本文主要聚焦于根据搜索条件从Pubmed、Web of Science、 Embase和Scopus上查询文献,并将题录信息和摘要导出,一并导入endnote形成自己的数据库,进而进行下一步的文献综述工作。本文使用的是endnote 20版本。
本文假设你已经知道了要做文献综述的研究领域应该使用那些检索词,举个简单的例子,比如说我想做传染病模型领域的文献综述,确定了检索词"Infection"/"Infectious"/"model"/"simulation",下面使用四个文献数据库提取文献。(当然Pubmed可以使用mesh databse整理主题词和自由词,本文不做深入探讨了)
1. Pubmed
首先点击Advanced进入查询界面
然后将检索词拼接在一起,上面例子检索语句为 ("Infection"[Title/Abstract] OR "Infectious"[Title/Abstract]) AND ("model"[Title/Abstract] OR "simulation"[Title/Abstract]),检索出来的记录为110306条。具体如何拼接pubmed的检索语句,可以看这个公众号上的视频:https://mp.weixin.qq.com/s/ODWViDl9JWJ9FFgbDGpNkQ
接下来就要导出文献结果了,点击上图中Results那一列的110306这个数字,进入Pubmed的检索页面,选择All results,导出格式为Pubmed。注意只能导出前10000条结果,所以我们就得按年份将结果分开,然后一部分一部分导出了~
这样会得到一个txt文本文件,然后在endnote里,选中该文件,按图示方法导入即可。我建议在endnote中先为各个数据库中检索出的文献各自建立一个group,回头再汇总去重复。这样pubmed的文献就导入完毕了。
2. Web of Science
道理相同,进入高级检索,只是语法有些差异。TI为Title,AB为Abstract,从检索历史中点击检索结果,进入数据导出的页面
点击导出按钮中的Endnote Desktop,弹出导出选项对话框,注意记录内容选择第二项,带着摘要。很不幸的是WOS只能每次导出500条,我们只能一点一点往外整了。
这样导出的都是ciw的文件格式,在endnote里选择ciw文件,import中选择ISI-CE。
3. Embase数据库还是选中Advance这个选项卡,差别也主要是语句方面的差别,ti是title,ab是abstract
选择导出记录以及导出的文件格式
导出ris格式的文件,然后导入endnote,注意import选项选Reference Manager (RIS)
4. Scopus这里我就不详细赘述了,还是使用Advanced document search,语法有所差异,主要使用TITLE-ABS-KEY语句进行检索,导出文件格式也是.ris格式,导入endnote时的设置和embase相同~
5.去重,好了,前面提到我建议大家为每个数据库建立一个group,然后这样检索完毕之后,把所有文献汇总到一个group中,如下图所示~
然后,选择Library-Find duplicates,重复的文献会显示出来并且自动为我们选中了,并且左边的菜单栏里会出现duplicates的文献,然后我们把它们删掉就可以了~
祝大家科研顺利~