rmd 转pdf error: pandoc document conversion failed with error 43

系统环境

• ubuntu 16
• R 3.4.4
• rstudio-server 1.1.463
• rmarkdown 1.6
• knitr 1.21

错误信息

Error: pandoc document conversion failed with error 43

错误场景

类似stackoverflow上这个错误。在rstudio-server中编写的包含中文的rmd文件可以正常生成对应的pdf文件，但是如果在命令行中通过如下代码执行生成pdf文件的命令，则会报错。

R -q -e 'rmarkdown::render("myreport.rmd", output_format = "pdf_document")

观察到在rstudio-server中生成pdf时系统打印出的pandoc命令如下：

/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS myreport.utf8.md --to latex .....

在命令行中生成pdf时系统打印出的pandoc命令如下：

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS myreport.utf8.md --to latex...

可见，两个环境中使用的pandoc是不同的，查询两者pandoc的版本信息（pandoc -v）分别为1.19和1.16。因此应该是pandoc版本问题导致的错误。

错误排除

使用如下命令更新系统中的pandoc，发现系统对应最新版本的pandoc只能是1.16。

sudo apt-get install --upgrade pandoc

于是干脆用rstudio-server中的pandoc代替系统中的pandoc。

cd /usr/bin
sudo mv pandoc pandoc.bak # 备份系统中pandoc的执行文件
sudo ln -s /usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc pandoc # 建立软连接，将rstudio-server中的pandoc执行文件链接过来

现在系统中的pandoc命令已经替换为rstudio-server中的了，此时就可以在命令行环境中生成pdf报告了。