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原创 ONT全长转录组

作为第三代测序技术的代表,基于牛津纳米孔(Oxford Nanopore Technologies,ONT)平台的cDNA全长转录组测序(Full-Length Transcriptome Sequencing)通过革命性的纳米孔传感技术,实现了对完整RNA分子的直接测序。该技术摒弃传统测序的片段化处理,可一次性获取从5'端帽结构至3'端polyA尾的全长转录本序列,彻底解决了二代测序(NGS)因短读长导致的转录本拼接困难、信息不完整等瓶颈问题。

2025-12-15 09:22:56 357

原创 Ribo-seq

利用蛋白酶抑制剂可以瞬时捕获住处于翻译过程的多聚核糖体与RNA链复合物,未被核糖体保护的RNA区域会被核酸酶消化,而RPFs因核糖体的物理遮挡得以保留,从而精准反映翻译活动的具体位置,了解蛋白质表达水平及其丰度,还能直接对翻译过程进行研究。2、动态翻译瞬时捕获:通过“冻结”翻译状态,可记录特定时间点的翻译动态,解析不同条件下的蛋白质合成变化,结合核糖体密度分布,量化翻译速率差异并识别翻译暂停位点,揭示调控因子作用机制。实验结题后,实验报告、检测结果可在线查看或打印,并永久保留。

2025-12-12 16:03:20 560

原创 双荧光素酶报告基因实验

利用荧光素酶与底物结合发生化学发光反应的特性,把感兴趣的基因转录的调控元件克隆在萤火虫荧光素酶基因的上/下游,构建成荧光素酶报告质粒。单报告基因实验往往会受到各种实验条件的影响,而双报告基因则通过共转染的“对照”为实验提供一基准线,从而可以在最大程度上减小细胞活性和转染效率等外在因素对实验的影响,使得数据结果更为可信。利用荧光素酶与底物结合发生化学发光反应的特性,把感兴趣的基因转录的调控元件克隆在萤火虫荧光素酶基因的上/下游,构建成荧光素酶报告质粒。1、双荧光素酶报告基因所需的质粒与序列相关信息;

2025-12-12 15:29:28 780

原创 凝胶迁移实验(EMSA)

根据实验设计特异性和非特异性探针,当核酸探针与蛋白样本混合孵育时,样本中可以与核酸探针结合的蛋白质与探针形成蛋白-探针复合物,这种复合物由于分子量大,在进行PAGE电泳时迁移较慢,而没有结合蛋白的探针则迁移较快。客户在线下单——订单/实验材料确认——实验设计——原核系统表达载体构建——蛋白纯化——合成探针——样品制备——配置非变性PAGE胶——电泳——转膜——交联——封闭——抗体孵育——洗涤显影——提交详细的实验报告。1、 无法衡量电泳过程中的化学平衡,在电泳过程中发生的快速解离会影响对复合物的检测;

2025-12-11 10:30:12 847

原创 【技术应用】微蛋白怕漏检?组学联合方案重塑微蛋白研究范式

Ribo-seq作为解析体内翻译动态的核心技术,通过捕获与核糖体结合的RNA片段(即长约30个核苷酸的核糖体保护片段,RPFs),结合高通量测序手段实现对翻译过程的解析。同时,该技术还能与长链非编码RNA(lncRNA)及环状RNA(circRNA)研究相结合,高效鉴定传统注释遗漏的小开放阅读框及其编码的微蛋白,可以显著拓展蛋白质组的认知边界,发现更多“隐藏蛋白”。然而,尽管这些方法在常规蛋白质的识别中表现优异,却在面对低丰度、小分子、瞬时表达或组织特异性表达的SPs时面临诸多挑战。

