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原创 生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源

欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需...

2018-01-31 10:02:40 8953 4

原创 生信分析过程中,这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?

生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bedbed12sambamwigbigwigbedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析。

2024-07-15 15:52:11 514

原创 我想做信号通路分析,但我就是不想学编程

Metascape有一个不是很讨喜的地方,就是默认的Express Analysis,总是喜欢把各个数据库的信号通路混一起分析,这样很容易出现,某些非常general的数据库,就容易抢戏,出现各种冗余。想做信号通路富集分析,点左边的over-representation analysis,贴上列表,选择数据类型(到底是gene id,还是symbol,还是别的什么),然后提交就好了。然后就自动出结果了,输出的图片颜值很高,还能下载原始的excel表回去自己作图,还能自动导出成漂酿的成套的ppt结果汇报!

2024-07-15 15:44:52 462

转载 会议通知 | 中国干细胞第十四届年会-第二轮通知

高颜值免费 SCI 在线绘图(点击图片直达)最全植物基因组数据库IMP (点击图片直达)往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习

2024-07-14 21:01:04 2

转载 移民火星靠它了 | 这种植物失水98%照样可以活下来,更神奇的是,给它一滴水马上就会复苏...

我的初衷源自于一次难忘的荒漠考察经历。那次考察中,我亲眼目睹了齿肋赤藓(Syntrichia caninervis)能够在极度干旱、高温以及强辐射的条件下存活,在长期干燥条件下“干而不死”,且重新获得水分后“秒速复苏”,呈现出顽强的生命力。这种罕见的自然现象深深吸引了我,使我开始思考这种植物在更加极端的环境中,比如火星,是否也能展现出同样的生命力。近年来,人类对于火星探索的兴趣与日俱增,火星定居和...

2024-07-13 21:01:44 4

转载 招聘:戴西件团队招聘GWAS基因数据分析研究助理(可短期)

招聘信息01招聘要求1.学历:已获得或即将获得硕士学历。2.要求:熟练GWAS、基因风险评分等基因相关的生物数据分析。3.操作熟练者,接受短期工作时间。特别优秀者,可推荐澳门大学攻读博士,继续在课题组学习。02薪酬与福利待遇面议。03联系我们(1)准备简历,发送至maiping66@163.com;(2)工作地点:南昌大学第二附属医院 医学影像中心课题组简介戴西件博士团队是一个医工交叉的复合型团队...

2024-07-13 21:01:44 3

转载 PNAS | 中科院遗传发育所陈宇航研究组揭示气孔运动调控新机制

作为固着生物,植物不能像动物一样可以通过整体移动来躲避不利的环境因素。面对自然界多种多样的生物和非生物胁迫,植物进化出了独有的适应机制,比如通过气孔介导植物体与外界环境的气体交换来调控自身对环境变化的适应。气孔由成对的肾形保卫细胞构成,它们就像叶子表面上一张张小小的嘴巴,通过开闭运动控制着水分散失和二氧化碳吸收,进而调节植物的蒸腾作用和光合作用。在分子水平上,气孔运动由保卫细胞的离子通道所调控。它...

2024-07-12 21:01:13 9

原创 Illumina测序什么时候会测序到接头序列?

在NGS基础 - 高通量测序原理中提到过文库的构建,具体如下图图中黑色片段即为我们的插入片段。根据测序用途不同,插入片段一般也不同。常规转录组测序、重测序插入片段为200-300 nt。扩增子测序插入片段长度取决于使用的扩增引物,一般400-550nt。小 RNA 测序插入片段长度为18-40 nt。

2024-07-12 11:48:30 257

原创 在Rstudio中点一点就出来了一个R包

https://r-pkgs.org/

2024-07-12 11:46:33 99

转载 中国农科院基因组所汪鸿儒团队揭示杂种不亲和位点在植物中的演化规律

责编 | 王一近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)汪鸿儒团队与巴黎萨克雷大学Léo Planche博士、俄罗斯国家研究型高等经济大学Vladimir Shchur教授,以及美国加州大学伯克利分校Rasmus Nilsen教授的合作Molecular Biology and Evolution杂志在线发表了题为Selfing promotes sp...

2024-07-11 21:01:45 7

转载 Nat Commun | 费腾/黄俊/吴华君合作揭示肿瘤化疗耐药的分子基础及靶向策略

肿瘤化疗耐药是肿瘤诊疗临床实践中遇到的常见问题,严重影响病人预后和临床治疗效果,目前尚未有系统的解决方案。尽管有证据表明多个基因与化疗耐药有关,但人们对这一现象的认识仍不全面,仍然缺乏克服化疗耐药的有效治疗策略。因此,迫切需要对各种化疗耐药的分子基础进行系统而全面的研究。以CRISPR技术为基础的高通量遗传筛选系统的出现为探讨该问题提供了潜在的有效工具。2024年6月29日,Nature Comm...

