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RSS订阅原创 MicrobiomeStatPlot | 分面排序堆叠柱状图教程Faceted sorted stack bar plot
分面排序堆叠柱状图简介在微生物组分析中，有时候有多个分组，同时每个分组中有多个样本，为了展示所有样本的物种组成，同时根据微生物物种丰度从高到低排序观察微生物组成变化趋势，会用到多组分面排序堆叠柱状图。标签：#微生物组数据分析 #MicrobiomeStatPlot #分面排序堆叠柱状图 #R语言可视化#Faceted sorted stack bar plot作者：First draft(...
2024-10-22 07:02:13
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转载 iMeta| 上海交大贾伟/赵爱华组-新型微生物修饰的胆汁酸和它们的功能意义
点击蓝字 关注我们新型微生物修饰的胆汁酸和它们的功能意义研究论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.243●2024年10月13日，上海交通大学贾伟、赵爱华课题组在iMeta在线发表了题为“Novel microbial modifications of bile acids and their functiona...
2024-10-21 08:55:30
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原创 MPB | 扬大林淼组-瘤胃混合细菌连续传代培养技术
瘤胃混合细菌连续传代培养技术Sequentially Transfer Ruminal Bacterial Cultures Technology in vitro封丽梅，胡光辉，晏琦，林淼*动物科学与技术学院，扬州大学，扬州，江苏省*通讯作者邮箱：linmiao@yzu.edu.cn引用格式：封丽梅, 胡光辉, 晏琦, 林淼. (2021). 瘤胃混合细菌连续传代培养技术. // 微生物组实验手...
2024-10-21 08:55:30
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原创 MPB | 南农成艳芬等-瘤胃体外发酵过程中产气量与甲烷产量的检测
瘤胃体外发酵过程中产气量与甲烷产量的检测Determination of Gas and Methane Production in In vitro Ruminal Fermentation李与琦1，成艳芬1, *，朱伟云11消化道微生物研究室，南京农业大学，南京，江苏*通讯作者邮箱:yanfencheng@njau.edu.cn引用格式：李与琦, 成艳芬, 朱伟云. (2021). 瘤胃体外发...
2024-10-20 07:01:50
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原创 MicrobiomeStatPlot | 误差棒点图教程Error bar plot tutorial
误差棒点图简介误差棒是用来反映数据不确定性的，以被测量值的算数平均值为重点。一般使用在散点图中，以线段的方式显示出来。误差棒长度越长代表误差越大，反之则误差越小。标签：#微生物组数据分析 #MicrobiomeStatPlot #误差棒点图 #R语言可视化#Error bar plot作者：First draft(初稿)：Defeng Bai(白德凤)；Proofreading(校对)：M...
2024-10-20 07:01:50
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转载 重磅突破！中国农大杰青团队Cell子刊揭示肠道菌群调节脂肪酸代谢增强蜜蜂奖励学习...
2024年10月16日，中国农业大学食品学院郑浩课题组在蜜蜂肠道菌群参与脂肪酸代谢调节大脑功能方面取得重大突破，在Cell Host & Microbe发表题为“Gut symbiont-derived anandamide promotes reward learning in honeybees by activating the endocannabinoid pathway...
2024-10-20 07:01:50
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转载 iMeta大会2024精彩瞬间回顾
iMeta大会是由iMeta编辑部主办的系列会议，自2022年创刊以来分别在青岛、北京举办了两届，宗旨是追踪学科前沿，促进领域发展，引领国际合作。iMeta大会2024 (iMeta Conference 2024)于10月11-13日在深圳举行。会议围绕着前沿技术、微生物组、大数据与AI、期刊编委会、学术期刊发展论坛和国际组织等专题报告和讨论。大会邀请生物技术/微生物组/生物信息等前沿交叉领域内...
2024-10-19 07:02:05
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转载 iMeta期刊宣传片(iMeta大会2024更新版)
“iMeta”(影响因子23.7)由威立、宏科学组织和数千名华人科学家出版的期刊，主编刘双江和傅静远教授。收稿范围：任何领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等；影响力：ESCI/WOS/JCR、PubMed、Google、Scopus收录，IF 23.7位列微生物学研究期刊全球第一；时效性：外审平均21天；投稿至发表中位数57天；“iMetaOmics”主编赵...
