？利用R代码...

从绿色革命改良作物株型，到杂交水稻大面积推广，粮食单产增长了一倍多。然而，此前研究表明，全球约24~39%的玉米、水稻、小麦以及大豆种植区域单产处于停滞不前甚至下降的态势。北京时间2022年7月22日凌晨2时，《科学》（Science）杂志在线发表了中国农业科学院作物科学研究所周文彬团队在水稻中发现的高产基因（OsDREB1C），能够同时提高光合作用效率和氮素利用效率，可...

随着单细胞测序技术的快速发展，多个全球性的、大规模的细胞图谱项目相继启动，例如人类细胞图谱计划等。然而，把来自于不同组织、不同发育阶段或者只有很少重叠细胞类型的单细胞转录组数据集进行准确有效的整合仍然具有非常大的挑战性。因为当前整合单细胞数据的方法需要校正批次效应从而达到整合分析的目的，而上述所涉及的数据集的批次信息不清晰，利用这些方法常常会导致校正过度或者校正不足等问题...

培训背景 单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现，彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此，单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的...

三维(3D)基因组结构对于基因调控和细胞功能至关重要。基于染色体构象捕获（chromosome conformation capture）的高通量技术已被广泛用于研究全基因组染色体的物理相互作用。这些交互作用一般用二维热图（heatmap）或装饰基因组特征的交互网络来实现可视化。此外，一些使用基于模型的交互数据的计算方法已经开发出来，例如约束物理模型（constra...

写在前面ggCLusterNet开发已历时两年，去年开始公开使用，不到一年的时间，谷歌上引用过ggClusterNet的文章数量已达23次。如今文章出来了，大家可以通过谷歌学术搜索ggClusterNet或文章主页(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/imt2.32)优雅地引用了。全文翻译和视频简介见：《iMe...