2025-12-11 08:54:20 741

原创 【文献速递】基因诊断新突破:minigene技术破解疑难遗传病的剪接之谜

剪接变异进行了系统性分析。结果令人振奋:在16个被确认为影响剪接的变异中,包括了6个外显子区的"错义"变异。这意味着这些变异虽然改变了单个氨基酸,但它们的主要致病机制却是影响RNA剪接,而非氨基酸替换本身。例如,在c.903+1711G>T变异中,假外显子插入的转录本比例从野生型的1.1%增加到突变型的56.4%,明确展示了变异对剪接的显著影响。基因变异的神秘面纱。这些变异与罕见眼病全色盲密切相关,其中三分之二原先被归类为"意义未明",而经过这项技术验证,86%的这类变异被重新确定为致病或可能致病。

2025-12-10 09:51:08 355

原创 【文献速递】Cancer Cell:大队列代谢组挖掘结直肠癌的biomarker

本研究收集了四个独立队列共1251名个体(422例CRC、399例结直肠腺瘤CRA、430名正常对照NC)的血浆与粪便样本,通过非靶向代谢组学分析,鉴定出在NC、CRA、CRC变化一致的特征性血浆与粪便代谢物,包括CRC富集的油酸及减少的别胆酸。在临床诊断方面,构建了一个由17种血浆代谢物组成的诊断模型,该模型在发现队列及三个验证队列中均能准确诊断CRC(AUC=0.848–0.987)。综上,本研究系统阐明了CRC中血浆与粪便代谢组的代谢特征,为CRC的无创诊断提供了新的方法。

2025-12-10 08:55:25 391

原创 SPR技术:无需标记,实时洞察分子间的每一次邂逅与分离

当入射光的传播常数与表面等离子波的传播常数相匹配时,便会发生共振,导致反射光强度显著降低,这个特定的入射角就是SPR角。金属表面介质的折射率变化会直接导致SPR角的变化,而折射率变化与金属表面结合的分子质量成正比。在科学研究的微观世界里,分子间的相互作用如同一场无声的舞蹈,如何实时观察这些微小却至关重要的生命过程?20世纪90年代,基于光学检测生物分子相互作用的表面等离子共振(SPR)技术应运而生,成为科研人员探索分子互作的“隐形眼镜”。样品需要新鲜、有活性,使用前要去除杂质,配体的纯度应达到90%以上。

2025-12-09 14:01:59 1067

原创 RNA-seq

在过去的十年中,RNA-seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上分析基因差异表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具,随着下一代测序技术的发展,RNA-seq技术应用范围变得更加广泛。在过去的十年中,RNA-seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上分析基因差异表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具,随着下一代测序技术的发展,RNA-seq技术应用范围变得更加广泛。3、生物信息学分析内容包括:原始数据质控检查、比对结果质控检查、差异基因表达分析、差异基因GO功能分析、差异基因KEGG通路分析。

2025-12-08 10:06:48 271

原创 m6A meRIP-seq

N6-甲基腺苷(m6A)作为真核生物mRNA中最丰富的内部修饰形式,在基因表达调控中扮演着至关重要的角色,它参与调控mRNA的剪接、转运、稳定性和翻译效率等过程,与胚胎发育、肿瘤发生、神经退行性疾病等生理病理过程密切相关。m6A meRIP-seq(m6A Methyl-RNA immunoprecipitation and sequencing,m6A甲基化RNA免疫共沉淀测序)技术因其高特异性、高通量和相对简便的操作流程,已成为研究mRNA甲基化修饰的重要工具。

2025-12-08 09:32:38 847

原创 RNA Pull-down

RNA Pull-down作为研究RNA与蛋白互作的核心技术,是使用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。蛋白质与RNA的相互作用是许多细胞生物学过程的核心,如蛋白质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等,研究它们之间相互作用的分子机制对理解这些生物学过程非常重要。通过生物素标记的RNA探针与细胞裂解液孵育,形成RNA-蛋白复合物,经链霉亲和素磁珠捕获并洗涤后,洗脱结合蛋白,利用Western Blot检测特定蛋白质。1、验证已知RNA与蛋白的相互作用;