2024-10-19 07:02:05
原创 MicrobiomeStatPlot | 边绑定图教程Edge Bundling Plot
边绑定图简介什么是Edge Bundling图？参考：https://mp.weixin.qq.com/s/YYvb25LRzpZfB5pTIBSygwEdge Bundling图是一种数据可视化方式，用于展示不同节点之间的联系。与普通的network的差别在于，它使用曲线来展示节点间的连接，而非直线，并会把相同趋势的曲线捆绑再一起，就像整理数据线的“环”。因此在关联较多的情况下，这一类可视化的方...
2024-10-18 07:01:30
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原创 MPB | 南农金巍等-瘤胃甲烷菌的分离培养与保存
瘤胃甲烷菌的分离培养与保存Isolation and Preservation of Rumen Methanogens金巍*，成艳芬，毛胜勇，朱伟云引用格式：金巍, 成艳芬, 毛胜勇, 朱伟云. (2021). 瘤胃甲烷菌的分离培养与保存. // 微生物组实验手册.Bio-101: e2003556. DOI:10.21769/BioProtoc.2003556.How to cite:Y...
2024-10-18 07:01:30
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转载 iMeta | 山大-青大附院联合发现并培养类风湿关节炎肠道核心微生物组
点击蓝字 关注我们类风湿关节炎肠道微生物菌库揭示核心微生物物种及其对宿主炎症和自身免疫反应的影响研究论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.242●2024年10月3日，山东大学微生物技术国家重点实验室和青岛大学附属医院等在iMeta在线联合发表了题为“The Rheumatoid Arthritis Gut Mi...
2024-10-18 07:01:30
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转载 iMeta | 华南农大任文凯组发现肠道真菌与细菌互作影响肺炎
点击蓝字 关注我们肠道真菌与细菌互作影响肺炎方法论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.241●2024年9月14日，华南农业大学任文凯组在iMeta在线发表了题为“Interaction between intestinal mycobiota and microbiota shapes lung inflamm...
2024-10-17 09:05:21
原创 MPB | 白酒酒醅非破坏性连续采集与核酸提取
白酒酒醅非破坏性连续采集与核酸提取Non-destructive Continuous Collection and Nucleic Acid extraction of Baijiu Fermented Grains王雪山1, 2, *，杜海2，徐岩21山东省石榴精深加工工程技术研究中心，山东省石榴资源综合开发工程实验室，食品科学与制药工程学院，枣庄学院，枣庄，山东；2工业生物技术教育部重点实验...
2024-10-17 09:05:21
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原创 MPB | 湖南师大尹佳组-抑菌圈和药敏实验研究益生菌拮抗病原菌和抗生素敏感性的方法...
抑菌圈和药敏实验研究益生菌拮抗病原菌和抗生素敏感性的方法Antibacterial Circle and Drug Susceptibility Test Research Probiotic Antagonism of Pathogenic Bacteria and Antibiotic Sensitivity Method齐益宁1，陈雨薇1，李琴心1，尹佳1, *1动物肠道功能调控湖南省重点实...
2024-10-16 07:01:54
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转载 iMeta | 2024年9月数据分析报告：全文下载量超72万
点击蓝字 关注我们iMeta 全文下载量超72万！文章投稿及发表情况Submissions and Articles Published Trend●文章投稿量根据wiley网站统计，截止2024年9月底，iMeta文章投稿量1368篇，其中2024年投稿854篇，9月投稿量106篇。●文章接受率根据wiley网站统计，iMeta 近3年文章接收率分别为70%、21%和8%，文章接受率不断下降...
2024-10-16 07:01:54
转载 NC | 梁玉婷组揭示冬季土壤增温通过加速有机质分解导致作物生物量碳损失
冬季土壤增温通过加速有机质分解导致作物生物量碳损失Effects of winter soil warming on crop biomass carbon loss from organic matter degradationArticle，2024-10-14，NatureCommunications，[IF 16.6]DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-...
2024-10-16 07:01:54
转载 iMeta | 高颜值高被引绘图网站ImageGP 2.0在线发表
点击蓝字 关注我们ImageGP 2.0：用于生物医学研究的强大数据可视化与可重复性分析工具方法论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.239●2024年9月12日，中国中医科学院黄璐琦、陈同和中国农科院深圳基因组所刘永鑫等团队在iMeta在线联合发表了题为“ImageGP 2 for enhanced data ...