2024-07-11 21:01:45 13

原创 如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列?

这篇文章有读者留言想要提取外显子,内含子,启动子,基因体,非编码区,编码区,TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf,也可从文后链接获取。

2024-07-11 10:31:53 258

原创 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

5. 得到下面的序列信息,开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列,你可以跟NCBI上得到的序列比对一下,看看是不是一样的呢?4. 好了,转录因子与promoter结合位点已经有了,接下来就是愉快的通过实验验证了!4. 以上只是该基因的一些信息,可以用于查找相应的UTR等区域,下面进入正题,寻找promoter区域。做生信分析时,一般选择上游1 kb,下游 500 nt,也有选上下游各1 kb的。转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。

2024-07-11 10:29:04 1011

转载 Nature:“一稿多投”是作者的合法权利!

“一稿多投”一直被认为是不端的行为,但这个“规矩”是在纸质时代信息沟通不畅的情况下制定的,近年来有关取消这一观念的声音已振聋发聩!詹启智的《一稿多投是著作权人依法享有的合法权利一一兼论一稿多发后果的规制》一文,从法律和行政法规角度出发论证了一稿多投是著作权人依法享有的合法权利。终于有人喊出来:一稿多投是作者的合法权利!国际顶级期刊Nature职业专栏(Nature Career Column)发...

2024-07-10 21:01:04 10

转载 JIPB | 中国中医科学院黄璐琦/郭娟团队和查尔姆斯理工大学陈云团队推动阿朴菲生物碱生物合成途径解析和异源生产...

阿朴菲生物碱是苄基异喹啉生物碱 (BIA) 的一个分支,广泛分布于防己科、木兰科、樟科、马兜铃科、毛茛科等多个科属的植物中,其在对抗代谢综合征、中枢神经系统疾病、癌症等方面具有广泛应用前景。阿朴菲生物碱可以分为两类, Ⅰ 型和 Ⅱ 型。Ⅰ 型是通过底物的直接C-C偶联衍生而来,而 Ⅱ 型是由 (S)-N-methylcoclaurine和 (R)-N-methylcoclaurine转化而来的原阿...

2024-07-10 21:01:04 7

原创 Nature子刊 | 群体生活物种通常比独居物种寿命更长及其分子基础

结果表明,群体生活物种通常比独居物种寿命更长,并且群体生活物种从短命状态到长寿状态的转变率高于非群体生活物种,这共同支持了社会组织和长寿的相关进化。为了评估社会状态之间的进化转变和长寿的进化路径,研究者通过全面的文献调查收集了尽可能多现存哺乳动物物种的社会组织数据。为了评估寿命的变化是否取决于社会组织,研究者比较了三种变量组合的独立和依赖RJ-MCMC模型:非独居/独居和绝对短命/长寿(>26岁)、非成对生活/成对生活和绝对短寿/长寿以及非群体生活/群体生活和绝对短命/长寿。

2024-07-10 11:10:54 244

原创 Linux下为什么ls直接就可以运行,而你的程序要写./dir1/dir2/bin/bwa才可以

我们不能太高估电脑(或操作系统),不要以为只要输入一个程序名或文件名,电脑(或操作系统)就可以满硬盘的去找这个文件在哪;以上就是Linux系统的环境变量设置,Windows系统的环境变量择日再推一期,喜欢的话不妨多多关注。操作系统为了便捷性和安全性,定义了一系列环境变量,存储常用信息,的文字,可以看到操作系统很懒,当然懒是好的程序员的必备属性。自己装一份,然后用自己的,这时就涉及到优先级问题了。进行查找,看下是否有与用户输入的命令同名的文件存在,而且是。文件,尝试运行,成功。所以在这个情况下,我们输入。

2024-07-10 11:09:31 828

转载 iMeta期刊 第3卷第3期 在线正式发布

点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第3期 正式发布iMeta第3卷第3期封面:双管齐下双管齐下。本期李炳团队采用了两种方法解译污水厂病毒组的全景图。封面取材于成语故事“双管齐下”,唐代画家张璪擅画松,“能手握双管一时齐下,一为生枝,一为枯干,势凌风雨,气傲烟霞”。封面图中画家的两只笔代表研究环境病毒组最常用的两种方法:即基于病毒颗粒浓缩(VPC,游离病毒颗粒组分)和非浓缩(NC,总微生...

