自定义博客皮肤VIP专享

*博客头图:

格式为PNG、JPG,宽度*高度大于1920*100像素,不超过2MB,主视觉建议放在右侧,请参照线上博客头图

请上传大于1920*100像素的图片!

博客底图:

图片格式为PNG、JPG,不超过1MB,可上下左右平铺至整个背景

栏目图:

图片格式为PNG、JPG,图片宽度*高度为300*38像素,不超过0.5MB

主标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

Hover:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

副标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

自定义博客皮肤

-+

刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

转载 分类堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签

堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签这篇文章详细解释了堆叠柱状图各种需求是如何得到的,冲击图是如何对应的,这是一条大家学习代码,而不是仅仅出图的推文。写在前面:人生嘛,不就是这样,总会...

2020-06-02 07:00:59 7 0

原创 微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课...

2020-06-02 07:00:59 7 0

原创 Microbiome文章汇总

Microbiome:粪菌移植改善自闭症Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读Microbiome:16S扩增子测序研究中定量变...

2020-06-01 07:00:00 55 0

转载 Microbiome:南土所孙波组揭示间作重塑根际微生物组并促进生长的机制

http://doi.org/10.1186/s40168-019-0775-6植物邻近检测识别和化感应答的响应策略是物种间相互作用的重要过程。尽管越来越多地了解植物邻近识别和涉及植物...

2020-06-01 07:00:00 22 0

原创 近年来霸屏CNS封面的领域,值得关注

“宏基因组”公众号宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,中科院科研人员创立“宏基因组”公众号,入选科研圈评选“2019年度学术媒体优质公众号”,联合海内外同行共同打造本领...

2020-06-01 07:00:00 24 0

转载 高级转录组分析和R数据可视化第11期(报名线上课还可免费参加线下课2020.6)

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课...

2020-06-01 07:00:00 16 0

原创 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.6)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们!宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强宏基因组学技术和成果交流传播,推动全球华人微生物组领域发展,中科院青年科研人员创立“宏基...

2020-06-01 07:00:00 26 0

转载 重磅!「肠道菌群」项目征集,百万科研经费助力细分领域全新突破

▲点击关注 查看更多精彩内容疫情之下,科研不停,肠道菌群的研究热度持续高涨。近期国内外肠道菌群研究成果多面开花,诸多重磅研究相继发表,令学界振奋。术业有专攻,领域有细分,阅微基因在此...

2020-05-31 07:00:00 94 0

转载 人类对蛔虫的研究,是靠一次次蛔虫盛宴推动的!

SME科技故事出品微信ID:SMELab(本文仅适合有一定心理承受能力的成年人阅读)一提到蛔虫,大家想到的是那句“某人是我肚子里的蛔虫”。但其实,这种肠道寄生虫曾经让科学家头疼不已。为...

2020-05-31 07:00:00 95 0

转载 看完这部纪录片之后,我想把身上的细菌寄生虫供起来

本文为【SME】公众号原创,转载己获授权我们人类通常会感慨大自然生态的奇妙,敬畏地球上种类繁多的生命,但很少人会知道,我们的身体其实也同样如此。把世界缩小几个维度,人体就相当于一个开放...

2020-05-31 07:00:00 111 0

转载 生物工程学报-微生物组测序与分析专刊-邀请函

《生物工程学报》《微生物组测序与分析专刊》邀请函经过近一年的准备,《微生物组测序与分析专家共识》将在《生物工程学报》发表,并且同时以“微生物组测序与分析专刊”形式发表相关文章。为了方便微...

2020-05-30 07:00:00 32 0

原创 宏基因组合种树,侧柏、华山松、云杉、胡杨在等你,2-4天领证

很多朋友都在支付宝里面玩过蚂蚁森林,为大家支持中国绿化公益事业的行动点赞。有没有羡慕小伙伴满满的植树证书,也希望自己为绿化做贡献,但又感觉自己的力量太渺小。现在机会来了,宏基因组公众号发...

2020-05-29 07:00:00 38 0

转载 微生物16S测序数据的正确打开方式

16S rRNA基因测序(也称16S rDNA测序)是最常用的菌群多样性分析的手段。对于新手,如果收到一份不讲“人话”的16S测序分析报告,很快就会被各种生态学术语、各种指数、各种分析方...

