背景
由于课题需要,现根据lammps运行得到的轨迹需要提取出目标区域内所有原子坐标,写了两个程序来实现
步骤
思路
- 首先遍历所有帧,找出满足条件的对应帧数
- 筛选得到最佳帧数,提取出原子坐标
1. 创建文件夹2Ddistru,拷贝panduan.f90(判断哪些帧数满足条件),aimcom10.f90(输出目标原子坐标),pos2.xyz(lammps得到的轨迹),pro_dc(辅助文件)
2. 修改pro_dc(辅助文件)的内容
遍历帧数:2500,0
体系分子数和分子所含原子数依次修改
原子的质量和电荷情况依次修改
3. 编译Fortran程序panduan.f90(判断哪些帧数满足条件)并执行
可以看见2251帧的结果比较合适
4. 修改pro_dc(辅助文件)的内容
遍历帧数:1,2250
5. 编译Fortran程序aimcom10.f90(输出目标原子坐标)并执行
6. 下载belowele.xyz文件,第一行写原子个数,然后再空一行(检查原子名称)。用VESTA打开后转为cif格式,后用MS打开检查坐标用于第一性计算