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悟道西方

踏实工作,认真修养;与人为善,合作共赢;玉汝于成,追求卓越。

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原创 生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源

欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需...

2018-01-31 10:02:40 4469 4

转载 50T内存?百万机时?头一次见这么耗费内存和机时的分析?

朋友发来一个公司的分析报价单,让我看看。这些分析虽不是太懂,不过也了解一些。人的CIRCOS是画过的,我的小破服务器(32核,256G内存)处理起来没任何压力。一个家族基因鉴定、进化分析据...

2021-06-17 12:49:00

转载 IF10+的数据库文章!这里有5个案例,一起发起来?

生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分析5个我们承建发表的数据库,3篇NAR,一篇BIB,一篇Nature protoc...

2021-06-16 22:00:00 4

转载 The Innovation | 谁是蛋白质和核酸的失踪的“媒人”?

谨以本文纪念遗传密码破译60周年图1 2021年5月25日Cell.com主页Banner导 读在地球上,分子与分子之间的化学作用是如何转化成可被保存、识别与利用并能进行自我复制的信息的,...

2021-06-15 22:00:00 44

转载 Harvard-X免费生物信息课程 (代码、文档、数据) - 适合系统学习

访问链接:http://genomicsclass.github.io/book/推荐一本学习生信的好书,新手友好,实战性强生信学习学的是什么?常识!分享清华大学鲁志教授实验室生物信息学教...

2021-06-15 22:00:00 7

转载 Cell重磅发现:人类胎儿全身组织中都含有活细菌,这些细菌激发了胎儿的免疫发育...

撰文 |xiao xia编辑|王聪排版| 水成文人类胎儿免疫系统在妊娠早期就开始发育,其免疫系统多样,对外部抗原敏感。胎儿树突状细胞(DC)在早期胎儿发育期间促进T细胞介导的免疫抑...

2021-06-13 21:00:00 6

转载 中山大学附属第一医院精准医学研究院 消化系统肿瘤研究于君课题组招聘启事...

中山大学附属第一医院精准医学研究院消化系统肿瘤研究于君课题组招聘启事课题组简介:课题组长期致力于消化系统肿瘤机制和防治研究,研究方向包括消化系统肿瘤的分子机制、肿瘤表观遗传学、肿瘤基因组...

2021-06-10 12:00:00 12

转载 33万字!深度学习笔记在线版发布!

吴恩达老师的深度学习课程(deeplearning.ai),可以说是深度学习入门的最热门课程,我和志愿者编写了这门课的笔记,并在 github 开源,为满足手机阅读的需要,我将笔记做成了在...

2021-06-09 15:36:00 7

原创 值得思考,机器学习模型做出的决策是你想要的吗?

分享一篇理论知识,对我们理解和应用模型会有帮助!区分预测模型和分类模型是很重要的一个事情。在很多决策应用中,分类模型代表着一个“不成熟”的决定,它组合了预测模型和决策制定,但剥夺了决策者对...

2021-06-08 22:17:00 1

转载 你的数据可也可以发三篇NAR的文章

生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分析3个我们承建的NAR发表的新数据库,以飨读者。中医药方剂的数据库,收录方剂、药材...

2021-06-06 20:03:00 9

转载 一览R基础包的六个高级绘图函数(盒型boxplot|条形barplot|直方hist|饼pie|dotchart|coplot)...

除了数理统计,今天我们继续聊一下R语言的另一个任务:绘图。注意:我们公众号的每一次发文尽量列出一个小系列。如果九阳神功有10层,能以一篇文章写10层,绝不一篇写一层、分散写...

2021-06-05 09:00:00 45

转载 PPT绘制示意图视频+文字版本-一篇就学会

写在前面最近整理了一下之前的文件,发现了之前绘制的许多示意图如今都没有用到文章中,所以在这里为大家做一个展示,同时给大家录制了一个小片段,方便大家学习,同时我也体验一下三年前的绘制过程。科...

