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悟道西方

踏实工作,认真修养;与人为善,合作共赢;玉汝于成,追求卓越。

原创 生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源

欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/ 生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看...

2018-01-31 10:02:40 2701 2

转载 清华大学医学院 | 体外成熟人卵单细胞多组学研究及总结干细胞分化为配子进展文章...

清华大学医学院纪家葵课题组近期在生殖医学顶级期刊《Human Reproduction》 及《Human Reproduction Update》分别发表体外成熟人卵单细胞多组学研究(“...

2020-07-02 08:20:00 16 0

原创 最后2周 | 高级转录组分析和R语言数据可视化第十一期 (报名线上课还可免费参加线下课)...

“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次...

2020-07-01 19:23:00 40 0

原创 图形解读系列 | 散点图也不简单

识图:先理解每个点是什么(点代表基因、样品、通路或其它的,这个认识可以来自于常识,来自于自己对数据的认识,或来自于文章作者的描述),然后看横轴代表什么、纵轴代表什么,再看图例中展示的其他...

2020-07-01 19:23:00 54 0

转载 微生物组-宏基因组分析第8期 (报名直播课免费参加线下2020.7)

“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同...

2020-06-30 21:07:37 94 0

转载 211.Alpha多样性箱线图(样章,11图2视频)

《微生物组数据分析与可视化实战》专著众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人(目录)编者序:初衷、计划、要求、优势、目标和展望本文为样章,211代表目录...

2020-06-30 21:07:37 38 0

原创 最后2周 | 高级转录组分析和R语言数据可视化第十一期 (报名线上课还可免费参加线下课)...

“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次...

2020-06-28 14:08:04 63 0

转载 她的癌细胞救了上亿条命,却很少有人知道她的名字

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅...

2020-06-26 08:20:00 32 0

转载 MATLAB禁用!!MATLAB教程对高校全免费!!

晓查 发自 凹非寺近日,有哈工大师生在微博上反映,收到了被MATLAB软件停止服务的邮件。△图片来自微博网友“伊利达雷之怒原因是受美国实体清单的出口管制影响。5月23日凌晨,美国商务...

2020-06-23 08:20:00 142 0

转载 送书 | 主成分分析PCA

主成分分析 PCA本节作者:刘华,中国科学技术大学版本1.0.3,更新日期:2020年6月18日什么是PCA(Principal Component Analysis)相关背景在许多领域...

2020-06-22 23:54:15 80 0

转载 花器官身份基因与靶基因间的调控进化情况

植物花器官的类型(如萼片、花瓣、雄蕊和心皮等)有限,但在大小、形状、结构和颜色等方面表现出丰富的多样性。鉴定和比较不同物种中花器官身份基因的靶基因,是理解花器官共性和特性形成分子机制的关...

2020-06-21 08:40:00 23 0

转载 最会数据分析的护士!全世界最有名的白衣天使是如何走上可视化之路的?

大数据文摘出品编译:lin、笪洁琼在疫情的大背景下,我们对于护士这个职业有了新的思考。大家都知道,护士节是为了几年近代护理学和护理教育的创始人、英国护士弗洛伦斯·南丁格尔(Florenc...

2020-06-21 08:40:00 132 0

转载 国际上首次报道的非人灵长类胰岛衰老的单细胞转录组图谱

近30年来,随着人口老龄化,我国糖尿病的发病率急剧攀升。目前,全国糖尿病患者总数已经超过一个亿,并且有近五亿成年人处于糖尿病前期(糖耐量受损),这已对我国衰老相关慢性病的防治构成严峻的挑...

2020-06-19 08:20:00 57 0

转载 美国科学院院士、斯坦福大学王永雄(Wing H Wong)教授 - 生物信息学云论坛第一讲!...

各位同仁:生物信息学云论坛第一讲将于北京时间6月22日上午10:00-12:00举行。论坛有幸邀请到美国科学院院士、斯坦福大学王永雄(Wing H Wong)教授做题为“Cell typ...

2020-06-18 08:20:00 142 0

原创 图像处理R包magick学习笔记

作者:严涛,浙江大学作物遗传育种博士生,伪码农,R语言爱好者,爱开源。简介本文主要简单介绍一下magick包,主要用于图像处理#安装的话就直接从CRAN安装进行 install.pack...

2020-06-18 08:20:00 50 0

原创 送书 | 哈佛大学单细胞课程:笔记汇总前篇

经典赏析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(...

2020-06-17 13:30:00 134 0

转载 国家植物标本资源库信息网正式上线

2020年5月21日,国家植物标本资源库(National Plant Specimen Resource Center,简称NPSRC)的门户网站——国家植物标本资源库信息网正式上线运...

2020-06-17 13:30:00 37 0

原创 NC文章详解 | 鼠成纤维细胞单细胞分析发现成纤维细胞在心肌细胞成熟中起关键作用...

Cardiac maturation lays the foundation for postnatal heart development and disease, yet littl...

2020-06-10 19:00:00 126 0

转载 你家用的净水设备有哪些微生物污染呢?

随着水源水污染的加剧及人们饮水要求的不断提高,家用净水器作为用户终端处理设备逐渐走入千家万户。然而,家用净水设备中的过滤器长期处于潮湿环境,易形成生物膜,从而影响出水的微生物安全。中国科...

