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原创 生信宝典：生物信息学习系列教程、视频、资源
欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需...
2018-01-31 10:02:40
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转载 华盛顿大学医学院遗传学系主任王艇教授招聘生物信息研发人员
华盛顿大学医学院遗传学系主任王艇教授实验室的李道丰助理教授，正在寻找一到两位具有深厚生物信息学背景的生物信息学研究人员。主要参与在 WashU EpigenomeBrowser平台中开发新的数据可视化技术。候选人必须具备HTML、CSS和JavaScript/TypeScript方面的经验，懂React.js， Next.js框架优先， 如果具备全栈 Web 开发技能更好。职位链接 （点击阅读原...
2023-09-30 21:02:22
转载 硕士哦，Nature一作一周工作100个小时 | 导师的肺腑之言：研究生搞科研一周40小时或更少，拿什么去竞争？...
作为你们的老师，我现在每周工作60小时，踏踏实实的60小时。阅读，实践，思考，讨论和请教，周而复始。其实这还不够用，因为我既要独立做这边自己的课题，还要协助各位完成你们的课题。那么对你们的要求降低一些，每周50小时吧。希望是真实而有效率的50小时，思维和四肢都处于激活状态的50小时。大家千万不要认为这有什么不得了的，跟国外就不用比了，单就国内而言，北大、清华、中科院研究生的工作状态，比50小时有过...
2023-09-29 12:43:52
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转载 中国团队两篇齐发：首个跨物种生命基础大模型+新型细胞命运预测AI模型发布...
被称为20世纪人类三大科学计划之一的人类基因组计划拉开了深度解析生命奥秘的序幕。由于生命过程的多维度、高动态特点，传统实验研究手段难以系统精准地破解基因密码的底层共性规律。当前，以大模型为核心的人工智能技术在计算机视觉和自然语言处理等领域引发了新一轮科技革命，已展示出对复杂数据和知识的深入理解能力，运用人工智能强大能力实现基因组学的数据表征与知识发现，必将在生命科学研究领域带来革命性突破。近日，由...
2023-09-29 12:43:52
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原创 Science经典：植物基因组的同线性与共线性分析思路
随着时间的推移，真核生物的基因组在基因同线性（synteny）和共线性（collinearity）方面存在一定程度的差异。这些差异在不同生物类群之间表现出不同的特征。基因同线性（synteny，是指不同物种中这些基因都位于同一个染色体区域，collection of contiguous genes located on the chromosome of different species）共线...
2023-09-28 21:02:54
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转载 Gut｜揭示肠道微生物与COVID-19疫苗免疫效果及母婴保护的关键联系
近日，广东药科大学公共卫生学院陈青松、付曦团队，在国际著名学术期刊Gut（影响因子24.5）发表了题为 “Exploring the impact of gut microbial metabolites on inactivated SARS-CoV-2 vaccine efficacy during pregnancy and mother-to-infant antibody transfe...
2023-09-27 21:01:42
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转载 Nat. Genet. | 深度蛋白质语言模型在基因组范围内预测疾病变异效应
编译 | 曾全晨审稿 | 王建民今天为大家介绍的是来自Chun Jimmie Ye和Vasilis Ntranos团队的一篇关于语言模型应用的论文。预测编码变异的效应是一个重大挑战。尽管最近的深度学习模型在变异效应预测准确性方面取得了改进，但由于依赖于近源同源物或软件限制，它们无法分析所有编码变异。在这里，作者开发了一个工作流程，使用ESM1b，一个拥有6.5亿参数的蛋白质语言模型，来预测人类基因...
2023-09-26 21:01:18
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原创 生信分析Python实战练习 10 | 视频28
开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典...
2023-09-26 21:01:18
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转载 iMeta | 2022年文章平均被引超20 (2023/9/24)
根据Dimensions网站统计，截止2023年9月24日，iMeta期刊2022年论文被引超1200次，平均引用超20次。如下图：查询网址：https://app.dimensions.ai/discover/publication?search_mode=content&order=times_cited&and_facet_source_title=jour.1412973&...
2023-09-25 09:56:14
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转载 名师授课 | 微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.10)
福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。期待和大家的线上线下会晤。目前可以通报的信息：临床基因组学线上/线下开课时间：2023/11/17-2023/11/19宏基因组线上/线下开课时间：2023/11/24-2023/11/26扩增子线上/线下...
2023-09-22 21:00:32
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原创 这个技术值得拥有 - 录制细胞生物反应的实时小电影
"视觉蛋白质组学"是一种科学研究领域，旨在使用先进的成像和分析技术，如冷冻电子断层扫描（cryo-ET）等，以高分辨率观察和理解细胞内蛋白质及其相互作用的结构和功能。这一领域的目标是深入研究细胞内部的分子机制，以揭示生命的奥秘和生物学过程。视觉蛋白质组学的发展为科学家提供了研究细胞和生物体系更全面的工具，有望推动生物学和医学领域的进步。冷冻电子显微镜揭示了核孔复合物的内部运作。图片来源：S. Mo...
