- 博客(44)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 保姆级教程 | 分子动力学轨迹筛选目标区域内原子坐标后转第一性计算
6. 下载belowele.xyz文件，第一行写原子个数，然后再空一行（用VESTA打开后转为cif格式，后用MS打开检查坐标用于第一性计算。运行得到的轨迹需要提取出目标区域内所有原子坐标，写了两个程序来实现。（判断哪些帧数满足条件）并执行。（lammps得到的轨迹），原子的质量和电荷情况依次修改。3. 编译Fortran程序。5. 编译Fortran程序。（判断哪些帧数满足条件），（输出目标原子坐标）并执行。（输出目标原子坐标），遍历帧数：2500，0。遍历帧数：1，2250。由于课题需要，现根据。
2024-07-28 17:53:18
281
原创 统计键长的程序使用
3. 随机进入一个子文件夹的02文件夹中查看lm-conp.inp，如 vi t0/02/lm-conp.inp；（考虑到粘贴程序内容需要大量的背景铺垫，如近百个文件夹的目的和产生方式、pos4.xyz中的编排顺序等，这里先仅记录程序使用，后期有时间了会进行补充）统计在主文件夹下的近百个子文件夹中02文件夹的pos4.xyz中1000帧的第n个分子的平均键长结果。（依次将bond程序拷贝进主文件夹下每个子文件的02文件夹并执行，再将结果汇总进bond.dat中）9. 执行脚本，./openfold.sh。
2024-05-08 10:41:19
219
原创 保姆级教程 | 输出原子轨迹
origin中作图：第一列是帧数，第二三四列是第一个粒子在对应帧数下的xyz坐标，第五六七列是第二个粒子在对应帧数下的xyz坐标，以此类推，获得1+3*33=100列数据。程序需要将步骤1里的xyz坐标首先按目标粒子分类，继而将每一帧中目标粒子的坐标放置在一行即可（我这里需要的就是每一帧的pos02的xyz值）④ 第一列填入1，2，3，4，5，选中后点击右下角黑框即自动补充（这一列代表帧数，也可以不补~）⑦ 使用不同颜色的标记，就可以显示出某一个粒子在2500帧内的大致运动轨迹（方向）倾向了。
2024-04-29 14:11:00
321
原创 防止自己遗忘系列：Fortran中write语句中不换行命令
由于需要写一个程序将所有结果在不换行的情况下输出，但Fortran程序中虽然没设置换行，输出的结果仍然会每5个循环换行一次（目前还不清楚原因，如果有看出问题的朋友请不吝指教！“f10.6”：指定浮点数的格式，“f”表示浮点数，“10.6” 表示总宽度为10个字符，小数部分占6个字符；“$”：表示结束当前的输出行，即换行，在Fortran中，`$` 符号通常用于控制输出行的结束。write(*,'(1x,f10.6)',advance='no') target 不可行。“1x”：表示输出前面有一个空格。
2024-04-29 13:32:35
773
原创 防止自己遗忘系列：Fortran中write语句不能直接赋值
write(*,*) "dis=", dis = sqrt(A**2 + B**2 + C**2) 这里一处错误。write(*,*) "dis=" dis = sqrt(A**2 + B**2 + C**2) 这里两处错误。"dis=" 和 sqrt 中间的逗号不可以省略；write语句中不能直接赋值。
2024-04-19 10:47:30
291
1
原创 保姆级教程 | Adobe Illustrator 中插入数学符号
鉴于Adobe Illustrator作为比较专业的绘图/组图软件，我的论文数据作图都会选择先在origin中把原始数据绘制好，后都放入AI中细修。3. BTW：Adobe Illustrator的字形页面可以拉宽拉高，但感觉找起来还是不太方便（好像是没有PowerPoint里【最近使用过的符号】）2. 接下来是Adobe Illustrator的流程：插入文本框 -> 窗口菜单 -> 文字 -> 字形 ->1. 首先看下PowerPoint中的流程：插入文本框 -> 插入菜单 -> 符号 ->
