生信了

R语言画热图的保姆级教程

R软件安装，数据导入

从2018开始，小仙开始在公众号上分享R语言作图系列的文章，虽然是龟速更新，但到现在也是有了不少文章，常见的图表类型也画差不多了。可能R语言作图系列会有结束的一天，但小仙目前还是想继续写下去，目前小仙的思路是先把初级教程完善，尽量达到一号在手、美图我有的状态， 然后在此基础上提供一些图形拓展的思路， 拓展系列的教程不会那么详细，但会尽量保障大家在结合初级图形教程的基础上能够画出来。想告诉大家的是，虽然我们更新很慢，但是我们没有弃号，还在坚持啊啊啊！如果大家有什么图形想要画，但暂时有困难的，欢迎来信！上.

原创：黄小仙今天…当小仙又打下"今天"这两个字的时候，小时候每天一篇日记的恐惧好像又回来了，过去这么久，我的文学功底果然没有一点长进！今天给大家分享的图来自于Nature Biotechnology上的一篇文章。Nature系列的文章就不用多说了，无数科研人心中的神刊，一篇Nature文章需要耗费大量的心血和经费。不过小仙想提醒大家一下，当你中了Nature，除了高兴之外还要留一下，文章发表还要再花一笔巨款。如果选择OA发表，版面费是€9500，换成人民币要66880元，不得不说这是个很吉利的数字啊

原创：黄小仙不知不觉，距离小仙上次发文已经过去五个多月了。R语言作图系列的更新频率跟理想中的一月一次差别有点忒大了，不得不让小仙陷入深深的反思，对于时间的规划也有了一些新的感悟。不知道大家有没有跟我一样的感受啊，举些例子：放学、下班或者放假之后先把学习任务扔在一边，心想着，我先玩会游戏，等会玩够了再做；网上看到一篇干货满满的文章，先点收藏，心想着，等我有空的时候再仔细看看；听说身边的朋友利用空余时间做了什么了不起的事情，心想着，等我有空了，我也可以试一试；…这样的例子数不胜数了，哈哈，小仙常想

原创：黄小仙它来了它来了，它顺着网线走来了…哈哈，今天小仙给大家带来的是3D散点图。强调一下啊，咱们这个教程里第一次出现了3D图，第一次出现了交互式图形（简单粗暴的理解为，你点击，图会动）今天主要给大家介绍一下plotly这个R包，顺便分享下3D散点图的画法。plotly是一个在线的数据分析和可视化工具，具有图表类型丰富、可交互等等一堆优点，关键是它还有相应的R包和Python包。R包的绘图风格是这个样子的，是不是还挺好看！如果大家想画交互式图形，可以试试这个plotly包。不过目前小仙对

原创：黄小仙看我今天给大家带来了什么？美貌与智慧并存的折线图这个图看起来很简单哈，但是画起来稍微有点繁琐，小仙马上又要开始唠叨模式，希望对大家能有所帮助。Step1. 绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式excel中保存成csv格式。数据的格式如下图：Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file path”, header = T) Step3.绘图所需package的调用library(ggplot2)S

原创 ：黄小仙大家好呀，今天小仙分享图是这个样子滴，边缘带有密度图的散点图。Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据格式如下：（今天偷懒啦，直接借用了iris数据集）Step2. 绘图数据的读取data <- read.csv(“your file path”, header = T, check.names = F)#注释：header = T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用hea

原创：黄小仙又是一年春来到，小仙祝大家在新的一年开开心心、顺顺利利！今天给大家分享的图是哑铃图(Dumbbell plot)。Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据格式如下：Step2. 绘图数据的读取data <- read.csv(“your file path”, header = T, check.names=F)#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用hea

原创：黄小仙今天小仙给大家分享一下Slope chart(坡度图)的画法，我在paper中看到的图是这样的这个图的意思大概是Nasal Tissue比Brochial Tissue的ACE2表达量高(ACE2就是新冠病毒的受体啦) 。为了复刻这张图，小仙捏造了一组差不多的数据，竟然感觉比原图好看！废话不多说，进入正题。Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据格式如下：Step2. 绘图数据的读取dat

原创：黄小仙最近小仙同学在好几篇文献里看到了这种小提琴图，暂时就肤浅地认为这是作者为了更好地比较对照组与实验组的差别，所以将同一个基因的小提琴图各画了一半，放在一起。为了跟上可视化的潮流，小仙也来尝试画一下这个没查到正经名字的图。Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据格式如下：Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file path”, header = T)#注

原创：黄小仙小提琴图之前已经画过了，不过最近小仙又看到一种貌美的画法，决定复刻一下。文献中看到的图如下：Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据如下：Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file path”, header = T)#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=FStep3. 绘图所需package的安装、

原创：黄小仙为了画今天的这个图，小仙决定凭空想象一台可以实时监控基因表达水平的设备，成功得到了这么一组数据。想要画的图是这样子滴。Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file path”, header = T)#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=FStep3. 绘图所需package

本文介绍了重要性采样（Importance Sampling）。本文篇幅较长，分为以下几个部分：重要性采样是什么重要性采样的应用示例不同的q(x)对结果有影响吗？Part1：重要性采样是什么前文《R-概率统计与模拟（三）变换均匀分布对特定分布进行抽样》和《R-概率统计与模拟（四）拒绝抽样》分别介绍了两种方法，可以根据已知的p.d.f.进行采样（抽样），使得采样得到的点符合目标分...