2021-06-05 09:00:00 13

原创 iBiology |专业的生信科普网站

劈个叉:B站上科普向的视频和UP主灿若繁星。作为一名资深潜水员,生信宝典在2018年入驻B站并且分享了一些绘图和网站教程,后续也将陆续上传其他视频内容,感兴趣的读者不妨关注了解一下 (推荐...

2021-06-01 23:05:00 30

原创 增强版在线LEFSe分析和可视化鉴定标志性基因或物种

LEfSe分析即LDA Effect Size分析,是一种用于发现和解释高维度数据 生物标识(基因、通路和分类单元等)的分析工具,可以进行两个或多个分组的比较,它强调统计意义和生物相关性,...

2021-06-01 23:05:00 33

转载 样本分布不平衡,机器学习准确率高又有什么用?

前面无论是用全部变量还是筛选出的特征变量、无论如何十折交叉验证调参,获得的模型应用于测试集时虽然预测准确率能在90%以上,但与不基于任何信息的随机猜测相比,这个模型都是统计不显著的 (这一...

2021-05-31 10:00:00 167

转载 csvtk:表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图...

写在前面CSV/TSV作为数据科学和组学分析的基本格式,其实本质上均为txt格式的表格,CSV是按逗号分隔,TSV是以制表符分隔的表格。这两种格式数据格式应用非常广泛。比较常用的处理软件包...

2021-05-30 13:44:00 22

转载 广东高校歧视指南

这是城市漫游计划的第38次推送广东尽管一直被黑“教育水平与经济实力不匹配”,但还是聚集了一批如假包换的高(牛)等(鬼)院(蛇)校(神)。双鸭山某校与华南某工的C位之争一直难舍难分,...

2021-05-30 13:44:00 7

转载 《老友记》再聚首

从朋友圈看到有人发了这张照片,问了下是《老友记再聚首》播出了,爱奇艺、腾讯等应该都可以看了。之前记得看过新闻说要重聚,时间过得久了,也没跟踪过什么时候会播出,结果就是现在播出了。最开始看老...

2021-05-29 09:00:00 11

转载 博士出身好科研产出高,学术谱系真的可以决定一切吗?

转载自集智俱乐部!导语近日,来自科罗拉多大学的 Aaron Clauset 等研究者,在收集大量科研人员的数据后,对“博士毕业院校的声望,能够代表科学家能力”的假设提出来质疑,他们认为早...

2021-05-27 12:00:00 11

转载 使用Mfuzz包进行基因表达的时间趋势分析并划分聚类群

使用Mfuzz包分析基因表达的时间趋势并划分聚类群本篇简介一个R包,Mfuzz(http://mfuzz.sysbiolab.eu)。Mfuzz包最初是为处理基因表达或蛋白表达谱数据而开发...

2021-05-27 12:00:00 71

原创 这个英文语法校正插件很赞!可以校正邮件,也可以校正论文

英语写作必不可少,常由于写得快、缺少检查、语法不甚熟悉,总是会出一些问题。总是求人帮助修改也不是办法,老被导师挑出错误也不像话。这里推荐一款软件Grammarly (https://app...

2021-05-26 09:00:00 26

原创 Venn网络展示富集分析结果

前面讲述了富集分析泡泡图的绘制,富集分析结果也可以用网络形式同时展示富集的条目以及对应的基因。首先看下示例数据,列数可多可少,这里只用到Description列和geneID列。ID ...

2021-05-25 21:09:00 39

原创 液滴型单细胞测序技术比较(二)

三种液滴型方法采用相似的技术生成液滴,采用barcode标记细胞,应用UMI进行偏好校正。但它们在beads的、barcode的设计、cDNA扩增等不同。10X和inDrop采用水凝胶b...

2021-05-24 21:47:00 22

原创 有人说找不到这个免费R绘图教程的数据在哪?

