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RSS订阅原创 保姆级教程 | windows系统中同一类文件自动命名
3. 将这一类文件进行统一命名A，回车后会变成：A(1)，A(2)，A(3)，...今天毕业答辩，同门帮我拍了很多答辩照片，微信传图命名是乱码，需要一键进行统一的修改。1. ctrl+A选中所有要更换命名的照片文件。目前还未发现可以去掉括号的方法，如有后续更新。2. 按F2会变成单一可编辑的状态。
2025-05-15 16:45:28
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原创 保姆级教程 | Office-Word中图目录制作及不显示图注引文的方法
5. 其余图注的插入，可以直接将第一幅图的所有内容（图片、中英文图序和图题、图注）保留原格式粘贴到新图应在的位置，分别输入中文图题和英文图题，删除复制过来的旧的中文图序。选择“引用”→选择“插入题注”，所有内容不需改动，标签行显示“图”，直接选择“确定”，将自动显示新的中文图序。7. 将所有图添加好后，可以在图目录处，点击鼠标右键，选择“更新域”→选择“更新整个目录”→选择“确定”。1. 可以点击“快速访问工具栏”，“所有命令”，找到“样式分隔符”1. 选择“引用”→选择“插入题注”2. 选择“新建标签”
2025-02-21 21:47:11
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原创 黑科技安利 | 超好用的背景去除软件
右侧下载也有免费版（感觉也够用）。注册账号有一次免费高清的机会，以后再需要就得付费了~1. Microsoft PowerPoint里自带的“清除背景”/设置透明色。如果一副主图里存在其它颜色的背景色调，希望变成白色或者特定色彩/背景图片。虽然是全英文的，但页面很简洁，完全没有语言障碍（小学生英语就可以使用）这个功能超级好用，基本满足我日常涉及的90%的清楚白色背景的需求。等我找到更高级的方法解决那1%的疑难杂症，再来给大家分享。这个网站就辅助我完成其余9%的背景色替换功能。
2024-11-06 15:09:14
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原创 保姆级教程 | 全流程免费：合并多份长宽不同的PDF成相同大小并进行瘦身
由于老板需要，完成不同PDF文件（a，b，c....）合并，同时要求主文件（A）小于6M。可以看见，新导出的PDF文件大小只有5.34M了（如果还不满意，可以尝试迭代~）再次用福昕编辑器打开，文件-打印，选择”Foxit ...“这个，点击“属性”全流程我是通过福昕编辑器完成的，已经用了很多年了，性能稳定，无广强推。在弹出的”批量转换文件“窗口中，选择两个文件的先后顺序，点击”转换“默认设置里选“最小的文件体积”，点击“确定”后点击“确定”此时，再打开转换的PDF文件，你就会发现他们的隔阂消失了。
2024-10-28 20:32:43
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原创 保姆级教程 | VMD输出局部结构及利用TkConsole实现旋转
用notepad++修改相关的【非结果性】内容，后续软件读取的必须项（至于为什么是这种格式，需要自己思考和探索哈）：①补充原子个数;另外，该功能中的Cue Mode中Cue Density可使原子更清晰（但我对比了下，肉眼捕获看不太明显，可能是今天太晚了，我该下班了...）bye~修改C原子为灰色：Categories选择Name-Names选择C-Colors中随便选择颜色，然后将下面的红绿蓝条拉到同一个位置。（说明：主要的分子构型、靠近液体的电极板和其余极板，三者选用的显示样式均不同，下附详细流程）
2024-10-11 22:56:59
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原创 保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境
思路：特定原子是圆心，目标范围是半径，将周围化学环境离子/分子坐标转化为质心点后计算距离，再与目标范围进行比较，符合留下离子/分子坐标，不符合舍去。5. 编译Fortran程序radius10.f90（转换为质心点->判断距离->判断是否需要输出目标原子坐标）并执行。6. 下载radius.xyz文件，第一行写原子个数，然后再空一行（之后我又写了个程序：输出特定原子目标范围内的化学环境。用ovito打开后观察计算即可。
2024-10-09 22:43:07
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原创 保姆级教程 | Adobe Illustrator调整颜色透明度
由于课题需要，现需要在Adobe Illustrator里修改部分色块的颜色及透明度。3. 单击需要调整透明度的对象将其选中。方法①：面板上直接输入数值。5. 完成后保存文件。
2024-10-09 22:31:26