2023-09-22 21:00:32
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转载 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分享9个我们承建发表的数据库，4篇NAR，一篇BIB，一篇Nature protocols，一篇Science Bulletin，一篇iMETA，一篇ASPB，总计影响因子120+，以飨读者。中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，...
2023-09-21 21:02:01
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转载 帮朋友招生 - 佛罗里达大学 - Fully-funded PhD position
Dr. Jinling Liu is an Assistant Professor in the Department of Epidemiology housed in both College of Public Health and Health Professions and College of Medicine at the University of Florida (UF). Be...
2023-09-21 21:02:01
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原创 这个发表在 Nature Genetics的水稻全基因组关联数据库 RHRD，很赞！！！
历经半个世纪的发展，杂交水稻育种取得了巨大的成就，培育出了大量的高产、优质、适应环境变化的品系。本数据库是一个综合性的杂交水稻数据库（http://ricehybridresource.cemps.ac.cn/#/），涵盖了从1976年至2017年间发布的486个商业杂交水稻品种信息、基因组变异、表型与全基因组关联数据信息，共计3,325 个样品，5 百万+变异位点和 17 套表型数据，为现代杂交...
2023-09-20 21:01:55
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原创 生信分析Python实战练习 9 | 视频27
开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典...
2023-09-20 21:01:55
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原创 COVID疫苗加强针来袭，是否该接种？
Sience子刊 新研究揭示：COVID-19病毒影响人体线粒体功能，或成治疗新途径Nature Medicine ：脑雾、记忆和注意力不集中可能是新冠感染引发的血栓导致的Nature揭秘--为什么有些白人感染新冠病毒后不会生病SARS-CoV-2重复感染将为常态整个北半球，公卫人员正在紧锣密鼓地推进秋季COVID-19疫苗接种，以防新一波SARS-CoV-2的变种。在英格兰，政府将接种日期定在本...
2023-09-19 21:03:00
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转载 iMeta | 被引超1300次，发文120篇，立即指数10.88，百引耗时20天(2023/9/17)
iMeta 被引超1300次，发文120篇，立即指数10.88，百引耗时20天(2023/9/17)根据 Dimensions 网站统计，截止2023年9月17日，iMeta 己发表论文120篇，被引1306次，立即指数10.88，百引耗时20天！其中，2023年引用955次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月2...
2023-09-19 21:03:00
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原创 背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”
NBT - Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，不是土豪也不会编程的你怎么蹭一波？对蛋白结构的大规模分析揭示了蛋白质中前所未见的结构单元和蛋白蛋白之间出乎意料的关联关系。Google DeepMind利用AlphaFold神经网络预测了几乎所...
2023-09-18 21:00:08
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原创 生信分析Python实战练习 8 | 视频26
开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典...
2023-09-18 21:00:08
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转载 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分享9个我们承建发表的数据库，4篇NAR，一篇BIB，一篇Nature protocols，一篇Science Bulletin，一篇iMETA，一篇ASPB，总计影响因子120+，以飨读者。中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，...
2023-09-18 21:00:08
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转载 我国夫妻院士一览表，一起来看看国内哪些夫妻双方都是院士！
正所谓“打虎亲兄弟上阵父子兵”，血缘关系在我国一直都是很强有力的纽带，这也是我国为何能够延绵上下五千年最根本的东西。而“不是一家人，不进一家门”，又是针对夫妻关系的一句俗语，体现了这对夫妻的恩爱和般配，在很多事情上都有相似之处。无独有偶，随着今年院士提名名单的一出，其实也有部分属于夫妻关系的院士被提名上榜，虽然还未当选，但是这样的院士家庭，就已经让很多人刮目相看了。那么在我国评选院士的漫漫长河中，...
2023-09-17 21:01:38
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原创 生信分析Python实战练习 7 | 视频24
开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典...
2023-09-17 21:01:38
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转载 好友创业！内农大 3 位菌群博士创立的星菌力益生菌值得拥有 (文末抽奖大放送)...
ScienceShare ｜ 科学私享星菌力！适合中国人的第四餐导 读 星菌力是一款融合了科学与健康的益生菌产品，由三位深耕食品领域10余年的90后博士联合创立，甄选三大明星菌株，经多重筛选、科学循证、精准配比、高效锁活，打造出适合全家人食用的第四餐。此次，科学私享联合益知君推出星菌力“科学菌”，以科学之力，养肠道之菌，助科研之人。“科学菌”首次带来三位创始人的背后趣事，并送上惊喜大奖。文末福利...