2024-07-09 21:01:35 14

原创 ggplot2绘图点的形状不够用怎么办?

请问老师,fviz_pca_ind 做pca,当设置geom.ind = “point”,group>6时,就不能显示第7,8组的点,应该如何处理(在不设置为文本的情况下),只改变点的几何形状和颜色。是其它形状加了颜色或变了大小,可能会对设置的大小或颜色属性有影响,先暂时忽略了;绘制形状时的通用问题,默认只支持6种形状。下面根据设定的符号列的因子数,通过取余数的方式获取这些数字,然后传递给。回到上面的问题,因为没有给代码和数据,这里也就只能意思一下了。默认支持下面122种形状。没看出来是什么形状)。

2024-07-09 11:06:15 424

原创 太愁了!这个分析需要哪种数据?原始count?标准化?抽平?FPKM?TPM?

澄清一个疑问:DESeq2/edgeR做差异分析时是只能两组之间比较,但不是说DESeq2/edgeR不能对所有的数据一起标准化,一样可以获得标准化后的结果用于后续其它分析。不同样本之间比较时,如果用的程序不能自己做数据在样本间的标准化,那一定要提供标准化后的数据!再进一步,这个表格里的数据是需要做过什么处理的,又成了问题。这是3个步骤,不能因为一个函数可以完成,就以为是一步!我们自己学的时候总会有这些关于数据使用的疑问。多试就好,不一定你的数据适合什么转换!之前,关于怎么拿到合适格式的数据,

2024-07-09 10:59:42 252

转载 2024中德芬生命科学论坛 | 2024国际转化医学信息学第十一次高峰论坛 | 智能时代的生命科学和医学前沿...

高颜值免费 SCI 在线绘图(点击图片直达)最全植物基因组数据库IMP (点击图片直达)往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习

2024-07-08 21:00:40 15

原创 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化

GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说,该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析,只能把分析结果进行可视化。在所有科学领域,由于空间限制和结果所需的简洁性,切实地去描述事物很难,所以需要将信息进行可视化,使用图片来传达信息。精心设计的图形能在更小的空间提供更多的信息。该包的设想就是能让用户快速检查大量数据,揭示数据的趋势和找出数据中的模式和相关性。数据可视化可以帮助我们去寻找生物问题的答案,也可以对某一假设进行判断,甚至可能发现不同的角度来调查不同的问题。

2024-07-08 18:09:19 1043

原创 用R在地图上绘制网络图的三种方法

地理网络图与不同,当引用地理位置进行节点时,需要将这些节点放置在地图上,然后绘制他们之间的连结。的帖子(https://datascience.blog.wzb.eu/2018/05/31/three-ways-of-visualizing-a-graph-on-a-map/),非常赞。其中他的部分思路对于我们很有帮助。首先准备需要的R包,当需要一次性加载多个R包时,我们可以利用pacman,它整合了library包中的一些相关函数,利用pacman包中的p_load。

2024-07-08 18:08:00 965

转载 50+专家报告 | 第十二届分子生药学暑期研讨会(第二轮通知)

分子生药学是在分子水平上研究中药的鉴定、品质形成、资源保护与生产的一门科学,是中药学领域一个极富前瞻性的分支。自1995年提出“分子生药学”概念以来,在研究内容、技术方法、科研成果、人才队伍等方面均显示出巨大的活力和生命力,学科的内涵外延日趋完善,特别是2017年中国中西医结合学会分子生药学专业委员会的成立,标志着分子生药学已成为中药研究的热点和前沿。 中国中医科学院2012...

2024-07-07 21:00:28 17

转载 最全植物基因组数据平台 IMP中文教程( 核基因组更新到 1000 个植物)

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台...

2024-07-06 21:00:44 10

转载 Science | 上海师范大学黄学辉团队解析水稻性状的遗传特征

2024年7月5日,上海师范大学黄学辉团队在Science发表了题为Genomic investigation of 18,421 lines reveals the genetic architecture of rice的研究论文。该研究利用超大规模的水稻遗传群体(18K),开发了水稻数量性状基因快速发掘的方法,全面发掘了水稻16个重要农艺性状的QTL基因及基因的遗传互作,构建了水稻QTL基因...