2025-12-05 14:15:32 329

原创 DNA Pull-down

生物素与链霉亲和素间的作用是目前已知强度最高的非共价作用,采用链霉亲和素磁珠将靶DNA及其结合蛋白从待测蛋白液中分离出来,洗涤后,将非特异性结合蛋白去除,最后,经洗脱液洗脱,得到目的DNA探针-蛋白质复合物,通过western blot检测洗脱液中是否有待测蛋白;客户在线下单——订单/实验材料确认——样品处理——探针标记——蛋白与探针共孵育——Western blot或LC-MS/MS检测——结果交付。1、所有实验的原始数据(包括实验过程、实验试剂与设备等);3、构建含目的基因的质粒、菌液,测序报告。

2025-12-03 09:16:35 427

原创 APEX2邻近标记技术——揭秘细胞内蛋白质的“社交网络“

用DMSO(对照)或OA(寡霉素/抗霉素A,诱导线粒体自噬)处理表达PHB2-APEX2的HeLa Parkin细胞(Parkin过表达稳转株),然后在特定时间点加入生物素-苯酚和H₂O₂进行短暂标记,以捕获OMM破裂发生时PHB2的邻近蛋白质组。APEX2邻近标记技术的核心原理基于工程化的辣根过氧化物酶突变体,通过在活细胞内实现时空精确的蛋白质标记,犹如在细胞内安装了一个"精确制导"系统,能够捕捉蛋白质的瞬时相互作用。考马斯亮蓝染色显示,从OA处理的细胞中纯化到了更多的生物素化蛋白。

2025-12-02 15:08:03 496

原创 CUT&RUN

CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease) 是Steven Henikoff实验室于2017年开发的革命性技术,通过抗体引导的核酸酶靶向切割,实现了内源蛋白-DNA相互作用的高分辨率分析。该技术整合了免疫靶向特异性与微球菌核酸酶(MNase)的精准剪切能力,为染色质结合位点研究提供了高效、低背景的解决方案。

2025-12-01 09:33:12 523

原创 Hi-C(高通量染色体构象捕获技术)

再次打断片段,用磁珠将生物素标记的片段捕获,制备测序文库,上机测序。具体包括:全基因组范围的顺/反式相互作用、染色质区室A/B Compartment、TAD(Topologically associating Domains,拓扑结构域)和染色质环等(Chromatin loops)。订单/实验材料确认——样品准备及预处理——酶切——末端修复,引入生物素标记——连接——解交联DNA,提取建库——高通量测序——数据质控——生信分析——结果交付。1、所有实验的原始数据(包括实验过程、实验试剂与设备等);

2025-11-28 14:26:02 871

原创 GST Pull-down

GST Pull-down是一种在试管中检测蛋白互作的方法,其原理是将靶蛋白-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上,作为与目的蛋白亲和的支撑物,充当一种“诱饵蛋白”,目的蛋白溶液过柱,可从中捕获与之相互作用的“捕获蛋白”(目的蛋白),洗脱结合物后通过SDS-PAGE电泳分析,从而证实两种蛋白间的相互作用或筛选相应的目的蛋白,“诱饵蛋白”和“捕获蛋白”均可通过细胞裂解物、纯化的蛋白、表达系统以及体外转录翻译系统等方法获得。1、鉴定的蛋白是直接作用的蛋白,非间接作用的复合体;2、载体的测序结果;

2025-11-27 09:21:52 378

原创 RNA免疫共沉淀定量PCR(RIP-qPCR)

这类蛋白通过其特有的结构基序——如RNA识别基序(RRM)、双链RNA结合结构域(dsRBD)和锌指结构(Zinc Finger)等——实现对RNA分子的精准识别与结合。作为转录后调控的核心执行者,RBP参与调控RNA剪接、聚腺苷酸化、核质转运、亚细胞定位及翻译等多个关键生物学过程,同时还是维持mRNA稳定性的重要调控因子。客户在线下单——订单/实验材料确认——样本处理——获取细胞裂解液——制备磁珠——RNA结合蛋白免疫沉淀——RNA纯化——qPCR分析——结果交付。2、RIP电子图片及分析结果。