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原创 保姆级教程 | Linux中grep命令使用 & 分子动力学轨迹文件输出特定原子电荷值
（如果lammps输出的data文件轨迹部分的原子序号没有按从小到大的排列的情况：）grep是linux中的提取linux命令查询某个条件的前10行"A+1 B" 的格式是熟知res.002中轨迹格式后的总结第一次获得的第一列数值记为C：5095再取A+3输出一次，第一列数值记为D：6102（两次是因为有上下两个极板，A+3是熟知原子序号的叠加方式后的总结，A和A+3都是目标原子所在的分子号，B是目标原子的原子号）
2024-10-08 15:41:17
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原创 保姆级教程 | 分子动力学轨迹筛选目标区域内原子坐标后转第一性计算
6. 下载belowele.xyz文件，第一行写原子个数，然后再空一行（用VESTA打开后转为cif格式，后用MS打开检查坐标用于第一性计算。运行得到的轨迹需要提取出目标区域内所有原子坐标，写了两个程序来实现。（判断哪些帧数满足条件）并执行。（lammps得到的轨迹），原子的质量和电荷情况依次修改。3. 编译Fortran程序。5. 编译Fortran程序。（判断哪些帧数满足条件），（输出目标原子坐标）并执行。（输出目标原子坐标），遍历帧数：2500，0。遍历帧数：1，2250。由于课题需要，现根据。
2024-07-28 17:53:18
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原创 统计键长的程序使用
3. 随机进入一个子文件夹的02文件夹中查看lm-conp.inp，如 vi t0/02/lm-conp.inp；（考虑到粘贴程序内容需要大量的背景铺垫，如近百个文件夹的目的和产生方式、pos4.xyz中的编排顺序等，这里先仅记录程序使用，后期有时间了会进行补充）统计在主文件夹下的近百个子文件夹中02文件夹的pos4.xyz中1000帧的第n个分子的平均键长结果。（依次将bond程序拷贝进主文件夹下每个子文件的02文件夹并执行，再将结果汇总进bond.dat中）9. 执行脚本，./openfold.sh。
2024-05-08 10:41:19
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原创 保姆级教程 | 输出原子轨迹
origin中作图：第一列是帧数，第二三四列是第一个粒子在对应帧数下的xyz坐标，第五六七列是第二个粒子在对应帧数下的xyz坐标，以此类推，获得1+3*33=100列数据。程序需要将步骤1里的xyz坐标首先按目标粒子分类，继而将每一帧中目标粒子的坐标放置在一行即可（我这里需要的就是每一帧的pos02的xyz值）④ 第一列填入1，2，3，4，5，选中后点击右下角黑框即自动补充（这一列代表帧数，也可以不补~）⑦ 使用不同颜色的标记，就可以显示出某一个粒子在2500帧内的大致运动轨迹（方向）倾向了。
2024-04-29 14:11:00
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原创 防止自己遗忘系列：Fortran中write语句中不换行命令
由于需要写一个程序将所有结果在不换行的情况下输出，但Fortran程序中虽然没设置换行，输出的结果仍然会每5个循环换行一次（目前还不清楚原因，如果有看出问题的朋友请不吝指教！“f10.6”：指定浮点数的格式，“f”表示浮点数，“10.6” 表示总宽度为10个字符，小数部分占6个字符；“$”：表示结束当前的输出行，即换行，在Fortran中，`$` 符号通常用于控制输出行的结束。write(*,'(1x,f10.6)',advance='no') target 不可行。“1x”：表示输出前面有一个空格。
2024-04-29 13:32:35
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原创 防止自己遗忘系列：Fortran中write语句不能直接赋值
write(*,*) "dis=", dis = sqrt(A**2 + B**2 + C**2) 这里一处错误。write(*,*) "dis=" dis = sqrt(A**2 + B**2 + C**2) 这里两处错误。"dis=" 和 sqrt 中间的逗号不可以省略；write语句中不能直接赋值。
2024-04-19 10:47:30
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原创 保姆级教程 | Adobe Illustrator 中插入数学符号
鉴于Adobe Illustrator作为比较专业的绘图/组图软件，我的论文数据作图都会选择先在origin中把原始数据绘制好，后都放入AI中细修。3. BTW：Adobe Illustrator的字形页面可以拉宽拉高，但感觉找起来还是不太方便（好像是没有PowerPoint里【最近使用过的符号】）2. 接下来是Adobe Illustrator的流程：插入文本框 -> 窗口菜单 -> 文字 -> 字形 ->1. 首先看下PowerPoint中的流程：插入文本框 -> 插入菜单 -> 符号 ->
