刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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原 一些你可能忽略的护牙小技巧

一些你可能忽略的护牙小技巧 上一周我们跟大家聊了按时刷牙，保持口腔环境健康，会减少心血管疾病患病风险，大家也是相当关心，究竟怎么做才算是正确的刷牙方式。说到刷牙，谁不会啊，几乎所有人都知道，每天刷牙两次，上下左右刷够时间，那为什么我们这些遵循标准指南的人在看牙医的时候，还是发现我们有时需要补牙呢？...

2019-01-22 20:29:08

阅读数 55

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原 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯

口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯 我们从小被教育每天要按时刷牙，如果刷牙不好，会得龋齿————也就是常说的“虫牙”，俗话说得好，牙疼不是病，疼起来可真要命。但是，如果你仅仅以为刷牙不好就会牙疼，甚至大不了就是去拔个牙，杀个神经，那你可就太小看口腔中的这些小小的微生物了，说出来都会吓你一跳...

2019-01-17 22:44:08

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原 SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单

如何简洁而优雅的下载文献？ Sci-hub是大家常用文献下载神器。其数据库包括了8160万篇免费文献，能满足99%的论文需求；其用户分布在全球各个国家，中国用户数量最多。 如果有一天，你收藏的Sci-hub网址无法访问了怎么办？ sci-hub确实好用，但是由于版权问题被迫经常更换网址。为了解决随...

2019-01-15 19:51:04

阅读数 339

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原 Nature Methods：基于人工重组菌群数据的宏基因组的软件评估金标准

文章目录写在前面摘要图1. 基于标准数据集CAMI高度复杂数据集的组装结果图2. 基因组分箱结果纯度和完整度比较图3. 数据集的分析结果Reference猜你喜欢写在后面 近年来宏基因组学快速发展，仍面临诸多挑战。虽然出现了大量软件，但缺少标准样品的评估体系，各软件的优缺点、适用范围至今没有系统的...

2019-01-11 14:52:55

阅读数 206

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原 纽约西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

宏基因组按：宏基因组学是近年最火的研究领域之一，表观遗传学更是十余年热度不减，而将两者很好的结合开创宏表观组的房刚老师绝对是本领域的大佬，两篇Nature Biotechnology持续保持领先优势。近期的被邀约撰写的Nat Rev Genet更为更多人加入本领域提供了最好的指南。作为本领域的同...

2019-01-09 19:45:52

阅读数 270

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原 生物信息3天速成班—成为团队中不可或缺的人

在生物学领域，随着二代测序和多组学的发展，生物信息工程师己经成为了生物学团队中不可或缺的岗位。差不多每个老板都想招一位懂生信的人才，在团队中承前启后，成为团队快速发展的引擎，全力为团队打Call。 而现实是生信人才太稀缺，据不完全统计只有不到10%的团队中拥有独力分析组学数据的人才，而这部分人中...

2019-01-09 08:40:43

阅读数 207

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原 QIIME 2用户文档. 13数据评估和质控Evaluating and controlling(2018.11)

文章目录前情提要数据评估和质控`q2-quality-control`下载数据基于比对过滤序列质量评估已知组成的样品评估序列质量Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简介和安装Install 2插件工作流程概述Workfl...

2019-01-07 00:16:10

阅读数 158

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原 Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为

Schretter, C.E., Vielmetter, J., Bartos, I., Marka, Z., Marka, S., Argade, S., and Mazmanian, S.K. (2018). A gut microbial factor modulates locomotor...

2019-01-06 15:40:32

阅读数 834

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原 QIIME 2用户文档. 12训练特征分类器Training feature classifiers(2018.11)

文章目录前情提要训练特征分类器下载并导入参考序列提取参考序列训练分类集测试分类集分类真菌ITS序列Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简介和安装Install 2插件工作流程概述Workflows 3老司机上路指南Exp...

2019-01-06 10:53:18

阅读数 182

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原 QIIME 2用户文档. 11数据筛选Filtering data(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 11数据筛选下载实验相关数据过滤特征表按数据量过滤偶然因素的过滤基于索引的过滤基于元数据的筛选基于物种过滤表和序列过滤序列过滤距离矩阵Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简介和安...

2019-01-05 14:18:17

阅读数 143

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原 QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV方言和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据使用元数据使用QIIME2对象元数据合并原数据探索特征元数据Referenc...

2019-01-04 21:21:08

阅读数 174

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原 QIIME 2用户文档. 9数据导出Exporting data(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 文章导读：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简介和安装 2插件工作流程概述 3老司机上路指南 4人体各部位微生物组分析 5粪菌移植分析练...

2019-01-03 12:29:21

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原 QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 8数据导入导入带质量值的FASTQ测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava 1.8双端拆分后数据**Fastq样品文件清单格式**fasta格式序列代表性序列对齐的fasta格式文件导入特征表BIOM v1...

2019-01-02 10:45:53

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原 QIIME 2用户文档. 7差异丰度分析gneiss(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 7差异丰度分析gneiss创建`balances`选项1：相关性聚类选项2：梯度聚类用平衡建立线性模型Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 文章导读：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简介和安装 2插件工作流程概述...

2019-01-01 09:22:17

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原 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190101)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面 欢迎点击上方蓝色"宏基因组&qu...

2018-12-31 12:44:18

阅读数 398

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原 QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析Atacama soil(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 文章导读：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简...

2018-12-29 21:18:35

阅读数 231

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原 一作解读Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？

Microbiome杂志2018年12月26日在线发表山东大学海洋学院杜宗军组关于“未培养微生物可培养机制”的文章，在此向杜宗军团队表示祝贺，同时很高兴邀请到第一作者穆大帅副教授亲自为大家带来最原汁原味的解读。 Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？ ...

2018-12-29 10:17:23

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原 QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1. OTU表总结表2. 样品数据量分布表3. 特征表频率统计多样性分析Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提...

2018-12-26 11:19:26

阅读数 225

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原 QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1. DADA2方法2. Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析Alpha和beta多样性分析Alpha稀释取线物种组成分析使用ANCOM...

2018-12-25 21:05:57

阅读数 360

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原 QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)

文章目录前情提要老司机上路指南为什么要改用QIIME 2?老司机上路前的几点建议数据处理步骤数据导入样本拆分双端合并去除非生物序列相似序列分组去噪OTU聚类物种分类分析特征表获得新发现数据导出新的插件附录1. 可导入的重要数据格式附录2. 可导入的重要数据类型译者简介Reference猜你喜欢写在...

2018-12-22 00:11:45

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