2024-04-16 22:12:02
3474
原创 保姆级教程 | Materials Studio中将斜方晶格转换为正交晶格
菜单栏中Build - Symmetry - Redefine Lattice将晶格格矢修改为下图的参数，然后点击Redefine（原始的晶格格矢如下所示，注意这里角度的区别）
2024-03-29 12:18:08
2759
1
原创 Linux vi/vim编辑器“高亮/取消高亮”显示命令
在Linux系统的vi/vim编辑器中，高亮可以迅速查找相关命令名，取消高亮适合不需要此功能者。例如，我现在需要对timestep高亮，编辑位置定位在第一个字母处（绿色）例如，我现在需要对timestep取消高亮。在需要高亮的命令名前。注：以上命令均不需要在。
2024-03-19 16:36:42
3091
原创 origin修改图例为显示”长名称/单位/注释/自定义“等
由于在origin作图时希望修改自动显示的图例，但每次手动更新又比较繁琐（特别是在数据量较多的情况下），为了一劳永逸。1. 在数据工作表中设置好需要修改后的名称（我写到长名称里了）显示栏里下拉选择“长名称”后确定。单击图例后右键选择绘图细节。
2024-03-13 20:55:17
8561
原创 本地写的Bash脚本，Linux端运行报错：/bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory
可以使用 dos2unix 工具将脚本的行尾符转换为 Unix 格式。这个错误通常是由于脚本文件的行尾符格式不正确引起的。（大概率，解决了相应可能性后成功。），而在 Unix/Linux 系统上使用的是 LF（`文件，其中行尾符已经被转换，然后给予执行权限并执行。，确保脚本在 Unix/Linux 系统上正确运行。Windows 系统使用的行尾符是 CRLF（`（脚本名：script.sh）
2024-02-29 16:08:10
869
原创 Mathtype安装时word启动显示“文件未找到：MathPage.WLL”
由于老板布置的临时工作，需要安装Mathtype，但尝试了3个不同的版本后（每次都卸载干净了），均未能成功安装，出现的报错3个版本各不相同：①解压安装过程中失败（这个版本不再尝试）②安装后，打开word后的上方工具栏不显示“Mathtype”快捷键，并且影响其它软件的正常运行（这个版本尝试3次后选择更换）③安装后，word启动显示“文件未找到：MathPage.WLL”（这个是最接近成功的版本，已有同门成功，因此本人进行了进一步的解决问题探索，不到半小时即成功，总结如下）
2024-02-24 19:01:10
3443
4
原创 防止自己遗忘系列：Fortran段落注释
背景：没有系统学习过Fortran的语法框架，按C++的编写思路用Fortran语言写内容，确实会出现很多语法小bug，而且不容易发现，所以想从网上去寻找也难有切入点，于是开个小专栏，记录下遇到的一些 反复测试后最终突破 的小bug。上一篇指的是Fortran程序【读取的文件】中的注释（用的是“#”）（未成功编译篇）：这种说明程序的基本Fortran语法框架有问题。本篇指的是【Fortran程序】中的注释（用的是“!（成功编译但执行报错篇）：这种说明程序的编写思路不完善。（红色框），属于：程序的编写思路。
2023-12-27 10:08:01
815
原创 防止自己遗忘系列：Fortran段落注释问题
根据文献报道自己制作力场过程中遇到的问题，反复测试后最终突破。因为网上没有找到相关解决办法，遂记录。又学到了一个冷门知识！
2023-12-22 09:58:06
385
原创 保姆级教程 | packmol注意事项
由于老板安排的任务需要分别搭建液体和固体的模型，固体采用之前发布的博客方法，液体使用packmol软件建模。身为一个建模新手里的熟手，竟然有翻车的时候：运行后疯狂报错，而且都是之前没见过的错误排错流程：1. 查看log，发现丢原子/断键/周期性问题都是出现在液体部分。说明固体模型暂时可用2. 查看input文件，和之前的成功运行文件对比，没有发现明显错误。说明input正常（pbs默认正常）3. 经过以上排错，问题只有可能发生在【液体的data】内容。