2024-04-16 22:12:02
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原创 保姆级教程 | Materials Studio中将斜方晶格转换为正交晶格
菜单栏中Build - Symmetry - Redefine Lattice将晶格格矢修改为下图的参数，然后点击Redefine（原始的晶格格矢如下所示，注意这里角度的区别）
2024-03-29 12:18:08
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原创 Linux vi/vim编辑器“高亮/取消高亮”显示命令
在Linux系统的vi/vim编辑器中，高亮可以迅速查找相关命令名，取消高亮适合不需要此功能者。例如，我现在需要对timestep高亮，编辑位置定位在第一个字母处（绿色）例如，我现在需要对timestep取消高亮。在需要高亮的命令名前。注：以上命令均不需要在。
2024-03-19 16:36:42
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原创 origin修改图例为显示”长名称/单位/注释/自定义“等
由于在origin作图时希望修改自动显示的图例，但每次手动更新又比较繁琐（特别是在数据量较多的情况下），为了一劳永逸。1. 在数据工作表中设置好需要修改后的名称（我写到长名称里了）显示栏里下拉选择“长名称”后确定。单击图例后右键选择绘图细节。
2024-03-13 20:55:17
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原创 本地写的Bash脚本，Linux端运行报错：/bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory
可以使用 dos2unix 工具将脚本的行尾符转换为 Unix 格式。这个错误通常是由于脚本文件的行尾符格式不正确引起的。（大概率，解决了相应可能性后成功。），而在 Unix/Linux 系统上使用的是 LF（`文件，其中行尾符已经被转换，然后给予执行权限并执行。，确保脚本在 Unix/Linux 系统上正确运行。Windows 系统使用的行尾符是 CRLF（`（脚本名：script.sh）
2024-02-29 16:08:10
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原创 Mathtype安装时word启动显示“文件未找到：MathPage.WLL”
由于老板布置的临时工作，需要安装Mathtype，但尝试了3个不同的版本后（每次都卸载干净了），均未能成功安装，出现的报错3个版本各不相同：①解压安装过程中失败（这个版本不再尝试）②安装后，打开word后的上方工具栏不显示“Mathtype”快捷键，并且影响其它软件的正常运行（这个版本尝试3次后选择更换）③安装后，word启动显示“文件未找到：MathPage.WLL”（这个是最接近成功的版本，已有同门成功，因此本人进行了进一步的解决问题探索，不到半小时即成功，总结如下）
2024-02-24 19:01:10
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原创 防止自己遗忘系列：Fortran段落注释
背景：没有系统学习过Fortran的语法框架，按C++的编写思路用Fortran语言写内容，确实会出现很多语法小bug，而且不容易发现，所以想从网上去寻找也难有切入点，于是开个小专栏，记录下遇到的一些 反复测试后最终突破 的小bug。上一篇指的是Fortran程序【读取的文件】中的注释（用的是“#”）（未成功编译篇）：这种说明程序的基本Fortran语法框架有问题。本篇指的是【Fortran程序】中的注释（用的是“!（成功编译但执行报错篇）：这种说明程序的编写思路不完善。（红色框），属于：程序的编写思路。
2023-12-27 10:08:01
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原创 防止自己遗忘系列：Fortran段落注释问题
根据文献报道自己制作力场过程中遇到的问题，反复测试后最终突破。因为网上没有找到相关解决办法，遂记录。又学到了一个冷门知识！
2023-12-22 09:58:06
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原创 保姆级教程 | packmol注意事项
由于老板安排的任务需要分别搭建液体和固体的模型，固体采用之前发布的博客方法，液体使用packmol软件建模。身为一个建模新手里的熟手，竟然有翻车的时候：运行后疯狂报错，而且都是之前没见过的错误排错流程：1. 查看log，发现丢原子/断键/周期性问题都是出现在液体部分。说明固体模型暂时可用2. 查看input文件，和之前的成功运行文件对比，没有发现明显错误。说明input正常（pbs默认正常）3. 经过以上排错，问题只有可能发生在【液体的data】内容。
