刘永鑫Adam
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个人简介：刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学，2014年于中科院遗传发育所获生物信息学博士，2016年遗传学博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师。目前主要研究方向为宏基因组数据分析和植物微生物组，QIIME 2项目参与人。目前在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe、Current Opinion in Microbiology 等杂志发表论文20+篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章500余篇，关注人数8万+，累计阅读1200万+。

  • 目前就职： 中国科学院遗传与发育生物学研究所
  • 加入CSDN时间： 2009-06-23
博客简介：

刘永鑫的博客——宏基因组公众号

博客描述：
生物信息学-宏基因组学方向
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    2020年
  • 614篇
    2019年
  • 447篇
    2018年
  • 137篇
    2017年
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  • 宏基因组分析
    18篇
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    22篇
  • 扩增子分析
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ISME | 先进院戴磊组解析膳食纤维干预下肠道微生物组的生态应答

5月21日，中国科学院深圳先进技术研究院合成微生物组学研究中心、深圳合成生物学创新研究院戴磊课题组在Nature出版集团ISME Journal上发表了解析膳食纤维干预下肠道菌群生态动力学的最新研究成果，题为《Ecological dynamics of the gut microbiome in response to dietary fiber》。该团队基于肠道微生...
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发布博客 昨天 07:00 ·
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iMeta期刊青年编委招募(定位IF>15)

iMeta期刊青年编委招募期刊简介“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年...
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发布博客 前天 07:00 ·
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使用aPCoA包实现校正协变量的主坐标分析（aPCoA）以排除混杂协变量的影响

使用aPCoA包实现校正协变量的主坐标分析（aPCoA）以排除混杂协变量的影响主坐标分析（PCoA）广泛用于生态学和微生物学等领域，以描述样本之间的差异，例如群落的beta多样性等。然而混杂的协变量可能会使与感兴趣的科学问题相关的模式难以观察。例如，在一项关于饮食习惯对肠道微生物组影响的研究中，如果从两个不同的地点招募受试者，地点的差异可能会掩盖饮食习惯的差异，对结果判断...
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发布博客 2022.05.22 ·
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iMeta | 南京医科大学孔祥清团队创建前瞻性多组学纵向原发高血压队列eHypertension...

点击蓝字 关注我们eHypertension：前瞻性多组学纵向原发高血压队列https://doi.org/10.1002/imt2.224.18iMetaANNOUNCEMENT●2022年4月18日，南京医科大学孔祥清团队在iMeta在线发表题为“eHypertension: A prospective longitudinal multi-omics essent...
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发布博客 2022.05.22 ·
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西湖大学张科春/鞠峰/王雅婕招聘微生物学/营养工程/微藻污水处理方向科研人员...

点击蓝字 / 关注我们西湖大学张科春组、鞠峰组与王雅婕组招聘【营养工程】【微藻污水处理】【微生物学】方向合作项目科研人员西湖大学张科春组、鞠峰组与王雅婕组招聘多个“变废为宝”项目，拟通过藻类、微生物发酵处理将污废水、污料转化为高附加值化合物，实现水质净化，以推动高值资源回收与减污降碳协同增效。一、依托实验室介绍张科春实验室深耕于环保、经济、高效的智造生物分子和材料。张科...
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发布博客 2022.05.21 ·
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NAR：vRhyme - 对宏基因组中的病毒基因组进行分选的生信工具

vRhyme 能够从宏基因组中分箱病毒基因组vRhyme enables binning of viral genomes from metagenomes翻译：周之超@UW-MadisonNucleic Acids Research [IF: 16.97]DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkac341发表日期：2022-05-11第一作者...
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发布博客 2022.05.20 ·
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Microbiome | 中国农科院王加启+赵圣国：宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战...

使用宏基因组数据培养未培养微生物的机遇和挑战Opportunities and challenges of using metagenomic data to bring uncultured microbes into cultivationMicrobiome [IF: 14.650]DOI：https://doi.org/10.1186/s40168-022-012...
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发布博客 2022.05.18 ·
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简简单单绘制个热图

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发布博客 2022.05.17 ·
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STOTEN | 生态中心庄绪亮-群体感应在植物根际促生菌中的重要性

图文摘要 | Graphical Abstract导读 | Introduction随着土壤盐碱化日益严重，应用植物根际促生菌这一生物防治手段，来帮助植物应对盐碱胁迫愈受重视，作为植物根际促生菌的嗜根寡养单胞菌可以提高植物胁迫耐受能力，具有广阔的应用前景。群体感应（Quorum sensing，QS）作为细菌间信号传导与交流的重要机制，在植物根际促生菌发挥功能的过程中起着...
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发布博客 2022.05.16 ·
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Nature综述：梁冠翔等总结近20年人类病毒组学的发展

https://doi.org/10.1038/s41579-021-00536-52021年3月30日，美国宾夕法尼亚大学博士后梁冠翔和Frederic Bushman教授作为共同通讯作者在Nature Reviews Microbiology在线发表了题为The human virome: assembly, composition and host interac...
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发布博客 2022.05.15 ·
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Cell子刊：清华梁冠翔组综述人类病毒组从起源到成熟的过程以及相应的调控机制...