2023-11-14 16:02:39
624
原创 保姆级教程 | packmol-Linux版本安装编译
export PATH=$PATH:/home/***(用户名)/software/packmol (可执行文件所在目录)新服务器的账号需要进行配置（以下操作在Linux系统下进行，具体安装教程参考 ：）输入packmol，看是否能正常启动并显示和packmol有关的信息。我之前博文也有写过（packmol需要gfortran编译器）结束后会多很多文件，其中包括一个可执行文件 packmol。输入make即可编译（10s左右）将安装包放到账号下的任意文件夹里。进入.bashrc文件。
2023-11-02 20:39:47
1849
原创 防止自己遗忘：Linux里和查找相关的命令
locate 使用的数据库通常每天更新一次，所以如果在搜索最近创建的东西，它可能不会在搜索中返回，可以使用updatedb命令手动更新locate命令的数据库。命令在PATH中找到一个二进制文件。的文件，现在需要找到它但是不确定具体位于哪个目录下，则可以执行下面的命令，从文件系统的顶部。find /home/账号名 -iname ***.*** (精确查***.***文件)这个命令将返回二进制文件的位置，以及它的源代码和手册页，如果有的话。命令，可以用它在任何指定的目录中搜索，并使用各种参数。
2023-10-24 17:09:26
55
原创 保姆级教程 | VMD中按不同类型显示不同样式
要实现这种效果，首先得对输出的lammpstrj做改变，需要分别输出两种离子对应的lammpstrj文件，即使用group命令先对同类型的原子进行分组【据说，group命令在手册的823页，考证后我来更新】将得到的dumpca.lammpstrj导入VMD后，输入下方命令显示盒子（可根据需要不显示）这里将原子1-10划分给ca，将原子11-16划分给an，分别输出其lammpstrj文件。（温馨提示：不要一次性导入后再输入，否则VMD只能将最后导入的文件中原子放到盒子里）
2023-08-29 09:40:58
1935
原创 保姆级教程 | Office-PowerPoint中公式字体修改不变更
由于在使用ppt时键入的公式字体是cambria，和我实际需要的不符，但全选后直接修改字体格式，发现前后没有变化，遂研究原因如下。公式中默认字体类型为Cambria Math，直接改字体或者格式刷都不能改变字体。2. 将公式转换为普通文本之后，现在就可以。
2023-08-28 21:19:09
7174
原创 保姆级教程 | ovito调整原子透明度并介绍导出的三种办法
不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
2023-08-24 12:17:57
2059
原创 保姆级教程 | 利用origin绘制溶剂化焓变和熵变过程
4. 根据第2步中推导出的公式（▲Hsol=BR+2CR/T，R=8.314J/mol·K）【这里我对偏导后的公式做了简化】，代入B, C求得不同T下的▲Hsol（J/mol），▲Ssol直接用上面文献中第三个公式即可。3. 作T-ln(Kh/P0)的散点图，并进行拟合（需要在origin里自定义公式：ln(Kh/P0)=A+B/T+C/T^2)【关键是求出A, B, C的值】2. 根据范特霍夫方程，推导出溶剂化焓变和Kh的关系（此步只需有基本化学常识，对数学要求一般，高数能及格都可以推导得出，略）
2023-08-09 22:39:07
459
原创 保姆级教学 | 删除Github仓库
Github是一个开源代码托管平台，许多开发者和项目团队都喜欢在上面创建仓库来存储和管理他们的代码。但是如果不再需要一个仓库，或者想要从Github上移除它，该怎么办呢？
2023-07-26 10:11:37
2479
原创 保姆级 | Linux 系统命令（tar解压和压缩）