2024-10-15 07:02:03
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转载 清华大学深圳国际研究生院李炳组博士后招聘
清华大学深圳国际研究生院简介清华大学深圳国际研究生院（SIGS）是清华大学国内唯一的异地办学机构，SIGS优先布局清华大学一流的工科学科并辅以创新管理，围绕材料科学、信息科技、医药健康、海洋工程、未来人居、环境生态和创新管理，形成“6+1”个主题领域，吸引全球优秀生源，培养技术领军人才和创新管理人才，助推清华大学建设“双一流”。环境与生态研究院隶属于SIGS，是清华大学环境学科的重要组成部分，立足...
2024-10-15 07:02:03
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转载 Nature：全球塑料垃圾中的“潜行者”
第一作者：李长超（香港理工大学）通讯作者：金灵（香港理工大学）合作作者：刘建教授（山东大学），MatthiasC. Rillig院士（柏林自由大学），MichaelS. Bank教授（挪威海洋研究中心），Peter Fantke教授（USEtox Team），朱冬研究员（中国科学院城市环境研究所）、朱永官院士（中国科学院生态环境...
2024-10-14 12:50:48
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转载 iMeta | 被引超4800次，发文220篇，平均引用21.85，百引耗时8天(2024/10/13)
iMeta 被引超4800次，发文220篇，平均引用20.85，百引耗时8天(2024/10/13)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年10月13日，iMeta 己发表论文220篇，被引4807次，平均引用21.85，百引耗时8天！其中，2023年引用1625次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月...
2024-10-14 12:50:48
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转载 iMeta大会2024圆满闭幕：肠道菌群/期刊论坛/国际项目/同一健康专场/组学专场
iMeta大会第3天，会议由主会场和分会场同时举行，主要包括肠道菌群、期刊论坛、国际项目、同一健康专场、组学专场等议题主会场上午举行了肠道菌群相关研究分享，由8位专家分享了肠道菌群相关领域研究进展。下午举行了期刊论坛，由5位在期刊建设领域资深的专家对各自在期刊建设过程中的经验和体会进行了分享，并对学术期刊的未来进行了精彩的讨论，为大家关心的期刊发展面临的机遇和挑战提供了各自的见解。随后，进行了国际...
2024-10-14 12:50:48
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转载 iMeta大会2024第二天：开幕式/特邀报告/大会报告/生物技术专场/医学专场
iMeta大会2024：构建创新型科研生态开幕式/特邀报告/大会报告/生物技术专场/医学专场2024年10月12日，iMeta大会于上午9:00在深圳市南山区人民医院三楼会议中心顺利开幕。首先举行了iMeta大会2024开幕式，由iMeta执行主编刘永鑫研究员主持，邀请了深圳市南山区医院院长/书记侯铁英教授、湘湖实验室常务副主任杨华研究员、iMeta期刊主编刘双江教授等嘉宾致辞。开幕式之后，由中...
2024-10-13 07:03:37
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原创 MicrobiomeStatPlot | 因果中介分析Causal mediation analysis
因果中介分析简介1.传统中介分析模型的局限 传统中介分析模型是基于系数乘积法或系数差值法来估计间接效应。传统中介分析假设线性回归模型的残差是呈正态分布的，且模型中的自变量满足方差齐性，观测样本间相互独立，并且假设估计的效应没有效应修正因子或混淆因素的干扰。其中效应修正因子的干扰可以考虑通过在模型中包括交互项，随后估计效应修正因子取不同值时的直接或间接效应来解释。传统中介分析模型不适用于离散中介变量...
2024-10-13 07:03:37
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转载 赵立平：12年深入研究，我们如何找到人类肠道核心菌群
2024年10月7日，上海交通大学/美国罗格斯大学赵立平教授、上海交通大学附属上海市第一人民医院彭永德教授、上海交通大学张晨虹研究员、启东市人民医院施羽主任医师担任共同通讯作者，在Cell发表题为A core microbiome signature as an indicator of health的重磅研究（查看短科普）。该研究基于系统生物学和生态学原理，提出了一个新的微生物组研究框架，通过...
2024-10-12 23:38:12
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转载 iMeta大会2024第一天：前沿技术报告
iMeta大会2024：构建创新型科研生态2024年10月11日，iMeta大会2024前沿技术会议在深圳市南山区人民医院顺利召开。会议由iMeta期刊编辑部主办，南方科技大学、湘湖实验室、承葛生物和海普洛斯协办。上午参会的嘉宾陆续开始报道，领取会议材料，前沿技术会议下午在深圳市南山区人民医院三楼会议中心顺利开展。以下为报告简图。南方科技大学夏雨复杂微生物群落中稀有物种的纳米孔选择性宏基因组富...