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程...

2021-05-24 21:47:00 14

转载 在一个热图中使用多个颜色主题

有一些用户希望在一个热图中使用多个颜色主题,可能是为了突出组间的差异。如果组与组(例如不同的列)也在热图上分隔出来(比如使用column split),那么每个组可以创建为单独的热图,然后...

2021-05-23 09:00:00 23

转载 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D

一个震撼的交互型3D可视化R包 - rayshader虽然3D的plot见得比较多了,但是看见这样的R包,我的心还是砰了一下,这个简直不能再好看了!关键是!!!敲黑板,这个R包超简单!!!...

2021-05-23 09:00:00 22

转载 关于统计学,几个简单易懂的小故事

01从前,有一位统计学家,他在趟过一条平均水位不足1米深的河流时,被淹死了。黑天鹅!02曾经有一个学统计的学生,他开车的时候,总是在十字路口加速,呼啸而过,然后再减速。一天他带着一个旅客,...

2021-05-22 09:00:00 50

转载 翻译|给数据科学家的10个提示和技巧Vol.1

原文:10 Tips And Tricks For Data Scientists Vol.1译者:赵西西原博客简介:Predictive Hacks是与数据科学相关的在线资源中心。该博客...

2021-05-22 09:00:00 8

原创 单细胞转录组基本概念(一)

普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞或一个器官混合到一起去提取RNA,获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞单独分出来去提取RNA,然后...

2021-05-21 09:00:00 88

转载 这篇Cell里面的GSEA展示很不错!

这篇文章中有一张图很有趣,如下:作者使用Hallmarks通路进行GSEA富集分析,共发现26条通路显著与两种表型相关,与stemness表型相关的有16条通路,与cancer表型相关的有...

2021-05-20 09:24:00 66

转载 快速学习R语言的经验分享

R语言的学习途径主要有几个:一个是R语言书籍;一个是R帮助文档;还有就是R视频和一些干货教程了。越来越多的R学习者开始在网上分享自己的学习笔记,有的人会搭建自己的博客平台,有的人会使用现成...

2021-05-19 09:00:00 26

原创 如何火眼金睛鉴定那些单细胞转录组中的混杂因素

单细胞系列教程收藏 北大生信平台” 单细胞分析、染色质分析” 视频和PPT分享Science:小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标10X单细胞测序分析软件:Cellra...

2021-05-18 09:00:00 23

转载 高颜值免费在线绘图工具迁移完成~~~

已完成迁移,大部分工具可用,欢迎大家测试反馈问题、提出新功能http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/操作视频:https://www.bil...

2021-05-18 09:00:00 15

原创 多个基因集富集结果泡泡图绘制展示

多个基因集富集结果展示通常我们会同时对多个基因集分别进行富集分析,结果放在一起展示。这时我们需要在富集结果后面加一列,标记该结果是哪个基因集的富集,在Excel中可以很方便地操作。如下面动...

2021-05-17 09:00:00 40

转载 Cell | 大规模多组织转录组学研究揭示长非编码RNA与人类复杂疾病的联系

长非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类普遍存在的异质RNA。与蛋白质编码基因不同,lncRNA的表达较低,组织特异性强,个体间的表达差异较大,因此,其...

2021-05-16 09:00:00 64

原创 诺奖技术和高通量筛选双双找到新冠病毒的脉门

病毒依赖于其感染的细胞进行自身复制和进一步地入侵细胞、感染其它个体(用白眼狼称呼病毒不足为过)。病毒生命周期中一个重要的环节是根据其基因组指导合成新的病毒蛋白。这依赖于病毒感染的细胞中的核...

2021-05-15 09:00:00 928 1

转载 微生物组-宏基因组分析(线上/线下同时开课,2021.8)

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。期...

2021-05-14 09:00:00 115

原创 单个基因集富集分析泡泡图绘制

富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种:一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它...

