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RSS订阅原创 多组学之蛋白组—互作组研究
人类细胞中所有蛋白之间的蛋白对，只有5%的蛋白对存在互作，而且互作的蛋白对之蛋白存在功能相似性。PNKP磷酸酶基因的突变，与小头畸形、癫痫和发育延迟有关，该基因Glu326Lys氨基酸的突变，不影响该基因的酶活，但是影响该基因与其他基因的互作（SYNGR1 and TRIM37）[3]。TRIM37基因与DNA修复相关，也就是说，PNKP基因Glu326Lys氨基酸的突变，不影响该基因的酶活，但是因不能招募TRIM37蛋白，导致大脑不能进行正常的DNA修复，从而导致疾病的发生。
2026-05-09 11:11:50
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原创 Angew：双层级邻近标记技术，让细胞互作无处遁形
两个反应通过H₂O₂的扩散串联，标记范围由H₂O₂的浓度梯度决定。实验显示，该系统可以在1分钟内启动HRP反应，所需H₂O₂最低浓度仅为2 μM，扩散半径约9.2 μm，足以将标记限制在单个靶细胞内部。邻近标记技术（PL）是研究分子间“谁跟谁走近”的利器，其中辣根过氧化物酶（HRP）和增强型抗坏血酸过氧化物酶（APEX2）凭借高效的标记能力，成为PL领域的明星催化剂。经P2L标记后，HeLaH细胞的组装比例（47.6%）显著高于非靶细胞（14.6%），表明P2L能为研究细胞间特异性识别和反应提供新工具。
2026-05-08 15:07:30
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原创 多组学之蛋白组—磷酸化修饰组
蛋白激酶是人类基因组编码最大的基因家族（图1），人类基因组具有超过500种蛋白激酶[1]。蛋白激酶是约20%药物的靶标[3]。在目前发现的915个蛋白激酶基因的致病突变中，超过80%的突变位点影响了催化域的功能。因为已经发现了如此多的磷酸化位点，研究瓶颈已经由位点发现转变为位点的功能研究，探索磷酸化位点导致哪些生物学功能的变化变得越来越重要[8]。研究目标——磷酸化位点的筛选也很重要，目前有几种策略，包括筛选保守的磷酸化位点[9]、界面区域的磷酸化位点[10]、存在调控作用的磷酸化位点[11]等。
2026-05-07 10:53:00
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原创 多组学之蛋白组—生物标志物的发现
生物标志物可以在早期诊断过程中及时发现病症，进而在早期进行干预治疗，从而使治疗更有效[1]。生物标志物也可以用于预后的监测，及时评估治疗的效果。蛋白组是生物标志物发现的重要来源。因为蛋白组最大程度决定了表型的多样性。翻译后修饰可以调控蛋白的结构、功能、定位、成熟和折叠等。特定的翻译后修饰状态对应着特定的外界刺激。一个基因对应一个蛋白的假说，在目前显得站不住脚，因为存在大量的转录后处理和翻译调控过程。人类血浆是挖掘生物标志物的重要来源。但是血浆蛋白中22种蛋白的含量占据了其中99%的比例[2]。
2026-04-30 11:08:05
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原创 【技术应用】PLA技术：破解结直肠癌中AURKB的非激酶促癌机制
结直肠癌是全球高发的恶性肿瘤，晚期患者5年生存率仅约14%。Aurora激酶B（AURKB）是调控细胞分裂的核心蛋白，在多种癌症中高表达，与不良预后密切相关。理论上，抑制AURKB激酶活性应能遏制肿瘤，然而临床实践中，AURKB激酶抑制剂单药治疗效果有限，副作用却不小。这提示我们：AURKB可能还存在不依赖激酶活性的“隐藏技能”。
2026-04-29 14:58:10
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原创 【技术应用】PLA技术“点亮”蛋白互作，破解动脉粥样硬化新机制！
最新发表在《Circulation》的研究给出了答案：一个叫DAPK2的激酶，并首次用邻近连接（Proximity Ligation Assay， PLA）分析 技术“拍下”了它和搭档PKM2的亲密互动。DAPK2磷酸化代谢酶PKM2的Thr45位点，促使PKM2入核、激活STAT1，最终上调黏附分子VCAM-1/ICAM-1，吸引炎症细胞，推动斑块形成。因为DAPK2-PKM2的相互作用是瞬时的，且PKM2-STAT1的结合严格发生在核内。未来，PLA将继续帮助科学家“看见”更多疾病相关的分子暗语。
2026-04-29 13:35:37
