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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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转载 iMeta | 被引超3700次,发文202篇,百引耗时9天(2024/7/17)

iMeta 被引超3700次,发文202篇,百引耗时9天(2024/7/17)根据 Dimensions 网站统计,截止2024年7月17日,iMeta 己发表论文202篇,被引3707次,立即指数18.35,百引耗时9天!其中,2023年引用1617次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线,至2022年9月2日获得100+次引用,耗时193天;2022年10月26日被引200+次,百...

2024-07-20 09:14:58 3

转载 iMeta | 张和平团队-对肠道-乳腺轴的深入解析:母乳源益生菌Probio-M9可缓解乳腺炎并增强抗生素效果...

点击蓝字 关注我们对肠道-乳腺轴的深入解析:母乳源益生菌Probio-M9可缓解乳腺炎并增强抗生素效果研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.224●2024年7月9日,内蒙古农业大学张和平团队在iMeta在线发表了题为“Probio-M9, a breast milk-originated probioti...

2024-07-20 09:14:58 2

转载 刘永鑫 | 微生物组学科研生态构建(农科院蔬菜所7.19下午3点大报告厅-地点更新)...

更多推荐(▼ 点击跳转)高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用13000+,海普洛斯陈实富发布新版fastp,更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法高引文章▸▸▸▸iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集 ...

2024-07-19 10:11:58 8

转载 iMeta 高被引论文40篇

iMeta高被引论文40篇2024年7月11日,科睿唯安官网发布了最新ESI高被引阈值。在微生物领域中,iMeta共发表高被引论文40篇,占总文章数20%。iMeta2022年发表文章58篇,高被引13篇;2023年发表文章75篇,高被引14篇,2024年发表文章62篇,高被引13篇。2022年高被引文章01 Sangerbox:交互、友好的整合临床生信分析平台Sangerbox: A compr...

2024-07-18 07:54:12 16

转载 BiB | 西湖大学鞠峰组-微生物蛋白功能基因的精准分类和发现的深度学习框架FunGeneTyper...

引言中心法则,这一我们都曾学过的现代生物学核心要义告诉我们,遗传物质决定蛋白功能,这是自然界严苛的生命法则。基因作为携带遗传信息的基本物质单位,其序列组成差异影响蛋白质功能,进而控制生物性状。随着高通量测序技术的广泛应用,科学家们可以很容易以低成本解码复杂环境样品中微生物暗物质遗传信息,包括先前从未报道过的海量新基因序列。如何精准识别其编码蛋白质功能,对于发现新型酶基因资源并解析其功能机制至关重要...

2024-07-17 07:01:35 13

转载 iMeta | 卢洪洲/陆蒙吉/张继明/王俊-构建贝叶斯多组学分析模型探索肝内炎症发生机制...

点击蓝字 关注我们构建肝脏转录组学细胞特异性表达模型结合临床参数解析慢乙肝患者肝内炎症的形成因素研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.221●2024年7月4日,深圳国家感染性疾病临床医学研究中心卢洪洲、德国埃森大学医院病毒研究所陆蒙吉、复旦大学附属华山医院国家传染病医学中心张继明和江南大学附属无锡五院临床...

2024-07-17 07:01:35 22

原创 MPB | 中科院城环所杨军组-​​水体浮游植物采集与鉴定

水体浮游植物采集与鉴定Sampling and Identification of Phytoplankton in Water金磊1, 2,杨义刚1, 2,杨军1, *1中国科学院城市环境研究所,城市环境与健康重点实验室,水生态健康研究组,福建厦门;2中国科学院大学,北京*通讯作者邮箱: jyang@iue.ac.cn引用格式:金磊, 杨义刚, 杨军. (2021). 水体浮游植物采集与鉴定. ...

2024-07-16 07:02:12 961

转载 iMetaOmics | 浙大张天真组完成二倍体棉种泛基因组构建

点击蓝字 关注我们超级泛基因组图谱为二倍体棉种的进化提供基因组学见解综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.15●2024年6月27日,浙江大学张天真团队在iMetaOmics在线发表了题为“A super pan-genome map provides genomic insights into evolution of diploid cotto...

2024-07-16 07:02:12 18

转载 iMetaOmics | 徐州医科大杨欢组揭秘沙门氏菌-宿主-微生物群在免疫与代谢中的相互作用...

