perl脚本将TRF的dat结果转为fasta格式

TRF–Tandem Repeat Finder，是基因组注释中检测串联重复序列的软件，其结果主要存入了一个空格分割的.dat文件中，利用perl可以简单地转成fasta格式。

#!/usr/bin/perl
use strict; use warnings;

my $usage = "trf_2_fasta.pl <trf dat file>";
die "$usage" unless (@ARGV == 1);
my $seq_counter = 0;
my $header;

while(<>){
	#跳过空行
	next if (m/^$/);

	#提取序列名
	if (m/^Sequence: (.*)/){
		$header = $1;
		$seq_counter++;
	}
	
	#对满足TRF结果数据格式的行进行分析
	next unless (m/^\d+ \d+ \d+ \d+\.\d /);

	#提取结果中的拷贝数、长度、起始位点、终止位点，以及重复序列的model并打印
	my ($start,$end,$period,$copies,$length,$identity,$indels,$score,$a,$c,$g,$t,$entropy,$seq) = split(/\s+/);

	print ">".$header."_".$copies."_".$length."_".$start."_".$end."\n";
	print "$seq\n";
}

稍微改一下输出还能转成bed文件：

print $header."\t".$start."\t".$end."\t".$header."_".$copies."_".$length."\n";