2024-07-05 21:00:52 38

原创 20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化

Pathview网站简介前段时间介绍了一个R包 —Pathview。。从而对KEGG通路图进行一定程度的个性化处理,并且丰富展示信息。分别是:化合物和基因集同时绘制在通路上,多状态或样本同时或分开绘制,展示离散数据标记上下调或是否存在,不同来源的ID的转换和映射,不同物种使用时名称的处理和未注释物种的处理 (直接用于宏基因组或微生物组数据)。具体见网站是在该包的基础上,对一些核心功能进行延伸:简单直观的图形使用界面。用的是,因此访问速度很快。(该API是一个bash脚本,通过cURL使用。

2024-07-05 14:49:03 1195

原创 直接写和放在函数中不同的R语言用法

轴)指定绘图属性,但如果列名字是一个R对象呢?这一情况常发生于自定义函数时。当然下面这个“神奇”的写法也可以,整个表达式构建一个字符串,再解析执行出来。公式 (formula)是一个在运算和绘图中常用的形式,直接写公式。ggplot绘图时,可以直接提供列名字(如下面的。那么假如列名是一个R对象怎么做?再转回R字符串对象,等同于直接写这个对象。兜兜转转,2步转换把想传的值传进去了。可以,但如果是用对象构造公式呢?把一个R字符串对象转换为一个。(bang-bang操作符),则可以转换向量、列表对象。

2024-07-05 14:47:15 237

转载 听院士讲述生物信息学学习探索之旅

在北京大学2024年研究生毕业典礼上的发言张泽民生物医学前沿创新中心主任、中国科学院院士亲爱的同学们、老师们,各位来宾,大家好!今天是一个特别的日子,我非常荣幸能作为教师代表,在这个庄重而喜悦的时刻,与大家一同见证同学们的重要里程碑。首先,让我们一起向今天的主角——所有即将毕业的研究生们,表示最热烈的祝贺!即将告别燕园,你们的心情也许是复杂的,既有憧憬,也有不舍,可能还带点迷茫。研究生毕业意味着你...

2024-07-04 23:13:57 22

原创 手把手教你生信分析平台搭建

其实,争论哪个版本更优秀没有意义,别纠结,你的技能好坏与使用哪个版本关系不大,通常来说CentOS更适合服务器使用,作为个人电脑来使用,还是Ubuntu更好些。如果不使用虚拟机,而是直接将Linux安装到实体机上,就需要一个启动盘,优盘是最方便的,不过目前流行的方式是下载系统的ISO文件,然后制作U盘启动。确定好服务器配置之后,还有很多事情需要选择,包括购买哪种类型的服务器,自己DIY,塔式服务器,机架式服务器,计算集群还是云服务器等,那么众多的选择中哪款才是适合自己的呢,这里我们一一道来。

2024-07-04 15:15:03 639

原创 一个R包完成单细胞基因集富集分析 (全代码)

singleseqgset是用于单细胞RNA-seq数据的基因集富集分析的软件包。它使用简单的基础统计量(秩和检验)来确定不同cluster中感兴趣的基因集的富集。

2024-07-04 15:08:27 624

转载 Food Chemistry | 中国药科大学李萍/陆续团队通过8种地锦草亚属植物的质体基因组比较分析对地锦草药材进行系统鉴定...

中国药科大学李萍/陆续团队近期在《Food Chemistry》期刊发表了题为“Comparative plastomes of eight subgenusChamaesyceplants and system authentication of Euphorbiae Humifusae Herba”的研究论文,通过8种地锦草亚属植物的质体基因组比较分析对地锦草药材进行了系统鉴定。 中...

2024-07-03 21:01:44 20

原创 高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

批次效应表示样品在不同的批次处理和测量时引入的与生物状态不相关的系统性的技术偏差。很多因素都可能导致批次效应的产生,如不同实验条件、不同操作者、不同公司的试剂、不同批的试剂、实验开展的时间、检测设备、不同的测序批次等。

2024-07-03 15:05:03 765

原创 「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

patchwork是基于ggplot2的拼图包,因为ggplot2本身没有强大的拼图语法,而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。我关注这个包蛮久了,现在Github上的Star数已经远超大部分的R包,但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关,写的博文大多数也如此,但实际对图形的掌控力并不咋的,所以还是要多多学习。下面进入正题,掌握好ggplot2与patchwork的基本用法,一般的图形都可以搞定了,并必要搞的很复杂。

2024-07-03 15:00:25 336

转载 第十三届全国生物信息学与系统生物学学术大会(第一轮通知)

全国生物信息学与系统生物学学术大会自1998年首届召开以来,已成功举办十二届,是中国生物信息学研究领域学术水平最高、影响最大的品牌会议。第十三届全国生物信息学与系统生物学学术大会将于2024年10月9日至12日在海南省海口市召开。此次会议由中国生物信息学学会(筹)主办,海南医科大学、黑龙江省生物信息学学会承办,清华大学生物信息学教育部重点实验室、中国科学院数学与系统科学研究院协办。大会的主题为“生...