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原创 【技术应用】双邻近标记：给细胞里的铜蛋白“贴上身份证”
简单说，邻近标记就像给“诱饵蛋白”绑上一支灵敏的“喷漆枪”。当诱饵蛋白在细胞里正常活动时，这支喷漆枪会不断标记它周围（通常只有几十纳米范围内）的所有蛋白质。这些被标记的蛋白随后可以被富集、鉴定，从而知道哪些蛋白与诱饵蛋白“住得近”甚至“握过手”。相比传统免疫共沉淀，邻近标记能捕捉到瞬时、微弱的相互作用，特别适合研究像铜结合这类动态事件。
2026-04-28 10:41:49
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原创 顶刊霸屏！表观遗传凭什么稳坐科研C位？
如果说基因组回答的是DNA写了什么，那表观遗传回答的就是为什么同样的基因，在。这几年，不管是发育、生殖、肿瘤、免疫、神经，还是衰老与再生等等，都可以发现一个越来越明显的趋势，顶刊里表观遗传相关研究的存在感越来越强。从DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质开放性，到单细胞表观组学、空间多组学、液体活检甲基化，表观遗传早就不只是经典理论课上的老概念，而是在一步步成为解释生命过程、拆解疾病机制、推动临床转化的重要中枢。相关综述和研究也是持续出现在等高影响力期刊中。
2026-04-28 09:35:56
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原创 多组学之蛋白组—蛋白质结构
结构类别包括阿尔法螺旋、贝塔折叠、阿尔法螺旋与贝塔折叠独立类型、阿尔法螺旋与贝塔折叠混合类型[2]。进化类属性又分为种系、蛋白组别、家族和超家族，其中种系是单个全长的氨基酸序列，蛋白组别是一组直系来源的蛋白序列，家族是这些蛋白包含一个保守的结构域，超家族是这些蛋白包含保守的3D结构域[2]。我们通常基于序列来预测蛋白质的功能，但是对于相似度很低的序列来说，预测其功能显得难度很大，这时基于3D结构来预测其功能显得成为可能，因为即使基因序列发生了很大的变异，但是其蛋白质的折叠仍然可能是相似的。
2026-04-27 15:09:23
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原创 AI分子对接
蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-Protein Interactions, PPIs）在生物体内具有极其重要的生物学意义，主要体现在以下几个方面：（1）细胞信号传导。细胞通过受体蛋白与信号分子结合，启动一系列级联反应，这些反应依赖于蛋白质之间的相互作用。例如，配体与受体酪氨酸激酶的结合会激活下游信号通路，进而调节细胞的生长、分化和应答。（2）基因表达调控。转录因子和其他调控蛋白之间的相互作用决定了基因的表达水平。这些蛋白质通过结合DNA或与其他调控蛋白相互作用，调控基因的转录过程。
2026-04-24 13:37:16
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原创 多组学之互作组—RNA结合蛋白
RNA结合蛋白（RBPs）在转录后基因表达调控过程中起着十分重要的作用。包括RNA的加工（加帽、可变剪接、加polyA）、RNA编辑、RNA修饰、RNA定位、翻译和降解等过程。在人类生命活动中，RBP的失效会导致癌症、代谢疾病和神经退行性疾病等。在植物中，RBPs也是重要的调控因子，涉及到胚珠发育、花的发育、生物时钟、胁迫响应和免疫反应等。典型的RBP-RNA互作是通过RNA结合域（RBDs, 如KH域、DEAD域、DSRM域等）来实现的。研究发现人类一半的RBPs缺乏保守的RBDs。
2026-04-23 14:08:36
173
原创 【技术应用】RNA-seq之后下一步做什么，才能把机制讲完整？
很多课题做到RNA-seq这一步时，都会得到一份“看起来很丰富”的结果，有差异基因了，有通路富集了，也能讲某个信号通路被激活或抑制了。但在真正写文章、做答辩、和老师讨论时，大家往往又会遇到同一个问题，RNA-seq可以说明了变了什么，但还没有真正回答为什么会变。这也是很多课题推进到后期最容易卡住的地方。因为表达变化本身，更接近结果层面的证据，但是机制文章通常还需要继续往上游追，找到调控来源，进而补上直接证据。所以RNA-seq做完之后，下一步到底该怎么接，才能把机制讲完整？
2026-04-22 10:45:27
302
原创 【技术应用】邻近连接PLA技术：原位看清蛋白质“握手”，发现TNF新搭档