2023-11-14 16:02:39
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原创 保姆级教程 | packmol-Linux版本安装编译
export PATH=$PATH:/home/***(用户名)/software/packmol (可执行文件所在目录)新服务器的账号需要进行配置（以下操作在Linux系统下进行，具体安装教程参考 ：）输入packmol，看是否能正常启动并显示和packmol有关的信息。我之前博文也有写过（packmol需要gfortran编译器）结束后会多很多文件，其中包括一个可执行文件 packmol。输入make即可编译（10s左右）将安装包放到账号下的任意文件夹里。进入.bashrc文件。
2023-11-02 20:39:47
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原创 防止自己遗忘：Linux里和查找相关的命令
locate 使用的数据库通常每天更新一次，所以如果在搜索最近创建的东西，它可能不会在搜索中返回，可以使用updatedb命令手动更新locate命令的数据库。命令在PATH中找到一个二进制文件。的文件，现在需要找到它但是不确定具体位于哪个目录下，则可以执行下面的命令，从文件系统的顶部。find /home/账号名 -iname ***.*** (精确查***.***文件)这个命令将返回二进制文件的位置，以及它的源代码和手册页，如果有的话。命令，可以用它在任何指定的目录中搜索，并使用各种参数。
2023-10-24 17:09:26
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原创 保姆级教程 | VMD中按不同类型显示不同样式
要实现这种效果，首先得对输出的lammpstrj做改变，需要分别输出两种离子对应的lammpstrj文件，即使用group命令先对同类型的原子进行分组【据说，group命令在手册的823页，考证后我来更新】将得到的dumpca.lammpstrj导入VMD后，输入下方命令显示盒子（可根据需要不显示）这里将原子1-10划分给ca，将原子11-16划分给an，分别输出其lammpstrj文件。（温馨提示：不要一次性导入后再输入，否则VMD只能将最后导入的文件中原子放到盒子里）
2023-08-29 09:40:58
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原创 保姆级教程 | Office-PowerPoint中公式字体修改不变更
由于在使用ppt时键入的公式字体是cambria，和我实际需要的不符，但全选后直接修改字体格式，发现前后没有变化，遂研究原因如下。公式中默认字体类型为Cambria Math，直接改字体或者格式刷都不能改变字体。2. 将公式转换为普通文本之后，现在就可以。
2023-08-28 21:19:09
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原创 保姆级教程 | ovito调整原子透明度并介绍导出的三种办法
不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
2023-08-24 12:17:57
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原创 保姆级教程 | 利用origin绘制溶剂化焓变和熵变过程
4. 根据第2步中推导出的公式（▲Hsol=BR+2CR/T，R=8.314J/mol·K）【这里我对偏导后的公式做了简化】，代入B, C求得不同T下的▲Hsol（J/mol），▲Ssol直接用上面文献中第三个公式即可。3. 作T-ln(Kh/P0)的散点图，并进行拟合（需要在origin里自定义公式：ln(Kh/P0)=A+B/T+C/T^2)【关键是求出A, B, C的值】2. 根据范特霍夫方程，推导出溶剂化焓变和Kh的关系（此步只需有基本化学常识，对数学要求一般，高数能及格都可以推导得出，略）
2023-08-09 22:39:07
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原创 保姆级教学 | 删除Github仓库
Github是一个开源代码托管平台，许多开发者和项目团队都喜欢在上面创建仓库来存储和管理他们的代码。但是如果不再需要一个仓库，或者想要从Github上移除它，该怎么办呢？
2023-07-26 10:11:37
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原创 保姆级 | Linux 系统命令（tar解压和压缩）