2024-07-02 21:00:25 63

转载 Adv Sci | 北京大学乔杰等团队开发基于RNA胚胎植入前基因检测的新方法

胚胎植入前基因检测(PGT)可以将出生缺陷的风险降到最低。然而,常规PGT的准确性和适用性受到现有单细胞全基因组扩增方法不均匀的基因组覆盖率和高等位基因辍学率的影响。2024年6月20日,北京大学乔杰、闫丽盈及严智强共同通讯在Advanced Science在线发表题为“Concurrent Preimplantation Genetic Testing and Competence Asses...

2024-07-02 21:00:25 14

原创 Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出

在上面给出的链接下载Anaconda或Conda对应版本的分发包之后,安装就是运行下面的命令,根据提示一步步操作,主要是修改安装路径 (如果是根用户,可以安装到/anaconda下,其它任意目录都可以,但路径短还是有好处的;概念,可以简单的配置不同Python版本的环境、不同Python包的环境、不同R环境和R包的环境,对于生物信息软件繁杂的应用和频繁的更新提供了很大的便利。做培训时需要给参加培训的老师提供配置环境的脚本,之前都是提供一个Bash文件,更简单的方式是可以导出环境,自己配置时再导入就好了。

2024-07-02 17:52:50 701

原创 linux 下 rm 为什么要这么写?

是 Linux 下的一个危险命令,用于删除文件或文件夹,删除后很难恢复。程序员常做的删库跑路之一就是。我们自己在写脚本时要尽量保证代码适用于不同的电脑,所以这里我们用了复杂写法,直接指定用。,看上去是麻烦了些,但好处是不受用户自定义行为的影响,更通用。所以,看上去同样写法的命令在不同的电脑上行为可能完全不一样。这是一个很好的问题,观察很仔细, 也带着了自己的思考。通常为了避免误删或使用方便,一般大家会在自己的。,在有权限的情况下递归删除服务器所有文件。或类似的文件中重定义一些命令,比如。

2024-07-02 17:50:08 386

转载 iMeta | 吴松锋/李京丽/朱云平-联合开发在线蛋白质组数据分析平台

点击蓝字 关注我们BioLadder:专注于蛋白质组学数据分析的生物信息学平台iMeta主页:http://www.imeta.science方法论文●期刊:iMeta[IF 23.7]●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.215●2024年6月20日,北京青莲百奥生物科技有限公司和国家蛋白质科学中心(北京)团队在iMeta在线联...

2024-07-01 21:00:27 14

转载 宋春旭/Viviane Cordovez团队Trends in Microbiology综述丨C4谷物和生物燃料作物的微生物组...

▲ 点击上方蓝字关注CellPress细胞科学 ▲生命科学Life science微生物组在植物的生长发育、营养获取以及对生物和非生物胁迫的耐受性中具有重要作用。鉴于C4谷物和生物燃料作物在气候变化背景下对粮食安全的重要性,近年来人们对C4植物微生物组的组装机制及其功能的研究愈加关注。近日,中国农业大学资源与环境学院张福锁院士团队的宋春旭副教授与荷兰皇家生态研究所微生物生态系Jos M. Raai...

2024-07-01 21:00:27 10

Masterminds of programming

  Description    Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed.   Full Description   Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with:   * Adin D. Falkoff: APL   * Thomas E. Kurtz: BASIC   * Charles H. Moore: FORTH   * Robin Milner: ML   * Donald D. Chamberlin: SQL   * Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK   * Charles Geschke and John Warnock: PostScript   * Bjarne Stroustrup: C++   * Bertrand Meyer: Eiffel   * Brad Cox and Tom Love: Objective-C   * Larry Wall: Perl   * Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell   * Guido van Rossum: Python   * Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua   * James Gosling: Java   * Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML   * Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C#   If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.  

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者:Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期:2009年4月 出版社:O'Reilly 页数:433 ISBN:978-7-80205-738-8 文件格式:PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中 的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题,例如并发或数据备份,然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具,并用来解决一系列范围很广的问题。 本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码,还可以用来运行书中的实例,包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。 通过这本书,你将发现Python是怎样帮助你: * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互 通过本书及其辅助虚拟机,你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件,以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手,不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理 由给出支持材料,并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同,本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris,Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师,同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)

gvim常用插件及其配置文件 支持c,perl,python,latex。 需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作!

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python,简明教程!

2009-09-26

空空如也

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