点击蓝字 关注我们揭秘沙门氏菌-宿主-微生物群在免疫与代谢中的相互作用综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.16●2024年7月4日,徐州医科大学杨欢团队在iMetaOmics在线发表了题为“Salmonella—Host–microbiota interactions: Immunity and metabolism”的文章。●本研究总结了沙门...

2024-07-15 07:02:54 32

转载 第二十三届全国植物基因组学大会日程

第二十三届全国植物基因组学大会计划于2024年8月19-22日在海南省海口市召开。大会将邀请在植物基因组学相关领域取得突出成果并具有重要学术影响的专家学者和优秀青年科学家进行学术报告。组委会诚挚邀请国内同行参加本次大会。会议时间:2024年8月19日报到,8月20-22日会议会议地点:海南省海口市会议网站:http://www.plantgenomics.cn主办单位:中国遗传学会植物遗传与基因组...

2024-07-14 14:03:42 19

转载 iMeta | 2024年6月数据分析报告:单月下载量突破4万

点击蓝字 关注我们iMeta 单月下载量突破4万!文章投稿及发表情况Submissions and Articles Published Trend●文章投稿量根据wiley网站统计,截止2024年6月底,iMeta文章投稿量1047篇,其中2024年投稿533篇,6月投稿量98篇。●文章接受率根据wiley网站统计,iMeta 近3年文章接收率分别为70%、21%和9%,文章接受率不断下降。...

2024-07-14 14:03:42 12

转载 iMetaOmics | 中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的“前世今生”...

点击蓝字 关注我们16S rRNA基因扩增子测序技术的漫长发展旅程正迈向基于个体的菌群功能解析综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.9●2024年7月11日,中国科学院动物研究所金坚石团队在iMetaOmics在线发表了题为“Long journey of 16S rRNA-amplicon sequencing toward cell-based...

2024-07-14 14:03:42 61

原创 MPB | 中科院城环所苏建强/朱永官等-功能基因高通量定量方法

功能基因高通量定量方法High-Throughput qPCR Assays for Functional Genes安新丽1,栗利娟1, 3,周昕原1, 3,黄福义1, 3,朱永官1, 2,苏建强1,*1城市环境与健康重点实验室,中国科学院城市环境研究所,厦门,福建省;2城市与区域生态国家重点实验室,中国科学院生态研究中心,北京;3中国科学院大学,北京*通讯作者邮箱:jqsu@iue.ac.cn...

2024-07-13 07:02:22 767

转载 iMeta | 中国科学院宋默识/王军-补充婴儿双歧杆菌可减轻心肌缺血再灌注损伤

点击蓝字 关注我们预防性补充婴儿双歧杆菌或其代谢产物肌苷减轻心肌缺血再灌注损伤研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.220●2024年7月2日,中国科学院宋默识和王军团队在iMeta在线发表了题为“Prophylactic supplementation with Bifidobacterium infan...

2024-07-13 07:02:22 44

转载 ISME | 矿山修复新视角——微生物介导的硫氧化耦联砷还原过程

矿山修复新视角——微生物介导的硫氧化耦联砷还原过程Research Article,June-2024, ISME Journal, [IF 10.8]原文链接:https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae110第一作者:孙晓旭、陈启智通讯作者:孙蔚旻主要单位:广东省科学院生态环境与土壤研究所- 成果简介 -近日,广东省科学院生态环境与土壤研究所孙蔚旻研究团队在环境领域...

2024-07-12 07:05:09 65

转载 中科大环境系陈林兴课题组招聘特任副研究员、博士后和科研助理各一名

中科大环境系陈林兴课题组招聘特任副研究员、博士后和科研助理各一名因科研工作需要,中国科学技术大学环境科学与工程系陈林兴课题组拟招聘特任副研究员1名、博士后1名和科研助理1名,从事微生物学相关项目的研究工作。总体要求:(1)专业背景包括(但不限于):微生物学、病毒学、生态学、生物学、环境科学、生物信息学;(2)具有独立从事科研工作的能力,良好的中英文写作和交流能力,良好的团队协作能力。其他具体要求和...

