刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们! 本文“宏基因组”原创,更多文章点我跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 本...

2017-10-31 20:10:55

阅读数:1055

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R,Git和Github(下)

作者:Wenhu 博客:http://bioinfostar.com/ 本讲第一部分,介绍git的“足够你用”命令;本讲为第二部分,介绍github的主要用途,包括版本管理、分枝管理等,以及推荐的在Rstudio中使用git的教程,部分内容改编自廖雪峰的《Git教程》。欢迎转载,但请注...

2018-06-18 12:16:18

阅读数:8

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R,Git和Github(上)

作者:Wenhu 博客:http://bioinfostar.com/ 本讲为第一部分,介绍git的“足够你用”命令;第二部分,还将介绍github的主要用途以及如何在R中使用git,部分内容改编自廖雪峰的《Git教程》。 源代码:https://github.com/mckf11...

2018-06-17 22:00:39

阅读数:321

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水稻微生物组时间序列分析2b-散点图拟合

写在前面 图2. 微生物组随时间变化的规律 图2. E-F散点图拟合展示距离变化 猜你喜欢 写在后面 写在前面 之前分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》的文章,大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言,累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我...

2018-06-17 08:31:42

阅读数:136

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Cell Metabolism:碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解

本文转自“微生太”,已获授权,有修改。 导读 碳水化合物限制饮食是干预非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD)的广泛推荐措施,但对这种饮食的多种益处的系统性观点还很缺乏。本研究采用等热量低碳水化合物高蛋白饮食对伴有NAFLD的肥胖患者进行短期干预,并使用多组学方法分析代谢和肠道菌群的改变。 ...

2018-06-16 14:55:10

阅读数:12

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MiBioGen联盟倡议:综合分析人类基因组与菌群关系研究

Meta-analysis of human genome-microbiome association studies: the MiBioGen consortium initiative DOI: 10.1186/s40168-018-0479-3 Microbiome于本月6号发布...

2018-06-15 00:08:43

阅读数:8

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水稻微生物组时间序列分析2a-相关分析

写在前面 图2. 微生物组随时间变化的规律 图2A-D. 相关性corrplot 猜你喜欢 写在后面 写在前面 之前分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》的文章,大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言,累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我...

2018-06-13 23:44:41

阅读数:25

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微生物组—宏基因组分析专题培训7月开课啦!北京

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子、宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,...

2018-06-12 21:57:53

阅读数:74

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Krona绘制物种或功能组成圈图

Krona简介 Excel插件安装和使用 实例欣赏 Linux下安装和使用 Reference 猜你喜欢 写在后面 之前介绍SILVAngs:16S/18S在线分析流程中,就整合有KRONA圈图的结果,非常漂亮。今天为大家带来KRONA的详细介绍和使用实战教程。 K...

2018-06-10 23:05:13

阅读数:55

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MMinte:预测微生物群体内代谢物互作

科学问题:我们仍然无法直接确定生态系统的边界、微生物间互作、微生物与环境的互作。 结果:MMinte评估群体中成对物种的代谢物对相对成长速率的影响,判断对其生长的正、负相关效应。 结论:MMinte可使用户看到微生物代谢物间相互关系,找到影响群落稳定、易感、互养等模式下关键features...

2018-06-09 11:41:38

阅读数:52

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microbiomeViz:绘制lefse结果中Cladogram

本文为R包microbiomeViz作者李陈浩原创,博文链接见文末。作者授权发布于本平台,刘永鑫对本文进行测试,有修改。 为啥写这个 平日经常会分析shotgun宏基因组的数据,我们的pipeline使用MetaPhlAn,Kraken等profiler。这种数据经常会产生一个表格,如下 ...

2018-06-09 11:08:50

阅读数:54

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Nature:根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡

背景 【前人研究总结】PSR与植物免疫有关 植物通过PSR(phosphate starvation responses 低磷响应) 途径去适应低Pi环境,从PSR与微生物之间的联系【① 在自然土壤环境中可以激发PSR;② 土壤共生真菌会定殖在植物根部帮助植物吸磷,但是其定殖的...

2018-06-08 22:44:09

阅读数:40

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Docker的基本使用-Ubuntu18.04

Docker简介与安装 Docker简介 Docker安装 启动和关闭Docker服务 Dokcer使用 Docker基本命令 ASaiM微生物组分析框架 Reference 猜你喜欢 写在后面 Docker简介与安装 Docker简介 Docker是一种轻松级...

2018-06-06 22:12:37

阅读数:77

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Nature Microbiology:植物根系分泌物影响菌群结构

植物根系分泌物影响菌群结构 Introduction 1、rhizolsphere与microbiota ① Rhizosphere在生态中存在的意义 ② 在rhizosphere中,植物与微生物co-evolution上亿年,二者存在interaction,并且形成某些p...

2018-06-06 22:01:38

阅读数:39

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Excel中合并单元格拆分后,填上相同数据

先点取消合并实现拆分 选中此列,查找选择,定位条件,空值 编辑栏输入A2,按Ctrl+Enter https://jingyan.baidu.com/article/ff42efa91b43b6c19e2202f7.html

2018-06-05 20:06:08

阅读数:42

评论数:1

GigaScience:ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

框架实战 安装docker 运行 网页访问 丰富的教程 结果可视化 Reference 猜你喜欢 写在后面 德国弗莱堡大学在2018年6月于GigaScience上发表了微生物组分析框架, ASaiM: a Galaxy-based framework to analyze ...

2018-06-04 21:28:42

阅读数:77

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一文读懂宏基因组分析套路

很多亲人感觉宏基因组的分析结果内容种类太多,根本学不过来。其实本质上并不复杂,只分为两类:物种组成和功能组成两大类,这是核心结果;再加上开头系统描述和结尾的讨论比较。通常会出现固定套路的4部分结构。 今天就从之前解决的1篇nature, 2篇science, 入手来总结宏基因组分析的基本思路。只...

2018-06-03 10:22:07

阅读数:195

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ggplot2:9绘图需要的数据整理技术-数据转换

ggplot2绘图基础系列: - 1初识ggplot2绘制几何对象 - 2图层的使用—基础、加标签、注释 - 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 - 4语法基础 - 5通过图层构建图像 - 6标度、轴和图例 - 7定位-分面和坐标系 - 8主题设置、存储导出 # 加载本文所需...

2018-06-02 11:33:15

阅读数:63

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斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

Susan Holmes 主要作品简介 1. 微生物组可重复分析R包 2. 微生物组数据统计方法讨论 3. 非聚类OTU算法dada2 课程推荐 可重复计算 孕妇微生物组的时空变异 孕妇阴道微生物组分型 猜你喜欢 写在后面 Susan Holmes Susan Hol...

2018-06-01 22:23:16

阅读数:87

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Windows10远程桌面Ubuntu16.04

比对很多图形界面的软件,想在服务器上运行,通常只用SSH方式访问的命令行方式是无法实现的。 虽然配置XShell + XManager可以实现打开图形程序,但速度之慢,即使内网也无法忍受。 本方法限内网使用,外网需要有3389端口访问权限。 Ubuntu端软件安装 需要管理员安装的软件...

2018-05-29 22:33:18

阅读数:47

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