结合表面等离子体共振（SPR）实验，研究者进一步证实了CD163与TNF具有高亲和力，提示CD163可能作为TNF的“诱饵受体”，通过结合并清除TNF，从而负向调控炎症反应。在这项发表于《Heliyon》的研究中，科学家利用PLA技术，在发炎的猪肺组织中系统分析了肿瘤坏死因子（TNF）与多个受体的相互作用。了解TNF究竟与哪个受体结合，是解读其功能的关键。相比传统的免疫共定位（共染只能说明位置接近，不能证明直接结合），PLA的信噪比高、特异性强，还能进行定量分析，尤其适合研究低丰度或瞬时的相互作用。
2026-04-22 09:18:43
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原创 【干货指南】想查转录因子结合位点、筛候选靶基因？试试ChIP-Atlas
做转录调控、表观调控相关研究时，很多课题会遇到同一个问题，明明已经有候选转录因子、候选基因，或者已经有RNA-seq差异结果了，但下一步到底该去哪里找它可能结合在哪、哪些基因更值得优先验证、这个位点在目标细胞类型里有没有公开证据等等信息，这时候ChIP-Atla会是一个非常实用的工具。它把大量公开的ChIP-seq、ATAC-seq、Bisulfite-seq数据整合到一个平台里，可以直接做位点浏览、靶基因筛选、富集分析、共定位分析和数据检索，目前平台已整合433000+公开实验。
2026-04-21 16:08:52
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原创 RNA-seq+RIP-seq+minigene：三步锁定剪接因子如何调控RNA剪接
第一步 ：RNA-seq 发现剪接因子调控了哪些剪接事件？第二步 ：RIP-seq/qPCR 验证剪接因子直接结合在靶RNA的哪个区域？第三步 ：minigene验证结合位点如何影响mRNA剪接？无论你研究的是肿瘤、发育还是神经退行性疾病，这套 “发现→结合→因果” 的三步法都是验证剪接因子直接靶标的可靠路径。如果你正在做类似的剪接调控研究，不妨对照这三步，看看自己的证据链还缺哪一环。
2026-04-21 13:27:10
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原创 多组学之互作组—染色质互作
人类基因组中只有1.5%的序列是蛋白编码序列【1】。其余的序列对基因在细胞发挥发育和行为的合适功能起至关重要的作用【2】。解析转录过程的分子细节是我们理解人类发育和人类疾病分子机制的基础。目前我们对分子细节的理解仍然在停留假设阶段而且理解的十分有限。比如如下这些疑问尚未得到完全解决：1）每个基因的转录调控序列是哪些？2）哪些顺式调控序列控制了基因的特异表达？3）哪些表观信息在发育过程中得到储存和遗传，这些表观信息如何控制基因的表达？
2026-04-17 13:29:06
225
原创 【技术应用】邻近连接PLA测定神经元蛋白相互作用
PLA非常适合检测高度富集于特定亚细胞结构（如突触）的蛋白对，或在组织切片中研究明确极化的相互作用。其原理是：当两种目标蛋白的距离小于40纳米时，特异性结合它们的两种一抗会分别招募带有互补DNA链的二抗。3. 封闭与一抗孵育：同时加入小鼠抗PSD95（1:500）、兔抗NR2B（1:2000）和鸡抗MAP2（1:2000，用于标记神经元树突），4°C过夜。（1）高灵敏度与特异性：只有真正靠近的蛋白对才会产生信号，避免了传统免疫共沉淀中裂解液带来的假阳性。
2026-04-16 08:55:33
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原创 【技术应用】PLA技术原位锁定致病蛋白互作，让信号无处遁形
（1）实验设计：将人主动脉平滑肌细胞（HASMCs）置于常压（100 mmHg，模拟正常血压）或高压（200 mmHg，模拟高血压）下培养24小时。从高血压到癌症，PLA技术让原本看不见的分子事件变成清晰可数的点状信号，为疾病机制发现和药物研发提供了最直观的原位证据。此外，该研究还利用PLA验证了GPR146抗体阻断剂的有效性，进一步体现了PLA在药物机制研究和靶点占位检测中的实用价值。使用两种不同物种来源的一抗分别识别目标蛋白A和B（例如，抗GPR146的兔源抗体和抗Gαs的小鼠源抗体）。
2026-04-15 14:55:34
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原创 【技术应用】邻近标记技术HaloMap“照亮”细胞内部：揭示应激颗粒的奥秘