2023-09-16 21:00:56
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转载 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分享9个我们承建发表的数据库，4篇NAR，一篇BIB，一篇Nature protocols，一篇Science Bulletin，一篇iMETA，一篇ASPB，总计影响因子120+，以飨读者。中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，...
2023-09-15 21:00:42
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转载 专家点评Cell | 李汉杰团队等构建人类免疫发育图谱并揭示血管旁巨噬和中枢外类小胶质细胞的分化与功能...
点评 |田志刚（中国工程院院士）、韩家淮（中国科学院院士）、HelmutKettenmann（德国科学院院士）；来源：BioArt巨噬细胞是免疫系统中不可或缺的组成部分，广泛分布在不同组织中，并在发育、器官形成、稳态维持和疾病发生发展中发挥关键作用【1】。巨噬细胞异质性显著，主要表现在形态、定位、基因表达谱及功能等方面，这些表型由巨噬细胞的发育起源和驻留的微环境所决定【2】。具有组织特异性...
2023-09-15 21:00:42
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转载 iMeta | 东北林业大学冯富娟组发现丛枝菌根真菌诱导削弱镉的迁移
点击蓝字 关注我们丛枝菌根真菌介导根际界面微生物重组削弱镉的迁移动力iMeta主页：http://www.imeta.science综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.133●2023年8月31日，东北林业大学冯富娟团队在iMeta在线发表了题为 “Rhizosphere interface microbiome reassembly by...
2023-09-15 21:00:42
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转载 NAR｜吴华君/郑小琪/黄超兰团队开发AI辅助的DNA柔性预测工具BendNet
DNA与蛋白质的相互作用对于DNA复制、染色质形成、转录调控等许多关键细胞进程至关重要，这些细胞过程需要DNA展现出不同程度的柔性来缠绕蛋白质，其中起关键作用的是100-bp以下的DNA片段的柔性 (1)。实验上，可以通过loop-seq等方法获取DNA片段的柔性。但是，使用这些方法在全基因组尺度上低成本地获取DNA序列的柔性仍然具有一定的困难 (2,3)。近日，北京大学医学部精准医疗多组学研究中...
2023-09-14 09:02:06
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原创 AI是否有意识？科学家提出标准来寻找答案
生信麻瓜的 ChatGPT 4.0 初体验偷个懒，用ChatGPT 帮我写段生物信息代码许多研究者表示，AI系统还没有达到意识的程度，但AI的发展速度让他们开始思考：如果AI有意识，我们该如何知道？类似人类的行为可能很难判断机器人的真实参与程度。来源：Johannes Simon/Getty为了回答这个问题，由19位神经科学家、哲学家和计算机科学家组成的团队提出了一份标准清单，如果一个系统符合这些...
2023-09-14 09:02:06
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原创 Science子刊新发现：mtDNA损伤或可提前诊断帕金森病
Sience子刊 新研究揭示：COVID-19病毒影响人体线粒体功能，或成治疗新途径Neuron：如果这是很多人帕金森病的开始，我们可能能够在它进入大脑之前识别谁患有这种疾病，并希望能够阻止它帕金森病是一种逐渐导致移动困难、震颤，最终会发展为痴呆的脑部疾病。通常很难在其长达数年的进展早期进行诊断。这使得测试实验性治疗具有挑战性，并延缓了人们获得现有药物的时间，这些药物虽不能阻止脑细胞的持续死亡，但...
2023-09-12 21:00:22
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转载 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分享9个我们承建发表的数据库，4篇NAR，一篇BIB，一篇Nature protocols，一篇Science Bulletin，一篇iMETA，一篇ASPB，总计影响因子120+，以飨读者。中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，...
2023-09-11 21:00:18
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原创 Nature Medicine ：脑雾、记忆和注意力不集中可能是新冠感染引发的血栓导致的
来源：ajijchan/Getty Images感染新冠病毒后数月仍存在健康问题的病症成为长新冠。许多患有长新冠的人报告称，他们面临着“脑雾”（ brain fog）问题，经常出现记忆和注意力不集中，导致他们在日常生活中难以正常工作。一项新的研究发现，这些认知问题可能源于病毒感染引发的血栓，可能是通过类似于引发某些类型痴呆症的机制导致的。这些血栓在血液中留下明显的蛋白质标记，表明对它们的检测可能有...
2023-09-11 21:00:18
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转载 香港理大这个项目，获3700万+拨款！招人 - 计算机、生物、医学 | 研究员、博士后、博士、硕士...
