数据挖掘聚类之k-medoids算法实现

代码如下：

package com.winning.dm.pathway;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.Map;

import com.winning.dm.test.util.StringUtils;

public class NewKmeans {
   

    // 存储聚类之后的数据
    public ArrayList<ArrayList<String>> groupby;
    // 存储中心
    public ArrayList<String> alcenter;
    // 迭代后的中心
    public ArrayList<String> alnewcenter;
    // 计算几个类的轮廓系数
    public ArrayList<Double> adoutline;
    private static Logger logger = Logger.getLogger(NewKmeans.class);

    /**
     * 
     * @作者: liusen
     * @时间: 2017-1-6 下午4:35:55
     * @描述: 计算数据的汉明距离
     * @param x
     *            字符串x
     * @param y
     *            字符串y
     * @return
     * @备注:
     */
    public int distance(String x, String y) {
        int distance;
        if (x.length() != y.length()) {
            distance = -1;
        } else {
            distance = 0;
            for (int i = 0; i < x.length(); i++) {
                if (x.charAt(i) != y.charAt(i)) {
                    distance++;
                }
            }
        }
        return distance;
    }

    /**
     * 
     * @作者: liusen
     * @时间: 2017-1-6 下午4:43:43
     * @描述: 聚类中心的迭代方法
     * @param list
     * @return
     * @备注:
     */
    public String centerIteration(ArrayList<String> list) {
        int size = list.size();
        int[] array = new int[size];
        for (int i = 0; i < size; i++) {
            for (int j = 0; j < size; j++) {
                array[i] = array[i] + distance(list.get(i), list.get(j));
            }
        }
        return list.get(findMinIndex(array));
    }

    /**
     * 
     * @作者: liusen
     * @时间: 2017-1-6 下午5:04:49
     * @描述: 找到数组中的最小值对应的下标
     * @param array
     *            数组
     * @return 下标
     * @备注:
     */
    public int findMinIndex(int[] array) {
        int index = 0;
        int size = array.length;
        int min = array[0];
        for (int i = 0; i < size; i++) {
            if (min > array[i]) {
                min = array[i];
                index = i;
            }
        }
        return index;
    }

    /**
     * 
     * @作者: liusen
     * @时间: 2017-1-11 上午11:13:00
     * @描述: 计算最小值的下标
     * @param array
     *            目标数组
     * @return 下标
     * @备注:
     */
    public int findMinIndex(ArrayList<Double> array) {
        int index = 0;
        int size = array.size();