利用deeptools来做基因在genome上的分布图
需要做一个感兴趣的基因的测序数据在基因组上的分布profile,deeptools可以解决这个问题,记录一下过程。1、安装deeptoolspip install deeptools2、准备bw和bed文件(1)bwbw即样本测序数据的bigwig文件,之前做过,也是用deeptools的bamCoverage就可以实现。bamCoverage -b sample.bam -o sample.bw(2)bedbed即感兴趣的基因在genome上的位置,我先用10个基因测试,10个基因的en
原创
2021-03-23 21:04:38 ·
4202 阅读 ·
0 评论