悟道西方

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生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源

欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/ 生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看...

2018-01-31 10:02:40

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生物数据库建设,等你来~

高通量测序技术的发展使得数据的获取越来越容易,数据也累计越来越多; 生物信息的发展为解析数据提出假说提供了很好的技术手段; 数据有了,分析结果有了,文章发表了,皆大欢喜。 然后呢?为我们出力的数据怎么处理? 鸟尽弓藏,兔死狗烹? 让他们蜷缩在Excel里? 让他们沉睡在服务器上? 还是提供个在线平...

2019-06-19 14:45:20

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获取pheatmap热图聚类后和标准化后的结果

pheatmap是简单常用的热图绘制包,可以快速、简单、可定制的绘制漂亮热图。具体见R语言学习-热图简化和免费高颜值可定制在线绘图工具 ImageGP。 现在要解决的一个问题是图出来了,想看下转换后用于绘图的表格,也就是获取聚类后的矩阵和聚类标准化后的矩阵。 生成测试数据 mat <...

2019-06-17 16:01:37

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癌中之王:基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell

文章解读:Tiger 文章校对:生信宝典 Summary: Single-cell technologies have described heterogeneity across tissues, but the spatial distribution and forces that d...

2019-06-13 09:21:45

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骨髓基质在正常和白血病个体中的细胞图谱|Cell最新(文末有彩蛋)

文章解读:Tiger 文章校对:生信宝典 研究背景 基质细胞是几乎每个器官中都存在的定义不明确的非实质成分,在器官发育,体内平衡和修复中起关键作用。对骨髓基质的研究已经确定了干细胞生态位中的基质细胞的细胞亚型,其调节造血再生并且能够引发白血病。在这里,我们使用单细胞RNA测序(scRNA-s...

2019-06-10 10:40:33

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Science:通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程

单细胞测序可以揭示单个细胞的微妙的变化并对细胞进行分型,在经历了动物单细胞的火热后,植物单细胞转录组的春天来了,Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个。本文详细解析了2019年4月,Brad Nelms和Virginia Walbot两位研究人员在Science期刊上通过单...

2019-05-22 14:02:24

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原来Rproj还可以这么使用

原来Rproj还可以这么使用 在别人的电子书,你的电子书,都在bookdown中我们讲述了bookdown的应用。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。 本身是一个很简单的文件,里面的内容一般不需要修改,只是放置在每个项目目录下即可。 比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件,配置了一些参...

2019-05-22 14:00:12

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为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的?

为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的? 在准备GEO/TCGA培训时,因为数据部分来自NCBI GEO数据库,就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式,顺便也看了GEO2R的使用。然后就发现了一个问题,可能直接使用GEO2R的分析结果是错误的。 原因见下图 (官网介绍截图) 而GE...

2019-05-12 19:45:15

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挖掘PubMed数据库,获取报道的或推测新的基因调控关系

生信宝典之傻瓜式推出过基于Cytoscape的插件literature search进行文献挖掘查找指定基因调控网络的方。 近来发现一款神奇的在线工具 (Chilibot, chip literature robot, http://chili...

2019-05-12 14:21:38

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一文掌握GSEA富集分析-最详细教程

之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。 最近用自己数据实战分析时用到了该方法,故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。 从...

2019-04-26 17:02:46

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(九)- Scater包单细胞过滤

往期系列 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五) Hemberg-lab单细胞转录组数据...

2019-04-22 18:38:51

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八) - Scater包输入导入和存储

往期系列 亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(一) 亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(二) 亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(三) 亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(四) 亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(五) 亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(六) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)...

2019-04-22 18:24:05

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

往期系列 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五) Hemberg-lab单细胞转录组数据...

2019-04-22 18:15:25

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五) 收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质...

2019-04-22 17:23:09

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四) 收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享 该如何自学入门生...

2019-04-22 17:20:39

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三) 收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享 生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限...

2019-04-22 17:17:56

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) 收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享 生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费 scRNA-seq原始数据加工 FastQ...

2019-04-22 17:14:08

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)

单细胞测序实验方法 开发scRNA-seq的新实验方法和操作手册是目前很火的研究领域,而且最近这些年已经发表了一些改进方法。上图可以看出检测的细胞数目以指数形式增加,以下是一份不完全的列表: STRT-seq Smart-seq CEL-seq MARS-seq SCRB-s...

2019-04-22 17:09:47

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)

在别人的电子书,你的电子书,都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course),从2016年一直更新到2018年,是入门单细胞分析的十分适合的文档。为了进一步促进学习,生信宝典申请并组织翻译这篇教程,将在公众号...

2019-04-22 17:04:03

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三人成虎,概率却不足十分之五?几个贝叶斯推理故事的分享

周末了,看一些违反直觉的小问题们。 第一个问题:三人成虎,概率却不足十分之五? 你打算去西雅图旅游,但不确定是否会下雨。你打电话给三个在西雅图居住但彼此不认识的朋友询问。你的每个朋友都有2/3的可能告诉你真实情况,也有1/3的可能他们会搞砸。询问后所有的朋友都告诉你会下雨。 那么是不是第一反...

2019-04-13 17:55:33

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