2025-11-26 15:36:33 1052

原创 【文献速递】邻近标记技术揭示YPEL2蛋白在细胞应激监控中的新角色

本研究通过TurboID邻近标记技术,首次系统揭示了YPEL2在细胞应激响应中的动态互作网络,提出YPEL2可能作为“氧化应激传感器”参与应激颗粒的形成与调控。这不仅为理解YPEL蛋白家族的功能提供了新视角,也为探索细胞应激响应的分子机制开辟了新路径。研究人员在COS7细胞中诱导表达带有TurboID标签的YPEL2蛋白,并在不同时间点(1、3、6、16小时)进行生物素标记与质谱分析。此外,该研究也展示了邻近标记技术在解析蛋白功能网络中的强大潜力,尤其在研究难以捕捉的瞬时相互作用方面具有不可替代的优势。

2025-11-26 14:27:17 264

原创 【技术应用】DNA甲基化研究如何选择合适的测序技术?

WGBS是甲基化研究的“金标准”技术之一。其核心原理是利用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶(5mC)保持不变;随后通过高通量测序,结合生物信息学分析,

2025-11-25 13:31:08 700

原创 一文了解能量代谢途径及与疾病的关系

在早中期的心血管疾病中,心肌能量代谢基本维持正常,脂肪酸利用略有增加;针对癌症细胞的代谢特征,开发出了一系列靶向代谢途径的抗癌疗法,如通过抑制己糖激酶2(HK2)或丙酮酸激酶M2(PKM2)等糖解作用关键酶,可以阻断癌症细胞的能量供应,从而抑制癌细胞的生长和扩散。能量代谢(Energy Metabolism)是葡萄糖、脂肪酸等营养物质的无氧酵解和有氧呼吸中产生能量(ATP)生成小分子代谢物的过程,为有机体的生命活动提供了主要的能量来源,并为机体内的其他代谢提供了前体物质,维持着生命体最基本的生命活动。

2025-11-25 09:07:36 815

原创 BS-seq

DNA甲基化修饰可以发生在多个位点,包括胞嘧啶的C-5位、腺嘌呤的N-6位及鸟嘌呤的G-7位。DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,以往的研究表明,DNA甲基化在细胞发育和分化、调控基因表达等方面扮演着重要的角色。3、生物信息学分析内容包括:数据预处理及分析、测序数据质量评估、参考序列比对、样本相关性分析、甲基化位点calling、C 碱基覆盖度统计、C 碱基平均甲基化比例、C 碱基甲基化分布水平、C 碱基甲基化分布比例、基因区域的DNA甲基化分布、差异性甲基化区域(DMR)检测、功能聚类分析等。

2025-11-24 16:16:58 899

原创 RIP-seq

该技术的原理基于抗原-抗体的特异性结合:通过目标蛋白的特异性抗体捕获细胞内的RNA-RBP复合物,经磁珠沉淀、洗涤去除非特异性结合后,分离纯化结合的RNA片段,再通过高通量测序分析其序列信息,结合生物信息学分析(如Peak Calling)筛选显著富集的RNA结合区域。1、RNA结合蛋白的功能研究:系统性筛选与特定RBP结合的RNA分子(如mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA等),揭示其在剪接、稳定性或翻译调控中的作用;1、所有实验的原始数据(包括实验过程、实验试剂与设备等);

2025-11-21 09:44:06 659

原创 染色质免疫共沉淀定量PCR(ChIP-qPCR)

该技术的核心优势在于其基于体内富集的特点——相较于体外结合实验(如EMSA),ChIP-qPCR通过捕获天然染色质环境下的蛋白质-DNA互作,更能真实反映生理状态下的结合动态。ChIP的原理是在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起,通过超声或酶处理,将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,随后,特异性富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片段的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

2025-11-20 14:19:10 994

原创 免疫共沉淀(Co-IP)

特异性抗体捕获样品中的靶蛋白,形成抗体-靶蛋白复合物,然后利用能够与抗体结合的珠状支持物来固定和沉淀复合物,同时与靶蛋白相互作用的蛋白也会被沉淀下来,最后洗去与靶蛋白相结合的非特异性蛋白,再通过SDS-PAGE进行分析、Western blot检测。客户在线下单——订单/实验材料确认——蛋白样品准备——Protein G磁珠与抗体结合——免疫沉淀分离——洗脱蛋白复合物——SDS-PAGE分离、Western blot及(或)质谱鉴定相互作用蛋白质——实验报告提交。3、分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。

