绦虫基因组研究方法

今天跟一个同学讨论了绦虫基因组研究方法，同时我也看到一些同学在用这套策略做枸杞的基因组，我想这应该是真核生物基因组分析一些常用的策略。简要记录一下：

 

首先是基因预测，有三类方法：1. denove从头预测，比如基于ORF，马尔科夫模型等 2.通过转录组数据，mapping到基因组上 3.与nr数据库等比对，blastp等做一下序列的同源比较就可以了

常用的软件有glimer等

 

然后预测基因的家族，用treefarm

 

然后与相近的物种做一个进化树，可以选用28S 18S 58S之间的保守序列做进化树，当然这些编码28SrRNA 18SrRNA 58SrRNA的基因也很保守，也可以选取一些保守的基因家族，比如上面提到的18SrRNA  做进化树，之所以选择保守基因，是为了排除外来gene序列的干扰

 

看进化的各个阶段基因家族的增加，减少情况