2024-07-12 07:05:09 11

转载 ​HR | 韩方普研究组在植物着丝粒研究中取得进展

韩方普研究组在植物着丝粒研究中取得进展着丝粒是真核生物染色体的重要结构,其功能异常导致染色体在细胞分裂中无法正确分离,从而影响植物的正常生长和发育。着丝粒的一个显著特征是其核小体含有H3组蛋白变体CENH3。近年来,通过编辑CENH3基因,研究人员在拟南芥、玉米和小麦中成功获得了单倍体诱导系,展示了着丝粒研究在植物育种中的巨大潜力。此外,着丝粒也是人工合成染色体的关键组分。因此,解析着丝粒的结构和...

2024-07-12 07:05:09 12

转载 iMetaOmics | 罗鹏/袁硕峰/苗凯/程全发表STAGER: 生成式人工智能可靠性的标准化测试和评估推荐...

点击蓝字 关注我们STAGER 清单: 生成式人工智能可靠性的标准化测试和评估推荐研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.7●2024年7月2日,南方医科大学罗鹏团队等在iMetaOmics在线发表了题为“STAGER checklist: Standardized testing and assessment guidelines fo...

2024-07-11 07:05:36 77

转载 iMetaOmics | 浙江大学宗鑫组-比较多组学分析揭示品种对猪结肠宿主-微生物相互作用的影响...

点击蓝字 关注我们比较多组学分析揭示品种对猪结肠宿主-微生物相互作用的影响研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.8●2024年7月4日,浙江大学宗鑫团队在iMetaOmics在线发表了题为“Comparative multiomics analyses reveal the breed effect on the colonic host–micr...

2024-07-10 09:02:39 71

原创 MPB | 邓晔、王尚等-​环境样本中的细菌总量测定—流式细胞法

环境样本中的细菌总量测定——流式细胞法Quantification of Bacterial Biomass from Environmental Samples -- Flow Cytometry张照婧1, 2,邓晔2, 3,王尚2, *1山东大学海洋研究院,山东大学(青岛),青岛,266237;2中国科学院环境生物技术重点实验室,中国科学院生态环境研究中心,北京,100085;3中国科学院大学...

2024-07-10 09:02:39 616

转载 iMeta | 被引超3600次,发文201篇,百引耗时9天(2024/7/8)

iMeta 被引超3600次,发文201篇,百引耗时9天(2024/7/8)根据 Dimensions 网站统计,截止2024年7月8日,iMeta 己发表论文201篇,被引3625次,立即指数18.03,百引耗时8天!其中,2023年引用1617次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线,至2022年9月2日获得100+次引用,耗时193天;2022年10月26日被引200+次,百引耗...

2024-07-10 09:02:39 49

转载 施春林 | iMeta期刊及文章发表(南京医科大学,7月9日14点)

施春林: iMeta期刊及文章发表(南京医科大学,7月9日14点)01报告人简介施春林iMeta 科学编辑本科毕业于苏州大学,硕士毕业于韩国国立庆尚大学,博士毕业于挪威奥斯陆大学,师从Reidunn Aalen院士;博士毕业后先后在新加坡国立大学淡马锡生命科学研究所(TLL)、奥斯陆大学从事博士后和研究员工作。主要研究领域:小肽信号传导,器官脱落及细胞分离相关的分子调控等。在NP、iMeta、MP...

2024-07-09 07:01:49 30

转载 iMeta | 韦革宏/焦硕-体型更小的土壤微生物在扰动下维持更高的稳定性和功能

点击蓝字 关注我们体型更小的土壤微生物在扰动下维持更高的稳定性和功能方法论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.219●2024年6月23日,西北农林科技大学韦革宏、焦硕团队在iMeta在线发表了题为“Smaller microorganisms outcompete larger ones in resista...

2024-07-09 07:01:49 23

转载 iMeta | 康奈尔大学郭春君组开发非模式肠道菌基因编辑工具

点击蓝字 关注我们非模式肠道菌基因编辑工具方法论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.216●2024年6月23日,康乃尔大学医学院郭春君团队在iMeta在线发表了题为“Genetic manipulations of nonmodel gut microbes”的文章。●本研究介绍了一系列详细的基因编辑工具相...