邻近标记技术是一种能够“标记邻近蛋白”的高精度工具。研究者将一种催化元件（如酶或光催化剂）与目标蛋白融合，当加入特定底物后，催化元件会产生活性分子，标记目标蛋白“周围”的蛋白。这些标记蛋白可被富集并鉴定，从而绘制出“邻近蛋白网络”。HaloMap的优势在于：高精度（<4 nm），可区分直接相互作用者；无需过氧化氢，对细胞更友好；可精准控制时间，捕捉动态变化；适用于活细胞，保留真实生理环境。
2026-04-15 13:18:28
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原创 【技术应用】双色FRET“直播”：一镜到底拍下减肥药受体激活的分子瞬间
2025年，《Antioxidants》期刊发表的一项研究，利用一种被称为双发射FRET（荧光共振能量转移）的技术，首次以“一镜到底”的形式，完整记录了PPAR受体被药物激活的全过程。研究还利用FRET的定量优势，精确计算了每种药物的“工作效率”：培马贝特置换抑制因子的半数浓度（IC50）与招募激活因子的半数浓度（EC50）几乎完全一致，从数据上证实了这种同步性。同时，给“抑制因子”贴上红光标签（ULight），给“激活因子”贴上蓝光标签（FITC）。而双色FRET的出现，改变了这一局面。
2026-04-14 10:39:23
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原创 想证明“这个蛋白真的结合了这个基因”，为什么很多课题最后都要做ChIP-qPCR？
在很多机制研究里，真正让结论更扎实的，往往不是又多做了一个实验，而是补上了那条关键证据链。比如说您想回答：这个转录因子是否直接结合这个基因；这种组蛋白修饰是否真的富集在目标区域；不同处理之间，该位点的结合/富集是否发生变化等等问题的时候，ChIP-qPCR 往往就是非常值得考虑的一步。它既能承接前期的生信预测和测序筛选，也能为后续文章结论提供更直接、更聚焦的验证证据。
2026-04-14 09:35:17
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原创 RIP-seq技术流程
RIP-seq（RNA Immunoprecipitation sequencing）是一种细胞内检测蛋白质所结合RNA的技术，通过特异性抗体对RNA结合蛋白（RBP）进行免疫共沉淀，分离与其结合的RNA，随后通过高通量测序获取全转录组范围内与该蛋白结合的RNA序列信息，从而解析蛋白-RNA相互作用网络【1】。其原理类似于ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序），但研究对象由DNA转为RNA，有助于发现特定蛋白的RNA靶标及转录后调控网络动态过程。
2026-04-13 15:43:28
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原创 AlphaGenome：DeepMind 新作，基因组学迎来 Alpha 时刻
AlphaGenome 的发布标志着基因组学正式进入 Alpha 时代。继 AlphaFold 解决蛋白质结构预测问题后，DeepMind 将注意力转向了更复杂的基因组调控密码解读。大规模、多模态、高分辨率的统一模型能够捕捉基因组调控的复杂规律。对于从事基因组学、生物信息学和精准医学研究的人员而言，AlphaGenome 提供了一个前所未有的强大工具。它不仅能加速基础研究中的假设生成，也有望在临床场景中发挥重要作用——从罕见病诊断到癌症基因组解读，从药物靶点发现到个体化治疗策略制定。
2026-04-10 09:17:06
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原创 CAGE vs RNA-seq：两种转录组测序技术的深度对比
没有最好的技术，只有最适合你研究问题的技术。明确你的科学问题，选择合适的工具，才能获得最有价值的发现。•CAGE：启动子研究的利器，TSS 单碱基精度，成本较高，适合专业化研究•RNA-seq：转录组分析的全能选手，全转录本覆盖，相对亲民，常规首选💡互动话题：你在转录组研究中遇到过哪些技术选择困难？欢迎在评论区分享你的经验！
2026-04-09 13:18:03
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原创 【技术应用】邻近连接技术（PLA）：解析纤毛蛋白空间互作的有力工具
原位邻近连接技术（PLA）以“近距离即信号”的巧妙设计，将蛋白质互作研究从“是否结合”推进到“在何处结合”的维度。在纤毛病、纤虫结构等研究中，它已成为解析过渡带蛋白网络空间组织的利器。对于任何需要验证两个蛋白在特定细胞器内邻近关系的课题，PLA都值得纳入实验工具箱。