killall -u cute #本人最常用的方式，如果这个杀不掉所有进程，推荐方法1。（首先确保你已经在当前节点下，懂的都懂，top后可以查看相关进程号PID等，敲击q退出）背景：记性实在不好，每次需要杀死节点下相关进程时，命令都需要去反复学习。pgrep -u参数查出用户的所有pid，然后依次kill。ps列出cute的pid，然后依次kill掉，比较繁琐。内容：（常用的杀死命令总结如下），以用户cute为例。
2023-07-25 09:56:52
126
原创 保姆级 | Linux 系统命令（tar解压和压缩）
.tar 用 tar –xvf 解压*.gz 用 gzip -d或者gunzip 解压*.tar.gz和*.tgz 用 tar –xzf 解压*.bz2 用 bzip2 -d或者用bunzip2 解压*.tar.bz2用tar –xjf 解压*.Z 用 uncompress 解压*.tar.Z 用tar –xZf 解压*.rar 用 unrar e解压*.zip 用 unzip 解压参考。
2023-07-19 10:35:50
1673
原创 保姆级教程 | origin绘制steric map（立体图）
由于在研究过程中发现了个网站可以自动绘制如下立体图（左侧），但想进行个性化修改却没办法实现，现在在origin里研究如何绘制这种效果的立体图（右侧），根据流程做完后点击“Map raw data”，将该图片的原始数据保留到本地。获得的*.data文件拖入origin中，将第三列“C(Y)”修改为“C(Z)”选中包含XYZ三列数据，点击“绘图-等高线图-颜色填充”，点击“确定”如果按上面的参数设置后，效果如下。
2023-07-06 22:43:17
1500
1
原创 保姆级教程-使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
由于课题需要，之前所用的后处理程序是同门师姐给的框架，根据自身体系进行修改内容，但计算出的结果是数值，而不是可视化的直观样式。【这里教程上是1.8，我也不清楚为什么，但是我之前的后处理程序是直接用的范德华半径，因此这里也可输入1，不过对比了下两个参数对于结果的影响，发现自由体积分数的数值一致但可视化的图不一样，我目前还不太明白】输入：1 （//如果直接回车，则默认用0.25埃格点间距。（//如果直接回车，则默认用晶胞的三个边长作为格点数据计算范围的三个边长，但这里的pdb文件中没有边长，
2023-07-04 21:58:06
796
原创 保姆级教程-任意格式文件转OFD格式
（我第一次听说这个格式，大概了解了下）OFD是我国的版式文档标准，近几年被大力推行。（打开网址后登录，上传文件，点击转换，等5s后下载即可，手速快一点也就1min搞定）但是我现有的WPS、OFFICE、福昕等都是类似阅读器，没有这种格式转换的功能。：由于报账需要，现有PDF格式，需转为OFD格式，其他图片/word也支持。根据需求选择对应格式：（我的是PDF->OFD)给大家简单看下这个转换器的强大功能。登录账号：（我的默认是QQ）
2023-07-03 17:10:11
1529
1
原创 保姆级教程 基于Linux的RDKit框架中合成可行性分数--SAScore计算
花了差不多6-8h了解学习，走了很多弯路，看了很多用处不大的链接，这里仅推荐了有用的内容。再花2h整理码出来学习的思考和排错过程，思路可能不是特别清晰，但是作为新手操作的保姆级小白教程还是很不错的！的功能，可以帮助研究人成员评估化合物的合成的可及性，并进行化学合成的规划和决策。），在左侧的SMILES码位置全选，右侧结构会自动优化（无论你画的多标准/奇怪），再次检查后，复制SMILES码即可。他们的负载可以用于计算并评估化合物的合成可及性，并提供了一套完整的化学信息学解决方案。他们的工具集可以用于计算。
2023-06-30 11:36:32
261
原创 SambVca在线工具研究配体的空间性质