2024-07-08 07:02:34 46

原创 MPB | 生态环境中心张丽梅组-​植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析(视频)

植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析DNA Extraction, Amplification and Source-tracking Analysis for Plant Microbiomes熊超1, 2,贺纪正1, 2,张丽梅1, 2 *1中国科学院生态环境研究中心,城市与区域生态国家重点实验室,北京,1000852中国科学院大学,北京,100049*通讯作者邮箱:zhanglm@rcees...

2024-07-08 07:02:34 848

转载 Microbiome | 山东大学张正、李越中团队量化多糖降解原核生物群落的功能冗余

定量评估多糖降解原核生物群落的功能冗余Quantifying functional redundancy in polysaccharide-degrading prokaryotic communitiesArticle,2024-7-2,Microbiome,[IF 13.8]DOI:https://doi.org/10.1186/s40168-024-01838-5原文链接:https://...

2024-07-07 07:02:00 32

原创 MPB | 南土所褚海燕组-​​利用种分布模型绘制微生物分布图谱

利用种分布模型绘制微生物分布图谱Illustrating Microbial Distribution Map Utilizing Species Distribution Modeling李云涛1,褚海燕1, 2, *1中国科学院南京土壤研究所,土壤与农业可持续发展国家重点实验室,南京,江苏省,210008;2中国科学院大学,北京,100049*通讯作者邮箱:hychu@issas.ac.cn...

2024-07-07 07:02:00 1039

原创 MPB | 林科院袁志林组-巢式PCR检测植物组织痕量内生真菌的方法及其引物

巢式PCR检测植物组织痕量内生真菌的方法及其引物Detection of Trace Endophytic Fungi in Plant Tissues by Nested PCR and its primers.张宇薇2,杨预展2,袁志林1, 2, *1林木遗传育种国家重点实验室,中国林业科学研究院,北京;2中国林业科学研究院亚热带林业研究所,杭州*通讯作者邮箱:yuanzl@caf.ac.cn...

2024-07-07 07:02:00 987

转载 iMeta | 浙江大学联合多家医院构建重症肺炎微生物组千人队列

点击蓝字 关注我们MASS队列:多中心纵向前瞻性研究微生物组在重症肺炎及宿主易感性中的作用方法论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.218●2024年6月25日,浙江大学联合多家医院在iMeta在线发表了题为“MASS cohort: Multicenter, longitudinal, and prospec...

2024-07-06 10:04:46 67

原创 MPB | 农科院田健、韩东飞等-​​水稻根系互作功能微生物的筛选方法

水稻根系互作功能微生物的筛选方法Screening Method of Functional Microorganisms Interacting with Rice Roots赵金彤1,刘晓青1,韩东飞2 *,伍宁丰1,田健1 *1中国农业科学院生物技术研究所;2中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所*通讯作者邮箱:tianjian@caas.cn;handongfei@caas.cn引用格式...

2024-07-06 10:04:46 909

原创 MPB | 扬州大学王梦芝组-​​反刍动物瘤胃原虫的分离培养与形态学分析

反刍动物瘤胃原虫的分离培养与形态学分析Separation and Morphological Analysis of Protozoa from Rumen Contents高健,甄永康,王梦芝*,王洪荣动物科学与技术学院,扬州大学,扬州,江苏*通讯作者邮箱: mengzhiwangyz@126.com 引用格式:高健, 甄永康, 王梦芝, 王洪荣. (2021). 反刍动物瘤胃原虫的分离培养与...

2024-07-05 07:01:25 856

转载 iMeta | 美吉生物云平台2024年全新升级

点击蓝字 关注我们美吉生物云 2024:升级单细胞转录组和多组学云流程方法论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.217●2024年6月25日,上海美吉生物医药科技有限公司团队在iMeta在线发表了题为“Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics ...

2024-07-04 21:52:57 113

转载 Agronomy | 3.3分JCR1区微生物组专刊/37天毕业神器(刘永鑫/于鹏)

农业微生物组在植物营养吸收、病害防治和胁迫响应等方面发挥着重要作用,对植物在自然环境条件下的生长和生存至关重要,是实现农业可持续发展的重要途径。宏基因组和宏转录组开展功能微生物组研究的时代已经到来,并随着测序成本的下降和分析方法的发展而逐渐普及。了解构建植物微生物群的遗传和环境因素,有助于促进研究人员对植物-微生物组相互作用的认识,并利用这些相互作用来解决农业、保护和可持续性的关键需求。基于此,A...