2024-10-12 23:38:12
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转载 天桥脑科学研究院携手Science杂志发起AI驱动科学大奖
2024年8月16日，天桥脑科学研究院（Tianqiao and Chrissy Chen Institute, The Chen Institute）与Science杂志宣布，共同发起“AI驱动科学大奖”，旨在表彰全球范围内用人工智能技术（如机器学习、深度学习、强化学习等）在自然科学（包括生命科学和物质科学）研究领域解决关键问题、推动科学研究加速发展的青年科学家。该奖项目前已经开放报名，可点击链...
2024-10-12 23:38:12
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转载 iMeta | 苏州大学张勇组发现阿克曼氏菌改善一型糖尿病
点击蓝字 关注我们阿克曼氏菌通过促进小鼠肠道分泌IGF2改善链脲佐菌素诱导的高血糖和肌肉萎缩研究论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.237●2024年9月23日，苏州大学张勇组在iMeta在线发表了题为“Akkermansia muciniphila administration ameliorates stre...
2024-10-11 07:02:06
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转载 NC | 湖南大学罗宵团队联合德国比勒菲尔德大学Alexander Schönhuth团队开发低覆盖深度宏基因组菌株感知组装方法...
二代测序 (NGS) reads低错误率和低成本，但由于太短难以解析复杂的基因组区域；三代测序（TGS）reads较长，但容易出现更高的错误率或需要更昂贵费用。降低TGS reads覆盖深度可以减少费用但是会导致组装质量降低。如何同时利用NGS和TGS数据，综合两者的优点产生长而准确的基因组序列至关重要，这将是实现高质量组装的基础。2024年10月7日，湖南大学生物学院罗宵教授和德国比勒菲尔德大学...
2024-10-11 07:02:06
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转载 iMeta | 中科院生态中心邓晔组发布微生物代谢模型网络分析iNAP 2.0
点击蓝字 关注我们iNAP2.0：代谢互补在微生物网络分析中的应用方法论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.235●2024年9月2日，中国科学院生态环境研究中心邓晔组在iMeta在线发表了题为“iNAP 2.0: Harnessing metabolic complementarity in microbial...
2024-10-10 07:01:43
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原创 MicrobiomeStatPlot | 批次效应矫正教程Batch effects correction
批次效应矫正简介批次效应(Batch effect)往往是不同时间、不同操作者、不同试剂、不同仪器导致的实验误差，与研究中的生物或科学变量无关。其可能扭曲生物学差异。批次效应的特点包括：1.数据不一致性：批次效应导致同样的生物样本在不同批次中产生不一致的测量结果。2.掩盖生物学信号：批次效应可能掩盖了真实的生物学差异。3.增加噪声：批次效应增加了数据的噪声，降低了实验的灵敏度和准确性。4.降低可重...
2024-10-10 07:01:43
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转载 北京大学：获批18项杰青、17项优青！
来源 | 北京大学、青塔据北京大学科学研究部官网更新显示，2024年，北京大学获批18项杰青、17项优青。部分杰青获得者席瑞斌，男，汉族，1980年3月出生，北京大学数学科学学院、统计科学中心研究员。2014年入选国家级重大人才青年计划，2024年度国家杰出青年科学基金获得者。兼任中国现场统计协会理事、青年统计学家协会副会长、中国现场统计研究会计算统计分会常务理事。他于1998年考入内蒙古大学数学...
2024-10-10 07:01:43
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转载 首个知识与数据联合驱动的多物种生命基础大模型发布！中国科学院团队发布GeneCompass：解析基因调控密码，打造干湿融合新范式...
首个知识与数据联合驱动的多物种生命基础大模型发布！中国科学院团队发布GeneCompass：解析基因调控密码，打造干湿融合新范式近年来，大语言模型（LLMs）已在自然语言、计算机视觉等通用领域引发了新一轮技术革命，通过大规模语料和模型参数进行预训练，LLMs能够掌握语言的共性规律，能够对多种下游任务产生质的提升，已经形成了新的人工智能范式。在生命科学领域，单细胞组学技术的突破产生了大量不同物种细胞...
2024-10-09 07:01:50
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转载 Mol Biol Evol｜中山大学施莽/郭德银团队发表综合鉴定和表征RNA病毒组的工具VirID...
中山大学医学院施莽团队与广州实验室郭德银团队于2024年9月29日在《Molecular Biology and Evolution》（中科院1区Top，IF: 11）上发表了题为 “VirID: Beyond Virus Discovery - An Integrated Platform for Comprehensive RNA Virus Characterization” 的研究论文。该...
