整合Pubmed、Web of Science、 Embase和Scopus数据库的文献检索结果集建立Endnote数据库

本文主要聚焦于根据搜索条件从Pubmed、Web of Science、 Embase和Scopus上查询文献,并将题录信息和摘要导出,一并导入endnote形成自己的数据库,进而进行下一步的文献综述工作。本文使用的是endnote 20版本。

本文假设你已经知道了要做文献综述的研究领域应该使用那些检索词,举个简单的例子,比如说我想做传染病模型领域的文献综述,确定了检索词"Infection"/"Infectious"/"model"/"simulation",下面使用四个文献数据库提取文献。(当然Pubmed可以使用mesh databse整理主题词和自由词,本文不做深入探讨了)

1. Pubmed

首先点击Advanced进入查询界面

然后将检索词拼接在一起,上面例子检索语句为 ("Infection"[Title/Abstract] OR "Infectious"[Title/Abstract]) AND ("model"[Title/Abstract] OR "simulation"[Title/Abstract]),检索出来的记录为110306条。具体如何拼接pubmed的检索语句,可以看这个公众号上的视频:https://mp.weixin.qq.com/s/ODWViDl9JWJ9FFgbDGpNkQ

接下来就要导出文献结果了,点击上图中Results那一列的110306这个数字,进入Pubmed的检索页面,选择All results,导出格式为Pubmed。注意只能导出前10000条结果,所以我们就得按年份将结果分开,然后一部分一部分导出了~

这样会得到一个txt文本文件,然后在endnote里,选中该文件,按图示方法导入即可。我建议在endnote中先为各个数据库中检索出的文献各自建立一个group,回头再汇总去重复。这样pubmed的文献就导入完毕了。

2. Web of Science

道理相同,进入高级检索,只是语法有些差异。TI为Title,AB为Abstract,从检索历史中点击检索结果,进入数据导出的页面

点击导出按钮中的Endnote Desktop,弹出导出选项对话框,注意记录内容选择第二项,带着摘要。很不幸的是WOS只能每次导出500条,我们只能一点一点往外整了。

这样导出的都是ciw的文件格式,在endnote里选择ciw文件,import中选择ISI-CE。

3. Embase数据库还是选中Advance这个选项卡,差别也主要是语句方面的差别,ti是title,ab是abstract

选择导出记录以及导出的文件格式

导出ris格式的文件,然后导入endnote,注意import选项选Reference Manager (RIS)

4. Scopus这里我就不详细赘述了,还是使用Advanced document search,语法有所差异,主要使用TITLE-ABS-KEY语句进行检索,导出文件格式也是.ris格式,导入endnote时的设置和embase相同~

5.去重,好了,前面提到我建议大家为每个数据库建立一个group,然后这样检索完毕之后,把所有文献汇总到一个group中,如下图所示~

然后,选择Library-Find duplicates,重复的文献会显示出来并且自动为我们选中了,并且左边的菜单栏里会出现duplicates的文献,然后我们把它们删掉就可以了~

祝大家科研顺利~

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四种数据库的不同检索方式主要指的是文献检索中常用的四种数据库,即PubMedWeb of ScienceScopus和Google Scholar。它们的检索方法略有不同,具体如下: 1. PubMedPubMed是美国国家医学图书馆(NLM)提供的医学文献检索工具,主要收录医学、生命科学、生物医学等相关领域的文献。其检索方式主要是通过关键词检索,可以根据文献类型、出版日期、语言等进行筛选。 2. Web of ScienceWeb of Science是知名的科学文献检索工具,主要收录自然科学、社会科学、人文学科等领域的文献。其检索方式主要是通过关键词、作者、文献题名等进行检索,也可以通过引用关系、作者合作关系等进行检索。 3. ScopusScopus是知名的综合性文献检索工具,主要收录科技、医学、社会科学等领域的文献。其检索方式主要是通过关键词、作者、出版物名称等进行检索,也可以通过引用关系、作者合作关系等进行检索。 4. Google Scholar:Google Scholar是谷歌公司提供的学术搜索引擎,主要收录各个学科领域的文献。其检索方式主要是通过关键词检索,可以根据文献类型、作者、出版物名称等进行筛选。同时,Google Scholar还可以通过引用关系、作者合作关系等进行检索。 总体来说,这四种数据库的检索方式都是基于关键词的检索,但在具体的检索策略和筛选条件上略有不同。对于不同的研究领域和目的,选择合适的数据库并掌握其检索方法是十分重要的。

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