2020-06-08 17:00:00 32 0

原创 R语言学习 - 图形设置中英字体

绘制生信宝典调查总结文中的柱状图时,出现了中文乱码,就搜索了下解决方案,记录如下。修改图形的字体ggplot2中修改图形字体。# 修改坐标轴和legend、标题的字体 theme(tex...

2020-06-07 19:00:00 149 1

转载 送书 | 日读论文100+,AI都替代不了!辞去医药研发总监后,她成为了一名全职学术警察...

大数据文摘出品作者:笪洁琼、奥????vi丫、lin密集警告!先来感受下这场地狱级别的连连看:这是16小块实验数据图,你能看出哪些块存在相似的地方吗? 文摘菌看了一会儿就头昏...

2020-06-07 19:00:00 52 0

转载 微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同...

2020-06-07 19:00:00 176 0

原创 Seurat的单细胞免疫组库分析来了!

使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基...

2020-06-05 17:30:00 257 0

转载 科学•转化医学 | 中国科大发现NK细胞促进胚胎发育的转录调控新机制

中国科学技术大学免疫学研究所魏海明教授、傅斌清教授和田志刚教授课题组合作研究发现,蜕膜自然杀伤细胞(NK细胞)高表达转录因子PBX1,能够增强生长因子转录,促进胚胎发育;NK细胞PBX1...

2020-06-05 17:30:00 61 0

原创 复现Cell附图 |类器官的单细胞分析

类器官的单细胞分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测...

2020-06-04 19:31:00 176 0

原创 图形解读系列 | 给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?

图形解读的一般原则:从图的基本构造入手,拆解图的横轴代表什么、纵轴代表什么、几何对象如点、线、柱代表什么和对象的属性如颜色大小代表什么,理解了各个部分,再整体解读图中的差异。热图是一种很...

2020-06-02 08:20:00 562 0

转载 Cell Research | 单细胞测序技术揭示派杰氏病的致病机制

5月26日,中国农业大学生物学院于政权教授课题组在知名学术期刊Cell Research发表题为“The Msi1-mTOR pathway drives the pathogenesi...

2020-06-02 08:20:00 46 0

转载 送书 | 师妹越多,团队集体智慧越高,当占比80%时,达到巅峰

最近,《哈佛商业评论》杂志采访了卡内基梅隆大学组织行为和理论学助理教授安妮塔·伍利和麻省理工斯隆管理学院Patrick J. McGovern管理学教席教授托马斯·马龙,他们的团队研究表...

2020-05-31 14:31:00 137 0

原创 R语言学习 - 散点图绘制

散点图散点图在生物信息分析中是应用比较广的一个图,常见的差异基因火山图、功能富集分析泡泡图、相关性分析散点图、抖动图、PCA样品分类图(后续推出)等。凡是想展示分布状态的都可以用散点图。...

2020-05-31 14:31:00 67 0

转载 NAR | ZKSCAN3延缓人干细胞衰老的表观遗传机制

ZKSCAN3是具有SCAN结构域的锌指蛋白家族成员之一,曾被报道作为转录调节因子抑制自噬相关基因的表达。然而目前国际上关于ZKSCAN3的研究主要基于肿瘤细胞系及模式动物,其在正常人类...

2020-05-29 08:20:00 58 0

原创 一个R包完成单细胞基因集富集分析 (全代码)

singleseqgset | 单细胞RNA-Seq基因集富集分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq...

2020-05-29 08:20:00 226 1

转载 中科院动物所团队揭示了空间种子传播集合网络的结构及功能维持机制

探究全球变化下区域生物多样性及其生态系统功能的维持机制和保护对策是生态学、生物地理学和保护生物学领域研究的重大课题。集合群落(metacommunity)用于研究区域内破碎化栖息地景观中...

2020-05-28 08:20:00 213 0

转载 一文看全!史上以来的59家测序仪公司

本文来源于微信公众号“尹哥聊基因”(ID:yingeliaojiyin),系授权转载。前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全...

2020-05-28 08:20:00 73 0

原创 听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅...

2020-05-26 08:20:00 188 0

转载 原F1000Prime推荐:ACE2泛癌分析图谱(TCGA数据库挖掘)

新冠肺炎病毒来势汹汹,成为一场席卷全球的突发公共卫生事件,通过临床数据可知在新型冠状肺炎尤其是重症病例中,很多都是老年人或合并其他基础疾病的患者,肿瘤患者由于自身处于免疫异常状态,加...

2020-05-25 08:20:00 89 0

转载 送书 | 获得诺贝尔奖之后影响力会下降?绘制精英科学家的职业生涯路线图

导语以诺贝尔奖得主为代表的精英科学家群体,引领了现代科学的发展方向,其学术生涯路线,对青年学者有启发意义。近日由国防科技大学李际超与美国西北大学王大顺、殷裔安及印第安纳大学Santo F...

2020-05-24 18:32:00 152 0

原创 一文掌握GSEA,超详细教程!

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——GSEA富集分析:从概念理解到界面实操,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,是全网最流行...

2020-05-24 18:32:00 231 0

原创 翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅...

2020-05-22 08:20:00 273 0

原创 GSEA富集分析:从概念理解到界面实操

GSEA定义Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献。...

2020-05-21 08:20:00 199 0

原创 高级转录组分析和R数据可视化第十一期(报名线上课还可免费参加线下课)

“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同...

2020-05-20 08:20:00 78 0

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