2024-07-04 21:52:57 40

转载 TCellSI:首个全面评估T细胞状态的创新工具

点击蓝字 关注我们TCellSI:首个全面评估T细胞状态的创新工具介绍T细胞在免疫系统中扮演着至关重要的角色,其功能多样性不仅取决于不同的T细胞类型,还取决于其具体的功能状态。虽然当前已有多种计算工具可以预测T细胞的类型,但对于T细胞状态的全面评估仍然存在显著空白。为了解决这一问题,2024年6月21日,四川大学华西医院郭安源教授团队首次开发了一种能够系统地评估T细胞状态的新工具,TCellSI ...

2024-07-03 07:02:40 120

原创 MPB | 中科院城环所杨军组-​​​基于DNA宏条形码的水体浮游细菌群落测序建库方法...

基于DNA宏条形码的水体浮游细菌群落测序建库方法Library construction for DNA metabarcoding of bacterioplankton communities in waters肖鹏1,续子杰1, 2,杨军1, *1水生态健康研究组,城市环境与健康重点实验室,福建省流域生态重点实验室,中国科学院城市环境研究所,厦门,福建;2中国科学院大学,北京*通讯作者邮箱:...

2024-07-03 07:02:40 761

转载 iMeta期刊 第3卷第3期封面:双管齐下

点击蓝字 关注我们双管齐下。本期李炳团队采用了两种方法解译污水厂病毒组的全景图。封面取材于成语故事“双管齐下”,唐代画家张璪擅画松,“能手握双管一时齐下,一为生枝,一为枯干,势凌风雨,气傲烟霞”。封面图中画家的两只笔代表研究环境病毒组最常用的两种方法:即基于病毒颗粒浓缩(VPC,游离病毒颗粒组分)和非浓缩(NC,总微生物细胞组分)的宏基因组学方法,描绘了城市生活污水处理厂和的畜禽养殖废水处理厂中病...

2024-07-02 07:04:57 24

转载 iMeta期刊 第3卷第3期封底:一种新的药物-微生物相互作用评估系统和研究策略...

点击蓝字 关注我们一种新的药物-微生物相互作用评估系统和研究策略:封面故事依据著名的中国古代神话传说“神农辨药尝百草”的故事。为了了解药物的功能或者毒性,神农常通过口服试药尝毒。我们借用这个故事,将神农亲自尝试草药替换成了无菌动物。肠道微生物是药物代谢的关键环节,药物的成分与特定的肠道微生物存在相互作用。本研究据此提出了一种新的药物与微生物作用评价系统和研究策略。▸第3卷第3期封底中文原文链接:...

2024-07-02 07:04:57 18

原创 宏基因组公众号为华人学者提供免费文章推广服务

宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事注:点击文中蓝色链接,查看相关类型文章参考格式和内容。公众号简介宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送,目前经过7年发展,分享3300余篇原创文章,累计阅读超4000万。已有167000+...

2024-07-01 07:01:35 588

转载 科研掌舵者-基金委2023年度生命科学部与医学科学部各项目评审专家!

生命科学部(分批次)医学科学部(分批次)宏基因组推荐10月18-20日,微生物组-扩增子16S分析11月15-17日,微生物组-宏基因组分析人满即开 | 论文作图和统计分析培训班一站式论文提升服务,助您顺利发高分论文!本公众号现全面开放投稿,希望文章作者讲出自己的科研故事,分享论文的精华与亮点。投稿请联系小编(微信号:yongxinliu 或 meta-genomics)猜你喜欢iMeta高引文章...

2024-07-01 07:01:35 23

转载 Nat. Ecol. Evol.最新Meta分析 | 微生物接种对土壤微生物群落生物量和多样性的影响...

摘要:微生物接种是指将微生物从其自然栖息地移植到新的植物或土壤中,以提高植物的生产性能,在农业和生态恢复中得到越来越多的应用。然而,微生物接种剂会侵入并改变原生微生物群落的组成;因此,迫切需要全面分析微生物接种剂对本土群落生物量、多样性、结构和网络复杂性的整体影响。本文对335项研究进行了荟萃分析,揭示了微生物接种剂对土壤微生物生物量的积极影响。这种积极作用被环境胁迫削弱,而被肥料和本地接种剂的使...

2024-06-30 07:01:56 40

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

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