原创：hxj7本文用RVirusBroadcast展示模拟的疫情数据本文篇幅较长，分为以下几个部分：前言效果展示小结附录：RVirusBroadcast代码前言前几天微博的一个热搜主题是**“计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候！！！”**，该视频用模拟的疫情数据告诉大家“不要随便出门（宅在家）”对战胜疫情很重要，生动形象，广受好评。所用的程序叫...

本文用gganimate包展示模拟疫情数据本文篇幅较长，分为以下几个部分：前言效果展示小结附录：代码前言前文《R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast》已经介绍了一种用R语言模拟疫情传播的方法，不过当时为了实时模拟数据（没有事先准备好的数据集可用）的动态展示效果，笔者在RVirusBroadcast中使用的是R中的基础作图功能，在本文中我们将用gganimate包来...

原创：黄小仙2020开年不凡, 生活果然充满了惊吓，可仍然要期待惊喜呀。今天要给大家介绍的是点图（Dot plot)，点图展示的数据比较简单，但胜在好看啊。作图数据如下：Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file pat...

多个独立且符合同一个伯努利分布的变量的和服从二项分布多个独立且符合同一个伯努利分布的变量的和服从二项分布这是一个基础的结论。我们可以用模拟其 p.d.f.\text{p.d.f.}p.d.f. 或者 c.d.f.\text{c.d.f.}c.d.f. 来看：模拟p.d.f.\text{p.d.f.}p.d.f.，用R语言中的 hist 函数画出模拟的概率直方图。图1模拟c.d.f.\...

用R画带ErrorBar的分组条形图本文介绍了如何用R画出带error bar的分组条形图。笔者近期画了一张带error bar的分组条形图，将相关的代码分享一下。感谢知乎网友青山屋主的建议，提示笔者要严谨区分技术重复和生物学重复，所以笔者对文章做修改后重发。如果各位有任何建议，欢迎指正。本文旨在给出一种利用R对生物学重复数据画带error bar的分组条形图的方法。所用数...

原创：黄小仙今天要给大家介绍的Pie chart（饼图），本来是不打算写这个的，因为用Excel画饼图实在是太方便了。本着能少动一下是一下的懒人原则，是不打算用R画的，再说，本小仙不是掌握了R作图大器ggplot2么，实在需要用的时候我就一句ggplot()+geom_pie()不就搞定了。结果后来用Excel画饼图调整颜色、大小的时候着实有些崩溃。习惯了几句代码就出图之后，没有办法再忍受手...

本文是笔者近期使用R语言的一个简单记录。ggplot2 手动调整线条颜色主要是用到scale_color_manual函数，举例来说：下面代码是生成一幅折线图，但是线条颜色是软件自动设置的。n <- 5x0 <- 1:ny1 <- x0 + 10y2 <- x0 + 20y3 <- x0 + 30d <- data.frame(x=past...

本文介绍了如何进行拒绝抽样（Reject Sampling）。

题目二：条件期望题目三：拒绝抽样

原创：黄小仙今天给大家分享的是**Lollipop chart(棒棒糖图)**的画法。棒棒糖图的用途跟条形图的用法类似，只是看起来更加美观一些，图表形式更加丰富(数据不够、拿图来凑，啥也不能阻止我优秀 )。为了跟之前画的柱状图更好的比较，今天画图使用了相同的数据。作图思路：棒棒糖图实际上是在散点图的基础上增加了辅助线。不过在作图过程中还是遇到了和之前一样的问题，数据是按照销量从高到低...

原创：黄小仙又是一个好久不见，朋友们你们最近还好吗！最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它是好事啦！今天要给大家介绍的是气泡矩阵图，要模仿的图形如下。小仙同学一直有一个困惑：什么样的数据应该画什么类型的图，才能精确地展示数据表达出自己的意思？对于气泡矩阵图，小仙有同样的困惑。研究了一下，也...

原创：黄小仙今天小仙同学给大家分享下Radar chart的作图方法，其实雷达图我们在生活中能经常可以见到，比如大家很喜欢玩的王者荣耀里就有。通过简单的图形对比，人物特点一目了然。也经常用来评估学生的成绩和产品的性能。在生信领域，我们也可以用来比较评估样品的基因表达情况啦。作图数据如下：画出来的效果图如下：作图方法：Step1. 绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调...

原创：黄小仙老铁们，许久未见啦。顺便说一下，最近可不是小仙同学偷懒哟，电脑上个月送修今天刚刚拿回来(想买联想Yoga的同学先问问自己会不会拆电脑换排线，我买的这台用了一个月，送修也用了一个月 )。最近我可攒了个大招呢，先来看看下面这张图，有没有很眼熟呢？这张图在开始介绍R语言的时候就出现过啦，不过小仙同学当时并不知道怎么画。今天可以秀一把啦。Step1. 绘图数据的准备老样子，准备好要...