2025-11-19 09:11:44 421

原创 【文献速递】“画”出细胞内的社交网络:邻近标记技术揭示p65不为人知的庞大“朋友圈”

这表明,p65的绝大多数“社交活动”依赖于它与其他蛋白形成二聚体的能力,而非其结合DNA的能力。它不仅仅是为p65/RELA提供了一份详尽的“好友清单”,更重要的是,它为我们理解转录因子的工作方式提供了一个全新的框架:转录因子通过其庞大的、动态的、且主要基于蛋白质-蛋白质相互作用的网络,在染色质之外就预先组织好“工作团队”,从而实现对基因表达的精细且特异性调控。p65与大量不同家族的转录因子存在直接联系,这意味着它处于一个极其复杂的转录调控网络的中心,通过不同的“搭档组合”来精确调控不同基因的表达。

2025-11-18 16:27:28 787

原创 干货集锦 | 如何设计ChIP-qPCR引物

日常科研中,ChIP-qPCR是解析蛋白与DNA互作的“利器”——它既能高效验证ChIP-seq的筛选结果,排除假阳性数据,也能直接检测已知蛋白(如转录因子、组蛋白修饰)与特定DNA序列的结合情况,为基因调控机制研究提供关键证据。而引物设计作为ChIP-qPCR实验的关键前提,直接影响扩增效率、特异性与最终数据可信度,是每个科研人必须攻克的核心环节。实验的成功还依赖样本交联的时效性、抗体的特异性、免疫沉淀的效率等多个关键环节,任何一步的疏漏都可能导致实验结果不理想,浪费宝贵的时间与样本。

2025-11-18 14:17:59 1156

原创 ATAC-seq

ATAC-seq与ChIP-seq的不同的是ATAC-seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;染色质可及性通常也理解为染色质的开放性,基因的转录需要将部分DNA的高级结构解开,这些打开的染色质称为开放染色质,而打开的染色质才能被一些调控蛋白(比如转录因子和调控因子)结合,染色质的这种特性叫做染色质的可及性。通过研究特定条件下染色质可及性的变化将可以获得大量的基因表达调控信息。

2025-11-17 09:16:41 770

原创 CUT&Tag

作者通过CUT&Tag分析了H3K36me3在小鼠胚胎干细胞中的分布情况,发现除了基因体区域之外,H3K36me3在哺乳动物细胞的启动子处也富集,并且将SMYD5确定为启动子处的H3K36me3甲基转移酶,可调节基因表达,从而为H3K36me3的定位和功能研究提供新的思路。生物信息学分析内容包括:数据预处理及分析、测序数据质量评估、参考序列比对、peak calling、Peak分析、Peak基因注释、Peak相关基因的功能富集分析、Motif分析、差异 peak 分析等。3、尽可能丰富的相关资料、文献。

2025-11-14 14:35:52 609

原创 亚细胞定位

将目标蛋白与荧光蛋白的N端或者C端融合,通过瞬时转化技术或稳定遗传转化技术,使得该融合蛋白在受体材料细胞内表达,目标蛋白会牵引荧光蛋白一起定位到目标细胞器,通过显微镜观察荧光蛋白在细胞内显示的位置,确定目标蛋白的位置,从而确定目标蛋白的亚细胞定位情况。蛋白质的功能、代谢以及信号转导等生物过程都与其亚细胞定位密切相关,新合成的蛋白质必须处于合适的亚细胞位置才能正常行使功能,如果定位发生偏差,将对细胞功能甚至生命产生重大影响,因此对蛋白质的亚细胞定位的研究具有重要意义。2、重组载体的全序列信息和注释信息;