killall -u cute #本人最常用的方式，如果这个杀不掉所有进程，推荐方法1。（首先确保你已经在当前节点下，懂的都懂，top后可以查看相关进程号PID等，敲击q退出）背景：记性实在不好，每次需要杀死节点下相关进程时，命令都需要去反复学习。pgrep -u参数查出用户的所有pid，然后依次kill。ps列出cute的pid，然后依次kill掉，比较繁琐。内容：（常用的杀死命令总结如下），以用户cute为例。
2023-07-25 09:56:52
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原创 保姆级 | Linux 系统命令（tar解压和压缩）
.tar 用 tar –xvf 解压*.gz 用 gzip -d或者gunzip 解压*.tar.gz和*.tgz 用 tar –xzf 解压*.bz2 用 bzip2 -d或者用bunzip2 解压*.tar.bz2用tar –xjf 解压*.Z 用 uncompress 解压*.tar.Z 用tar –xZf 解压*.rar 用 unrar e解压*.zip 用 unzip 解压参考。
2023-07-19 10:35:50
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原创 保姆级教程 | origin绘制steric map（立体图）
由于在研究过程中发现了个网站可以自动绘制如下立体图（左侧），但想进行个性化修改却没办法实现，现在在origin里研究如何绘制这种效果的立体图（右侧），根据流程做完后点击“Map raw data”，将该图片的原始数据保留到本地。获得的*.data文件拖入origin中，将第三列“C(Y)”修改为“C(Z)”选中包含XYZ三列数据，点击“绘图-等高线图-颜色填充”，点击“确定”如果按上面的参数设置后，效果如下。
2023-07-06 22:43:17
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原创 保姆级教程-使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
由于课题需要，之前所用的后处理程序是同门师姐给的框架，根据自身体系进行修改内容，但计算出的结果是数值，而不是可视化的直观样式。【这里教程上是1.8，我也不清楚为什么，但是我之前的后处理程序是直接用的范德华半径，因此这里也可输入1，不过对比了下两个参数对于结果的影响，发现自由体积分数的数值一致但可视化的图不一样，我目前还不太明白】输入：1 （//如果直接回车，则默认用0.25埃格点间距。（//如果直接回车，则默认用晶胞的三个边长作为格点数据计算范围的三个边长，但这里的pdb文件中没有边长，
2023-07-04 21:58:06
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原创 保姆级教程-任意格式文件转OFD格式
（我第一次听说这个格式，大概了解了下）OFD是我国的版式文档标准，近几年被大力推行。（打开网址后登录，上传文件，点击转换，等5s后下载即可，手速快一点也就1min搞定）但是我现有的WPS、OFFICE、福昕等都是类似阅读器，没有这种格式转换的功能。：由于报账需要，现有PDF格式，需转为OFD格式，其他图片/word也支持。根据需求选择对应格式：（我的是PDF->OFD)给大家简单看下这个转换器的强大功能。登录账号：（我的默认是QQ）
2023-07-03 17:10:11
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原创 保姆级教程 基于Linux的RDKit框架中合成可行性分数--SAScore计算
花了差不多6-8h了解学习，走了很多弯路，看了很多用处不大的链接，这里仅推荐了有用的内容。再花2h整理码出来学习的思考和排错过程，思路可能不是特别清晰，但是作为新手操作的保姆级小白教程还是很不错的！的功能，可以帮助研究人成员评估化合物的合成的可及性，并进行化学合成的规划和决策。），在左侧的SMILES码位置全选，右侧结构会自动优化（无论你画的多标准/奇怪），再次检查后，复制SMILES码即可。他们的负载可以用于计算并评估化合物的合成可及性，并提供了一套完整的化学信息学解决方案。他们的工具集可以用于计算。
2023-06-30 11:36:32
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原创 SambVca在线工具研究配体的空间性质
是影响配体性能的重要因素。用于表征配体体积最常用的参数有二，其一为圆锥角（cone angle），适合表征膦配体等近似为圆锥形的配体；其定义为，在一个以金属原子为中心，半径3.5 A的球体内，配体的范德华半径所占据的体积占球体总体积的百分数。是Luigi Cavallo等人最初于2009年推出的在线工具（参考文献在上），可以方便地得到任意配体的percentage buried volume，并进一步得到类似上图的配体不同方位上的立体占据情况（参考文献在下）。与球心一同定义z轴的原子（即配体的配位原子）
2023-06-28 14:59:14
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