BED 文件格式
BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致。
必须包含的3列:
1. chrom - 染色体名字(e.g. chr3,chrY, chr2_random)或scafflold 的名字(e.g. scaffold0671 ).
2. chromStart - 染色体或scaffold的起始位置,染色体第一个碱基的位置是0
3. chromEnd - 染色体或scaffold的结束位置,染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如,首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 .chromEnd=100, 碱基的数目是0-99
9 个额外的可选列:
4. name - 指定BED行的名字,这个名字标签会展示在基因组浏览器中的bed行的左侧。
5. score - 0到1000的分值,如果在注释数据的设定中将原始基线设置为1,那么这个分值会决定现示灰度水平(数字越大,灰度越高),下面的这个表格显示GenomeBrowser
shade | | | | | | | | | |
score in range | ≤ 166 | 167-277 | 278-388 | 389-499 | 500-611 | 612-722 | 723-833 | 834-944 | ≥ 945 |
6. strand - 定义链的方向,''+” 或者”-”
7. thickStart - 起始位置(The starting position atwhich the feature is drawn thickly)(例如,基因起始编码位置)
8. thickEnd - 终止位置(The ending position at whichthe feature is drawn thickly)(例如:基因终止编码位置)
9. itemRGB - 是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。
10. blockCount - BED行中的block数目,也就是外显子数目
11. blockSize - 用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
12. blockStarts - 用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置,数目也与blockCount数目对应.
参考:http://http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1