原创：黄小仙时光飞逝，岁月如梭，转眼又是一年过去了，本小仙怎么还是一事无成呢！转念一想，这种事也不是一次两次了，再多一个又何妨，哈哈！回归正题，今天就给大家介绍下直方图（histogram）的“好兄弟”——条形图（bar chart）。假设小仙同学现在要帮一家书店用图形展示2018年最受大家欢迎的书目,数据如下图。条形图画出来还挺好看，可是跟小仙想象中的可不一样。明明我的数据是按照销...

原创：黄小仙最近小仙同学很是烦恼，本以为自己已经掌握了ggplot2作图的语法，用read.csv(), ggplot()+geom_point()/boxplot()/violinplot()…就可以画遍天下图表，结果却发现到真正画图的时候，还是会出现不少的小问题。比如小仙最近要画一个直方图，最开始用hist()函数试了一下，看了下形状, 好像因为数据取值范围跨度太大(最大值104,724...

原创:黄小仙最近小仙同学在Nature Cell Biology上看到了这样一张图，很常见的折线图画成这个样子——原来很常见的图标类型也可以“焕发新春”！今天小仙同学就尝试用R复刻一张类似的折线图。Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。数据的格式如下图：一列表示一种变量，最后一列是每一行的行名。假设我们...

原创 黄小仙上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。Step1. 绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式excel中保存成csv格式。数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名Step2. 绘图数据的读取data&amp;lt;-read.csv(“your...

原创 黄小仙即便小仙同学决定学习R语言来提升自己作图的“逼格”的时候，心中还有有些疑虑的(嘿嘿，我这么懒，可不愿意做无用功了

原创：黄小仙 Error: object of type ‘closure’ is not subsettable 对象大于被取子集，看看对象是不是空的，有时候文件路径或者名称不对，数据并没有导入成功 Remove duplicates before running TSNE有重复的数据行，Rtsne package里有个参数 check_duplicates = FALSEError ......

原创:黄小仙上一次小仙同学分享了 facet violin plot的画法，最后还卖了个关子，给大家留了个悬念。科研文章的插图通常要求比较高，不仅要精准地展示出数据，选对图表类型，还需要简洁优美（

本文继续介绍一些和概率统计相关的模拟。前文《R-概率统计与模拟》介绍了一些用 R 进行概率模拟的实验，本文继续上次的工作，并在此过程中回顾一些相关的概率统计知识。一共五题：对pi值的估计（蒙特卡洛模拟经典示例）贝叶斯公式练习多个独立并符合同一个正态分布的变量的平方和符合卡方分布多个独立且符合同一个柯西分布的变量的平均值仍符合柯西分布马尔可夫链练习题目一：对pi值的估计（蒙特...

本文记录了三个概率统计相关的小题目，以回顾一些概率统计的知识。正如笔者在前文《公众号一岁啦》中所说，近期在复习概率统计相关的知识。机缘巧合，笔者遇到了几个比较有意思的题目，和朋友们分享一下：这几个题目都是和概率统计相关，本来都是可以推演出精确的解，但是有意思的是，笔者从一位网友处得知这类题目可以用 R 来做模拟求得一个近似解。这是笔者之前从未尝试过的，所以动手一做：题目一：X10的期望值...

原创：hxj7本文介绍了如何画两组变量（特征）的相关关系热图。准备数据两组变量的数据可以像下面这样处理，分别保存在两个csv文件中。> # 导入数据及数据预处理> setwd("D:/weixin/")> rows <- read.csv("rows.csv")> cols <- read.csv("cols.csv")> str(ro...

原创：hxj7计算各列的NA数量这个可以用apply或者sapply快速实现> df <- data.frame(col1=c(1, NA, 2), col2=c(2, 3, NA), col3=c(NA, NA, 3))> df col1 col2 col31 1 2 NA2 NA 3 NA3 2 NA 3&...

原创：hxj7序前言学习R语言有半年时间了，一直想找个机会找个小项目练练手，所以才有了这篇文章。目的对《Nature Neuroscience》杂志2009-2018年的研究文章进行可视化初探。主要分为以下几个部分：基础统计及可视化进一步统计及可视化主要国家比较及可视化热词统计及可视化对接收时间的统计建模及特征选择（截至发文才完成第1和第2部分，其余部分只能有机会再做）...

关键词：R; 排错; factor; numeric;女朋友发消息说用R处理数据时又出错了，而且找不到解决办法，只好让我看看。发过来的原始文件就是一个csv，从文件大小上来看是一个小文件。那首先加载文件到R并看一些各列的情况：可以看到中间三列Ch5.Ch6、Ch7.Ch6、Ch8.Ch6的数据类型是factor，而不是预期的numeric类型。女朋友抱怨遇到的问题就是指这个。既然类型不对，...