2026-04-08 09:10:51
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原创 【技术应用】黄金搭档出击！ATAC-seq+RNA-seq，1+1＞2的基因表达调控解析能力
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing），即染色质转座酶可及性测序，是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的表观组学技术，其核心是利用Tn5转座酶的“剪切-粘贴”特性，检测染色质的开放区域。（一）核心原理染色质的开放程度决定了转录因子等调控因子能否结合到DNA上，进而启动基因转录。
2026-04-07 15:05:11
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原创 LiP-MS—解锁以药找靶新利器
有限蛋白水解质谱（Limited Proteolysis-Mass Spectrometry，Lip-MS）作为无标记、原位、高通量的以药找靶技术，彻底打破传统技术壁垒，直接在细胞、组织等天然体系中，精准捕获药物结合的靶蛋白与结合位点，成为当下药物靶点筛选的主流技术。
2026-04-07 13:56:50
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原创 AI 智能体可以成为你的科研助理？
假设你要做一项癌症研究，传统流程是这样的：📚第 1 步：花 2 周读文献，了解别人做了什么💡第 2 步：绞尽脑汁想假设🧪第 3 步：设计实验、买试剂、等快递📊第 4 步：做实验、收数据、分析结果🔍第 5 步：写论文、投稿、等审稿意见❌第 6 步：被拒稿，重来...痛点：耗时、耗钱、耗人，一个项目做下来至少半年。AI 需要反思："上次做这道菜太咸了，这次要少放盐。三种反思方式- Reflexion：自己批评自己- CRITIC：查资料验证。
2026-04-03 09:14:29
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原创 如何做多组学分析？
做生物多组学数据洞察，本质上是：以生物学问题为中心，先保证单组学结果可靠，再通过通路、相关性、网络和模型把不同组学连接起来，最终提炼出可解释、可验证的关键机制。
2026-04-01 13:40:38
709
原创 Nature Methods：CellVoyager 自主 AI 智能体开启生物数据分析新时代
CellVoyager 代表了 AI for Science 的重要进展——AI 不再仅仅是工具，而是能够自主进行科学探索的智能合作伙伴。随着大语言模型和智能体技术的持续发展，我们有理由期待：• 更多领域专用的科学智能体涌现• AI 与人类科学家的协作更加紧密• 科学发现的效率和速度显著提升CellVoyager 的出现，标志着计算生物学进入了一个新的时代——自主化、智能化、民主化的生物数据分析时代。
2026-03-31 14:23:53
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原创 Genome Biology：启动子设计赋予水稻多重抗病性
随着基因编辑技术的不断发展，启动子编辑作为一种精准、高效、安全的育种策略，正在成为作物遗传改良的重要工具。这项研究不仅在水稻抗病育种领域取得突破，也为其他作物的遗传改良提供了可借鉴的范式。未来，随着更多功能基因启动子的解析和编辑技术的优化，我们有理由期待更多突破性成果的涌现。
2026-03-27 15:46:44
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原创 多组学整合分析实战：LinkedOmics 如何解码 32 种癌症的分子图谱
LinkedOmics 代表的多组学整合分析方法，是癌症研究的重要技术进步：✅数据规模：32 种癌症、11,158 样本、5 大类组学数据✅方法创新：垂直整合 + 水平整合 + 多组学聚类✅统计严谨：标准化流程、多重检验校正、独立验证✅应用广泛：生物标志物发现、分子分型、药物靶点预测✅用户友好：无需编程、图形界面、结果可视化随着单细胞测序、空间转录组等新技术的发展，多组学整合分析将进入更高分辨率、更动态、更精准的新时代！
2026-03-26 09:23:31
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原创 一篇文章让你彻底了解类器官：是什么？如何研究？
