化学生物学进展_04

为什么关注的是Proteome和Phosphoproteome,仅仅关注一个基因和蛋白类似盲人摸象，所以更关注整个系统的研究而非单个的蛋白和基因

能够用质谱检测的probe

chemical reporter（analogies糖、lipid 叠氮 炔基和wt分子长得很象，和wt在细胞中的behavior一样）–根据化学反应–缺点：质谱仪测

如果用amino acid做analogies，最好选用essential 的amino acid，只能通过体外加进去的amino acid

比较特殊的是argine，是conditional essential amino acid
最常用的是lysine
对于大多数氨基酸的类似物而言，tRNA无法识别，需要重新对tRNAenginering识别annalogies，但是如果氨基酸上面是同位素的change，例如c12-c13,n14-n15,这样的话，分子结构和化学性能基本没有区别，区别在于质量

探针-稳定同位素标记
对应的细胞medium和serum也要改
SILAC medium
dialyzed serum
SILAC amino acids
同位素标记的amnio acid掺入细胞，酶解后放到质谱仪进去，silac常用作定量蛋白

silac另外的应用在于蛋白互作分析




细胞被病毒感染以后，细胞内所有protein的变化


衰老过程redox调控（cys等残基的修饰）氧化还原调控蛋白的定量分析

服用抗氧化药物对长寿没有帮助

长寿的方法：

限制热量/锻炼比较多/NAD 二甲双瓜 ------都会大量产生ROS
原本的观点认为–衰老人体中氧化增多–

cys旁边是一个arg 碱性基团容易氧化；-oh容易被碱性基团，容易被氧化，被亲核攻击
cys旁边若是一个酸性基团，则不容易被氧化

用二氧化钛和铁的beads 富集这种CPT的peptide

结论：
1.产生活性氧的mito氧化低，golgi里面高；

为什么：认为ROS多，配位活性氧的蛋白，也就是抗氧化蛋白多，所以氧化程度低；
2.衰老，氧化的程度没有增加，但是位点发生了很大变化
就是说：同一个蛋白，在同一个人幼年和衰老的时候氧化的位点不同，在功能上上是不是年老时候的蛋白是不是承担着不同的功能。

衰老对代谢的影响
血清当中的代谢产物在年轻和衰老的时候很不一样–可以读一下相关的文章

mTORc1 pathway增加细胞的活动

代谢通过调控免疫细胞影响肿瘤

研究代谢通路很重要的领域：isotope tracing



质谱-色谱分析

isotope tracing


可以看哪些通路激活哪些通路抑制


SILAC–对细胞生长有一定的影响，使得在culture的细胞收到的影响小些，轻标–实验组，重标–control