点击蓝字，关注我们2022年5月11日，清华大学医学院基础医学系、清华大学医学院传染病研究中心、清华-北大生命科学联合中心梁冠翔课题组与宾夕法尼亚大学医学院Frederic Bushman课题组受邀合作为国际知名学术期刊《Cell Host & Microbe》15周年纪念特刊撰写题为“The pediatric virome in health and dise...
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发布博客 2022.05.15 ·
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The Innovation | Volume 3 Issue 3 Live Now

Volume 3 Issue 32022年5月10日The Innovation第三卷第三期正式出版On the Cover: Medicine is the practice of the diagnosis, treatment, and prevention of disease. With the advances in medical science, huma...
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发布博客 2022.05.14 ·
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Science观点：不同细菌物种间极少合作—合理利用细菌间普遍存在的竞争关系来替代抗生素...

原文信息原文标题：Bacterial species rarely work together发表期刊：Science发表时间：2022.05影响因子：47.73第一作者：Jacob D. Palmer通讯作者：Jacob D. Palmer第一单位：University of Oxford论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/...
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发布博客 2022.05.14 ·
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一文讲透肿瘤微生物组研究怎么做

肿瘤微生物组（Tumor Microbiome）或称瘤内微生物组（Intratumoral Microbiome）是肿瘤微环境中不可或缺的成员，与肿瘤的发生发展乃至治疗紧密相关，正受到越来越多研究者的密切关注。笔者有幸从2020年开始接触和了解肿瘤微生物组的研究方法和策略，并直接参与了许多科研项目的实施，积累了不少一手的材料。以下笔者从多个角度系统地介绍肿瘤微生物组的相关...
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发布博客 2022.05.13 ·
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NC | 程蜀琳/陈洛南/张晨虹-运动干预脂肪肝的改善与肠道菌群网络的联系

https://doi.org/10.1038/s41467-022-29968-02022年5月10日，Nature Communications在线发表了上海交通大学运动转化医学中心（系统生物医学研究院/体育系）程蜀琳团队、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）陈洛南研究组与上海交通大学生命科学技术学院张晨虹团队的合作研究成果A rando...
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发布博客 2022.05.13 ·
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Gut Microbes：肠道微生物谱的改变与孤独症谱系障碍的异常神经递质代谢活动相关...

肠道微生物谱的改变与孤独症谱系障碍的神经递质代谢活动相关Altered gut microbial profile is associated with abnormal metabolism activity of Autism Spectrum DisorderGut Microbes [7.823]原文链接：https://doi.org/10.1080/19490...
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发布博客 2022.05.12 ·
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iMeta | 深圳先进院马迎飞组开发基于神经网络分析肠道菌群的方法

点击蓝字 关注我们一种用于理解人类肠道微生物组在二型糖尿病中相关变化的神经网络框架https://doi.org/10.1002/imt2.205.5iMetaRESEARCH ARTICLE●2022年5月5日，深圳先进技术研究院马迎飞、姜青山团队合作在iMeta在线发表题为“A neural network-based framework to understand...
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发布博客 2022.05.10 ·
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mSystems：南土所禇海燕综述微生物生物地理学(视频)

瞬息万变的世界中的土壤微生物生物地理学：最新进展和未来展望Soil Microbial Biogeography in a Changing World: Recent Advances and Future PerspectivesmSystems 【Impact Factor 6.519】DOI：https://doi.org/10.1128/mSystems.008...
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发布博客 2022.05.10 ·
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James M. Tiedje院士：微生物与气候变化——未来研究的新篇章

题目：Microbes and Climate Change: a Research Prospectus for the Future作者：James M.Tiedje, Mary Ann Bruns, Arturo Casadevall, Craig S. Criddle, Emiley Eloe-Fadrosh,David M. Karl, Nguyen K. Ng...
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发布博客 2022.05.09 ·
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推荐一款功能强大的动图录制、编辑软件

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发布博客 2022.05.09 ·
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