2020-05-29 07:00:00 108 0

转载 EM不同气候条件下土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略

点击蓝字关注我们题目:不同气候条件下土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略期刊:Environmental Microbiology (2020)三年均IF:5.2通讯作者:梁玉婷 &amp...

2020-05-28 07:00:00 67 0

转载 生信人值得拥有的编程模板-Shell

前言“工欲善其事必先利其器”,生信工程师每天写代码、搭流程,而且要使用至少三门编程语言,没有个好集成开发环境(IDE,Integrated Development Environment...

2020-05-28 07:00:00 43 0

原创 Windows10远程桌面Ubuntu——把服务器当超高配置的个人电脑使用

自己的笔记本配置太低,有很多图形界面的软件,需要在服务器上运行,通常只用SSH方式访问的命令行方式是无法实现的。虽然配置XShell + XManager可以实现打开图形程序,但速度之慢...

2020-05-28 07:00:00 77 0

原创 Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows

Windows缺少shell命令支持用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。还有想学习Linux...

2020-05-27 07:00:00 58 0

原创 宏基因组合种树,2-4天领证

很多朋友都在支付宝里面玩过蚂蚁森林,为大家支持中国绿化公益事业的行动点赞。有没有羡慕小伙伴满满的植树证书,也希望自己为绿化做贡献,但又感觉自己的力量太渺小。现在机会来了,宏基因组公众号发...

2020-05-27 07:00:00 37 0

原创 QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.2)

文章目录前情提要引用QIIME 2引用插件检索特定于插件的引用 Retrieving plugin-specific citations使用来源追溯列出引用 Using provenance to list citations方法描述和引用示例Example methods description...

2020-05-26 19:18:04 123 0

原创 JoVE微生物组专刊征稿,写方法拍视频教程发SCI(宏基因组公众号专属福利)

JoVE 视频实验杂志官网:https://www.jove.com/包括上万个实验和分析方法视频,还有几十个领域的数百个专业视频教程资源。这个杂志被SCI收录了吗?必须的。杂志在Web...

2020-05-26 07:00:00 57 0

原创 QIIME 2教程. 31名词Glossary(2020.2)

文章目录前情提要名词解释Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析...

2020-05-25 20:18:08 65 0

转载 Cell:中科院遗传发育所周俭民受邀综述植物免疫激活及信号传导的最新进展

2020年5月21日,Cell杂志在线发表了来自中国科学院遗传与发育生物学研究所周俭民研究员和加拿大英属哥伦比亚大学张跃林教授共同通讯的特邀综述论文,题为“Plant Immunity...

2020-05-25 07:00:00 123 0

原创 QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.2)

文章目录前情提要补充资源 Supplementary resources教学内容 Educational content应用生物信息学导论肠道检查:探索身体中的微生物群系微生物生态学统计分析指南译者简介Reference猜你喜欢写在后面 前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分...

2020-05-24 16:20:36 55 0

原创 随机森林RandomForest回归生物标记预测时间序列

关于随机森林的简介和应用理论,请阅读之前分享的文章:一文读懂随机森林在微生态中的应用关于随机森林进行分类的入门实战,请阅读之前分享的《RandomForest:随机森林预测生物标记bio...

2020-05-24 07:00:00 182 0

转载 热点:3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究

编者按:提到病毒可能很多人就会想到疾病和死亡,尤其是在当下这个特殊的时期。过去 4 个月,新冠肺炎(COVID-19)在全世界范围内大流行,截至 5 月 23 日 11:00,中国累计确...

2020-05-24 07:00:00 44 0

原创 随机森林RandomForest挖掘生物标记预测分类

随机森林简介如果读者接触过决策树(Decision Tree)的话,那么会很容易理解什么是随机森林。随机森林就是通过集成学习的思想将多棵树集成的一种算法,它的基本单元是决策树,而它的本质...

2020-05-24 07:00:00 166 0

原创 宏基因组合种树,2-4天领证,1/2号车满员,3号车成立,机会来了

很多朋友都在支付宝里面玩过蚂蚁森林,为大家支持中国绿化公益事业的行动点赞。有没有羡慕小伙伴满满的植树证书,也希望自己为绿化做贡献,但又感觉自己的力量太渺小。现在机会来了,宏基因组公众号发...

