悟道西方

原创 生信宝典：生物信息学习系列教程、视频、资源

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需...

转载 DeepMind再迎挑战者，ESM作者带队6个月超越AlphaFold 3，代码权重全开源

新智元报道编辑：乔杨【新智元导读】一家刚成立6个月的初创公司Chai Discovery最近发布了能对打甚至超越AlphaFold 3的模型Chai-1，而且放出了模型权重和推理代码。不开源的DeepMind这回还能坐得住吗？距离AlphaFold 3亮相已经过去了4个月，但由于未公布代码且限量访问次数，我们对它的原理、机制和实际效用依旧知之甚少。DeepMind团队表示要等到发布6个月后...

原创 ROC和AUC也不是评估机器学习性能的金标准

对于不平衡数据集，AUC值是分类器效果评估的常用标准。但如果在解释时不仔细，它也会有一些误导。以Davis and Goadrich (2006)中的模型为例。如图所示，左侧展示的是两个模型的ROC曲线，右侧展示的是precision-recall曲线 (PRC)。

原创 Plant Com | 浙大樊龙江团队构建作物AI育种数据库（BreedingAIDB）

该研究搭建了作物基因组-表型成对数据库BreedingAIDB（http://ibi.zju.edu.cn/BreedingAIDB/），助力智能设计育种。

转载 海南大学唐朝荣/兰州大学刘建全合作最新Nature子刊

巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)是世界上唯一的天然橡胶商业来源，是一种重要的工业原料。然而，这种作物的遗传多样性有限，给橡胶育种带来了挑战。2024年8月22日，海南大学唐朝荣及兰州大学刘建全共同通讯在Nature Communications在线发表题为“Pan-genome and phylogenomic analyses highlight Hevea species ...

转载 iMeta大会2024(10.11-13深圳)第二轮通知-仅剩不足百个名额，开通团体报名通道，报满即止...

iMeta大会2024：构建创新型科研生态iMetaiMeta期刊是生物技术、微生物组和生物信息交叉学科期刊，主编刘双江和傅静远教授，影响因子23.7，位于全球微生物学科研究类第一，全球排名前千分之五(107/21848)，中国大陆排名11/514，广东省第一。子刊iMetaOmics主编赵方庆和于君教授，定位IF > 10的高水平交叉学科综合期刊，欢迎投稿！iMeta大会是由iMeta编...

原创 Nat Genet | 发现8个新基因！外显子组测序揭示罕见编码基因突变对成人认知功能的影响

成人的认知功能受到罕见蛋白质编码基因突变的显著影响，并鉴定了与成人认知表型相关的八个基因（ADGRB2、KDM5B、GIGYF1、ANKRD12、SLC8A1、RC3H2、CACNA1A和BCAS3）。此外，认知功能的罕见遗传结构与神经发育障碍的遗传结构部分重叠。研

原创 Nature子刊：生物合成硝基化蛋白，助力解决药物免疫耐受！

特拉华大学化学与生物分子工程系助理教授Aditya Kunjapur实验室的研究人员设计了一种细菌，可以合成一种含有稀有功能基团的氨基酸，这种功能基团已被证明对我们的免疫系统的调节具有影响。研究人员还讲解了单一细菌菌株在目标蛋白质内的特定位置合成这种氨基酸。

原创 iMeta | 河南农业大学姚文组开发绘制Circos图的交互式Web应用程序

我们之前开发了shinyCircos，一个用于创建Circos图的Web应用程序，该程序因其图形用户界面和易用性而得到广泛认可。在本研究中，我们开发了shinyCircos-V2.0，这是shinyCircos的升级版本，包括了一个新的用户界面，增强了其易用性，并提供许多用于创建高级Circos图形的新功能。为了帮助用户快速上手shinyCircos-V2.0，我们提供了详细的教程和示例输入数据集。该

原创 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因等）。常应用于转录组研究，也能应用于基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。

转载 Nat Commun | 龙尔平等合作建立人类肺组织单细胞多组学图谱定位肺癌遗传易感靶点...

疾病的发生发展的本质，源于细胞状态的改变和细胞生态系统的异常，受到遗传因素和环境因素的共同影响。在过去几十年，科学家们不断尝试以更精密尺度和更高分辨率来探索细胞内部信息的规律，从而深入理解疾病机制，寻找精准治疗的新靶点和干预手段。建立人类肺组织的单细胞多组学图谱，对于理解呼吸疾病的复杂机制至关重要。然而，领域内仍面临不同层次组学数据整合困难，转录调控的高度细胞类型特异性和环境暴露互作等核心挑战。 ...

