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生信-测序原理
高级生信攻橙诗~
这个作者很懒,什么都没留下…
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测序中,什么是“测通”
今天继续研究DNA测序分析流程,有个步骤引起注意使用Stithcer软件对测通的双端reads进行组装及过滤…里面的“测通”是什么意思呢?询问了几位前辈,发现我一直以来脑子里对于双端测序都有两个版本的认识混乱存在着。顺次厘清“双端测序”、“插入序列”、“测通”这几个概念。双端测序高通量测序在建库时对DNA随机打断成fragment(F),。。后面再议这里的关键在于理解,如何判断read1和read2是不是一个pair?我之前以为是通过是否有overlap、然后overlap部分识别拼接后合并原创 2022-02-14 14:15:29 · 8824 阅读 · 0 评论 -
为什么基因组测序中reads尾部常见polyG
为什么基因组测序中reads尾部常见polyG起因经过结果起因熟悉使用fastp,该软件可对双端测序数据进行trim处理。其参数中有一项为trim_poly_g。过去常做RNA-seq,知道mRNA加工时会产生polyA尾,但DNA为什么会有polyG?感到困惑。经过google进行百度,意外得到了fastp作者对此问题的回答,进行理解和翻译如下结果。结果Nextseq和Novaseq(四年前,最新机器不确定)是双色系统,在双色系统中:绿色 T红色 C黄色(红+绿) A黑色(无红&am原创 2022-02-09 15:22:53 · 2023 阅读 · 0 评论