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[置顶] 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180401)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！ 本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 本...
2017-10-31 20:10:55 阅读(757) 评论(0)

水稻微生物组时间序列分析精讲1-模式图与主坐标轴分析

写在前面 上周五我们分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》的文章，大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言，累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我们也争取花时间把此文的原始代码整理并精讲，祝有需要的小伙伴能有收获。 本系列按原文4幅组图，共分为4节。本文是第...
2018-04-19 14:36:13 阅读(1) 评论(0)

二代三代转录组测序分析实战班

本文原创“生信宝典”公众号，作者陈同。 转录组大家都很熟悉了，我们之前也有几篇介绍： 转录组分析的正确姿势 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版) 120分的转录组考题，你能得多少 年前开了一期二代转录组线下研讨班，效果挺好，大家学的很扎实，不少朋友又继续...
2018-04-17 20:44:06 阅读(8) 评论(0)

水稻微生物组时间序列分析

中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律 图文详解 水稻根系微生物随时间变化吗？ 微生物组随时间变化的规律 哪些菌门随时间呈现规律变化呢? 哪些菌可以作为生育时间的biomarkers? 猜你喜欢 写在后面 中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化...
2018-04-10 21:12:32 阅读(13) 评论(0)

多元回归树分析Multivariate Regression Trees，MRT

作者：陈亮 单位：中国科学院微生物研究所 多元回归树分析 多元回归树（Multivariate Regression Trees，MRT）是单元回归树的拓展，是一种对一系列连续型变量递归划分成多个类群的聚类方法，是在决策树(decision-trees)基础上发展起来的一种较新的分类技术...
2018-04-09 21:37:01 阅读(18) 评论(0)

你知道R中的赋值符号箭头和等号的区别吗？

作者：陈亮 单位：中国科学院微生物研究所 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？ 作为一门高级语言，R语言拥有独特的语法，比如今天说道的赋值符号。在其他语言里，赋值符合通常用一个等号(=)表示，而在R语言里，承担这个任务的可以是箭头(&amp...
2018-04-09 20:05:05 阅读(38) 评论(0)

植物根际微生物组也有昼夜节律

植物根际微生物组存在昼夜节律 文章2017年6月发表在Microbiome上，与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似，但材料原创。 摘要 背景 昼夜节律调控植物的代谢功能，甚至影响植物的健康和繁殖。根际细菌主要受土壤类型影响，其对植物生...
2018-04-04 23:56:56 阅读(37) 评论(1)

Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫

文章简介 摘要 背景介绍 正文 热心肠导读 Reference 猜你喜欢 写在后面 文章简介 随着肠道菌群研究的不断深入，极大的革新了人们对于肠道菌的看法。17年11月22日上线的Nature文章，讲述了肠道菌群到底是如何影响肠道免疫系统的健康。 我们吃饭的时候，不仅...
2018-04-02 20:50:35 阅读(47) 评论(0)

自动刷新某个指定网页

我们经验要刷新某个网页，来获得一定的虚拟货币，或是阅读量，如何自动操作呢？ 以百度主页为例，新建一个纯文本文件，内容如下，保存为refresh.html <html> <head>&l...
2018-04-01 22:56:42 阅读(17) 评论(0)

makefile经验笔记

makefile笔记 字符需要转意，输入字符需要转意，输入字符需要转意，输入$替换 x=a b c d 方式直接建立数组，而shell中需要加引号 变量需要用()或{}包围，而shell中只能用{} cd /tmp && you-operatio...
2018-04-01 22:52:40 阅读(135) 评论(0)

使程序在Linux下后台运行，程序运行前后台切换

转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html，有修改。 一、为什么要使程序在后台执行 我们计算的程序都是周期很长的，通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务...
2018-04-01 22:50:00 阅读(33) 评论(0)

Nature Genetics：微生物如何适应植物的？(articles)

文章简介 通讯作者简介 细菌基因组适应植物的特征 摘要 表1. 本研究使用的菌来源 图1. 本研究中使用细菌基因组，以及其中差异的功能分类丰度 图2. 多方法验证预测微生物基因组中的植物相关基因 图3. 植物/根系相关细菌中富集的蛋白和蛋白结构域 图4. 微生物与植物相似的基因家族。 图5....
2018-04-01 22:09:53 阅读(70) 评论(0)

Plos biology：水稻根际微生物组时间序列分析

摘要 背景 结果 附图 时间序列分析相关方法 Reference 猜你喜欢 写在后面 加州大学戴维斯分校的博后Joseph Edwards (https://scholar.google.co.jp/citations?user=aPHqjO4AAAAJ)继2015第一作...
2018-03-31 23:15:48 阅读(94) 评论(0)

Google Chrome插件导出与安装

很多电脑无法翻墙，无法安装Google Chrome商店的插件 而且这些插件又没有下载地址，无法下载。 我们可以通过另一台可以翻墙的电脑安装，然后导出安装程序，在这台电脑上安装即可。 以Windows10系统下Google Chrome中的FoxyProxy插件为例 1. 在可上g...
2018-03-29 13:29:49 阅读(51) 评论(0)

综述：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

本文原创首发宏基因组公众号 作者：秦媛 根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展 原题目：Microbially Mediated Plant Salt Tolerance and Microbiome-based Solutions for Saline Agriculture ...
2018-03-27 23:34:26 阅读(53) 评论(0)

中国林科院亚热带林业研究所林木根际微生物博士后招聘启事

中国林科院亚热带林业研究所林木根际微生物博士后招聘启事 根据工作和学科发展需求，中国林科院亚热带林业研究所（位于杭州市富阳区）袁志林老师研究小组面向全国招聘1名博士后（优秀的出站博后也可以考虑）。 图1 中国林业科学研究院亚热带林业研究所俯瞰 一、研究方向 林木根际微生物组结构和功...
2018-03-26 20:17:38 阅读(14) 评论(0)

有声专栏-宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组

宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组 有声专栏-宏基因组专业词汇讲解开播了，点击上方播放本词条的有声版。也可在喜马拉雅FM中搜索《宏基因组》持续收听本专辑更新。 对于刚接触宏基因组的同学，想必有很多概念不明白，那么接下来就让我带领大家走进宏基因组。今天先让我们系统的认识一下宏基因组。 ...
2018-03-26 11:30:25 阅读(54) 评论(0)

央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

我国是世界上最大的抗生素生产和使用国，同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中，当做保健品给动物防病，促进动物生长。而这会导致“超级细菌”的出现，污染环境，损害人们身体健康。无抗饲养是畜牧业健康发展的目标，如何减少畜牧业...
2018-03-24 22:03:07 阅读(53) 评论(0)

手把手教你生信分析平台搭建

宏基因组按：此系列教程为基因学苑的王通老师原创发布。非常适合刚接受生信，又有服务器管理需求的小伙伴做为入门材料，一共20篇文章，内容涉及服务器选购、Linux系统安装、用户管理、软件安装、软件兼容环境、Galaxy/Rstudio服务器配置等多方面。助你快速入行，轻松成为兼职服务器管理员的技...
2018-03-22 23:20:14 阅读(79) 评论(0)

16S+功能预测也能发Sciences：尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). “Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition.” Science 351(6269): 158-...
2018-03-21 20:12:31 阅读(40) 评论(0)
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