转载 iMeta大会2024(10.11-13深圳)早鸟价最后1天文章/T恤/抽奖/积分错过要再等一年

iMeta大会2024：构建创新型科研生态iMetaiMeta期刊是生物技术、微生物组和生物信息交叉学科期刊，主编刘双江和傅静远教授，影响因子23.7，位于全球微生物学科研究类第一，全球排名前千分之五(107/21848)，中国大陆排名11/514，广东省第一。子刊iMetaOmics主编赵方庆和于君教授，定位IF > 10的高水平交叉学科综合期刊，欢迎投稿！iMeta大会是由iMeta编...

转载 王建安院士：如何从临床医生成为临床科学家？

新质生产力的特点是创新，而医院是医学创新的发源地。好的临床医生是天然的临床研究主力军，无论是做基础研究，还是做临床研究，都要聚焦临床问题开展探索、创新，才能逐步成长为一名临床科学家，推动医学事业发展。但现实中，很多医生同事擅长诊疗，不知道如何做临床研究，原因在于其没有把临床问题总结归纳出来。医生一定要做个有心人，题目就在身边，取之不尽。例如：患者手术后出血，为什么？患者久久不能出院，为什么？患者术...

转载 专家点评Nat Genet | 赵方庆团队建立高通量大视野空间转录组学新技术

点评 | 文路/汤富酬（北京大学）来源：BioArt在生物医学研究的前沿，空间转录组学技术已成为揭示细胞组成、空间异质性以及细胞间复杂相互作用的关键工具，对于深入理解胚胎发育、神经科学以及疾病发生机制等领域至关重要。尽管如此，该技术在实际应用中仍受限于成本高昂、视野范围有限和数据处理通量不足等技术瓶颈，这些限制在构建三维及多时空全转录组图谱时尤为突出。2024年9月10日，中国科学院动物研究所的赵...

原创 跟着iMeta学做图 | 冲击图展示菌群随盐度的变化

冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变化。在微生物群落分析中可以用来展示不同分类学水平微生物的丰度及其从属关系，利用R语言做冲击图实现菌群相对丰度的变化是生信分析中较常见的。

原创 Nature -- 空间表观组学与转录组学联合分析，揭示基因表达的精准调控

为充分理解组织中单细胞的基因表达调控，需要在单细胞水平以空间分辨率的方式集成不同分子信息的不同层面，包括表观基因组和转录组数据。虽然单细胞多组学方法可以捕捉来自不同分子层的信息，但是空间组学方法到目前为止主要局限于一层分子。张等人 (Spatial epigenome–transcriptome co-profiling of mammalian tissues)在 Nature 上介绍了两种用于单细胞分辨率的空间定位共同绘制表观遗传组和转录组。他们将这些技术应用于小鼠和人类脑组织中，展示了其在理解复杂组织

转载 用于生产源自中国传统药用植物的萜类化合物的酵母合成生物学

传统中医在治疗多种疾病方面得到了广泛应用。随着现代药物化学与药学研究的不断进步，我们得以揭示在疾病治疗过程中发挥作用的活性天然产物。在这些产物中，萜类化合物是传统中药中极为重要的天然生物活性成分之一。在传统方法中，这些具有生物活性的萜类化合物是从中药植物中提取的。然而，植物中这些萜类化合物的产量较低且质量波动较大，无法满足市场对萜类化合物日益增长的需求。因此，一种可持续的活性萜类化合物供应方式受到...

原创 跟着iMeta学作图 | 山峦图展示微生物丰度随盐度增加的动态变化

代码、数据和结果下载，请访问https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/230410ggridges。可以用来展现数据分布类型，数据分布情况用峰的高低来表示，分布越密集的区间，峰越高。接下来，我们将通过详尽的代码逐步拆解原图，最终实现对原图的复现。以上数据和代码仅供大家参考，如有不完善之处，欢迎大家指正！代码翻译及注释：农心生信工作室。

原创 Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法

我们根据这些家族的分类学、栖息地、地理分布和基因邻近分布对其进行了注释，并在有足够序列多样性的情况下预测了蛋白质的三维模型，揭示了新的结构。总之，我们的研究结果揭示了一个极其多样化的功能空间，突出了进一步探索微生物功能暗物质的重要性。

转载 iMeta大会2024(10.11-13深圳)早鸟价最后2天合著文章/纪念T恤/抽奖等多重福利不容错过...

iMeta大会2024：构建创新型科研生态iMetaiMeta期刊是生物技术、微生物组和生物信息交叉学科期刊，主编刘双江和傅静远教授，影响因子23.7，位于全球微生物学科研究类第一，全球排名前千分之五(107/21848)，中国大陆排名11/514，广东省第一。子刊iMetaOmics主编赵方庆和于君教授，定位IF > 10的高水平交叉学科综合期刊，欢迎投稿！iMeta大会是由iMeta编...