类器官是指来源于机体自身组织的原代细胞、多能干细胞或成体干细胞等，在体外三维培养条件下，通过细胞自组织形成的、具有相应组织或器官功能特征的三维细胞培养物。自组织性：细胞能像在体内一样自主聚集、分化，形成类似真实器官的结构。三维结构：类器官是三维立体结构，能更好地模拟体内器官的空间形态。功能模拟性：具备对应真实器官的部分核心功能。PS：类器官 ≠ 器官芯片器官芯片是人工设计的微流控系统，用于模拟器官的生理微环境；而类器官是细胞自主形成的，更接近体内器官的自然状态。
2026-03-25 14:26:06
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原创 【技术应用】解锁超级增强子鉴定，ChIP-seq藏着大用途！
增强子是基因组上一段能调控基因转录活性的DNA序列，就像基因表达的普通开关，能温和地促进或抑制基因表达。而超级增强子（Super Enhancer, SE），顾名思义，是升级版的增强子，它由多个普通增强子串联形成，长度通常超过12.5kb，距离靶基因的转录起始位点（TSS）较近，能以极强的效率激活基因表达，是调控细胞身份、决定细胞命运的核心开关。与普通增强子相比，超级增强子有三个显著特征：（1）富集大量转录激活型组蛋白修饰标记，其中H3K27ac和H3K4me1是最核心的标志；
2026-03-24 10:22:35
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原创 你见过彩色的Western blot吗？
在分子生物学实验室中，Western Blot（WB）技术一直被视为蛋白质检测的“金标准”，但传统化学发光WB存在条带模糊、背景过高、信号不稳定、定量不准、多重检测困难……这些问题不仅影响实验结果的可靠性，更严重制约了研究效率。如今，新型荧光WB技术凭借高定量精度、多重检测能力、信号长期稳定等优势，成为科研工作者的得力助手。
2026-03-24 08:58:12
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原创 ATAC-seq 技术揭秘：如何发现马铃薯耐寒的分子开关
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种革命性的染色质可及性测序技术，2013 年由 Stanford 大学 Jason Buenrostro 开发。利用改造的 Tn5 转座酶切割开放的染色质区域，这些开放区域通常包含活跃的调控元件（启动子、增强子等），通过高通量测序定位全基因组的染色质开放状态。这项研究完美展示了 ATAC-seq 技术的强大能力：✅发现传统方法无法检测的调控层✅。
2026-03-23 16:32:27
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原创 OpenClaw × 组学分析：让 AI 帮你读懂天书般的研究报告
AI 不是要取代生物信息学专家，而是让每个人都能站在专家的肩膀上看得更远。OpenClaw 的目标，是让复杂的组学数据变得可理解、可操作、可决策。让 AI 帮你读懂天书，把时间留给真正重要的发现。
2026-03-20 13:10:38
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原创 openclaw让生信分析更简单
生信分析师的价值，不在于：❌ 手动下载数据❌ 重复敲同样的命令❌ 一张张导出图片❌ 熬夜盯着进度条而在于：✅ 提出好的科学问题✅ 设计合理的实验方案✅ 解读数据背后的生物学意义✅ 与实验团队合作推进研究OpenClaw 的使命，就是把那些重复、繁琐、耗时的"苦力活"接过来，让你把精力放在真正创造价值的事情上。当 AI 负责"怎么做"，你负责"为什么做"——这才是生信分析该有的样子。作者注：本文介绍的 OpenClaw 及相关技能均为开源项目，可在 GitHub 获取。
2026-03-19 09:10:20
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原创 多组学时代，谁主沉浮？
多组学时代已经到来。从"单一组学发现"到"多组学验证"，从"相关性描述"到"机制性解析"，研究范式正在发生深刻变革。基因组是"蓝图"，转录组是"指令"，表观组是"开关"，蛋白组是"执行者"，代谢组是"功能终点"。只有整合这五个维度，我们才能真正理解生命的复杂性，推动精准医疗从愿景走向现实。数据来源。
2026-03-18 16:45:32
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