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生物信息学
Alter X
这个作者很懒,什么都没留下…
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Python+Perl联合解决基因组染色体拼接错误问题
使用Python、Perl联合解决基因组染色体拼接错误的问题,前提是染色体仍存在gap,且认为跨gap基因应当去除。原创 2023-12-19 21:32:53 · 829 阅读 · 1 评论 -
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perl脚本根据Coge的gff3文件提取CDS最长的转录本原创 2023-12-05 14:34:11 · 887 阅读 · 2 评论 -
perl脚本将embl格式文件转换成fasta及gff3格式
自编写脚本根据embl文件获得基因组fasta及注释gff3文件原创 2023-11-03 20:10:45 · 186 阅读 · 0 评论 -
perl脚本将TRF的dat结果转为fasta格式
利用perl脚本将Tandem Repeat Finde的dat结果转成fasta格式。原创 2023-09-05 12:17:37 · 148 阅读 · 1 评论 -
亚马逊AWS S3云下载大文件断点续传及重下错误片段的方法
通过Amazon S3 MultiThread Resume Upload Tool - Single Node实现下载aws文件断点续传,结合aws cli和dd命令处理下载错误的小块片段原创 2023-02-17 11:59:08 · 2118 阅读 · 2 评论 -
重编译源码解决bedops报错TOKENS_MAX_LENGTH问题
解决bedops报错问题:Please check that your input contains Unix newlines (cat -A) or increase TOKENS_MAX_LENGTH in BEDOPS.Constants.hpp and recompile BEDOPS.原创 2022-03-12 01:47:12 · 263 阅读 · 0 评论 -
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python中利用ElementTree包对xml文件的解析原创 2021-04-20 02:11:20 · 1264 阅读 · 1 评论 -
非R包的ballgown提取FPKM的方法及R中dplyr包和Reduce函数的使用实例
R中利用dplyr包和Reduce函数提取stringtie生成的.ctab文件中的FPKM值。原创 2021-03-28 02:07:39 · 1271 阅读 · 1 评论