转载 Nature Plants | 基因组所张兴坦团队开发无需参考基因组的单倍体分型挂载工具HapHiC...

“ 近日，《自然·植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称“基因组所”）张兴坦团队联合南方科技大学陈国安副教授课题组、湖南农业大学易自力教授团队的研究论文，题为“Chromosome-level scaffolding of haplotype-resolved assemblies using Hi-...

原创 ChatGPT也有犯晕的时候

基因组序列：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000003.12?它会按照概率模型去做文字接龙，学习强化过的部分接龙就对，没学习过的接龙就会偏差很大。之前也有很多人说 ChatGPT给出的链接或文献有很大可能是不存在的，这是用 ChatGPT 查资料时需要注意的，自己再核验一遍。蛋白序列链接打不开，但 NCBI 能根据做这个链接给出正确的 Sox2 蛋白的链接。基因组序列的链接可以打开, 染色体是对的，但区域和序列是错的。: 请帮我下载基因 Sox2的序列。

原创 如何使用Bioconductor进行单细胞分析？

单细胞数据为分析提出了独特的挑战，需要开发专用的方法和数据架构才能成功解析数据背后的生物问题。Bioconductor项目托管了社区开发的开源R包以满足这些分析需求。我们为潜在用户提供了单细胞方法的概述和在线图书，内容涵盖最先进的计算方法、标准化的数据基础架构和交互式数据可视化工具，存储于 https://osca. bioconductor.org。

转载 复杂三萜类天然产物柠檬苦素的完整生物合成途径被解析

大家好，本次分享的文献是美国斯坦福大学ElizabethS. Sattely和英国约翰英纳斯中心（JIC）AnneOsbourn联合团队发表在Science上的文章，题目为“Complex scaffold remodeling in plant triterpene biosynthesis” 。柠檬苦素类化合物（limonoids）是一类高度氧化的四环三萜类次生代谢产物，主要存在于芸香科（...

原创 iMeta | 中科院植物所周世良团队和河北工程大学刘艳磊团队揭示现代丝绸之路东段植物物种多样性格局及其影响因素

我们采集了中国西北荒漠区丝绸之路东段144份表层土壤样本并记录了周边的气象记录和人口状况，主要回答以下问题：(1) 这一区域种子植物物种多样性的空间格局如何? ; (2) 哪些因素在当地植物物种多样性空间格局的形成中贡献最大?；(3) 人类活动如何影响当地植物物种多样性? 本研究的结果将提高研究者对中国西北荒漠区植物物种多样性的认识，并有助于制定保护生物多样性、治理荒漠化和恢复荒漠植被的战略政策。

原创 三个重复通过抽样得到适合于做网络的样本量--是否可行？

很多做环境的朋友，测定微生物群落还是测三个，但是这样的话，确实做网络的可行度很差，而网络在环境生态中的应用却很是广泛，所以有一些朋友发微信问我，说可不可以进行抽样，抽取几个重复，合并在一起做网络？关于这个问题，我也不好说，这里通过一个例子给大家看一下。注意这并不是意味着这是一个通用的规律，这批数据是植物根际微生物组数据，后面有别的数据我也会运行一下告诉大家。为了测试网络的稳健程度，我们对单个土壤提取了100个重复，后面我将用这100个样本，随机抽样，看看网络到底到在多少个重复的时候就达到了稳健。

转载 微生物组与微生态技术研究室王亮亮研究组招聘

中国科学院微生物研究所（http://www.im.cas.cn）是隶属于中国科学院的科研事业单位，成立于1958年12月3日，目前已成为国内外规模最大的国立综合性微生物学研究机构之一。研究所坚持“微生物、高科技、大产业”的战略定位。以病原微生物与免疫、微生物资源、微生物技术为主要研究领域，设有微生物资源前期开发国家重点实验室（微生物资源与生物技术研究室）、真菌学国家重点实验室（真菌学与创新技术研...

转载 求职 | 复杂植物基因组解析专家——毕桂萁

毕桂萁博士毕业于中国海洋大学，2019年9月至2024年4月在中国农业科学院深圳基因组研究所从事博士后研究。他专注于植物复杂基因组的解析及其重要生物学问题的挖掘，并作为第一作者或共同第一作者在多个国际期刊上发表了多篇研究论文，包括Nature Plants(2024)、Journal of Genetics and Genomics(2023)、Nature Communications(2...