2020-05-23 07:00:00 42 0

原创 QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.2)

文章目录前情提要数据资源 Data resourcesq2-feature-classifie使用的分类学分类器标记基因参考数据库Greengenes (16S rRNA)数据库的各种版本及下载链接如下:Silva (16S/18S rRNA)数据库UNITE (fungal ITS)数据库微生物...

2020-05-22 10:11:01 97 0

原创 QIIME 2教程. 28社区Community(2020.2)

文章目录前情提要社区 Community论坛 QIIME 2 Forum用户支持 User Support技术支持 Technical Support社区插件支持 Community Plugin Support一般讨论 General Discussion开发人员讨论 Developer Dis...

2020-05-21 20:43:14 64 0

原创 ISME:中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应

文章目录肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应摘要引言结果野外条件下人工降雨处理对鼠类种群的上行效应**野外不同降雨组的食谱对室内田鼠的影响**植物叶片中关键的营养成分对田鼠的影响不同果糖添加量的食谱对室内田鼠的影响不同低聚果糖添加量的食谱对室内田鼠的影响差异物种及功能通路的比较讨论第一...

2020-05-21 19:29:40 273 0

转载 高分文章精选 | 纳米孔宏基因组测序的表现

在宏基因组测序中,纳米孔长读长可从复杂多样的宏基因组学样本中组装完整的闭环细菌基因组和质粒,提供无偏倚、免PCR扩增的基因组序列。已有越来越多的科学家使用纳米孔长读长来区分近缘物种,解析...

2020-05-21 07:00:00 79 0

原创 支付宝蚂蚁森林合种树,2-4天领证,1/2号车满员,3号车成立

很多朋友都在支付宝里面玩过蚂蚁森林,为大家支持中国绿化公益事业的行动点赞。有没有羡慕小伙伴满满的植树证书,也希望自己为绿化做贡献,但又感觉自己的力量太渺小。现在机会来了,宏基因组公众号发...

2020-05-21 07:00:00 32 0

原创 QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.2)

文章目录前情提要语义类型为什么定义语义类型常用的语义类型Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experien...

2020-05-20 17:02:30 77 0

原创 QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.2)

文章目录前情提要为QIIME 2开发新插件概述Overview插件组件Plugin components定义功能Define functionality创建一个函数并注册为方法 Create a function to register as a Method创建一个可视化函数 Create a ...

2020-05-19 22:26:33 53 0

原创 QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins (2020.2)

文章目录前情提要可用插件alignment对齐:[用于生成和处理序列对齐](https://docs.qiime2.org/2020.2/plugins/available/alignment/)composition:[用于组成型分数据分析](https://docs.qiime2.org/20...

2020-05-18 12:29:32 82 0

转载 中科院微生物所高程组招聘助研3名(正式编制)

中科院微生物所真菌学国家重点实验室高程课题组助理研究员招聘(正式编制)中国科学院微生物研究所(http://www.im.cas.cn )是隶属中国科学院的科研事业单位,目前已发展成为我...

2020-05-18 07:00:00 159 0

原创 Microbiome:植物根际微生物组也有昼夜节律

植物根际微生物组存在昼夜节律文章2017年6月发表在Microbiome上,与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似,但材料原创。摘要背景昼夜节律...

2020-05-18 07:00:00 121 0

原创 Nature Genetics:微生物如何适应植物的?

文章简介是什么使是病原和共生菌都能与真核宿主保持密切联系呢?Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http...

2020-05-18 07:00:00 134 0

原创 ISME:华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系

文章目录大豆根际微生物群落的变化及其与根瘤菌共生效率的关系写在前面摘要背景结果不同类型土壤中大豆根际区微生物组的组成和多样性图 1 三种类型土壤中大豆根际区微生物组的α和β多样性不同根际取样部位的微生物共现和相互作用网络图 2 不同隔间区域中的微生物相互作用网络大豆根瘤中根瘤菌的组成取决于土壤条件...

2020-05-17 22:39:51 290 0

原创 QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.2)

文章目录前情提要Python命令行模式Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部...

2020-05-17 15:29:31 78 0

提示
确定要删除当前文章?
取消 删除