刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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原 Nature综述：人类微生物培养以及培养组学（Culturing the human microbiota and culturomics）

本文译者Wenzday,校稿宏基因组 人类微生物培养以及培养组学 Culturing the human microbiota and culturomics Jean- Christophe Lagier1, Grégory Dubourg1, Matthieu Million1, Frédér...

2018-10-23 15:50:24

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原 没有云平台，又不会代码？MicrobiomeAnalyst：一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具

文章目录简介文章简介主要功能模块16S多样性分析展示数据上传及格式要求数据完整性检查数据过滤数据标准化分析主界面可视化堆叠柱状图交互饼形图Alpha多样性Beta多样性核心微生物组热图聚类聚类树图相关分析模式搜索单变量分metagenomeSeqRNAseq方法LEfse分析随机森林功能预测结果导...

2018-10-23 15:44:11

阅读数：19

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原 Nature ：全球表层土壤中微生物组的结构和功能

文章目录Structure and function of the global topsoil microbiome全球表层土微生物组群落结构和功能热心肠日报导读摘要正文**图1. 真菌和细菌多样性在纬度上呈现不同模式****图2. ARGs的全球相对丰度可以通过生物和非生物因素的组合来解释**...

2018-10-19 08:33:59

阅读数：122

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原 EggNOG功能注释数据库在线和本地使用

文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在...

2018-10-18 12:39:26

阅读数：103

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原 Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读

文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis分析实战0.下载肠道宏基因组数据1.read_qc质控和去宿主2. 组装3. kraken物种注释(可选)4. 三种方法Bin5.Bin提纯6...

2018-10-17 10:02:06

阅读数：155

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原 南方科技大学环境学院夏雨教授博士后一名（环境微生物方向）

南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名（环境微生物方向） 团队介绍 夏雨，香港大学博士，南方科技大学环境科学与工程学院助理教授。 研究方向集中于：利用新一代测序技术与生物信息学大数据分析相结合的手段研究环境微生物群落组成和协同作用关系对（1）致病菌的环境分布以及抗生素抗性基因在环境中的迁移转...

2018-10-13 22:07:28

阅读数：108

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原 Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库布置

文章目录简介工作原理优势功能模块软件安装数据库配置**CheckM数据库****KRAKEN数据库****NCBI_nt****NCBI物种信息****人类基因组bmt索引**设置数据库位置参数简介Reference猜你喜欢写在后面 简介 MetaWRAP这是一套强大的宏基因组分析流程，专注于宏基...

2018-10-13 19:49:03

阅读数：100

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原 Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP简介

文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis热心肠日报导读摘要背景结果结论主要结果点评参考文献猜你喜欢写在后面 MetaWRAP—a flexible pipeline for geno...

2018-10-13 18:32:43

阅读数：22

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原 npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎

文章目录用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎热心肠日报导读一 导读二 摘要三 背景1.解决的问题2.瓶颈3.提出的思路4.使用数据三 正文1.健康和病人的菌群差异2.健康对照与CD患者的代谢物差异3.SCFA产物表达谱是病人特异性的4.个性化饮食干预改善模拟的菌群SCFA代谢能力5.总结参...

2018-10-03 11:35:29

阅读数：165

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原 NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

文章目录Science哈扎人CAZYome分析实例实例解读分析方法探索(顺藤摸瓜)dbCAN2——碳水化合物在线分析服务器dbCAN2简介在线分析本地软件和数据库下载Reference猜你喜欢写在后面 宏基因组数据分析中，经常会使用多种多样的数据库，如综述型的有NCBI非冗余核酸或蛋白序列库(NR...

2018-10-01 09:09:57

阅读数：165

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原 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181001)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面 欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！ 本文“宏基因组”原创，更...

2018-09-30 09:28:34

阅读数：338

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原 树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向博后和出站博后

文章目录树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向博后和出站博后招聘一、研究方向二、应聘条件三、提交材料四、工资待遇五、平台优势六、交通优势和文化氛围七、研究概况及成果八、联系方式猜你喜欢写在后面 树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向博后和出站博后招聘 根据工作和学科发展需求，中国林科院亚热带林业研...

2018-09-28 08:07:37

阅读数：86

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原 用iTOL网站快速绘制颜值最高的进化树！

文章目录iTOL简介iTOL的基本使用流程：怎么样才算是一颗高颜值的进化树呢？制作注释文件Windows软件安装Linux软件安装准备输入文件生成注释文件注释文件美化方案1. 属名称多分类层级方案2. 丰度柱状图方案3. 热图方案4猜你喜欢写在后面 本文“宏基因组”公众号原创 作者：中科院微生物所...

2018-09-28 08:06:52

阅读数：110

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原 利用Gephi软件绘制网络图

文章目录利用Gephi软件绘制网络图1. 生成物种相关性矩阵2. Gephi生成点、边文件3. 点、边文件注释4. 网络点、边美化5. 网络属性、预览和标签参考文献猜你喜欢写在后面 作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士 利用Gephi软件绘制网络图 1. 生成物种相关性矩阵 此步骤...

2018-09-18 10:50:37

阅读数：263

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原 Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图 作者：中科院微生物所 陈亮博士 本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。 软件安装(装过请跳过) Java安装 Cytosca...

2018-09-17 14:56:06

阅读数：276

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原 Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染

本文由同济大学赵晗编译，宏基因组公众号编辑。 抗菌药物组合的物种特异活性 Species-specific activity of antibacterial drug combinations (Nature,IF: 41.577) 一、摘要 抗菌药物耐药性的传播已经成为一个日渐...

2018-09-07 19:24:11

阅读数：320

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原 Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定

今年6月，基于早期肝癌患者肠道标记物开发的文章正式发表于Gut杂，影响因子17分。 两位院士坐镇，三位通讯加起来近200岁，100多年科研经验。郑树森团队已成功施行肝移植2300余例，良性肝病受者1年生存率达95.2%，符合其2006年提出的肝癌肝移植“杭州标准”的肝癌病...

2018-09-07 16:22:33

阅读数：256

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原 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180901)

征稿、转载、合作 文章分类导航目录 精选文章推荐 培训、会议、招聘广告 科研经验 软件和数据库 扩增子分析 宏基因组分析 R统计绘图 实验设计与技术 基础知识 必读综述 高分文章套路解读 科普视频-寓教于乐 写在后面 旧文删除 友军文章汇总推荐 欢迎点击上方蓝色”宏基因组...

2018-08-31 00:16:37

阅读数：448

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原 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

Data Analysis for the Life Sciences是哈佛大学PH525x系列课程——生物医学中的数据分析(PH525x series - Biomedical Data Science )，课程全部采用R语言进行统计分析理论教学与实战。教材采用Rmarkdown语言编写...

2018-08-31 00:13:13

阅读数：327

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原 Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

软件管理器conda 选择一、Anaconda安装 603Mb 选择二、Miniconda安装 38Mb Codna配置 Conda安装软件 指定虚拟环境、python版本和软件版本安装 查看己安装软件的版本和依赖关系 Reference 猜你喜欢 写在后面 其它之前很多...

2018-08-30 19:52:04

阅读数：325

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