2025-11-13 09:03:56 422

原创 Western blot

以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原,与对应的抗体起免疫反应,再与酶或同位素标记的第二抗体起反应,经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分。客户在线下单——订单/实验材料确认——蛋白样品制备——电泳——转膜——封闭——一抗孵育——二抗孵育——蛋白显影——结果分析——出具实验报告。1、所有实验的原始数据(包括实验过程、实验试剂与设备等);1、在细胞、组织、细菌等水平上检测蛋白表达情况;3、可从大量不同蛋白质的混合物中检测特定蛋白质。1、待检样本名称、种属、指标、数量、来源等;

2025-11-12 16:48:52 267

原创 【干货分享】轻松拿捏ChIP-seq:十分钟掌握抗体选择策略

1、不建议在ChIP实验中使用WB级抗体,因为WB实验中的蛋白是加热变性后的结构,而ChIP实验要求抗体识别生理状态下的天然蛋白构象。它的实验成败高度依赖于抗体的选择,如果抗体质量不佳会导致特异性低(抗体与非目标蛋白交叉反应,产生假阳性信号)、背景噪音高(非特异性结合干扰数据解读,增加生信分析难度),甚至产生误导性结果(低亲和力抗体无法有效结合目标,导致信号微弱或丢失)。然而,这类抗体资源相对稀缺。2、IP级抗体的识别结构与ChIP抗体较为相似,因此可尝试使用标注了IP等应用(如免疫沉淀)的商业化抗体。

2025-11-11 10:09:30 911

原创 基因编辑在疾病治疗中的突破性进展:从罕见病到癌症的临床奇迹

全基因组测序确认KJ携带CPS1基因的两个独立致病突变——父源的Q335X(c.1003C→T)和母源的E714X(c.2140G→T),均为无义突变,导致蛋白质合成提前终止。TRAP1敲除显著增强了奥沙利铂等化疗药物的疗效,同时将“冷”肿瘤转化为“热”肿瘤,细胞毒性T细胞浸润增加5倍以上,与PD-1抑制剂联用后,75%的小鼠肿瘤完全消退。团队筛选了多种腺嘌呤碱基编辑器(ABE),最终选定ABE8e变体,该变体编辑窗口更窄,特异性更高,能精准将突变的T·A碱基对恢复为C·G,使基因功能恢复正常。

2025-11-11 09:02:29 746

原创 ChIP-seq

洗脱解交联、DNA纯化后,即可通过高通量测序的方法对与目的蛋白结合的DNA片段进行建库分析。自然杀伤细胞(NK细胞)是先天免疫系统中的关键淋巴细胞,尽管关于调控NK细胞发育和功能的转录因子在小鼠中的研究已经相当深入,但RUNX2这一转录因子在小鼠和人类NK细胞的发育与功能中的作用尚未得到充分探讨。生物信息学分析内容包括:数据预处理及分析、测序数据质量评估、参考序列比对、Peak峰calling、Peak分析、Peak基因注释、Peak相关基因的功能富集分析、Motif分析、差异peak分析等。

2025-11-10 13:30:07 771

原创 DAP-seq

提取样品的基因组DNA,构建DNA文库,然后将体外表达的带有亲和标签的转录因子和DNA文库进行结合,随后把结合的DNA洗脱后上机测序。订单/实验材料确认——构建蛋白表达载体——蛋白体外表达——提取基因组DNA——DNA片段化——蛋白DNA亲和纯化——DNA文库构建——高通量测序——数据分析——结果交付。(2)体外表达蛋白:将编码目的转录因子的CDS序列构建到带有亲和标签(Halo Tag)的载体中,构建蛋白表达载体,进行体外蛋白表达,形成转录因子和亲和标签的融合蛋白;(1)单个转录因子的结合位点鉴定;

2025-11-07 08:58:54 749

原创 免疫荧光(IF)

