生信了

本文是笔者第一次使用cython的一个小结笔者最近参与了一个项目，其目的是提升一个python程序的运行速度。其中一个手段就是利用cython来优化原来的python代码。笔者之前没有接触过cython，所以这次属于在实践中学习新知识。现在项目告一段落，所以笔者对自己使用cython的经验做一个小结，以便将来参考。文章较长，分为以下几个小节：对cython的基本认识2. 使用cython所需准备的知识和技能储备cython的安装cython的语法和文件cython代码的编译cython.

本文继续分享一个关于python多线程和多进程区别的例子前文《浅谈python中的多线程和多进程》中我们分享过一个例子，就是分别利用python中的多线程和多进程来解决高运算量的任务，从中看出二者的一些区别。其中一点是“多线程会共享所属进程的内存资源；而子进程会从父进程那里拷贝一份内存资源”。当时没有进一步解释，为了更直观地了解这一点，本文给出一个例子。我们用python分别创建多线程和多进程，然后打印出其中的变量和函数的id。这里的id是指python中对象的唯一标识符，可以通过id(obj)函数.

本文以一个简单的例子介绍python中多线程和多进程的差别。我们在进行生信分析时经常要处理大文件，如果用串行运算往往费时，所以需要并行运算以节省时间。目前，流行的生信工具通常都可以并行运算，比如bwa。通常来讲，我们进行并行运算可以选择多线程或者多进程。那么二者有什么差别呢，我们又该如何选择呢？不同编程语言中的多线程和多进程实现机制是不一样的，其实我们不关心实现机制，我们关注的是实际的性能...

本文介绍了用 Python + selenium 的方式从网络上自动下载 xml/exe 文件。笔者最近在写一个小工具，需要从pubmed上批量下载包含文献信息的xml文件。很明显，这是一个爬虫任务，笔者选用了python+selenium的组合。代码写好后运行一切都很顺利，直到最后Chrome出现了警告信息，提示我是否要保留文件：用Chrome下载一般的文件，如txt文件是不会有警告的...

本文介绍了Python中的configparser模块。做生信的同学在使用类Unix系统的时候，经常会接触配置文件（config）。就笔者自己的经验而言，配置文件的常见格式有如下几种：最朴素最朴素的配置文件每一行都是“<参数名>=<参数值>”的格式。等号两边可以有空格，比如：name = 生信了begin_date =2018-09admin=hxj7fo...

本文介绍了Python中的logging模块。做系统运维的朋友一定对 log（日志）的重要性有深切体会。做生信的同学在搭建 pipeline 时也会注意对程序运行的状态做一些记录，尤其是错误信息。下面的语句相信很多朋友都很熟悉：./run.sh > run.out 2> run.err或者./run.sh &> run.log如果你在run.sh中适当地...

原创: hxj7本文是笔者日常使用Python进行爬虫的简要记录。爬虫，简单说就是规模化地采集网页信息，因为网络像一张网，而爬虫做的事就像一只蜘蛛在网上爬，所以爬虫英文名就是spider。爬虫可以做很多事情，比如抓取网页上的表格，下载歌曲、下载电影、模拟登录网站等等，基本上都是和网页相关的。当然，现在很多所谓的”手机爬虫“也出现了，原理类似。我们今天只说PC端的网页爬虫。讲爬虫的技术文章...

关键词：python; pythonicpythonic就是让你的代码更加具有python特色，通常是利用python独有的一些语法实现的。pythonic的代码往往更加简洁、优美和高效，不信你接着往下瞧：比如，交换两个变量的值，通常的做法是而pythonic的写法只需要一行，简单高效：这样的例子还有很多，本文将一一罗列。下面的例子中左边都是普通写法，右边都是pythonic的写法。...