2021-05-14 09:00:00 89

转载 直播地址公布|第八届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛--特别云论坛...

第八届“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛--特别云论坛一、会议简介 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛旨在加强从事 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年...

2021-05-14 09:00:00 53

原创 Cibersort免疫浸润的在线分析及R语言代码实现

上期展示了ESITMATE(基于转录组数据)计算免疫得分和肿瘤纯度的一个例子,详见ggplot2实现分半小提琴图绘制基因表达谱和免疫得分。实际上计算肿瘤纯度的方法还有InfiniumPur...

2021-05-13 09:00:00 701

gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)

gvim常用插件及其配置文件 支持c,perl,python,latex。 需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile

2010-08-17

R 语言 (初学者必读经典)

R是一款优秀的统计作图软件,远远地胜出exce、spss、sars等。 作为开源软件它有极强的生命力和强大的发展团队。 此书是R for beginers,版权有著者所有!

2009-05-10

Masterminds of programming

  Description    Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed.   Full Description   Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with:   * Adin D. Falkoff: APL   * Thomas E. Kurtz: BASIC   * Charles H. Moore: FORTH   * Robin Milner: ML   * Donald D. Chamberlin: SQL   * Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK   * Charles Geschke and John Warnock: PostScript   * Bjarne Stroustrup: C++   * Bertrand Meyer: Eiffel   * Brad Cox and Tom Love: Objective-C   * Larry Wall: Perl   * Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell   * Guido van Rossum: Python   * Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua   * James Gosling: Java   * Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML   * Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C#   If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.  

2010-12-26

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者:Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期:2009年4月 出版社:O'Reilly 页数:433 ISBN:978-7-80205-738-8 文件格式:PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中 的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题,例如并发或数据备份,然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具,并用来解决一系列范围很广的问题。 本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码,还可以用来运行书中的实例,包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。 通过这本书,你将发现Python是怎样帮助你: * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互 通过本书及其辅助虚拟机,你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件,以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手,不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理 由给出支持材料,并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同,本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris,Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师,同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python,简明教程!

2009-09-26

Coders at Work

 Hundreds of people have suggested names of programmers to interview on the Coders at Work web site: http://www.codersatwork.com. The complete list was 284 names. Having digested everyone’s feedback, we selected 16 folks who’ve been kind enough to agree to be interviewed:   * Frances Allen: Pioneer in optimizing compilers, first woman to win the Turing Award (2006) and first female IBM fellow   * Joe Armstrong: Inventor of Erlang   * Joshua Bloch: Author of the Java collections framework, now at Google   * Bernie Cosell: One of the main software guys behind the original ARPANET IMPs and a master debugger   * Douglas Crockford: JSON founder, JavaScript architect at Yahoo!   * L. Peter Deutsch: Author of Ghostscript, implementer of Smalltalk-80 at Xerox PARC and Lisp 1.5 on PDP-1   * Brendan Eich: Inventor of JavaScript, CTO of the Mozilla Corporation   * Brad Fitzpatrick: Writer of LiveJournal, OpenID, memcached, and Perlbal   * Dan Ingalls: Smalltalk implementor and designer   * Simon Peyton Jones: Coinventor of Haskell and lead designer of Glasgow Haskell Compiler   * Donald Knuth: Author of The Art of Computer Programming and creator of TeX   * Peter Norvig: Director of Research at Google and author of the standard text on AI   * Guy Steele: Coinventor of Scheme and part of the Common Lisp Gang of Five, currently working on Fortress   * Ken Thompson: Inventor of UNIX   * Jamie Zawinski: Author of XEmacs and early Netscape/Mozilla hacker  

2010-12-26

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作!

2010-03-02

生信宝典的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-02-04

求教一个关于Makefile include的问题,谢谢!

发表于 2011-06-30 最后回复 2011-07-01

求教一个关于MakeFile的问题,谢谢!

发表于 2010-06-05 最后回复 2010-06-05

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