是影响配体性能的重要因素。用于表征配体体积最常用的参数有二，其一为圆锥角（cone angle），适合表征膦配体等近似为圆锥形的配体；其定义为，在一个以金属原子为中心，半径3.5 A的球体内，配体的范德华半径所占据的体积占球体总体积的百分数。是Luigi Cavallo等人最初于2009年推出的在线工具（参考文献在上），可以方便地得到任意配体的percentage buried volume，并进一步得到类似上图的配体不同方位上的立体占据情况（参考文献在下）。与球心一同定义z轴的原子（即配体的配位原子）
2023-06-28 14:59:14
253
原创 Adobe Photoshop (PS)修改图片像素教程
4. 单位参数改为【像素】，【高度宽度/分辨率】按要求设置，粉色圈里可以【取消纵横比锁定】，确认后点击【确定】5. 点击左上角【文件】-【导出】-【导出为】，确认参数无误后，点击【导出】，后选择喜欢的地址即可。2. 加载所需修改的图片：点开左上角【文件】-【打开】-找到图片所在的地址后，选择打开。应相关要求，需要非常规像素值的照片，特记录修改过程，方便后期使用。或者直接点击【文件】-【存储为】，选择喜欢的地址也可以。3. 修改参数：点击顶部【图像】-【图像大小】查看详情：选中图片，右键【属性】，详细信息。
2023-06-13 15:45:55
4578
原创 防止自己遗忘：Fortran语言输出结果格式含义
（如果是变量名可直接写，输出就是当下对应数值，如果是非变量名，则需要加英文格式的双引号括起：""。比如说指定输出的位置，只需要小数点后几位，或者输出好几个变量但要求各不相同等。其中：L,i,n,u,x对应输出的变量指代内容（在定义变量时，这里L是整型变量，其余是浮点型变量）(real/integer)，小数部分占5个字符宽（前补空格，后补0）我来解释下这种用法（也是我不断调试，悟了好几百秒才明白的！以上都是我自己领悟总结的，表达不到位之处别杠，杠就是你对！（本篇重点就是红色的部分，其余是我闲聊）
2023-06-01 20:17:50
832
原创 防止自己遗忘：Fortran语言表达取值范围
百度后得知：NaN = Not a Number（意思是输出的结果在运算过程中可能存在除数为0的情况）因为没查到正确表达（可能是我描述不准确），然后采取了最粗暴的办法。不断调试后找到了问题根源：if循环里没有设置下限。写代码时发现一个bug，导致结果一直输出NaN。（我已经快把7年前学的c语言忘完了dbq）（本篇重点就是红色的部分，其余是我闲聊）以下仅举例说明，不做特别用处。确实可行，后面不输出NaN了。
2023-06-01 19:34:29
448
原创 搭建适用于lammps中opls-aa力场的文件流程
现在我已经解决了以上问题，并且通过我的方法可以实现从空白文档到搭建完成以上全部内容，后期只要细心检查即可。需要的data文件最关键是获得相应阴阳离子的mmol文件，因此问题转化为构建一份mmol文件。主要用到的软件及程序：gaussian09，makemol程序（tranal），opls-aa的参数文件。二面角个数：成角原子序号及对应的参数（这里PF6的结构没有二面角，所以为0）参考文献个数：文献名（空够行数即可，这些是给自己的备忘））和自身体系对应的参考文献，修改或填入对应的参数即可。
2023-04-10 14:11:14
1531
原创 保姆级利用EndNote解决参考文献格式不统一问题
由于发现待发表文章的参考文献，即使是用EndNote+期刊格式导入的途径，也会存在部分格式不统一的情况（文章题目中单词有大小写，一些期刊的缩写标准不一致，有些存在link链接有些没有等）。5. 之后在相关论文的word中找到经过修改的style，应用即可~（关于题目单词的大小写问题，需要手动修改EndNote里的插入格式，这个好像没有特别便捷的方法，如果大佬有方法可以指点我下。4. 点击右上角关闭，会弹出是否保持的窗口，点击是，然后进行个性化命名，确保在word中能够找到即可~
2023-04-10 12:30:50
10620
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人