原创 120分的转录组试题 （第一份答案）

原创 NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件

通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对，或Pseudo-alignment。所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息。

转载 2024年度GPB组学与生物信息学前沿研讨会(GFS2024)在成都举办

8月16–18日，2024年度GPB组学与生物信息学前沿研讨会（GPB Omics & Bioinformatics Frontiers Symposium 2024；简称GFS2024）在成都举办。此次研讨会由国家生物信息中心主办，Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）期刊编辑部承办。开幕式由大会主席、GPB副主编、国家生物信息中心学...

原创 百万次使用的高颜值在线绘图平台ImageGP系列教程

在线平台BIC (https://www.bic.ac.cn/BIC/#/, 点击阅读原文或百度搜索皆可访问到)是 ImageGP的重构升级版，重构于2020年初。该平台采用配置文件快速部署工具、生成结果或结果报告。其绘图和分析基于 R 语言(ImageGP 包, 在早期ImageGP脚本的基础上重新进行了封装， GitHub, Gitee)、Python 语言。累积使用 70 万余次（15 分钟...

转载 基因组的计算生物学 | October 21-25, 2024

◆◆冷泉港亚洲学术会议◆◆Computational Biology of the GenomeOctober 21-25, 2024Abstract deadline: September 6, 2024地点苏州工业园区独墅阁冷泉港亚洲学术中心会议将于2024年10月21日星期一晚7:00开始，10月25日星期五午餐后结束。会议将包括八场口头会议和一场海报会议，涵盖多个关于计算机生物学研究的最...

转载 Nature：我国学者构建迄今最完整海洋微生物组数据库，助力新型CRISPR系统、塑料降解酶及抗菌肽开发...

2024年9月4日，华大生命科学研究院联合山东大学、英国东安格利亚大学、中国海洋大学、厦门大学、丹麦哥本哈根大学等机构，在国际顶尖学术期刊Nature上发表了题为：Global marine microbial diversity and its potential in bioprospecting的研究论文。该研究通过对目前已公开的海洋微生物宏基因组数据进行分析和深度挖掘，不仅构建了迄今...

原创 Nature子刊：教你零基础开展微生物组数据分析和可视化

MicrobiomeAnalyst是一个方便易用的网页工具，是系统全面分析微生物组学数据的分析网站。目的是为未经生物信息学系统培训的研究人员和临床医生能参考目前主流分析方法轻松挖掘微生物组学数据，包括数据预处理，统计分析，功能分析和与公开数据集或已知微生物特征进行比较。该平台目前包含标记基因数据分析 （Marker-gene Data Profiling ，MDP）、鸟枪数据分析 （Shotgun Data Profiling ，SDP）、公共数据投影 （Projection with Public Dat

原创 Nature子刊：教你零基础开展微生物组数据分析和可视化

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MicrobiomeAnalyst是一个方便易用的网页工具，是系统全面分析微生物组学数据的分析网站。目的是为未经生物信息学系统培训的研究人员和临床医生能参考目前主流分析方法轻松挖掘微生物组学数据，包括数据预处理，统计分析，功能分析和与公开数据集或已知微生物特征进行比较。该平台目前包含标记基因数据分析 （Marker-gene Data Profiling ，MDP）、鸟枪数据分析 （Shotgun Data Profiling ，SDP）、公共数据投影 （Projection with Public Dat

原创 Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及

但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情，如基因名字的转换。比如gene symbolsSEPT2(Septin 2)、MARCH1[Membrane-Associated Ring Finger (C3HC4) 1, E3 Ubiquitin Protein Ligase], Oct4 (Pou5f1) 会被转为2-Sep、1-Mar和4-Oct。

转载 科研论文配图绘制指南 - 基于 R 语言

相信一定有好多同学在心中呐喊：我已经会R语言和统计了，我数据都准备好了，p值都显著了，我可就差漂亮的科研图表了，不想买一本R语言语法书看啊！很多时候我们都需要从头开始学这些。虽然我们有科研能力，但是市场上专门服务这个小类别的在《科研论文配图绘图指南——基于R语言》之前，似乎很少。所以今天看到这个就特别特别想把它分享给正在搞科研的你！▼点击下方，即可优惠购书Part.1开门见山，只讲你最关心的知识与...

转载 iMeta期刊 第3卷第4期 在线正式发布

点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第4期 正式发布iMeta第3卷第4期封面：鸭肠道宏基因组鸭肠道宏基因组。封面图片的灵感来源于俗语“赶鸭子上架”。本研究由浙江省农业科学院肖英平研究员及其合作者首次构建了相对全面的鸭肠道微生物基因目录和宏基因组组装基因组。他们描述了与鸭肠道微生物群落相关特征，这些群落与鸭的肠道区域、发育时期和饲养条件有关。图中一部分展现了鸭饲养在干净整洁的笼子里，一部...