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RSS订阅原创 MR图像预处理（5）——MR图像处理成Yolov5，UNet格式数据
现在医学图像处理的工作很多人在做，一些预处理的事情比较繁琐，但又没有太多实质性内容，所以我想生成一份普适性较强的MR图像预处理的代码，方便大家进行聚焦于模型结构的提升上，减少预处理时间。代码实现：输入全部患者文件夹，自动把图像根据标签有无分类，保存为dcm，png两种格式。然后对有标签的数据进行再次处理，处理成Yolov5和UNet需要的数据。
2024-01-23 16:21:58
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原创 MR图像预处理（4）——2d多分类图像mask输出boundingbox
上面的函数实现了对连通域进行划分，对结果进行输出。想了解搜一下cv2.connectedComponentsWithStats就行。该代码通过输入原图像和mask图像，先把通过上面的函数把每一个连通域找到，再框选出图像，根据框选结果计算出yolo需要的参数进行输出。代码实现：输入原图像地址，mask图像地址，输出一个yolov5格式的txt文件，一个不同分类不同颜色的原图像框选结果。将2d的多分类图像mask输出boundingbox。
2024-01-20 23:45:15
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原创 MR图像预处理（3）——nii文件拆分成2d图像
函数对图像进行归一化后*255输出，由于ITK-SNAP在做标签的时候，没标签的位置为0，不同颜色的标签分别是1-6，所以我mask并没有*255（*255会导致每个分类的灰度都是255，从而无法辨别），而是乘了40。前面解决了如何建造nii文件，现在来把nii图像重新拆分成需要的2d图像（已经在构造整体的代码了，所以封装成了函数）为了患者隐私名称就打码了。
2024-01-20 23:29:12
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原创 MR图像预处理（2）——png图片组合成nii文件
通过ITK-SNAP吐出来的文件都是nii形式的3d文件，但是跑深度学习的时候需要2d的图片以及mask相对应，所以一种方法是拆nii文件，一种方法是把png组合成nii显示三维文件，这里为了和后面模块的一致性，讲一下如何把png组合成nii（如何把dcm转换成png已经在预处理（1）中讲过）利用前面处理好的png，我们就可以得到需要的nii文件。
2024-01-18 14:37:59
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原创 MR图像预处理（1）——dcm批量选择，dcm批量转化成png
主要内容：（phython）dcm文件批量选择模块介绍，dcm图片转png图片代码模块介绍，方便移植自己使用，最后把所有代码整合在预处理（5）文章中！！下面是跳转链接：最近在学习医学图像处理，但是数据预处理很麻烦，网上的数据处理不能满足我的全部要求，找起来很零碎，就打算放一份集成代码在网上，帮助自己复习巩固，也帮助大家加快预处理进度。
2024-01-18 14:09:25
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空空如也
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