IF是根据抗原抗体反应的原理,将不影响抗原抗体活性的荧光色素标记在抗体或抗原上,与其相应的抗原或抗体结合后,在荧光显微镜下进行观察,从而确定抗原或抗体的性质和定位,包括直接法和间接法。其应用范围极其广泛,可以测定内分泌激素、蛋白质、多肽、核酸、神经递质、受体、细胞因子、细胞表面抗原、肿瘤标志物、血药浓度等各种生物活性物质。是指将荧光标记的特异性抗体(抗原)直接加在抗原(抗体)上,经适宜的温度和时间染色后,水洗去除未参加反应的多余荧光抗体,室温下干燥后封片、镜检。免疫学的基本反应是抗原-抗体反应。

2025-11-06 13:23:23 435

原创 邻近标记技术

在活细胞或特定条件下激活酶的活性,使其催化标记底物(如生物素Biotin)共价结合到邻近的内源蛋白上,最后通过亲和素磁珠富集带有标记的蛋白并进行质谱(MS)鉴定,分析目的蛋白的互作或邻近的蛋白信息。除上述邻近标记酶之外,近些年科学家们也陆续优化并开发出了许多其他的邻近标记酶及标记技术,例如BioID系列的优化酶BioID2、AirID、BASU等,以及小范围使用的邻近标记技术如HRP、EXCELL、PUP-IT、NEDDylation,这些工具酶和技术的开发拓宽了邻近标记技术的应用范围。

2025-11-05 09:28:41 574

原创 【技术应用】表观研究三剑客:ChIP-seq、CUT&Tag和DAP-seq,谁更适合你?

本文将带您深入比较三种主流研究已知目的蛋白寻找下游靶点的组学技术:从2007年首次发表的经典ChIP-seq开始,到后续创新的CUT&Tag和DAP-seq,助您精准选择基因组互作研究的利器。DAP-seq(DNA affinity purification sequencing,DNA亲和纯化测序)通过体外表达转录因子鉴定在全基因组上的结合位点(Transcription factor binding site,TFBS),是ChIP-seq的重要补充方法。为了确保特定基因在正确的时间和空间表达,

2025-11-04 16:58:18 842

原创 手把手教你如何进行代谢组学数据挖掘

火山图中的每一个点表示一种代谢物,其中蓝色的点代表下调差异代谢物,红色的点代表上调差异代谢物,灰色的点代表检测到但差异不显著的代谢物。可视化层面,通常借助差异代谢物聚类热图、差异代谢物K-Means图,系统、直观地呈现代谢物间的表达趋势。图中最外层为差异代谢物名称,点的大小代表对应差异代谢物的log2FC值的大小,不同分类的差异代谢物用不同颜色表示;差异代谢物条形图中横坐标为差异代谢物的log2FC,纵坐标为差异代谢物,红色代表代谢物含量上调,蓝色代表代谢物含量下调,条形的长度直观体现了变化倍数的大小。

2025-11-04 16:52:13 1156

原创 环状RNA参与肾透明细胞癌发展的研究进展

在本文中,作者通过探究circPOLR2A在cRCC中的异常表达与其在体外对细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响及其在cRCC细胞中与PEBP1的相互作用,发现PEBP1是circPOLR2A下游靶蛋白,且UBE3C是一种特异性泛素E3连接酶,参与PEBP1泛素化。之后,体内外的功能性实验表明,circ-AKT3的敲低促进了cRCC恶性肿瘤的迁移和侵袭,而circ-AKT3的过表达则发挥抑制作用,这与circ-AKT3通过竞争性结合miR-296-3p强制E-cadherin表达相关(图5)。

2025-11-03 10:21:36 703

原创 第一张人体免疫系统完整连接图问世啦!

其次,将这种定量受体相互作用网络与白细胞中的蛋白质组学表达相结合,可深入了解整个免疫系统的结合动力学模式(图3d),较高亲和力的相互作用在炎症状态下占主导地位(图3e)。上发表的一篇名为“A physical wiring diagram for the human immune system”文章揭开了人类免疫系统的神秘面纱,团队利用高通量表面受体筛选方法——可扩展的阵列多价细胞外相互作用筛选(SAVEXIS),绘制出了人类免疫系统的物理联系图,展示了全身免疫细胞是进行如何连接和交流的。

2025-11-03 09:13:51 833

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