MR图像预处理（1）——dcm批量选择，dcm批量转化成png

       主要内容：dcm批量选择模块介绍，dcm转png代码模块介绍，方便移植自己使用，最后把所有代码整合在预处理（5）文章中！！下面是跳转链接：

MR图像预处理（5）——MR图像处理成Yolov5，UNet格式数据-CSDN博客

       最近在学习医学图像处理，但是数据预处理很麻烦，网上的数据处理不能满足我的全部要求，找起来很零碎，就打算放一份集成代码在网上，帮助自己复习巩固，也帮助大家加快预处理进度。

一，dcm文件夹批量选择dcm图片

我希望把701015或者601015文件夹（两者仅会存在一个）下面的dcm全部提取出来，并且以想要的方式重新命名，然后在保存到目标文件夹

代码如下：

import os
import shutil

if __name__ == '__main__':
    # dicom文件目录
    rt_path = r'C:\Users\22495\Desktop\myomagroup3b' #dcm原文件夹路径
    output_path = r'C:\Users\22495\Desktop\processed' #最后输出的dcm文件夹路径
    for root, dir, file in os.walk(rt_path):
        split_root = root.split('\\')#通过\\来进行截断
        if (split_root[-1]) == "701015" or (split_root[-1]) == "601015":
            print('patient_' + split_root[-3] + ' pictures are storing')
            #下面是修改名称的部分，按需来写
            for f in file:
                split_file = f.split('_')
                f_old_path = os.path.join(root, f)
                # 找到放了T2W_TSE的文件夹，复制里面的所有文件，并修改名称
                f_new_name = split_root[-3] + '_T2W_TSE_' + split_file[-1]
            #保存图片到新路径
                f_new_path = os.path.join(output_path, f_new_name)
                shutil.copy(f_old_path, f_new_path)

os.walk()是一个生成器函数，用于遍历目录树中的所有文件和文件夹。

import os

for root, dirs, files in os.walk('path/to/directory'):
    # root: 当前正在遍历的文件夹路径
    # dirs: 当前文件夹中的子文件夹列表
    # files: 当前文件夹中的文件列表
    # 在这里可以对root、dirs和files进行相应的操作

    # 例如，打印当前文件夹路径
    print(root)

    # 例如，打印当前文件夹中的所有文件名
    for file in files:
        print(file)

    # 例如，打印当前文件夹及其子文件夹中的所有文件名
    for dir in dirs:
        for subdir_root, subdir_dirs, subdir_files in os.walk(os.path.join(root, dir)):
            for subdir_file in subdir_files:
                print(os.path.join(subdir_root, subdir_file))
 

二，dcm图片转换成png图片

import os
import pydicom
from matplotlib import pyplot as plt


dicom_directory = r"C:\Users\22495\Desktop\myomagroup3a\20220726080402\701015"  # 原dcm文件路径
output_directory = r"C:\Users\22495\Desktop\dcm.png"  # png图片保存路径
if not os.path.exists(output_directory):
    os.makedirs(output_directory)#如果没有输出文件夹，就按需求创造一个这样的文件夹


for root, dirs, files in os.walk(dicom_directory):
    for file in files:
        if file.endswith(".dcm"):
            dicom_file_path = os.path.join(root, file)
            ds = pydicom.dcmread(dicom_file_path)
            pixel_array_numpy = ds.pixel_array#找到dcm文件进行保存

            # 3. 保存为PNG
            output_path = os.path.join(output_directory, file.replace(".dcm", ".png"))
            plt.imsave(output_path, pixel_array_numpy, cmap='gray')

参考：将dcm文件转换为png图片_dcm文件的图片怎么转换-CSDN博客