刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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SourceTracker—微生物来源分析

前一阵我们翻译Rob Knight的综述,1.8万字,让你熟读2篇轻松握微生物组领域分析框架、把握未来分析趋势。目前在宏基因组平台累计过万人次,热心肠平台首发阅读7600+,科学网加精置顶阅读6500+,三大平台阅读人数超过2.5万余次。 还没有仔细学习的,赶快读两遍吧! Nature综述:...

2018-08-16 23:00:30

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中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化

戴磊研究员课题组2018年招聘启事(副研究员,博士后,研究助理) 一、导师简介 戴磊,中国科学院深圳先进技术研究院研究员,博士生导师,第十四批国家“千人计划” 青年项目入选者 。中国科学技术大学物理学学士,美国麻省理工学院生物物理学博士,美国加州大学洛杉矶分校医学院博士后。 研究成果以...

2018-08-16 22:04:11

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iTOL美化进化树实战:标签、枝修饰,分组着色

进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化 之前讲了很多进化树的理论,但实战还是有困难。今天来一个树的实战。 http://itol.embl.de a, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组,中圈展示其来源,内圈...

2018-08-16 20:48:09

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微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core

扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档 otutab_core http://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_core.html 鉴定核心微...

2018-08-16 20:29:54

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想要出国读博作博后的看过来:德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后

植物微生物组方向招生招聘 4 DFG-funded positions to study the plant microbiota 德国科隆马克思普朗克植物育种研究所植物与微生物互作中心现向海内外招收3名博士生,1名博后职位。 主要研究方向为群体水平植物与微生物互作、植物免疫在微生物...

2018-08-16 19:12:27

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宏基因组学习交流4群成立

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们! 本文“宏基因组”原创,更多文章点我跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 本...

2018-08-16 09:37:39

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扩增子分析QIIME2(2018.6). 1简介和安装

扩增子分析QIIME2. 1简介和安装 QIIME2版本 2018.6 简介 优点 学习思路 什么是QIIME 2? 核心概念 安装 原生安装QIIME2 虚拟机安装 使用VirtualBox方式安装 亚马逊云安装 使用Docker方式安装 QIIME 2 2018.6版本核心插件 ...

2018-08-15 10:17:54

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PNAS-2018-多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物

摘要 重要性 图1. 环境与年龄根际微生物群落结构 图2. 2010年田间个体广义遗传力 鉴定2010年可遗传OTUs 图3. 可遗传OTUs进化关系 材料与方法 概述 玉米根际土收集和准备 16S扩增子处理和分析 Beta多样性和Adonis检验 基因型与Beta多样性 差异丰度OTUs ...

2018-08-13 17:53:59

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Cell综述:人类肠道菌群-从关联到调控

人类肠道微生物组:从关联到调控 图1. 靶向调控微生物组 与人类肠道微生物组成相关的协变量 图2. 微生物组影响因素 专栏1. 为什么我们只能解释如此少的微生物组变异 包括疾病和宿主年龄相关的微生物状态 宿主外在因素:药物、饮食、生活方式、BMI和粪便粘稠度 内在宿主因素,如遗传 环境因...

2018-08-11 10:06:18

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USEARCH11新功能——OTU表抽平otutab_rare

http://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_rare.html 稀疏、抽平 otutab_rare 抽样OTU比至某个指定数据量,方便比较Alpha多样性,对于抽平后的OTU表,会自动删除不满足样本量的样品,还会去除全为零的OTUs ...

2018-08-08 21:48:05

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植物微生物组文章目录(180807)

本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:植物微生物组 原文链接:植物微生物组公众号 植物微生物组文章目录 组内文章 中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律 Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工...

2018-08-08 20:46:31

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2018谷歌学术指数发布——看看综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志

谷歌学术指数简介 2018年8月2号,谷歌发布了2018年度的学术指数(Google Scholar Metrics),用来评价各个领域杂志的影响力。该系统主要包括H指数(h-index或Hirsch index),H核心(h-core),H中值(h-median),H5指数(h5-in...

2018-08-08 20:42:58

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基础002. Editplus编辑远程文件

本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:刘永鑫 编辑:翟志文 原文链接:基础002. Editplus编辑远程文件 Editplus 远程打开、保存文件 下载Editplus(https://www.editplus.com/)后默认安装,然后...

2018-08-07 19:52:09

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基础003. MarkdownHere排版公众号

本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:刘永鑫 编辑:翟志文 原文链接:基础003. MarkdownHere排版公众号 前面教大家使用云笔记记录笔记,图床的管理和插入图片。 今天教大家使用Markdown Here插件快速排版Markdown笔记在...

2018-08-07 19:48:10

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基础004:R语言数据处理和变换——dplyr

dplyr 背景简介 安装和数据准备 常用函数 变量筛选select 数据筛选filter 排序arrange 创建新变量mutate 本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:秦媛 原文链接:基础004:R语言数据处理和变换——d...

2018-08-07 19:43:14

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Basic005. Intro to statistics basic terms统计名词介绍

本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:Tank 原文链接:Intro to Statistics with R (HarvardX series PH525x) Introduction to Random Variables 这个哈佛大学的 P...

2018-08-07 19:36:13

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基础006 宏基因组入门理论以及分析环境的部署

本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:zhiwen 原文链接:基础006 宏基因组入门理论以及分析环境的部署 一、宏基因组核心思想 鉴定菌群组成 鉴定菌群内基因组成 鉴定功能基因组成 菌群之间的关系 菌群和宿主之间的关系 二、宏基因组的...

2018-08-07 19:28:36

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PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物

本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:张娜 原文链接:PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 大家上午好,占用大家30分钟的时间,跟大家分享一下这篇文章。这篇文章的题目是:玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 ...

2018-08-07 19:19:03

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vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档(免费64位版usearch)

简介 主要功能和命令行格式 嵌合体检测 聚类 去冗余 序列操作 屏蔽序列 两两比对 搜索 重排与排序 抽样 物种分类 处理UDB数据库索引 描述 输入 参数 通用参数 嵌合体检测参数 聚类参数 序列去冗余 屏蔽序列选项 成对比对选项 搜索选项 洗牌参数 排序参数 抽样参数 P29 物种分...

2018-08-06 07:54:29

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USEARCH11命令大全,200+命令中文简介,快速查找需要功能

序列比对 嵌合体检测和过滤 序列、树和基于图形的聚类 距离矩阵 多样性分析 fastq格式文件处理 Fasta和fastq文件处理格式 机器学习和鉴定有用OTUs 其它命令 OTU分析和去噪 OTU表命令 二代测序序列处理 序列和数据库检索 物种命令 树命令 标签与注释 猜你喜欢 写在后面 ...

2018-08-02 22:39:27

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