2024-10-09 07:01:50
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转载 中科院微生物研究所官宣！2024年新增2位杰青、2位优青
相关阅读：北大物院官宣！2024年新增3位杰青、5位优青同济生科院官宣！2024年新增3位杰青、1位优青中科大化材院官宣！2024年新增2位杰青、4位优青北大城环院官宣！2024年新增2位杰青南大环院官宣！2024年新增1位杰青、2位优青复旦数院官宣！2024年新增1位杰青、1位优青北大数院官宣！2024年新增1位杰青复旦基础医学院官宣！2024年新增1位杰青中科院自动化所官宣！2024年新增3位...
2024-10-09 07:01:50
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转载 ISME | 中农戴兆来揭示色氨酸通过肠道菌群5-HT途径调节免疫改善炎症性肠病
转载自“Immunity Advances"，点击跳转原文炎症性肠病（IBD）和溃疡性结肠炎（UC）等肠道炎症疾病与肠道微生物群的失调以及免疫功能的异常密切相关。色氨酸（Trp）是调节肠道免疫功能的重要代谢物，通过影响肠道的5-羟色胺（5-HT）代谢及其信号传递，对肠道炎症具有显著的调节作用。然而，微生物如何通过调节肠道5-HT信号在肠道炎症和微生物群失调中的作用机制尚不完全清楚。2024年8月2...
2024-10-08 08:34:23
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转载 重磅发布！《细胞》论文正式发表，国际团队发现肠道核心菌群成员，“跷跷板”模型有望成为健康评估新标准...
各位亲爱的读者朋友，大家好！经过多年的潜心研究和不懈努力，我非常激动地向大家宣布：我们团队的最新研究成果“一种可作为健康指征的核心菌群特征”已正式在国际顶级期刊《细胞》（Cell）上发表！这篇论文标志着我们首次发现了一组通用的肠道核心菌群成员，在肠道微生物研究领域取得了重大突破，也是对之前系列文章内容的完美总结。阅读论文全文请点击文末“阅读原文“我们通过自主研发的高分辨率数据挖掘平台，整合了38项...
2024-10-08 08:34:23
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转载 iMeta大会2024(10.11-13深圳)第三轮通知-日程更新
iMeta大会2024：构建创新型科研生态iMetaiMeta期刊是生物技术、微生物组和生物信息交叉学科期刊，主编刘双江和傅静远教授，影响因子23.7，位于全球微生物学科研究类第一，全球排名前千分之五(107/21848)，中国大陆排名11/514，广东省第一。子刊iMetaOmics主编赵方庆和于君教授，定位IF > 10的高水平交叉学科综合期刊，欢迎投稿！iMeta大会是由iMeta编...
2024-10-08 08:34:23
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原创 MicrobiomeStatPlot | 柱状图教程Basic bar plot tutorial
柱状图简介柱状图（Bar Chart）是一种常用于显示分类变量数据的图形表示方式，主要通过矩形柱的长度或高度来反映各分类的数值大小。柱状图能够有效展示不同类别之间的对比情况，并直观地体现各类目之间的差异。其横轴通常用于表示分类变量，而纵轴则代表某种度量（如频率、百分比或其他数值）。每一个分类的柱子长度与其对应的数值成正比，从而使得不同类别之间的数据量可视化。标签：#微生物组数据分析 #Micro...
2024-10-07 07:02:01
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转载 NC | 李轩组首次构建具有真核核小体的大肠杆菌 - 上帝计划之外
2024年9月27日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心李轩研究组在国际学术期刊Nature Communications在线发表了题为“Creating a bacterium that forms eukaryotic nucleosome core particles”的研究论文。这项研究首次成功构建了一个具有真核核小体的原核生命体-具有核小体的大肠杆菌；该研究同时揭示真核核小体与细菌遗传机...
2024-10-07 07:02:01
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原创 MPB | 南农韦中组-根际细菌产铁载体能力的高通量检测
根际细菌产铁载体能力的高通量检测High-Throughput Detection of Siderophore Production of Rhizobacteria顾少华，万文，邵正英，韦中*农业资源与环境微生态与根际健康实验室，资源与环境科学学院，南京农业大学，南京，江苏*通讯作者邮箱: weizhong@njau.edu.cn引用格式：顾少华, 万文, 邵正英, 韦中. (2021). 根...
2024-10-07 07:02:01
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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