导师简介Principal Investigator Introduction章偉雄教授拥有计算机学士（清华大学）和博士（美国加州大学洛杉矶分校UCLA）学位，曾任美国圣路易斯华盛顿大学计算机和遗传学教授二十余年。目前担任香港理工大学生物信息学与整合基因组学讲座教授和香港全球杰出创科学人教授 (Hong Kong Global STEM Professor) 。实验室简介及主要研究领域Lab In...
2023-09-11 21:00:18
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转载 “定量生物学2023：人工智能与细胞命运”国际会议第一轮通知
Quantitative Biology 2023AI and Cell Fate会议介绍由北京大学定量生物学中心主办的“定量生物学2023：人工智能与细胞命运”（Quantitative Biology 2023: AI and Cell Fate）国际交流研讨会将于2023年10月14日-15日在北京召开（会议网址：https://qbio.pku.edu.cn/QB2023）。作为前沿交叉学...
2023-09-10 21:00:41
49
转载 科研人的浪漫新高度：520卷 1314期 发篇“论文”当婚礼邀请函！
婚礼邀请函常常有，但这样的婚礼邀请函您见过吗？注意每一个细节，520卷，1314期，婚礼学报每一个细节都非常好，妥妥的学霸专属[ 婚礼邀请帖]科研人的“浪漫小惊喜”科研人，把求婚写进论文致谢里2018年，华中科技大学的文章的Rui Long同学在他发表的题为：Performance Analysis for Minimally Nonlinear Irreversible Refrigera...
2023-09-09 21:00:25
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原创 Science子刊 | 将CAR-T细胞疗法与造血干细胞移植相结合 或许 能治疗所有血液癌症...
来源：BRUNO DELESSARD/CHALLENGES-REA/REDUX新的CAR-T细胞疗法有望能治疗几乎所有血液癌症。目前，该疗法已被批准用于五种亚型的血液癌症。宾夕法尼亚大学帕尔曼医学院的科学家们在预临床试验中展示了这种方法的潜在效能。2023年8月31日，发表于《Science Translational Medicine》（IF2022=17.1）的一项研究中，研究人员使用了工程改...
2023-09-08 21:01:57
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转载 Nature genetics | 韩斌院士团队深入解析水稻杂种优势遗传基础，总结杂交稻选育遗传规律，助力杂交稻育种高质量发展...
2023年9月7日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌团队在Nature Genetics在线发表了题为Structure and function of rice hybrid genomes 、2023年9月7日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌团队在Nature Genetics在线发表了题为Structure and function of rice hybrid genomes...
2023-09-08 21:01:57
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原创 Neuron：如果这是很多人帕金森病的开始，我们可能能够在它进入大脑之前识别谁患有这种疾病，并希望能够阻止它...
帕金森病是一种脑部疾病。帕金森病的明显症状包括无法控制的震颤、动作减慢和脚步像黏在地上一样，这些症状都源自于大脑中控制运动的区域中神经元的丧失。但许多研究人员认为，这种神经退行性疾病可能在大脑之外的地方开始发展，即在肠道，并且可能比首次出现神经学症状的时间要早很多年。哥伦比亚大学研究人员David Sulzer博士、Dritan Agalliu博士以及他们的两名研究生的最新发现增加了支持这一假设的...
2023-09-07 21:02:25
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转载 iMeta｜香港中文大学（深圳）及福田生物医药创新研发中心与海普洛斯联合推出单细胞分析流程ScRNAPip...
点击蓝字 关注我们ScRNAPip：系统、动态的单细胞转录组数据分析工作流iMeta主页：http://www.imeta.science方 法●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.132●2023年8月31日，香港中文大学（深圳）叶德全、海普洛斯集团陈实富团队在iMeta在线发表了题为 “ScRNAPip: A systematic and dy...
2023-09-07 21:02:25
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原创 生信分析Python实战练习 6 | 视频24
开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典...
2023-09-06 21:01:35
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原创 Nature揭示记忆与食欲的大脑连接与肥胖风险相关
根据最新研究，调节记忆的大脑回路和调节食欲的大脑回路间的连接中断程度与体重指数（BMI）成正比，这在患有导致肥胖的紊乱或暴饮暴食行为比如暴食症（BED）的患者中关联更显著。该研究指出，肥胖者的背外侧海马体（dlHPC）与外侧下丘脑（LH）之间的连接受损，可能会影响他们在期待奖励食物或款待时控制或调节情绪反应的能力。这项研究来自宾夕法尼亚大学佩尔曼医学院，于2023年8月30日发表在《Nature》...
2023-09-06 21:01:35
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Masterminds of programming
2010-12-26
Python在Unix和Linux系统管理中的应用
2010-12-18
gvim常用插件及其配置文件配置（下载解压即可使用）
2010-08-17
Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘
2010-03-02
Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
2010-03-02
空空如也
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